Metadata standards and practical guidelines for specimen and DNA curation when building barcode reference libraries for aquatic life
Frédéric Rimet
(1)
,
Eva Aylagas
(2)
,
Ángel Borja
(3, 4)
,
Agnes Bouchez
(1)
,
Alexis Canino
(1)
,
Christian Chauvin
(5)
,
Teofana Chonova
(1)
,
Fedor Ciampor Jr
(6)
,
Romain Gastineau
(7)
,
Chloé Goulon
(1)
,
Filipe O. Costa
(8)
,
Benoit J.D. Ferrari
(9)
,
Florian Leese
(10)
,
Maria Holzmann
(11)
,
Regine Jahn
(12)
,
Maria Kahlert
(13)
,
Muriel Gugger
(14)
,
Wolf-Henning Kusber
(12)
,
Vona Méléder
(15)
,
Christophe Laplace-Treyture
(5)
,
Frederik Leliaert
(16)
,
David G. Mann
(17, 18)
,
Frédéric Marchand
(19)
,
Jan Pawlowski
(11, 20, 21)
,
Serena Rasconi
(1)
,
Sinziana Rivera
(1)
,
Rodolphe Rougerie
(22)
,
Magali Schweizer
(23)
,
Rosa Trobajo
(17)
,
Valentin Vasselon
(24)
,
Régis Vivien
(9)
,
Alexander Weigand
(25)
,
Andrzej Witkowski
(7)
,
Jonas Zimmermann
(12)
,
Torbjørn Ekrem
(26)
1
CARRTEL -
Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques
2 KAUST - King Abdullah University of Science and Technology [Saudi Arabia]
3 BRTA - Basque Research and Technology Alliance
4 King Abdulaziz University
5 UR EABX - Ecosystèmes aquatiques et changements globaux
6 SAS - Slovak Academy of Science [Bratislava]
7 ZUT - West Pomeranian University of Technology in Szczecin
8 Universidade do Minho = University of Minho [Braga]
9 Swiss Centre for Applied Ecotoxicology (Ecotox Center)
10 Universitat Duisberg-Essen
11 UNIGE - Université de Genève = University of Geneva
12 Freie Universität Berlin
13 SLU - Swedish University of Agricultural Sciences = Sveriges lantbruksuniversitet
14 Collection des Cyanobactéries
15 UN - Université de Nantes
16 Plantentuin - Meise Botanic Garden [Belgium]
17 IRTA - Institute of Agrifood Research and Technology [Sant Carles de la Ràpita]
18 Royal Botanic Garden [Edinburgh]
19 U3E - Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France)
20 PAN - Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences = Académie polonaise des sciences
21 ID-Gene ecodiagnostics [Geneva]
22 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
23 LPG - Laboratoire de Planétologie et Géodynamique [UMR 6112]
24 SCIMABIO Interface SAS
25 MNHN Luxembourg - Musée National d'Histoire Naturelle de Luxembourg
26 NTNU - Norwegian University of Science and Technology [Trondheim]
2 KAUST - King Abdullah University of Science and Technology [Saudi Arabia]
3 BRTA - Basque Research and Technology Alliance
4 King Abdulaziz University
5 UR EABX - Ecosystèmes aquatiques et changements globaux
6 SAS - Slovak Academy of Science [Bratislava]
7 ZUT - West Pomeranian University of Technology in Szczecin
8 Universidade do Minho = University of Minho [Braga]
9 Swiss Centre for Applied Ecotoxicology (Ecotox Center)
10 Universitat Duisberg-Essen
11 UNIGE - Université de Genève = University of Geneva
12 Freie Universität Berlin
13 SLU - Swedish University of Agricultural Sciences = Sveriges lantbruksuniversitet
14 Collection des Cyanobactéries
15 UN - Université de Nantes
16 Plantentuin - Meise Botanic Garden [Belgium]
17 IRTA - Institute of Agrifood Research and Technology [Sant Carles de la Ràpita]
18 Royal Botanic Garden [Edinburgh]
19 U3E - Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France)
20 PAN - Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences = Académie polonaise des sciences
21 ID-Gene ecodiagnostics [Geneva]
22 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
23 LPG - Laboratoire de Planétologie et Géodynamique [UMR 6112]
24 SCIMABIO Interface SAS
25 MNHN Luxembourg - Musée National d'Histoire Naturelle de Luxembourg
26 NTNU - Norwegian University of Science and Technology [Trondheim]
Frédéric Rimet
Connectez-vous pour contacter l'auteur
- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 1136618
Connectez-vous pour contacter l'auteur
Agnes Bouchez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737113
- IdHAL : agnes-bouchez
- ORCID : 0000-0001-8802-6966
- IdRef : 034094660
Christian Chauvin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1207079
- IdHAL : christian-chauvin
- ORCID : 0000-0002-3904-8226
Romain Gastineau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766084
- ORCID : 0000-0001-8661-5118
Florian Leese
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769328
- ORCID : 0000-0002-5465-913X
Maria Kahlert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780207
- ORCID : 0000-0001-9643-4281
Vona Méléder
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1216162
- ORCID : 0000-0002-1874-1929
- IdRef : 075762889
Christophe Laplace-Treyture
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183608
- IdHAL : christophe-laplace-treyture
- ORCID : 0000-0002-0833-473X
- IdRef : 158520068
Frederik Leliaert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 782560
- ORCID : 0000-0002-4627-7318
- IdRef : 244159173
Frédéric Marchand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736395
- IdHAL : frederic-marchand
- ORCID : 0000-0002-8380-579X
Jan Pawlowski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764498
- ORCID : 0000-0003-2421-388X
Serena Rasconi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737759
- IdHAL : serena-rasconi
- ORCID : 0000-0001-6667-8904
- IdRef : 253129397
Rodolphe Rougerie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754320
- IdHAL : rodolpherougerie
- ORCID : 0000-0003-0937-2815
- IdRef : 108963977
Magali Schweizer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1000133
- IdHAL : magali-schweizer
- ORCID : 0000-0001-5115-1616
Valentin Vasselon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 20047
- IdHAL : valentin-vasselon
- ORCID : 0000-0001-5038-7918
- IdRef : 253127432
Andrzej Witkowski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 759523
- ORCID : 0000-0003-1714-218X
Résumé
DNA barcoding and metabarcoding is increasingly used to effectively and precisely assess and monitor biodiversity in aquatic ecosystems. As these methods rely on data availability and quality of barcode reference libraries, it is important to develop and follow best practices to ensure optimal quality and traceability of the metadata associated with the reference barcodes used for identification. Sufficient metadata, as well as vouchers, corresponding to each reference barcode must be available to ensure reliable barcode library curation and, thereby, provide trustworthy baselines for downstream molecular species identification. This document (1) specifies the data and metadata required to ensure the relevance, the accessibility and traceability of DNA barcodes and (2) specifies the recommendations for DNA harvesting and for the storage of both voucher specimens/samples and barcode data.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Publication financée par une institution