Cartographie de gènes candidats impliqués dans le débourrement, la réponse à l’hypoxie et au stress hydrique chez le chêne pédonculé
Résumé
The study of genetic diversity in forest tree species is becoming an important issue in the context of global change. In order to anticipate the impact of climatic changes on long lived species such as oak trees, it is of main importance to study the genetic factors involved in the adaptation to these new constraints. In this context, genetic researches are being conducted in Pedunculate oaks on three traits: bud bursting, and response to drought and hypoxia. My work aims at studying the gene to phenotype relationships for selected candidate genes potentially involved in the genetic control of these traits. We use a full-sib mapping pedigree obtained from an intra-specific cross of Quercus robur. A list of candidate genes was proposed, including about 100 accessions for the three above mentioned traits. Once primer pairs were designed and polymorphisms tested by sequencing parental trees, the genotyping of informative ESTs (by primer extension or SSCP) made it possible to localise these genes on the linkage map constructed with JoinMap. A total of three interesting co-localizations between mapped genes and QTLs for the three adaptive traits were observed. These coincidences are discussed according to their genetic and biological relevances.
Face aux changements climatiques annoncés, l’étude de la variabilité génétique existante au sein des espèces forestières est devenue un enjeu important. Pour anticiper l’impact de ces changements sur les espèces à longue durée de vie comme les chênes, il est nécessaire d’étudier les facteurs génétiques impliqués dans l’adaptation à ces nouvelles contraintes. Dans ce cadre, des études sont menées chez le chêne pédonculé pour trois caractères déterminants : le débourrement, la réponse aux stress hydrique et hypoxique. Mon travail vise à étudier la relation gènephénotype entre des gènes candidats et ces caractères. Cette étude a été menée sur une famille de pleins frères issue d’un croisement intraspécifique du chêne pédonculé. Une centaine de gènes candidats expressionnels ou fonctionnels pour les 3 caractères adaptatifs précédents a été proposée. Après la conception des amorces et la recherche de polymorphisme par séquençage chez les parents du croisement, le génotypage des EST polymorphes (par extension d’amorces ou SSCP) a permis de les positionner sur les cartes génétiques du croisement. La recherche de co-localisations entre les gènes polymorphes et des QTL impliqués dans la variation des trois caractères adaptatifs a été menée après reconstruction des cartes parentales à l’aide du logiciel JoinMap. Sur les 9 EST cartographiées, 3 colocalisent avec des QTL impliqués dans la réponse au stress hydrique et hypoxique dont la pertinence biologique et génétique est discutée.