Rule-based meta-modelling for bio-curation

Russell Harmer 1, 2
1 PLUME - Preuves et Langages
LIP - Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme
Résumé : Mes recherches récentes portent sur le développement de techniques et outils pour la modélisation de systèmes complexes ; en particulier, des voies de signalisation dans les cellules qui sont notamment impliquées, en cas de dérèglement, dans de nombreuses maladies. Ces travaux, en collaboration avec des collègues en France et aux États-unis, couvrent un spectre assez large, allant des travaux fondamentaux plutôt d’ordre mathématique à la production de code pour en construire des vrais outils de modélisation et d’analyse de modèles. Mes travaux les plus récents intègrent des notions de représentation de connaissances et ontologies sémantiques pour améliorer et simplifier le processus de production de modèles avec le but ultime d’automatiser ce processus le plus possible ; ce travail se fait dans le cadre de deux projets DARPA (‘Big Mechanism’ et ‘Communicating with Computers’). Ces derniers travaux m’ont amené vers un nouveau projet qui consiste à formaliser la notion de méta-modélisation en générale et de faire un développement détaillé d’un cas particulier de ce cadre pour la bio-curation. En effet, de nos jours, la production de modèles en biologie moléculaire est surtout limitée par la difficulté à recolter et combiner toutes les connaissances nécessaires qui se trouvent dispersées dans une littérature vaste et peu structurée. Mon projet propose un cadre théorique et un développement logiciel qui permet d’agréger les connaissances et structurer les hypothèses (souvent en conflit) pour permettre une analyse de leurs conséquences et ainsi la reconciliation progressive des conflits apparents.
Document type :
Habilitation à diriger des recherches
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01534703
Contributor : Russ Harmer <>
Submitted on : Thursday, June 8, 2017 - 9:28:49 AM
Last modification on : Friday, September 28, 2018 - 2:42:23 PM
Document(s) archivé(s) le : Saturday, September 9, 2017 - 12:57:13 PM

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  • HAL Id : tel-01534703, version 1

Citation

Russell Harmer. Rule-based meta-modelling for bio-curation. Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Normale Supérieure de Lyon, 2017. ⟨tel-01534703⟩

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