Diversité génomique virale : évaluation et conséquences sur la virulence des infections respiratoires
Résumé
Au cours de l’infection virale, la réplication d’un virus à ARN génère
une population diversifiée par accumulation de mutations ponctuelles dans son
génome. L’étude de cette diversité génétique virale au moyen des technologies de
séquenc¸age à haut débit (séquenc¸age de nouvelle génération [NGS]) a permis une
meilleure compréhension de la pathogenèse de l’infection ainsi que des mécanismes d’action des thérapeutiques antivirales. Cette révolution technologique
s’est accompagnée d’un nombre impressionnant de nouvelles études centrées sur
la diversité génétique d’une souche virale et ses conséquences sur l’histoire naturelle de l’infection. Dans cette revue, nous aborderons les grands principes de
l’évaluation de la diversité génétique virale, avant d’en résumer les principales
conséquences physiopathologiques des infections à virus respiratoires. À ce jour,
bien qu’aucune étude n’établisse clairement son rôle dans la pathogenèse des
formes sévères des infections respiratoires, la diversification virale pourrait avoir
un double effet. Elle pourrait être un formidable outil de virulence par production
d’un avantage évolutif majeur grâce à la diversification des populations virales,
c’est-à-dire les quasi-espèces, présentes chez un hôte ou délétère pour le virus en
cas de dépassement d’un seuil d’erreur tolérable de variabilité au niveau de leur
séquence, aboutissant à terme à son extinction. Il est donc important de l’étudier
dans le cadre d’infections à virus respiratoires, comme les virus influenza, les
virus respiratoires syncytiaux (VRS) ou les rhinovirus. La compréhension fine
de cette propriété permettra d’en envisager de multiples applications cliniques,
que ce soit organisationnelles (orientation précoce des patients vers une unité de
soins intensifs), thérapeutiques (par le recours à des molécules mutagènes) ou
préventives (stabilisation des souches vaccinales pour une plus grande innocuité).
Origine : Accord explicite pour ce dépôt