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Journal articles
Integration of data and methods for genome analysis.
Patrick Durand
1
Claudine Médigue
2
Anne Morgat
3
Yves Vandenbrouck
4
Alain Viari
5
François Rechenmann
6
1
SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
3
HELIX - Computer science and genomics
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
5
ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale
Inria Grenoble - Rhône-Alpes
6
IBIS - Modeling, simulation, measurement, and control of bacterial regulatory networks
LAPM - Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble], Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut Jean Roget
Alain Viari 5
Author IdHAL : alain-viari ORCID : https://orcid.org/0000-0002-1329-7777
François Rechenmann 6
Author
1
SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences (Campus de Beaulieu, 35042 Rennes cedex - France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Campus universitaire de Beaulieu - 35042 Rennes - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
2
UMR 8030 - Génomique métabolique (GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux 91057 Evry Cedex - France)
- GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] : DRF/JACOB (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- Université Paris-Saclay (Espace Technologique, Bat. Discovery - RD 128 - 2e ét., 91190 Saint-Aubin - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8030 (France)
3
HELIX - Computer science and genomics (Université Claude Bernard (Lyon 1),
Campus DOUA
43, Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
4
BGE - UMR S1038 - Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (17, Rue des Martyrs 38054 Grenoble cedex 09 - France)
- IRIG - Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble : DRF/IRIG/DS (France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1038 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- UGA [2016-2019] - Université Grenoble Alpes [2016-2019] (38058 Grenoble cedex - France)
5
ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (Université Claude Bernard (Lyon 1),
Campus DOUA
43, Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
6
IBIS - Modeling, simulation, measurement, and control of bacterial regulatory networks (655 avenue de l'Europe, Montbonnot, 38334 Saint Ismier CEDEX, France - France)
- LAPM - Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (Institut Jean Roget BP 170 38042 GRENOBLE CEDEX 9 - France)
- UJF - Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (BP 53 - 38041 Grenoble Cedex 9 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5163 (France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- Institut Jean Roget (France)
Abstract : The development of genomic and post-genomic technologies has created an explosion in the quantity, diversity and availability of both biological data and methods of analysis. Biologists are currently facing the problem of using all these resources to convert raw data into new valuable knowledge. This review presents software platforms designed to handle data and/or methods in the context of genome analysis.
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02072584
Contributor : Yves Vandenbrouck <>
Submitted on : Tuesday, March 19, 2019 - 12:03:19 PM
Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:02 PM
Contributor : Yves Vandenbrouck <>
Submitted on : Tuesday, March 19, 2019 - 12:03:19 PM
Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:02 PM
Identifiers
- HAL Id : hal-02072584, version 1
- PUBMED : 12833667
Collections
CNRS | UNIV-RENNES1 | CEA | BIOENVIS | GENOMIQUE-METABOLIQUE | UNIV-LYON1 | IRISA | INRIA | JACOB | CEA-DRF | UNIV-RENNES | IRTSV-BGE | INSA-GROUPE | UNIV-EVRY | UR1-UFR-ISTIC | IRIG | CEA-GRE | GENOSCOPE | UDL | INSA-RENNES | UGA | EC-PARIS
Citation
Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, et al.. Integration of data and methods for genome analysis.. Current Opinion in Drug Discovery and Development, Thomson Reuters (Professional), 2003, 6 (3), pp.346-52. ⟨hal-02072584⟩
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