Brucella est un ochrobactrum à génome réduit
Résumé
La phylogénie fondée sur l'ARNr 16S relie étroitement les genres Brucella et Ochrobactrum. Toutefois, l'analyse des séquences montre de possibles recombinaisons en particulier entre les ADNr 16S d'O. intermedium et Brucella spp. Nous avons donc étudié les positions phylogénétiques relatives des deux genres par l'analyse d'autres marqueurs (dnaK, rpoA et rpoB) et par plusieurs méthodes (parcimonie, maximum de vraisemblance et distance). Quels que soient le marqueur et la méthode, les arbres montrent une intrication des espèces d'Ochrobactrum avec le genre monospécifique, Brucella. Sur des bases phylogénétiques, Ochrobactrum et Brucella pourraient être regroupés dans un même genre. De fait, la comparaison de l'organisation génomique de Brucella et d'Ochrobactrum peut apporter des indications sur l'émergence de Brucella, un pathogène intracellulaire spécifique à niche étroite, au sein d'un groupe bactérien à vie libre dans des niches ouvertes et variées. L'électrophorèse en champ pulsé de l'ADN génomique non digéré et digéré par I-CeuI montre, à l'instar de Brucella spp., la présence de deux chromosomes dans les souches type des cinq espèces d'Ochrobactrum. Le squelette rrn du chromosome I de Brucella est très proche de celui du chromosome I d'Ochrobactrum spp. avec deux opérons rapprochés et organisés en tandem. Le chromosome II de Brucella ne porte qu'un seul rrn alors que celui d'Ochrobactrum spp. en a deux, organisés différemment selon les espèces. Nous avons observé dans des isolats clonaux d'O. intermedium un phénomène de réduction génomique avec perte d'un rrn sur le chromosome II. Cette réduction s'est produite lors d'un portage à long terme dans une niche écologique étroite : les bronches d'un patient immunodéprimé. Nous émettons l'hypothèse qu'un phénomène de réduction génomique équivalent s'est produit chez l'ancêtre des brucelles lors de l'adoption d'un mode de vie associé à la cellule animale. Une délétion par réarrangement entre rrn ne peut expliquer qu'une partie de la réduction chromosomique observable entre Ochrobactrum et Brucella. Une analyse portant sur d'autres séquences répétées, séquences d'insertion ou séquences répétées courtes, devrait permettre d'étayer l'hypothèse, " Brucella est un Ochrobactrum à génome réduit ".