L’ontologie appliquée : un dialogue entre métaphysique analytique et traitement de l’information
Résumé
In lieu of an abstract, here is a brief excerpt of the content: La métaphysique est parfois caractérisée comme l’étude de la nature fondamentale de la réalité. À ce titre, elle semble l’une des branches les plus prototypiques de la philosophie dite «théorique», et donc résolument à l’opposé de la philosophie dite «pratique». Pourtant, une discipline à visée pratique utilise largement la métaphysique: l’ontologie appliquée. Cette discipline trouve son origine dans l’accélération contemporaine de la production de données à l’échelle mondiale. De nombreux systèmes d’information ont été développés pour produire et traiter ces données, mais l’échange d’information entre systèmes reste encore souvent difficile. La diversité des formats de données utilisées constitue une première difficulté, d’ordre technique. Mais il existe également une seconde difficulté, d’ordre sémantique. Une base de données est en effet développée par une communauté humaine pour répondre à certains besoins propres ; elle présente donc souvent un défaut de systématicité due à ses idiosyncrasies, ainsi que ses propres ambiguïtés – voire incohérences. Il est par conséquent difficile d’assurer la conservation de la signification de données lors de leur transmission d’un système à un autre: on dit qu’il y a un défaut d’«interopérabilité sémantique». L’ontologie appliquée est une discipline visant à développer de manière systématique des catégorisations générales (nommées «ontologies appliquées» ou «ontologies») qui permettent de pallier ce défaut. Une ontologie appliquée définit les catégories d’entités pertinentes à un domaine du savoir, et énonce des axiomes formels clarifiant les relations entre ces entités. Il existe ainsi des ontologies appliquées de domaines aussi variés que la médecine, la biologie, la géographie, l’ingénierie ou le commerce, ainsi que de leurs sous-domaines. Une ontologie appliquée 88 Deuxième partie–La dimension épistémologique de la philosophie pratique 88 peut être représentée sous forme de fichier informatique – le format OWL (Web Ontological Language) étant aujourd’hui fréquemment utilisé 1 . Une ontologie appliquée vise ainsi à décrire systématiquement les entités d’un domaine particulier. Mais le terme «ontologie» est également utilisé dans le domaine philosophique – soit comme synonyme de«métaphysique», soit pour désigner la branche de la métaphysique qui étudie l’être, ou ce qui est. Le développement d’ontologies appliquées en sciences de l’information pose donc des problèmes très similaires à ceux qui sont classiquement abordés par l’ontologie philosophique – et il est largement reconnu que cette dernière a beaucoup à apporter à l’ontologie appliquée. Cela est particulièrement vrai de l’ontologie philosophique dite «analytique», qui met l’accent sur la précision et la clarté de l’argumentation , et emploie fréquemment des méthodes formelles. On peut donc s’interroger sur le statut philosophique de l’ontologie appliquée ; étant donné sa visée applicative, on peut notamment se demander s’il s’agit d’une forme de philosophie pratique. Pour analyser cette question, une première partie clarifiera les relations entre l’ontologie philosophique et l’ontologie appliquée. Une deuxième partie présentera les fondements philosophiques de la OBO Foundry, un ensemble d’ontologies appliquées biomédicales. Une troisième partie mettra en évidence la valeur pratique des ontologies appliquées, en montrant comment les distinctions établies par les ontologies de la OBO Foundry permettent d’éviter certaines erreurs communes dans la classification de l’information médicale. Enfin, une quatrième partie examinera, à la lumière des parties précédentes, les connexions entre ontologie appliquée et philosophie pratique.