Estimation, dans un dispositif familial issu des populations porcines françaises en sélection, de l’effet quantitatif de mutations dans des gènes majeurs et des gènes candidats

Marie‐josé Mercat (1) , Katia Feve (2) , Nelly Muller (3) , Sandrine Schwob (1) , Pascale Le Roy (4) , Jean Pierre Bidanel (5) , Catherine Larzul (5) , Juliette Riquet (2)

1 IFIP - Institut du Porc
2 LGC - Laboratoire de Génétique Cellulaire
3 Unité expérimentale de testage de porcs
4 PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes]
5 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative

The study was based on performance recording (for growth, carcass composition and meat quality traits) in progeny testing station of half‐sib families composed of 50 offspring (castrates and females) from pure‐bred sires. The aim of this scheme was to estimate, in French purebred pig populations, the effect of mutations described in the literature, some of which are commercially exploited. [br/] The study focused on 55 families of European breeds and Chinese‐European or synthetic lines and on 17 polymorphisms located in HAL (1 SNP), IGF2 (1 SNP), MC4R (1 SNP), RN (8 SNP), H‐FABP (3 SNP) and CBG (3 SNP) genes.[br/] In all, 2569 animals were genotyped. Allelic frequencies of the mentioned mutations were estimated such as the effects associated with these polymorphisms in French pure‐bred populations on about forty traits. [br/] Significant effects were observed for each SNP, the most important (regarding numbers and significance levels) being for HAL and IGF2 genes. These results show that the scheme is well suited to underscoring strong effects. Results are less significant for the other tested markers showing a limited power of the scheme such as the probable non‐causality of part of these polymorphisms. However, results obtained with MC4R and RN_V199I noted rn* mutations are in agreement with those described in the literature.

L’étude repose sur le contrôle de performances en station (croissance, composition corporelle et qualité de viande) de familles composées d’une cinquantaine de descendants (mâles castrés et femelles) d’un même père de race pure. Ce dispositif a vocation à estimer, dans les populations porcines françaises en sélection, l’effet de mutations publiées dans la bibliographie, certaines parfois exploitées commercialement. L’étude porte sur 55 familles de races européennes, lignées sino‐européennes ou synthétiques et sur 17 polymorphismes présents dans les gènes HAL (1 SNP), IGF2 (1 SNP), MC4R (1 SNP), RN (8 SNP), H‐FABP (3 SNP) et CBG (3 SNP). [br/] Au total, 2569 animaux ont été génotypés. Les résultats de génotypage obtenus ont permis d’estimer les fréquences alléliques des mutations mentionnées ainsi que les effets associés à ces polymorphismes, dans les populations françaises en sélection et sur une quarantaine de caractères. Des effets significatifs ont été observés pour tous les SNP étudiés, les plus importants (en nombre et en significativité) étant pour les gènes HAL et IGF2. Ces résultats montrent que le dispositif est adapté à la mise en évidence d’effets forts. Les résultats sont moins significatifs pour les autres marqueurs testés traduisant d’une part, une puissance plus limitée du dispositif dans le cas d’effets plus modérés et, d’autre part, la non causalité probable d’une partie de ces polymorphismes. Cependant, les résultats observés pour les mutations MC4R et RN_V199I noté rn* vont globalement dans le même sens que ceux décrits dans la bibliographie.

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Marie‐josé Mercat, Katia Feve, Nelly Muller, Sandrine Schwob, Pascale Le Roy, et al.. Estimation, dans un dispositif familial issu des populations porcines françaises en sélection, de l’effet quantitatif de mutations dans des gènes majeurs et des gènes candidats. 44. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2012, Paris, France. pp.1-6. ⟨hal-01190212⟩