Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate
France Denoeud
(1)
,
Simon Henriet
(2)
,
Sutada Mungpakdee
(2)
,
Jean-Marc Aury
(1)
,
Corinne da Silva
(1)
,
Henner Brinkmann
(3)
,
Jana Mikhaleva
(2)
,
Lisbeth Charlotte Olsen
(2)
,
Claire Jubin
(4)
,
Cristian Cañestro
(5)
,
Jean-Marie Bouquet
(2)
,
Gemma Danks
(2)
,
Julie Poulain
(4)
,
Coen Campsteijn
(2)
,
Marcin Adamski
(2)
,
Ismael Cross
(6)
,
Fekadu Yadetie
(2)
,
Matthieu Muffato
(7)
,
Alexandra Louis
(7)
,
Stephen Butcher
(8)
,
Georgia Tsagkogeorga
(9)
,
Anke Konrad
(10)
,
Sarabdeep Singh
(11)
,
Marit Flo Jensen
(2)
,
Evelyne Huynh Cong
(2)
,
Helen Eikeseth-Otteraa
(2)
,
Benjamin Noel
(1)
,
Véronique Anthouard
(12)
,
Betina M Porcel
(13)
,
Rym Kachouri-Lafond
(14)
,
Atsuo Nishino
(15)
,
Matteo Ugolini
(2)
,
Pascal Chourrout
(16)
,
Hiroki Nishida
(15)
,
Rein Aasland
(17)
,
Snehalata Huzurbazar
(11)
,
Eric Westhof
(14)
,
Frédéric Delsuc
(9)
,
Hans Lehrach
(18)
,
Richard Reinhardt
(19)
,
Jean Weissenbach
(13)
,
Scott W Roy
(20)
,
François Artiguenave
(13)
,
John H Postlethwait
(21)
,
J Robert Manak
(8)
,
Eric M. Thompson
(2)
,
Olivier Jaillon
(13)
,
Louis Du Pasquier
(22)
,
Pierre Boudinot
(23)
,
David A. Liberles
(10)
,
Jean-Nicolas Volff
(24)
,
Herve Philippe
(3)
,
Boris Lenhard
(2)
,
Hugues Roest Crollius
(7)
,
Patrick Wincker
(13)
,
Daniel Chourrout
(2)
1
LBGB -
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
2 SARS International Centre for Marine Molecular Biology
3 CIFAR - Canadian Institute for Advanced Research
4 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
5 Institute of Neuroscience, University of Oregon, Eugene, Oregon
6 Laboratorio de Genética, Universidad de Cádiz, Cádiz
7 DYOGEN - DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS
8 Department of Biology, University of Iowa, Iowa City
9 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
10 Department of Molecular Biology, University of Wyoming, Laramie
11 Department of Statistics, University of Wyoming, Laramie
12 IG - Institut de Génomique d'Evry
13 UMR 8030 - Génomique métabolique
14 ARN - Architecture et Réactivité de l'ARN
15 Department of Biological Sciences, Osaka University, Osaka
16 American Hospital of Paris
17 UiB - University of Bergen
18 Department of Vertebrate Genomics [Berlin]
19 MPIMG - Max Planck Institute for Molecular Genetics
20 NCBI - National Center for Biotechnology Information
21 Institute of Neuroscience, University of Oregon, Eugene
22 Institute of Zoology and Evolutionary Biology
23 VIM (UR 0892) - Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires
24 IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon
2 SARS International Centre for Marine Molecular Biology
3 CIFAR - Canadian Institute for Advanced Research
4 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
5 Institute of Neuroscience, University of Oregon, Eugene, Oregon
6 Laboratorio de Genética, Universidad de Cádiz, Cádiz
7 DYOGEN - DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS
8 Department of Biology, University of Iowa, Iowa City
9 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
10 Department of Molecular Biology, University of Wyoming, Laramie
11 Department of Statistics, University of Wyoming, Laramie
12 IG - Institut de Génomique d'Evry
13 UMR 8030 - Génomique métabolique
14 ARN - Architecture et Réactivité de l'ARN
15 Department of Biological Sciences, Osaka University, Osaka
16 American Hospital of Paris
17 UiB - University of Bergen
18 Department of Vertebrate Genomics [Berlin]
19 MPIMG - Max Planck Institute for Molecular Genetics
20 NCBI - National Center for Biotechnology Information
21 Institute of Neuroscience, University of Oregon, Eugene
22 Institute of Zoology and Evolutionary Biology
23 VIM (UR 0892) - Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires
24 IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon
France Denoeud
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : france-denoeud
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Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Corinne da Silva
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908690
- IdHAL : corinne-da-silva
Julie Poulain
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756903
- IdHAL : julie-poulain
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- IdRef : 061407232
Alexandra Louis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 748563
- IdHAL : alexandra-louis
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- IdRef : 067130488
Benjamin Noel
- Fonction : Auteur
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Betina M Porcel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1058697
- IdHAL : betina-porcel
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Hiroki Nishida
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763538
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Eric Westhof
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756952
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Frédéric Delsuc
- Fonction : Auteur
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Olivier Jaillon
- Fonction : Auteur
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Pierre Boudinot
- Fonction : Auteur
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Jean-Nicolas Volff
- Fonction : Auteur
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Herve Philippe
- Fonction : Auteur
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Hugues Roest Crollius
- Fonction : Auteur
- PersonId : 175223
- IdHAL : hugues-roest-crollius
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- IdRef : 134614461
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
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Daniel Chourrout
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1202648
Résumé
Genomes of animals as different as sponges and humans show conservation of global architecture. Here we show that multiple genomic features including transposon diversity, developmental gene repertoire, physical gene order, and intron-exon organization are shattered in the tunicate Oikopleura, belonging to the sister group of vertebrates and retaining chordate morphology. Ancestral architecture of animal genomes can be deeply modified and may therefore be largely nonadaptive. This rapidly evolving animal lineage thus offers unique perspectives on the level of genome plasticity. It also illuminates issues as fundamental as the mechanisms of intron gain.
Domaines
Biochimie, Biologie Moléculaire
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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