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PepLine: A Software Pipeline for High-Throughput Direct Mapping of Tandem Mass Spectrometry Data on Genomic Sequences
Myriam Ferro 1 Marianne Tardif 2 Erwan Reguer Romain Cahuzac Christophe Bruley 2 Thierry Vermat Estelle Nugues Marielle Vigouroux 3 Yves Vandenbrouck 4 Jérôme Garin 2 Alain Viari 5
5
ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale
Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Myriam Ferro 1
Author
Marianne Tardif 2
Author
IdHAL : marianne-tardifORCID : 0000-0003-4438-8281IdRef : 253118654
Erwan Reguer
Author
Romain Cahuzac
Author
Yves Vandenbrouck 4
Author
Jérôme Garin 2
Author
Alain Viari 5
Author
IdHAL : alain-viariORCID : 0000-0002-1329-7777IdRef : 081478151
1
CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay
Centre de Grenoble
Centre de Cadarache
etc - France)
2
LEDyP - Laboratoire d'étude de la dynamique des protéomes (France)
- UJF - Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (BP 53 - 38041 Grenoble Cedex 9 - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DSV/IRTSV/LEDYP (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U880 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
3
John Innes Centre [Norwich] (John Innes Centre, Colney, Norwich NR4 7UH - United Kingdom)
- BBSRC - Biotechnology and Biological Sciences Research Council (United Kingdom)
4
BGE - UMR S1038 - Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (17, Rue des Martyrs 38054 Grenoble cedex 09 - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1038 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- UGA [2016-2019] - Université Grenoble Alpes [2016-2019] (38058 Grenoble cedex - France)
- IRIG - Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble : DRF/IRIG/DS (France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
5
ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (Université Claude Bernard (Lyon 1),
Campus DOUA
43, Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02072530
Contributor : YVES VANDENBROUCK Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, March 19, 2019 - 11:37:16 AM
Last modification on : Thursday, September 1, 2022 - 3:57:13 AM
Contributor : YVES VANDENBROUCK Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, March 19, 2019 - 11:37:16 AM
Last modification on : Thursday, September 1, 2022 - 3:57:13 AM
Identifiers
- HAL Id : hal-02072530, version 1
- DOI : 10.1021/pr070415k
Citation
Myriam Ferro, Marianne Tardif, Erwan Reguer, Romain Cahuzac, Christophe Bruley, et al.. PepLine: A Software Pipeline for High-Throughput Direct Mapping of Tandem Mass Spectrometry Data on Genomic Sequences. Journal of Proteome Research, American Chemical Society, 2008, 7 (5), pp.1873-1883. ⟨10.1021/pr070415k⟩. ⟨hal-02072530⟩
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