Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti; Vincent Berry; Cedric Chauve; Annie Chateau; Eric Tannier; Sèverine Bérard

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Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti ^{1, 2} Vincent Berry ³ Cedric Chauve ⁴ Annie Chateau ³ Eric Tannier ^{5, 6} Sèverine Bérard ¹

1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier

2 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

3 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique

LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier

4 Department of Mathematics [Burnaby]

5 BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

6 BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology

LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information

Yoann Anselmetti ^{1, 2} AuthorId : 1192979
Author

Vincent Berry ³ AuthorId : 831143

Author IdHAL : vincent-berry

Cedric Chauve ⁴ AuthorId : 69627
Author

Annie Chateau ³ AuthorId : 11442145

Author IdHAL : annie-chateau

Eric Tannier ^{5, 6} AuthorId : 299436

Author IdHAL : eric-tannier ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3681-7536

Sèverine Bérard ¹ AuthorId : 69210

Author Employer institution : Centre National de la Recherche Scientifique IdHAL : severine-berard ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3029-0964

1 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (Place E. Bataillon CC 064 34095 Montpellier Cedex 05 - France) StructId : 29770

CIRAD - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France) StructId : 11574
EPHE - École pratique des hautes études (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France) StructId : 110691
UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France) StructId : 410122
Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226 (France) StructId : 431575
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5554 (France) StructId : 441569

2 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

3 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (France) StructId : 388224

LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (161 rue Ada - 34095 Montpellier - France) StructId : 181
- UM - Université de Montpellier : UMR5506 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France) StructId : 410122
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5506 (France) StructId : 441569

4 Department of Mathematics [Burnaby] (8888 University Drive Burnaby, British Columbia V5A 1S6 - Canada) StructId : 54446

SFU.ca - Simon Fraser University (8888 University Drive, Burnaby, B.C. Canada V5A 1S6 - Canada) StructId : 117565

5 BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543493

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

6 BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology (Antenne INRIA Lyon la Doua Bâtiment CEI-1 66 Boulevard Niels Bohr 69603 Villeurbanne - France) StructId : 160051

LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
- VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569
Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France) StructId : 2003
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France) StructId : 33804
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France) StructId : 126765
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France) StructId : 441569
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein, 69621 Villeurbanne cedex - France) StructId : 219748
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232

Abstract : Le document est un résumé étendu

Document type :

Conference papers

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394409
Contributor : Eric Tannier <>
Submitted on : Wednesday, November 9, 2016 - 1:12:39 PM
Last modification on : Friday, June 21, 2019 - 1:34:38 AM
Long-term archiving on : Tuesday, March 14, 2017 - 11:23:48 PM

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HAL Id : hal-01394409, version 1

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Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, et al.. Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France. ⟨hal-01394409⟩

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