Contributions à l’élaboration de connaissances qualitatives en bio-informatique - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Hdr Année : 2016

Contributions to the elaboration of qualitative knowledge in bioinformatics

Contributions à l’élaboration de connaissances qualitatives en bio-informatique

Résumé

This habilitation thesis gathers several works in the field of formal methods for biology. In our works, we tackled the challenge of modeling and analyzing the dynamics of large-scale biological regulatory networks. To address this issue, we identified some relevant class of formal models on which it is possible to perform effective analysis of its dynamics. After discussing the different modeling criteria to be taken into account in biology, we introduce the Process Hitting framework. We then present the methods that we designed to analyze such models, and their respective merits and limitats. Finally, we give an overview of recent research aiming to build a fruitful link between machine learning, logic programming, model-checking and bioinformatics. This allows us to bring out a new set of scientific questions.
Cette synthèse pour l’HDR est un recueil de plusieurs travaux dans le domaine des méthodes formelles pour la biologie. Devant l’enjeu que représente la modélisation et l’analyse de la dynamique de réseaux de régulation biologiques à grande échelle, nous avons identifié une classe pertinente de modèles formels sur laquelle il est possible de mener des analyses efficaces de la dynamique. Après avoir discuté les différents critères de modélisation à prendre en compte en biologie, nous introduisons ainsi le formalisme des Frappes de Processus. Nous présentons ensuite les méthodes d’analyse conçues pour ce paradigme, leurs mérites et leurs limites. Enfin, nous revenons sur des résultats plus récents, consécutifs à l’établissement de liens fructueux entre l’apprentissage automatique, la programmation logique, le model-checking et la bio-informatique, ce qui nous permet de faire émerger un ensemble de nouvelles questions scientifiques.
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Dates et versions

tel-01321311 , version 1 (25-05-2016)

Licence

Paternité

Identifiants

  • HAL Id : tel-01321311 , version 1

Citer

Morgan Magnin. Contributions à l’élaboration de connaissances qualitatives en bio-informatique. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Nantes, 2016. ⟨tel-01321311⟩
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