Advanced reasoning methods in propositional logics: application to metabolic networks
Méthodes avancées de raisonnement en logique propositionnelle : application aux réseaux métaboliques
Abstract
The thesis deals with the application and extension of SAT and SMT methods for systems biology. Focus is more particularly on problems issued from study of metabolic networks. State of the art in the study of metabolic networks uses linear programming which is very efficient for enumerating all solutions. In order to compte with linear programming we do not consider the enumeration of all pathways but of those verifying user-specified constraints. The use of SMT and those supplementary constraints allow us using optimizations inaccessible to linear programming.
La thèse s'intéresse à l'application et l'extension des méthodes SAT et SMT pour la biologie des systèmes. Plus particulièrement sont visées les problématiques issues de l'étude des réseaux métaboliques. L'état de l'art dans l'étude des réseaux métaboliques utilise de la programmation linéaire qui est extrêmement efficace pour lister toutes les solutions. Afin de pouvoir concurrencer la programmation linéaire nous nous orientons non pas vers l'énumération de toutes les voies mais vers l'énumération de voies satisfaisant des contraintes spécifiées par l'utilisateur. L'utilisation de SMT et les contraintes supplémentaires nous permettent d'utiliser des optimisations inaccessibles à la programmation linéaire.
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