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. .. Schéma-général-d'une-feuille-d'angiosperme, , p.22

. , Différentes familles de texture d'écorce selon Michael Wojtech [Woj11] avec mise en évidence des structures (dessin)

, Exemple de lenticelles de différentes formes : rondes, allongées

. , Euonymus europaeus b) sont confondus avec des fleurs à cause de leur aspect très coloré. Les chatons de Carpinus betulus c) et les bourgeons de fleurs de Viburnum tinus d) sont confondus avec des fruits

. , Fleur (à gauche) et fruit (à droite) de Platanus x hispanica. Fleur (à gauche) et fruit (à droite) de Betula pendula

. , Exemple de question pour le formulaire de distinction entre les fruits et les fleurs

, Résultats pour l'auto-évaluation du niveau botanique de l'utilisateur, p.31

, Exemple de fleurs et de fruits bien reconnus par les utilisateurs, p.31

, Option fausse préférentiellement choisie entre le fruit et la fleur, p.31

, Option correcte préférentiellement choisie, mais grande incertitude, p.32

]. .. Extrait-du-livre-;-eis17, Guide de la faune et de la flore, p.34

, Interface des outils ID-Botanica (gauche) et Key to Nature (droite), p.34

. .. , Captures d'écran des applications pour smartphone Quelle est cette fleur ? a), p.36

, Captures d'écran de l'outil de reconnaissance de plantes de l'application

. .. Gfinger,

. , Captures d'écran de l'application Pl@ntNet lors des différentes étapes d'identification d'une plante

. , Captures d'écran de l'application LeafSnap UK lors des différentes étapes d'identification d'un arbre

. , Captures d'écran de l'application Folia présentant les interfaces d'interaction utilisateur

, Interface pour la segmentation d'une feuille, avec un marqueur interne et des marqueurs externes, les bassins versants générés

. Extrait-de-le,

. Extrait-de-hsu, Boîte englobante (cadre extérieur) autour de la fleur à segmenter et détection, puis correction, des points de départ de la création du contour

. , Utilisation de l'algorithme des ciseaux intelligents [MB95] pour la segmentation d'une feuille, avec ajout de trois ancres lorsque le contour extrait ne suit pas bien le bord de la feuille

. , Une première segmentation est calculée à partir de la ROI tracée par l'utilisateur (rectangle vert). L'utilisateur peut ensuite rajouter des parties manquantes (points rouges) et indiquer des parties n'appartenant pas à l'objet d'intérêt (points bleus), Les différentes étapes de la segmentation d'une feuille avec GrabCut

. , Illustration de l'ajustement des paramètres de la courbe rhodonea pour la segmentation d'une fleur

. , Les différents organes de Acer campestre sont parfois difficiles à isoler de l'arrière

, Illustration des résultats de l'algorithme de segmentation 3D issue de [TKC09] avec une des images sources, les points 3D appairés et les feuilles segmentées, p.49

. , Application d'un modèle paramétrique déformable de feuille pour la segmentation

. , Illustration de l'utilisation de l'aspect circulaire des fruits pour la segmentation

. Analyse-de-la-forme-de-la-fleur-selon-saitoh, , p.53

, Détection des dents sur le contour de la feuille avec deux valeurs de seuil différentes pour les maxima de courbure, p.53

. , Illustration de la discrétisation de l'espace colorimétrique RGB avec 4 bins par canal

. , Vocabulaire de couleurs appris pour la reconnaissance de fruits ou de fleurs

, Visualisation des points SIFT sur différents organes végétaux, p.56

E. De-décision and .. .. ,

, Les fleurs (rangée du haut) ne ressemblent pas toujours à des fleurs, et les fruits (rangée du bas) ne sont pas toujours d'aspect circulaire et coloré, p.61

. , Exemples d'écorces de Quercus ilex à différents âges, d'abord lisses puis crevassées

. , Quercus nigra, Similarité inter-classes entre les arbres Acer platanoide, Populus nigra

, Les différentes familles de structures d'écorce basées sur des critères visuels, avec des dessins mettant en évidence les structures distinctives des écorces, p.69

. , Exemple de recadrage d'une image d'écorce (image initiale à gauche et image recadrée à droite)

, Visualisation du nombre d'images de la base pour chaque espèce, p.70

. , Betula pendula b) Fagus silvatica, c) Picea abies, d) Pinus silvestris, e) Quercus robus et f) Robinia pseudacacia, Exemple d'images de la base NewBarkTex. a), vol.87

