Probabilistic sources: from sequences to systems
Sources Probabilistes: des séquences aux systèmes
Résumé
This monograph synthesizes several studies in average-case analysis of algorithms and in computational biology. Several works, spanning from the study of problems on sequences to systems biology, are presented. A unifying thread is followed: whatever the applications are, probabilistic sources of words plays the central role. These works find applications both in biological sequence analysis with a focus on the improvement of pattern matching algorithms and in the design of precise statistical tests, and in systems biology where strong collaborations with biologists permit to apply the developed methods to real living systems.
Ce mémoire est un recueil et une synthèse de plusieurs études en analyse en moyenne d'algorithmes et en bioinformatique. Il y est présenté des travaux allant de l'étude de problèmes sur les séquences à l'étude de systèmes biologiques, en gardant un fil conducteur fort: quelles que soient les applications, l'objet d'étude central est une source probabiliste qui produit des mots. Ces travaux trouvent des applications en bioinformatique qui se concrétisent par la mise au point d'algorithmes dédiés de recherche de motifs et la définition de tests statistiques et en biologie des systèmes biologiques avec des développements qui ont été appliqués, en collaboration étroite avec des équipes de biologistes, à des modèles biologiques réels.
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