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WABI 2012, Ljubljana : Slovénie (2012)
Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter
Rayan Chikhi ( ) 1, 2, Guillaume Rizk 3
(01/09/2012)

The de Bruijn graph data structure is widely used in next-generation sequencing (NGS). Many programs, e.g. de novo assemblers, rely on in-memory representation of this graph. However, current techniques for representing the de Bruijn graph of a human genome require a large amount of memory (> 30 GB). We propose a new encoding of the de Bruijn graph, which occupies an order of magnitude less space than current representations. The encoding is based on a Bloom filter, with an additional structure to remove critical false positives. An assembly software implementing this structure, Minia, performed a complete de novo assembly of human genome short reads using 5.7 Gb of memory in 23 hours.
1 :  GENSCALE (INRIA - IRISA)
INRIA – CNRS : UMR6074 – Université de Rennes 1 – École normale supérieure (ENS) - Cachan
2 :  École normale supérieure de Cachan, antenne de Bretagne (ENS Cachan Bretagne)
École normale supérieure (ENS) - Cachan
3 :  Algorizk [Paris]
Algorizk
Informatique/Bio-informatique

Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique
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