, Taux de classification sur la base de données NewBarkTex avec le vecteur complet pour deux valeurs de quantification de l'histogramme H, p.88

. , Taux de classification sur la base de 101 classes d'écorces avec différents descripteurs de textures

K. ]. , Architecture du CNN AlexNet, illustration issue de, p.90

, Architecture du CNN GoogLeNet, p.91

. , de couleur et de texture des fruits (les trois images de gauche) et des fleurs (les trois images de droite) des arbres présents en France métropolitaine

, La première ligne présente les images en entrée de l'algorithme de Dong et al. [Don+15] avec en vert les marques sur le fond et en rouge les marques sur l'objet. La seconde ligne expose les résultats de segmentation de l'objet pour chaque image d'entrée. C'est la cinquième image qui présente un arrière-plan différent, p.96

, Schéma des deux caméras en face arrière de l'iPhone 7 Plus, p.97

, Captures d'écran de l'application permettant de prendre en photo un organe avec chacune des deux caméras arrières de l'iPhone 7 Plus, ainsi que l'interface permettant de dessiner la trace utilisateur sur l

. , Exemples de photos prises avec a) la caméra "grand-angle", b) la caméra "téléobjectif", c) la trace utilisateur et d) l'image "téléobjectif" segmentée manuellement

. , Image téléobjectif initiale a) avec la trace utilisateur b) et le masque de fond c)

, Exemples de patchs conservés (verts) ou rejetés (rouges) pour la classe objet, p.100

. , image initiale a) avec un patch pour n = 11 en niveau de gris b) et en couleur c)

. , Autre exemples de carte de texture de l'image initiale a) avec un patch pour n = 11 en niveau de gris b) et en couleur c)

, Comparaison des cartes de texture entre des patchs en niveau de gris avec n = 11 a) et n = 5 b), et des patchs couleurs avec n = 11 c) et n = 5 d), p.103

). .. , Exemples d'images initiales (a, c, e) avec le contour de la trace utilisateur en bleu, et les cartes de similarité de couleurs associées, vol.104

. , Image initiale avec la trace utilisateur en bleu a), carte de similarité de couleurs b), carte de MLP avant suppression des patchs du fond ayant une couleur trop similaire à l'objet d'intérêt c), et carte de MLP après suppression des patchs d)

. , Exemples de cartes de MLP obtenues à partir des images "téléobjectif" et des traces utilisateur (contour bleu)

M. .. Schéma-de-la-génération-de-la-carte-de, , p.106

, Illustration de CC M LP avec l'image "téléobjectif" en a), l'image binaire en sortie du MLP D M LP binary b), les composantes connexes c), la composante connexe intersectant la trace utilisateur d) et la segmentation manuelle e, p.106

, Visualisation des indices c) pour comparer une région segmentée ? seg b) par rapport à la vérité terrain ? obj a). Illustration issue de, p.107

. , Résultats de segmentation d) différents en fonction de la trace utilisateur en entrée a) avec la carte de MLP b) et CC M LP c)

, Influence de la dilatation de la trace utilisateur sur la méthode CC M LP, p.109

, Influence de l'érosion de la trace utilisateur sur la méthode CC M LP, p.109

. , Extraction des points d'intérêts SURF sur l'image grand-angle en haut et l'image téléobjectif en bas a) sur l'ensemble de l'image b) et restreint au centre c)

. , Mise en correspondance des 30 paires de points caractéristiques présentant les meilleurs appariements

, Visualisation c) de l'application sur l'image grand-angle de la matrice d'homographie calculée entre l'image grand-angle a) et l'image téléobjectif b)

. .. ,

. , Flux optique entre l'image téléobjectif et l'image grand-angle transformée dans l'espace géométrique de l'image téléobjectif

. , Image grand-angle b) et téléobjectif c) d'un petit fruit, suscitant une détection et un appariement des points d'intérêt en partie sur le fond a). La matrice d'homographie étant incorrecte, la transformation géométrique de l'image grand-angle ne centre pas l'objet d'intérêt d), donnant donc une carte de profondeurs e) non pertinente

, Appariement des points caractéristiques restreints sur la trace utilisateur, p.116

