Peut-on prédire la qualité d'un reproducteur équin pour le CSO à partir de la génomique ?
Résumé
L'échantillon génotypé comporte 910 chevaux dont 71% de Selle Français, 13% d' Anglo-Arabe et 16% de selle étranger. Les pères de 37% des chevaux sont génotypés. La moyenne des indices génétiques pour le CSO est 10.9 et l'écart type est 10.2. Sur les 54602 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) initiaux, 44444 sont conservés selon des normes de qualité. Pour calculer les valeurs génomiques (à partir des SNP) et génétiques (à partir des parentés généalogiques), un modèle équivalent basé sur une pseudo-performance qui regroupe la performance propre et les performances des produits non génotypés corrigées pour les effets environnementaux est utilisé. L'échantillon est divisé en un échantillon d'apprentissage, pour estimer les effets des SNP et les valeurs génétiques classiques, et un échantillon de validation, pour calculer les valeurs génomiques et génétiques à partir de ces estimations sans inclure les performances. Un test préliminaire sur un échantillon de validation de 200 chevaux montre que les corrélations entre les deux types d'estimations et la performance équivalente sont proches mais en faveur de l'évaluation génomique (0.46 contre 0.44). D'autres analyses permettront de conclure.