Optimisation du rééchantillonnage dans un logiciel d'Amélioration des Plantes

Philippe Baradat (1) , T. Labbé (2)

1 UMR AMAP - Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations
2 EPHYSE - Écologie fonctionnelle et physique de l'environnement

DIOGENE, un logiciel d'Amélioration des Plantes conçu et développé au sein du Département EFPA de l'INRA, fonctionne sous Solaris et Linux. C'est un logiciel libre (licence GPL), en évolution constante, qui traite de modèles de Biométrie générale, de Génétique Quantitative et de Génétique des Populations. Il fait largement appel aux techniques de rééchantillonnage (jackknife et bootstrap) pour tester des hypothèses nulles et déterminer les intervalles de confiance de paramètres estimés (héritabilités, coefficients de corrélation génétique, gains génétiques prédits...). Pour des raisons de simplicité d'utilisation et de rapidité d'exécution, l'architecture du logiciel (incluant le fichier de données) et les algorithmes de rééchantillonnage ont été optimisés. Cet article décrit brièvement les points originaux.

Mots clés: REECHANTILLONNAGE; JACKKNIFE; BOOTSTRAPE; ACCES DIRECT; FICHIER BINAIRE; FICHIER PARAMETRE

Domaines: Biologie végétale

Philippe Baradat, T. Labbé. Optimisation du rééchantillonnage dans un logiciel d'Amélioration des Plantes. 2006, pp.435-442. ⟨hal-00120344⟩