Towards an atlas of green microalgae (Chlorophyta) in the ocean

Résumé : La lignée verte (i.e. les plantes) est représentée dans l'océan par les algues appartenant aux Chlorophyta. Celles-ci contribuent en moyenne à 25% des séquences photosynthétiques (Dinoflagellés exclus) retrouvées dans les inventaires moléculaires pan-océanique. Bien que les Chlorophyta jouent un rôle important dans l'écologie de l'océan et nous permettent de comprendre l'histoire évolutive des plantes terrestres, leur diversité et leur distribution dans les eaux marines du globe est peu documentée. Après avoir optimisé une base de données de séquences de références ARNr 18S, j'ai procédé à l'analyse de données de métabarcodes produits par Ocean Sampling Day (OSD), qui a fourni des données utilisant 2 régions hypervariables du gène du 18S appelées V4 et le V9. La comparaison des images de diversité produites par le V4 et le V9 a illustré l'influence de la base de référence sur la diversité. Ensuite, l'analyse de l'ensemble des V4 a permis d'étudier la distribution des Chlorophyta dans l'océan mondial. De plus, la vérification de l'assignation automatique des OTUs par reconstruction phylogénétique grâce à la base de référence produite en début de thèse, a permis de confirmer l'existence de nouvelles lignées de prasinophytes et de confirmer que la classe des Mamiellophyceae dominait les eaux côtières, alors que les clades VII et IX des prasinophytes dominaient les eaux océaniques oligotrophiques. Ces analyses ont aussi permis de montrer l'écart entre la diversité environnementale et celle dans la base de référence, en particulier pour les genres Ostreococcus et Micromonas (Mamiellophyceae).
Type de document :
Thèse
Ecology, environment. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2017. English. 〈NNT : 2017PA066309〉
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [280 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01720494
Contributeur : Abes Star <>
Soumis le : jeudi 1 mars 2018 - 12:09:07
Dernière modification le : vendredi 22 mars 2019 - 01:32:44
Document(s) archivé(s) le : mercredi 30 mai 2018 - 13:20:40

Fichier

these_archivage_2906773o.pdf
Version validée par le jury (STAR)

Identifiants

  • HAL Id : tel-01720494, version 1

Citation

Margot Tragin. Towards an atlas of green microalgae (Chlorophyta) in the ocean. Ecology, environment. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2017. English. 〈NNT : 2017PA066309〉. 〈tel-01720494〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

484

Téléchargements de fichiers

120