Quel futur pour l’amélioration génétique chez les espèces animales domestiques ?

Didier Boichard (1) , Pascal Croiseau (1) , Sebastien Fritz (1) , Vincent Ducrocq (1)

1 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative

La sélection génomique est une méthode de sélection qui s’appuie sur une évaluation du potentiel des candidats à partir de marqueurs moléculaires couvrant tout le génome. Elle repose sur l’analyse d’une population de référence disposant à la fois de phénotypes et de génotypes, permettant d’établir les équations de prédiction que l’on utilise ensuite sur les candidats génotypés. La sélection génomique peut être précoce, peu coûteuse si le génotypage est bon marché, efficace sur tous les caractères dès lors que la prédiction est précise. Elle déconnecte l’obtention des phénotypes, utilisés pour l’établissement des formules de prédiction, de la sélection des candidats. S’il existe une variabilité génétique, elle offre donc des possibilités nouvelles de sélection sur des caractères classiquement difficiles à sélectionner comme la santé des animaux. Depuis que les outils de génotypage sont disponibles, la sélection génomique se développe très rapidement chez les bovins laitiers chez lesquels elle constitue une innovation de rupture qui a mis fin au testage sur descendance. Elle s’étendra à l’avenir, sans doute dans toutes les espèces mais à des degrés divers en fonction de son intérêt économique. L’intérêt est d’autant plus important que l’intervalle de génération est long, la valeur d’un reproducteur élevée et le phénotypage difficile ou coûteux. Les principaux enjeux dans le futur sont les suivants : réduire les coûts pour favoriser le développement à grande échelle ; élargir le panel de caractères sélectionnés, particulièrement les caractères de santé, pour une production durable ; développer des méthodes présentant une bonne robustesse de prédiction au manque d’apparentement entre population de référence et candidats à la sélection ; à terme prendre en compte les interactions entre gènes et les interactions génotype x milieu. Des applications naîtront au- delà de la sélection au sens strict, par exemple dans la gestion du plan d’accouplement ou la minimisation de la perte de variabilité. D’un point de vue organisationnel, une plus grande intégration est attendue entre sélection et production des phénotypes. Compétition et différenciation se développeront entre acteurs mais aussi naîtront des collaborations nouvelles pour gagner en efficacité.

Mots clés: sélection génomique

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Didier Boichard, Pascal Croiseau, Sebastien Fritz, Vincent Ducrocq. Quel futur pour l’amélioration génétique chez les espèces animales domestiques ?. Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement, Académie d'Agriculture, 2014. ⟨hal-01193805⟩