Effect of linkage on the control of inbreeding in selection programmes
Résumé
Selection and mating methods for controlling inbreeding in selection programmes are based on relationships obtained from pedigrees. The efficiency of these methods has always been tested by studies using genetic models of independent loci. However, under linkage the rate of inbreeding obtained from pedigrees can be different from the probability of identity by descent of genes. We simulated a quantitative trait under artificial selection controlled by a large number of genes spread on genome regions of different sizes. A method to control inbreeding based on minimising the average coancestry of selected individuals with a restriction in the loss of selection response, and a mating procedure to control inbreeding were applied. These methods, that use coancestry relationships, were not effective in controlling inbreeding when the genome sizes were smaller than five morgans or so. However, for larger genome sizes the methods were sufficiently efficient. For very tight linkage, methods that utilise molecular information from markers should be used. We finally discuss the effects of the selection of individual major genes on the neutral variability of adjacent genome regions.
L'effet de la liaison des gènes sur le contrôle de la consanguinité dans les programmes de sélection. Les méthodes de sélection et les systèmes d'accouplement permettant de freiner l'augmentation de la consanguinité dans les schémas de sélection sont fondés sur les relations génétiques obtenues à partir des généalogies. Jusqu'à maintenant, leur efficacité avait toujours été testée à partir de modèles génétiques sans linkage. Cependant, si les gènes sont liés le coefficient de consanguinité obtenu à partir de la généalogie et la probabilité d'identité des gènes neutres peuvent être différents. Aussi, nous avons simulé un caractère quantitatif déterminé par un grand nombre de gènes répartis également dans le génome. Le degré de liaison entre les gènes était imposé par le choix de la taille du génome. Pour contrôler l'augmentation de la consanguinité, on a utilisé une méthode fondée sur la parenté moyenne des candidats sélectionnés et comportant une restriction sur la perte de gain génétique associée, ainsi qu'un système d'accouplement particulier. Ces méthodes qui emploient les coefficients de parenté ne sont pas efficaces si le génome fait moins de cinq morgans environ, mais elles le deviennent pour des tailles supérieures. En cas de liaison très forte entre les gènes, les méthodes qui emploient l'information apportée par les marqueurs moléculaires neutres devraient être utilisées. Enfin, les effets de la sélection de gènes majeurs sur la variation des marqueurs neutres dans les régions adjacentes ont été discutés.
Origine : Accord explicite pour ce dépôt