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Article Dans Une Revue Epigenetics & Chromatin Année : 2012

A unified phylogeny-based nomenclature for histone variants

1 Basic Sciences Division
2 DBCMP - Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology
3 DNPG - Dynamique nucléaire et plasticité du génome
4 Department of Biochemistry and Microbiology
5 Temasek Lifesciences Laboratory
6 Plant Molecular Biology and Biotechnology Group
7 Laboratory of Molecular Pharmacology
8 Department of Molecular & Cell Biology [Berkeley]
9 Department of Biological Science
10 Department of Plant Biology
11 Laboratory of Molecular Parasitology
12 Department of Entomology
13 INSERM U823 - Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble
14 Department of Biochemistry
15 Department of Cellular and Molecular Biology
16 Department of Biology
17 CIPSM - Center for Integrated Protein Science
18 Department of Molecular Biology and Biochemistry
19 Department of Molecular Cellular and Developmental Biology
20 MPI-IE - Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics
21 Department of Physiological Chemistry
22 NCBI - National Center for Biotechnology Information
23 CGPhiMC - Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire
24 Program in Molecular Biology and Biotechnology
25 Department of Animal Biology
26 HELIOS Medical Centre Wuppertal
27 IGBMC - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire
28 Department of Microbiology, Immunology, and Cancer Biology
29 BIO / UiB - Department of Biological Sciences [Bergen]
30 Genome Biology Department
31 College of Medical and Dental Sciences
32 Cell Biology and Biophysics
33 Chromatin Lab
Paul Talbert
  • Fonction : Auteur
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Juan Ausió
  • Fonction : Auteur
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Frederic Berger
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Prem Bhalla
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 926710
William Bonner
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 926711
Brian Chadwick
  • Fonction : Auteur
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Simon W. Chan
  • Fonction : Auteur
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George A. Cross
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Liwang Cui
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 926713
Detlef Doenecke
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  • PersonId : 926714
Martin Gorovsky
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  • PersonId : 926716
Sandra Hake
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 926717
Sarah Holec
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 926719
Andreas Ladurner
  • Fonction : Auteur
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John Latham
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 926724
Harmit Malik
  • Fonction : Auteur
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John Pehrson
  • Fonction : Auteur
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Jan Postberg
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  • PersonId : 926728
Mohan Singh
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Eric Thompson
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David John Tremethick
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  • PersonId : 926732
Bryan Turner
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Jakob Harm Waterborg
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Heike Wollmann
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Ramesh Yelagandula
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Bing Zhu
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Steven Henikoff
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Résumé

Histone variants are non-allelic protein isoforms that play key roles in diversifying chromatin structure. The known number of such variants has greatly increased in recent years, but the lack of naming conventions for them has led to a variety of naming styles, multiple synonyms and misleading homographs that obscure variant relationships and complicate database searches. We propose here a unified nomenclature for variants of all five classes of histones that uses consistent but flexible naming conventions to produce names that are informative and readily searchable. The nomenclature builds on historical usage and incorporates phylogenetic relationships, which are strong predictors of structure and function. A key feature is the consistent use of punctuation to represent phylogenetic divergence, making explicit the relationships among variant subtypes that have previously been implicit or unclear. We recommend that by default new histone variants be named with organism-specific paralog-number suffixes that lack phylogenetic implication, while letter suffixes be reserved for structurally distinct clades of variants. For clarity and searchability, we encourage the use of descriptors that are separate from the phylogeny-based variant name to indicate developmental and other properties of variants that may be independent of structure.

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inserm-00710902 , version 1 (21-06-2012)

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Citer

Paul Talbert, Kami Ahmad, Geneviève Almouzni, Juan Ausió, Frederic Berger, et al.. A unified phylogeny-based nomenclature for histone variants. Epigenetics & Chromatin, 2012, 5 (1), pp.7. ⟨10.1186/1756-8935-5-7⟩. ⟨inserm-00710902⟩
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