. , Le calcul de la transformation géométrique entre les images a) et b) permet de générer l'image c) où l'objet d'intérêt est centré, permettant de calculer l'image de profondeur d) grâce à la norme du flux optique calculé entre a) et c)

D. P. Schéma-de-la-génération-de-la-carte-de-profondeurs, 117 4.28 Influence de la surface de la trace utilisateur sur la carte de profondeurs sur la moyenne des pixels de la carte de profondeurs à l'intérieur de la trace utilisateur

. , Influence de la surface de la trace utilisateur sur la carte de profondeurs sur l'écart-type des pixels de la carte de profondeurs à l'intérieur de la trace utilisateur

. , Quercus cerris) photographié sous deux angles légèrement différents

, Cartes de profondeur obtenues pour la paire d'images de la Figure 4.30, p.120

, Fleur de grenadier (Punica granatum) photographiée avec différentes focales, p.121

, Résultats de cartes de profondeur pour les images de la Figure 4.32, p.122

, Évolution du modèle de contour actif initialisé sur la trace utilisateur a)

, L'image est en niveau de gris pour une meilleure visualisation, p.125

, Contribution de la carte de profondeurs par rapport à la carte de MLP seule. a) Image initiale, b) Carte de profondeurs D P , c) Carte de MLP

D. M-lp-,-d)-segmentation, D. Lp-seule-;-d-m-lp, and D. P. ,

. , Variation des indices de mesures de qualité de segmentation en fonction du poids de la carte de profondeurs

.. .. Schéma-d'une-figue,

. , Correspondances entre les différentes classes des organes et les espèces, genres et familles associés

. .. , Les différents traitements avant l'extraction des moments de Hu avec l'image initiale a), l'image seuillée b) et les contours extraits c), p.137

. , Deux inflorescences de même couleur pour lesquelles l'information de texture pourrait les différencier

. , Calcul du LBP pour le pixel central

. , Répartition des images dans les différentes classes

. , Image initiale (à gauche) et deux images augmentées par transformation de perspective

. , Image initiale (à gauche) et image transformée (à droite) avec la visualisation du bruit ajouté

. , Histogramme "sommé" des canaux H pour les fruits et les fleurs segmentés de la base de données d'apprentissage non augmentée

. , Évolution du taux de classification global des fruits et des fleurs classifiés uniquement avec l'histogramme de teintes H en fonction de la taille de celui-ci

, Évolution du taux de classification par classe des fruits et des fleurs classifiés uniquement avec l'histogramme de teintes H en fonction de la taille de celui

, Exemple de confusion entre les fruits et les fleurs de l'espèce Betula pendula, p.149

. , Exemple de confusion entre les fruits des espèces Acer pseudoplatanus et Acer saccharinum

. .. , Matrice de confusion issue de la prédiction des espèces, p.151

. , Détail de la matrice de confusion sur la prédiction des espèces (Figure 5.14) pour les espèces appartenant au genre Quercus

. .. , Matrice de confusion issue de la prédiction des genres, p.152

, Détail de la matrice de confusion sur la prédiction des genres (Figure 5.16) pour les genres appartenant à la famille des Betulaceae, p.152

. , Fleurs de genres différents Alnus, Betula, Carpinus et Corylus appartenant à la même famille Betulaceae

. .. , Matrice de confusion issue de la prédiction des familles, p.153

. , Évolution du taux de classification pour la classification des classes de fruits-fleurs a), et pour la prédiction sur les espèces b), les genres c), les familles d)

. , c) d), et leur image retaillée associée e), f), g), h) pour mettre en entrée

. , Les différentes étapes de traitement pour l'identification de la feuille par l'application Folia

, Taux de reconnaissance des vecteurs F l , F b et F l,b avec le classifieur de Folia, p.163

. Taux-de-reconnaissance-des-vecteurs-f-l and .. .. Le-classifieur-svm-un-contre-tous,

, Combinaison A posteriori du vecteur de feuille F l et du vecteur d'écorce F b, p.165

. , Matrice de confusion issue de la classification des feuilles grâce au classifieur de Folia

. , Matrice de confusion issue de la classification des écorces grâce au classifieur SVM un contre tous

, Variabilité de la marge des feuilles du houx commun (Ilex aquifolium, p.169

. , Matrice de confusion issue de la classification avec le classifieur SVM des vecteurs de feuille et d'écorce concaténés

