From microarray data acquisition to their interpretation: the importance of raw data processing.
De l’Acquisition des Données de Puces à ADN vers leur Interprétation : Importance du Traitement des Données Primaires
Résumé
Bioinformatic tools have become essential for microarray processing. From raw data
extraction by image analysis software to the research of molecular networks via data
normalization and validation, mathematical and statistical methods are crucial. This work
deals with the performance of microarray image analysis software, with metrology and the
transformation of raw microarray data to consolidated gene expression data matrices. A Web
service, MADSCAN (MicroArray Data Suite of Computed Analysis) has been developed to
process raw expression data. This tool filters, normalizes, and statistically validates raw data.
The next challenges are the analysis (molecular marker identification, classification
approaches) and the integration of expression data with metadata (ontology, literature…) for a
better understanding of gene mechanisms.
Les outils bio-informatiques sont devenus indispensables aux traitements et à l’analyse des
données de puces à ADN. De l’extraction des données primaires par les logiciels d’analyse
d’images à la recherche des réseaux moléculaires en passant par la normalisation et la
validation des données, les méthodes mathématiques et statistiques sont incontournables. Ce
travail s’intéresse aux méthodes d’analyse d’images des puces à ADN, à la métrologie et à la
transformation des données primaires en données « consolidées ». Au cours de cette étude, un
service Web nommé MADSCAN (MicroArray Data Suite of Computed Analysis) a été
développé pour traiter les données primaires d’expression. Cet outil permet de filtrer,
normaliser et valider statistiquement les données primaires. Les enjeux suivants sont l’analyse
(mise en évidence des gènes d’intérêts, méthodes de classifications) et l’intégration des
données d’expression avec les méta-données (ontologies, littérature…) pour une meilleure
compréhension des mécanismes de fonctionnement des gènes.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)