Confrontation entre modèles et données réelles pour la structure spatiale des molécules d'ADN par le biais de la réalité augmentée

Résumé : Si les séquences génomiques sont d'abord connues sous leur forme linéaire, elles ont aussi une structure tridimensionnelle potentiellement utilisable pour l'analyse des génomes. Cette représentation de la structure 3D apporte un point de vue nouveau pour l'analyse des séquences. Les propriétés géométriques de l'ADN sont très peu étudiées, en particulier pour de grands segments d'ADN. C'est justement sur ce dernier verrou que la synergie entre informaticiens et biologistes peut en exploitant la pluridisciplinarité être extrêmement fructueuse. Un logiciel complet, ADN-Viewer, a été développé pour aborder la modélisation 3D de l'ADN. Il est basé sur un modèle de conformation local. Notre objectif est de confronter les résultats prédits par ce logiciel avec des données (images) réelles issues d'expérimentations biologiques. Il s'agit donc d'essayer d'affiner le modèle 3D par appariement d'images réelles et prédites. L'analyse des molécules en microscopie de force atomique (AFM) nous permettra de faire une analyse structurale de différentes régions intéressantes du génome. Ces images seront comparées, appariées et recalées avec les images prédites avec des techniques d'analyse et de traitement d'images. Il serait pertinent de quantifier l'erreur de prédiction et de corriger, par retour vers le modèle, les règles de conformation tri-dimensionnelle.
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00633202
Contributor : Frédéric Davesne <>
Submitted on : Monday, October 17, 2011 - 7:35:29 PM
Last modification on : Monday, March 18, 2019 - 4:21:59 PM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, January 18, 2012 - 2:35:32 AM

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Essabbah06c.pdf
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  • HAL Id : hal-00633202, version 1

Citation

Mouna Essabbah, Rachid Gherbi, Malik Mallem. Confrontation entre modèles et données réelles pour la structure spatiale des molécules d'ADN par le biais de la réalité augmentée. 3e Workshop Applications Médicales de l'Informatique : Nouvelles Approches (AMINA 2006), Nov 2006, Monastir, Tunisie. pp.n.a. ⟨hal-00633202⟩

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