A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome
Klaus F. X. Mayer
(1)
,
Robbie Waugh
(2)
,
Peter Langridge
(3)
,
Timothy J. Close
,
Roger P. Wise
(4)
,
Andreas Graner
(5)
,
Takashi Matsumoto
(6)
,
Kazuhiro Sato
(7)
,
Alan Schulman
(8)
,
Gary J. Muehlbauer
(9)
,
Nils Stein
(5)
,
Ruvini Ariyadasa
(5)
,
Daniela Schulte
(5)
,
Naser Poursarebani
(5)
,
Ruonan Zhou
(5)
,
Burkhard Steuernagel
(5)
,
Martin Mascher
(5)
,
Uwe Scholz
(5)
,
Bujun Shi
,
Peter Langridge
(3)
,
Kavitha Madishetty
,
Jan T. Svensson
,
Prasanna Bhat
,
Matthew Moscou
,
Josh Resnik
,
Timothy J. Close
,
Gary J. Muehlbauer
(9)
,
Pete Hedley
(2)
,
Hui Liu
(2)
,
Jenny Morris
(2)
,
Robbie Waugh
(2)
,
Zeev Frenkel
(10)
,
Avraham Korol
,
Hélène Berges
,
Andreas Graner
(5)
,
Nils Stein
(5)
,
Burkhard Steuernagel
(5)
,
Stefan Taudien
,
Marco Groth
,
Marius Felder
,
Matthias Platzer
,
John W. S. Brown
,
Alan Schulman
(8, 8)
,
Matthias Platzer
,
Geoffrey B. Fincher
,
Gary J. Muehlbauer
(9)
,
Kazuhiro Sato
(7)
,
Stefan Taudien
,
Dharanya Sampath
,
David Swarbreck
,
Simone Scalabrin
,
Andrea Zuccolo
,
Vera Vendramin
,
Michele Morgante
,
Klaus F. X. Mayer
(1)
,
Alan Schulman
(8, 8)
1
MIPS/IBIS
2 The James Hutton Institute
3 University of Adelaide
4 ISU - Iowa State University
5 Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research
6 Natl Inst Agrobiol Sci
7 Okayama University
8 Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki
9 UMN - University of Minnesota [Twin Cities]
10 Inst Evolut
2 The James Hutton Institute
3 University of Adelaide
4 ISU - Iowa State University
5 Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research
6 Natl Inst Agrobiol Sci
7 Okayama University
8 Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki
9 UMN - University of Minnesota [Twin Cities]
10 Inst Evolut
Timothy J. Close
- Fonction : Auteur
Andreas Graner
- Fonction : Auteur
- PersonId : 777542
- ORCID : 0000-0003-3246-6393
Takashi Matsumoto
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760057
- ORCID : 0000-0003-0639-9262
Nils Stein
- Fonction : Auteur
- PersonId : 795379
- ORCID : 0000-0003-3011-8731
Bujun Shi
- Fonction : Auteur
Kavitha Madishetty
- Fonction : Auteur
Jan T. Svensson
- Fonction : Auteur
Prasanna Bhat
- Fonction : Auteur
Matthew Moscou
- Fonction : Auteur
Josh Resnik
- Fonction : Auteur
Timothy J. Close
- Fonction : Auteur
Avraham Korol
- Fonction : Auteur
Hélène Berges
- Fonction : Auteur
Andreas Graner
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- PersonId : 777542
- ORCID : 0000-0003-3246-6393
Nils Stein
- Fonction : Auteur
- PersonId : 795379
- ORCID : 0000-0003-3011-8731
Stefan Taudien
- Fonction : Auteur
Marco Groth
- Fonction : Auteur
Marius Felder
- Fonction : Auteur
Matthias Platzer
- Fonction : Auteur
John W. S. Brown
- Fonction : Auteur
Matthias Platzer
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Geoffrey B. Fincher
- Fonction : Auteur
Stefan Taudien
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Dharanya Sampath
- Fonction : Auteur
David Swarbreck
- Fonction : Auteur
Simone Scalabrin
- Fonction : Auteur
Andrea Zuccolo
- Fonction : Auteur
Vera Vendramin
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Michele Morgante
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Résumé
Barley (Hordeum vulgare L.) is among the world's earliest domesticated and most important crop plants. It is diploid with a large haploid genome of 5.1 gigabases (Gb). Here we present an integrated and ordered physical, genetic and functional sequence resource that describes the barley gene-space in a structured whole-genome context. We developed a physical map of 4.98 Gb, with more than 3.90 Gb anchored to a high-resolution genetic map. Projecting a deep whole-genome shotgun assembly, complementary DNA and deep RNA sequence data onto this framework supports 79,379 transcript clusters, including 26,159 'high-confidence' genes with homology support from other plant genomes. Abundant alternative splicing, premature termination codons and novel transcriptionally active regions suggest that post-transcriptional processing forms an important regulatory layer. Survey sequences from diverse accessions reveal a landscape of extensive single-nucleotide variation. Our data provide a platform for both genome-assisted research and enabling contemporary crop improvement.