Relating parasite communities to host environmental conditions using phylogenetic tools

Utilisation des instruments de la phylogénie pour comparer des communautés de parasites et des environnements

Jacques Cabaret (1)

1 PAP - Station de Pathologie aviaire et parasitologie [Nouzilly]

There are many tools available for analysing parasite communities, either based on the proportions or presence/absence of species. These analyses rely on phylogenetic distances, and analyses of actual characters (e.g. species). The phylogenetic analysis (Wagner parsimony) was compared to a cluster analysis (UPGMA) and correspondence analyses of two real helminth communities in sheep (one farm and with repeated sampling along time) or goats (several farms, each sampled once). The cladograms obtained using Wagner parsimony provided a clearer structuring of the helminth communities than classical analyses. The homogeneous groups of parasite communities on goat farms were significantly related (Fisher' exact lest) to the environmental characteristics. The evolution along time pattern of change in the sheep infection of sheep was not the same for in all the animals, and two groups of communities could be distinguished in the last lamb cohorts. Phylogenetic analyses provide an effective performing tool to for interpreting the change in evolution of helminth communities with environmental conditions.

Les outils pour analyser les communautés de parasite sont nombreux, et ils se fondent sur des données quantitatives ou de présence/absence. Ces analyses portent sur des distances, et les analyses phylogénétiques sur des caractères (espèce présente ou non). L'analyse phylogénétique (parcimonie de Wagner) a été comparée aux analyses hiérarchiques ascendantes et de correspondance sur deux ensembles de données. Le premier porte sur des helminthes d'ovins (une ferme suivie sur plusieurs cohortes} ou de chèvres (plusieurs fermes étudiées au même moment). Les cladogrammes obtenus avec la parcimonie de Wagner donnent une meilleur structuration des communautés d'helminthes que les analyses classiques. Les groupes homogènes de communautés d'helminthes dans les fermes sont significativement reliés (test exact de Fisher) aux caractéristiques environnementales des fermes. L'évolution au cours du temps des communautés d'helminthes d'ovins n'était pas semblable et deux groupes de communautés étaient rencontrés dans la dernière cohorte. L'analyse phylogénétique est un bon intrument pour interpreter l'évolution des communautés de parasites en relation avec les conditions environnementales dans lesquelles les hôtes sont hébergés

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Jacques Cabaret. Relating parasite communities to host environmental conditions using phylogenetic tools. Parasite, 2003, 10, pp.287-295. ⟨10.1051/parasite/2003104287⟩. ⟨hal-02683427⟩