B. J. Alder and T. E. Wainwright, J. Chem. Phys, vol.31, p.459, 1959.

F. Stillinger and A. Rahman, J. Chem. Phys, vol.60, p.1545, 1974.

R. B. Best, X. Zhu, J. Shim, P. E. Lopes, J. Mittal et al., J. Chem. Theory Comput, vol.8, p.3257, 2012.

D. A. Case, T. E. Cheatham, I. , T. Darden, H. Gohlke et al., J. Comput. Chem, vol.26, p.1668, 2005.

C. G. Mayne, J. Saam, K. Schulten, E. Tajkhorshid, and G. J. , J. Comput. Chem, vol.34, p.2757, 2013.

W. Humphrey, A. Dalke, and K. Schulten, J. Mol. Graph, vol.14, p.33, 1996.

J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid et al., J. Comput. Chem, vol.26, p.1781, 2005.

J. Lu and J. Nolen, , vol.161, p.195, 2015.

E. Vanden-eijnden, Lect. Notes Phys, vol.703, p.439, 2006.

M. Baudel, A. Guyader, and T. Lelièvre, , 2019.

M. Marchi and P. Ballone, J. Chem. Phys, vol.110, p.3697, 1999.

J. Hénin, G. Fiorin, C. Chipot, and M. L. Klein, J. Chem. Theory Comput, vol.6, p.35, 2010.

C. Dellago, P. Bolhuis, and P. Geissler, Adv. Chem. Phys, vol.123, p.1, 2002.

T. S. Van-erp, Adv. Chem. Phys, vol.151, p.27, 2012.

R. Allen, C. Valeriani, and P. Ten-wolde, J. Phys.-Condens. Mat, vol.21, p.463102, 2009.

E. E. Borrero and F. A. Escobedo, J. Chem. Phys, vol.129, 2008.

F. Cérou and A. Guyader, Stoch. Anal. Appl, vol.25, p.417, 2007.

C. Bréhier, M. Gazeau, L. Goudenège, T. Lelièvre, and M. Rousset, Ann. Appl. Probab, vol.26, p.3559, 2016.

L. J. Lopes and T. Lelièvre, J. Comput. Chem, vol.40, 2019.

S. Huo and J. E. Straub, J. Chem. Phys, vol.107, p.5000, 1997.

G. Li and Q. Cui, J. Mol. Graph, vol.24, p.82, 2005.

L. Maragliano, A. Fischer, E. Vanden-eijnden, and G. Ciccotti, J. Chem. Phys, vol.125, 2006.

R. Zhao, J. Shen, and R. D. Skeel, J. Chem. Theory Comput, vol.6, p.2411, 2010.

E. M. Valle, Process Biochem, vol.39, p.1033, 2004.

W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, and M. L. Klein, J. Chem. Phys, p.926, 1983.

J. L. Abascal and C. Vega, J. Chem. Phys. pp, pp.1-12, 2005.

H. Andersen, J. Comput. Phys, vol.52, p.24, 1983.

A. D. Mackerell, M. Feig, and C. L. Brooks, J. Comp. Chem, vol.25, p.1400, 2004.

I. Teo, C. G. Mayne, K. Schulten, and T. Lelièvre, J. Chem. Theory Comput, vol.12, p.2983, 2016.

G. Fiorin, M. L. Klein, and J. Hénin, Mol. Phys, vol.111, p.3345, 2013.

X. Zhang, G. Gramlich, X. Wang, and W. M. Nau, J. Am. Chem. Soc, vol.124, p.254, 2002.

R. Copeland, D. Pompliano, and T. Meek, Nat. Rev. Drug Discovery, vol.5, p.730, 2006.

A. Faradjian and R. Elber, J. Chem. Phys, vol.120, p.10880, 2004.

A. Rojnuckarin, S. Kim, and S. Subramaniam, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.95, p.4288, 1998.

C. Velez-vega, E. E. Borrero, and F. A. Escobedo, J. Chem. Phys, vol.130, p.225101, 2009.

T. S. Van-erp and P. G. Bolhuis, J. Comput. Phys, vol.205, p.157, 2005.

F. Cérou, B. Delyon, A. Guyader, and M. Rousset, , 2018.

F. Cérou, A. Guyader, T. Lelièvre, and D. Pommier, J. Chem. Phys, vol.134, p.54108, 2011.

L. J. Lopes, C. G. Mayne, C. Chipot, and T. Lelièvre, NAMD tutorial, 2018.

C. Bréhier, T. Lelièvre, and M. Rousset, ESAIM Proc. Surv, vol.19, p.361, 2015.

J. Hammersley and D. Handscomb, Monte Carlo Methods, Methuen's monographs on applied probability and statistics, 1964.

J. Lu and J. Nolen, , vol.161, p.195, 2015.

T. Lelièvre, M. Rousset, and G. Stoltz, Free energy computations: A mathematical perspective, 2010.

T. L. Hill, Free Energy Transduction and Biochemical Cycle Kinetics, 1989.

D. Aristoff, ESAIM Math. Model. Numer. Anal, vol.52, 2018.

R. J. Allen, D. Frenkel, and P. R. Ten-wolde, J. Chem. Phys, vol.124, p.194111, 2006.

D. Aristoff and D. M. Zuckerman, , 2018.

D. Aristoff, , 2019.

T. Eiter and H. Mannila, , 1994.

S. Lloyd, IEEE Trans. Inf. Theory, vol.28, p.129, 1982.

G. Pagès, ESAIM Proc. Surv, vol.48, p.29, 2015.

G. Pagès and J. Printems, Special Volume : Mathematical Modeling and Numerical Methods in Finance, vol.XV, pp.595-648, 2008.

T. Kohonen, Biol. Cybern, vol.43, p.59, 1982.

S. Park, M. Sener, D. Lu, and K. Schulten, J. of Chem. Phys, vol.119, p.1313, 2003.

P. Metzner, C. Schütte, and E. Vanden-eijnden, J. Chem. Phys, vol.125, 2006.

D. Aristoff, T. Lelièvre, C. G. Mayne, and I. Teo, ESAIM Proc. Surv, vol.48, p.215, 2015.

L. J. Lopes and T. Lelièvre, , 2017.

A. V. Onufriev, S. Izadi, and W. Interdiscip, Rev. Comput. Mol. Sci, vol.8, 2018.

M. Chaplin, Water structure and science, 2019.

K. Vanommeslaeghe, E. Hatcher, C. Acharya, S. Kundu, S. Zhong et al., J. Comput. Chem, vol.31, p.671, 2010.

F. H. Schopf, M. M. Biebl, and J. Buchner, Nat. Rev. Mol. Cell Biol, vol.18, p.345, 2017.

S. Wolf, M. Amaral, M. Lowinski, F. Vallée, D. Musil et al., , 2019.

M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb et al., Gaussian 16 Revision C, vol.01, 2016.

E. Darve, D. Rodríguez-gómez, and A. Pohorille, J. Chem. Phys, vol.128, p.144120, 2008.