Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles

Gaëlle Garet 1
1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles (et superfamilles) d'enzymes. Dans un premier temps, étant donné un échantillon aligné de séquences appartenant à une même famille, cette approche infère des grammaires algébriques caractérisant cette famille. Pour ce faire, de nouveaux principes de généralisation et de nouvelles classes de langages ont été introduites sur la base de la substituabilité locale. Un algorithme a également été développé à cet effet qui produit une grammaire réduite, conservant la structuration des exemples, d'un langage substituable. Dans un second temps, ce manuscrit présente une méthode de classification des séquences d'une superfamille en familles à l'aide d'une analyse de concepts formels basée sur l'alignement des séquences qui permet la détection de nouvelles familles et la découverte des motifs fonctionnels pour améliorer les signatures précédentes.
Type de document :
Thèse
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. 〈NNT : 2014REN1S082〉
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Contributeur : Gaëlle Garet <>
Soumis le : lundi 2 février 2015 - 20:22:53
Dernière modification le : vendredi 16 novembre 2018 - 01:38:10
Document(s) archivé(s) le : mercredi 27 mai 2015 - 15:56:03

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Citation

Gaëlle Garet. Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. 〈NNT : 2014REN1S082〉. 〈tel-01096916v2〉

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