. , Matrice de confusion issue de la combinaison a posteriori des vecteurs de feuille et d'écorce

. , Exemples d'écorces de Betula pendulas commençant à un jeune âge et devenant de plus en plus âgées

. , Exemples d'images d'écorces de Quercus Ilex présentant une grande variété de textures

, Illustration par Frédéric PHAN des couches de convolutions du CNN AlexNet, p.188

. Exemples-d'images-de-la-partie, Leaf (scan and scan-like)" de la base de données PlantCLEF

. Images-de-la-partie, Leaf (scan and scan-like)" de la base de données PlantCLEF avec du bruit gaussien sur les bords de manière à conserver le ratio de la forme des feuilles

&. .. Échelle-de-couleur-"jet,

, Sélection de feuilles pour visualiser les différentes couches de convolutions, p.192

. , Visualisation des images en sortie des noyaux de convolution des cinq couches de convolution du CNN AlexNet sur une image de feuille (Acer monspessulanum)

. , Classification des filtres actifs et non actifs pour la première couche de

. , Filtres de la deuxième couche de convolutions séparant les contours des feuilles selon certaines orientations

. , Visualisation du même filtre de la couche de convolution 3 pour différentes feuilles avec des formes de base différentes

. , Visualisation de filtres caractéristiques de la quatrième couche de convolution du réseau AlexNet

. , Visualisation du même filtre de la couche de convolution 5 pour différentes feuilles lobées ou non

. , Feuille de Acer monspessulanum utilisée pour la visualisation des couches de convolutions

. , Visualisation de la sortie des filtres de convolution de la couche numéro 3 du réseau AlexNet

, Détection des filtres de convolution actifs grâce à la méthode de binarisation

. , Résultat de la détection de filtres actifs par calcul de la valeur moyenne des pixels

. , Résultat de la détection de filtres actifs par calcul de l'écart-type de l'histogramme

. , Résultat de détection des filtres actifs avec la méthode basée sur le seuillage d'Otsu

, Exemple d'espèces avec une caractéristique de base tronquée, p.203

. , Niveau d'activation des filtres de la troisième couche de convolution pour des feuilles présentant une base tronquée

. , Autres exemples de niveaux d'activation pour la troisième couche de convolution

. , 205 7.22 Cartes de plausibilité obtenues à partir des présences théoriques des espèces (0 en blanc et 1 en vert foncé). Illustrations issues de, p.212

]. .. Cer13b, ]. .. Cer13b, and ]. .. Cer13b, 24 1.5 Les différentes formes de bases de feuille, Liste des tableaux 1.1 Description des différents fruits et de leurs propriétés morphologiques.. .. 21 1.2 Les différentes formes générales de feuille

. , Taux de classification sur la base d'écorces NewBarkTex avec différents vecteurs de caractéristiques

. , Comparaison des résultats de classification sur la base de 101 classes d'écorces avec

M. .. Lp, Mesure de qualité de la segmentation avec la méthode CC, p.108

. , Mesures de qualité de segmentation pour les méthodes CC M LP et AC M LP prenant en compte uniquement la carte de MLP calculée sur les images dites téléobjectifs

. , Comparaison des résultats de CC M LP et (AC M LP avec GAC pour la segmentation de feuilles

. , Mesure de qualité de segmentation pour la segmentation via contour actif avec des poids ? et adaptés aux images

. , Résultats de classification par SVM des fruits et des fleurs avec et sans augmentation de données

. , Résultats de classification par MLP des fruits et des fleurs avec et sans augmentation de données

. , Résultats de classification par MLP des fruits et des fleurs avec prédiction sur les espèces, les genres et les familles

. , Performances des CNN AlexNet et GoogLeNet sur des images non segmentées

. , Performances des CNN AlexNet et GoogLeNet sur des images segmentées avec, et sans, augmentation de données

. , Évolution des taux de classification pour chaque espèce avant et après raffinement pour le vecteur d'écorce complet

. , Résumé des taux de classification pour les différentes méthodes de combinaison des vecteurs de feuilles et d'écorces

, Résumé des taux de classification pour les différentes méthodes de combinaison des vecteurs de feuilles, d'écorces et de fruits-fleurs, p.180

. , Résumé des taux de classification pour les combinaisons a posteriori des vecteurs de feuilles, d'écorces et de fruits-fleurs en prenant en compte la prédiction sur l'espèce ou sur le genre