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Preprints, Working Papers, ...

Regional analysis of COVID-19 in France from fit of hospital data with different evolutionary models

Résumé : Le modèle évolutif SIR prédit une diminution trop forte des fractions de personnes infectées par COVID-19 en France après le début du verrouillage national, par rapport à ce qui est observé. J'ajuste avec des modèles SEIR étendus les données quotidiennes des hôpitaux français : arrivées dans les unités de soins intensifs et critiques, sorties et décès. Cette analyse implique des ratios de durée entre phases sur des fractions de branchement, supposés uniformes dans tout un pays, et le nombre de reproduction de base, R 0, avant et durant le confinement national, pour chaque région de France. L'analyse bayésienne jointe des régions permet des évaluations précises des rapports durée / fraction et des fractions des phases pré-hospitalisées. Les données hospitalières sont bien ajustées par les modèles, à l'exception des arrivées en soins intensifs, qui diminuent plus rapidement que prévu, indiquant un meilleur traitement au fil du temps. En moyenne sur la France, l'analyse donne R 0 = 3,4 ± 0,1 avant et 0,65 ± 0,04 (90% de confiance) durant le confinement, avec des petites variations régionales. Le 11 mai 2020, le taux de létalité par COVID-19 en France était de 4 ± 1% (90% de confiance), tandis que les Fiévreux sont largement plus nombreux que les Asymptomatiques, contrairement aux premières phases. Sans confinement ni de distanciation sociale, la France aurait subi plus de 2 millions de décès dus au COVID-19, tandis qu'un confinement appliqué 10 jours plus tôt aurait fait moins de 1000 morts. La fraction des personnes immunisées a atteint un plateau inférieur à 1% dans toute la France (3% à Paris) fin avril 2020 (95% de confiance), suggérant un manque d'immunité collective. La disponibilité généralisée des masques faciaux le 11 mai, lors de la levée partielle due confinement, devrait maintenir R 0 en dessous de l'unité si au moins 46% de la population les porte en dehors de leur domicile. Sinon, sans autre distanciation sociale, une deuxième vague est inévitable et fera tripler le nombre de décès entre début mai et octobre (si R 0 = 1,2) ou même fin juin (si R 0 = 2).
Document type :
Preprints, Working Papers, ...
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02871934
Contributor : Gary Mamon <>
Submitted on : Wednesday, June 17, 2020 - 1:29:40 PM
Last modification on : Saturday, June 20, 2020 - 3:11:32 AM

File

paper_v4.pdf
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Identifiers

  • HAL Id : hal-02871934, version 1

Citation

Gary Mamon. Regional analysis of COVID-19 in France from fit of hospital data with different evolutionary models. 2020. ⟨hal-02871934⟩

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