Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti; Vincent Berry; Cedric Chauve; Annie Chateau; Eric Tannier; Sèverine Bérard

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Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti ^{1, 2} Vincent Berry ³ Cedric Chauve ⁴ Annie Chateau ³ Eric Tannier ^{5, 6} Sèverine Bérard ¹

1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier

2 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

3 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique

LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier

4 SFU - Department of Mathematics [Burnaby]

5 BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

6 BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology

LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

Yoann Anselmetti ^{1, 2}
Author

Vincent Berry ³
Author
PersonId : 4886
IdHAL : vincent-berryORCID : 0000-0001-7271-4027IdRef : 135401925

Cedric Chauve ⁴
Author

Annie Chateau ³
Author
PersonId : 173624
IdHAL : annie-chateauORCID : 0000-0003-4760-8171IdRef : 227798856

Eric Tannier ^{5, 6}
Author
PersonId : 21672
IdHAL : eric-tannierORCID : 0000-0002-3681-7536IdRef : 071438858

Sèverine Bérard ¹
Author
PersonId : 19452
Employer institution: Centre National de la Recherche ScientifiqueIdHAL : severine-berardORCID : 0000-0002-3029-0964IdRef : 079213804

1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (Place E. Bataillon CC 064 34095 Montpellier Cedex 05 - France) StructId : 29770

Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR116 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France) StructId : 11574
EPHE - École pratique des hautes études (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France) StructId : 110691
- PSL - Université Paris sciences et lettres (60 rue Mazarine 75006 Paris - France) StructId : 564132
UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France) StructId : 410122
Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226 (France) StructId : 431575
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5554 (France) StructId : 441569

2 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

3 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (LIRMM, 161 rue Ada, 34000 Montpellier - France) StructId : 388224

LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (161 rue Ada - 34095 Montpellier - France) StructId : 181
- UM - Université de Montpellier : UMR5506 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France) StructId : 410122
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5506 (France) StructId : 441569

4 SFU - Department of Mathematics [Burnaby] (Simon Fraser University, 8888 University Drive, Burnaby, British Columbia V5A 1S6 - Canada) StructId : 54446

SFU.ca - Simon Fraser University (8888 University Drive, Burnaby, B.C. Canada V5A 1S6 - Canada) StructId : 117565

5 BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543493

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

6 BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology (Antenne INRIA Lyon la Doua Bâtiment CEI-1 66 Boulevard Niels Bohr 69603 Villeurbanne - France) StructId : 160051

LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France) StructId : 2003
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France) StructId : 33804
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France) StructId : 126765
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein, 69621 Villeurbanne cedex - France) StructId : 219748
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France) StructId : 441569
Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

Abstract : Le document est un résumé étendu

Document type :

Conference papers

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394409
Contributor : Eric Tannier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, November 9, 2016 - 1:12:39 PM
Last modification on : Friday, August 5, 2022 - 3:02:17 PM
Long-term archiving on: : Tuesday, March 14, 2017 - 11:23:48 PM

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anselmetti.pdf

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HAL Id : hal-01394409, version 1

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Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, et al.. Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France. ⟨hal-01394409⟩

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