Methods for studying root colonization by introduced beneficial bacteria

Elisa Gamalero , Guido Lingua , Graziella Berta , Philippe P. Lemanceau

Some free-living rhizobacteria are considered as potential biocontrol and plant growth-promoting agents. Successful application of beneficial bacteria as microbial inoculants requires their presence and activity at the appropriate level, but even more, at the right time and place. Various markers are described in the literature to differentiate introduced bacteria from indigenous microflora and to visualize them. These markers are presented together with the methods currently applied to quantifying bacterial densities and to characterizing the distribution of introduced bacteria. The methods of quantifying bacterial densities are either based on bacterial cultivation or not. Different types of microscopic observations, allowing the characterization of the bacterial distribution and location in the rhizosphere, are also described. The respective advantages and limitations of these markers and methods are discussed.

Méthodes d'étude de la colonisation racinaire par des bactéries bénéfiques introduites. Certaines rhizobactéries libres sont considérées comme des agents potentiels de lutte biologique et de stimulation de la croissance des plantes. Le succès de leur application nécessite la présence et l'activité des bactéries à un niveau suffisamment élevé, mais également au bon moment et au bon endroit. Différents marqueurs permettant la différentiation des bactéries introduites de la microflore indigène ainsi que leur observation dans la rhizosphère, sont décrits dans la littérature. Ces marqueurs ainsi que les méthodes, appliqués pour quantifier la densité et pour caractériser la distribution des bactéries introduites, sont présentés. Les méthodes de quantification de la densité bactérienne sont basées ou non sur la culture des bactéries. Différentes méthodes d'observations microscopiques permettent de caractériser la distribution et la localisation bactérienne dans la rhizosphère. Les avantages et les inconvénients respectifs des marqueurs et des méthodes décrits sont discutés.

Mots clés: rhizosphere; bacterization; methodology<br>---<br>rhizosphère; bactérisation; méthodologie

Domaines: Sciences agricoles; Ecologie, Environnement

Elisa Gamalero, Guido Lingua, Graziella Berta, Philippe P. Lemanceau. Methods for studying root colonization by introduced beneficial bacteria. Agronomie, 2003, 23 (5-6), pp.407-418. ⟨10.1051/agro:2003014⟩. ⟨hal-00886192⟩