Nouveau regard sur la diversité microbienne de fromages français grâce aux outils NGS
Résumé
Le fromage est l'un des plus anciens aliments transformés par l’être humain. Il est produit et consommé depuis plusieurs milliers d'années. Son procédé de fabrication s'est adapté aux différentes conditions techniques, économiques et sociales retrouvées aux quatre coins du monde. Il est d'ailleurs possible de distinguer, rien qu'en France plus de 350 sortes de fromages différentes (elles sont plus de 1000 dans le monde!). Chaque fromage possède une microflore particulière dont la diversité peut aller de quelques espèces pour les fromages les plus pauvres à plusieurs dizaines, voire centaines d'espèces pour les fromages les plus riches. La flore microbienne des fromages est très dense, 2 à 3 x 109 cellules/g de fromage, et les micro-organismes retrouvés peuvent être d'origines variées : le lait, l'animal, les levains, le sel ou les saumures, le matériel de la fromagerie ou encore l'atmosphère des locaux de fabrication et d'affinage. Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) ont récemment conduit à la mise au point de méthodes dites de "metabarcoding", permettant désormais d'avoir accès à la composition de ces flores avec une profondeur d'analyse incomparable. Dans cette étude, nous avons choisi d'appliquer ces nouvelles méthodes pour établir un catalogue de la diversité microbienne de plusieurs fromages au lait de vache, possédant une croûte caractéristique (emmorgée, naturelle, lavée) et appartenant aux catégories des pâtes molles ou des pâtes pressées non cuites. Près de 100 échantillons représentant 13 technologies fromagères distinctes ont été analysés sur la base de deux biomarqueurs phylogénétiques : le gène codant pour l'ARNr 16S (procaryotes) et l'ITS (eucaryotes). La comparaison des flores de ces différents fromages ainsi que des hypothèses sur leur environnement d'origine seront présentées.