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Conference papers
New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Alice Julien-Laferriere
1
Gustavo Sacomoto
1
Rayan Chikhi
Erwan Scaon
David P. Parsons
2, 3
Marie-France Sagot
4
Pierre Peterlongo
Vincent Miele
5
Vincent Lacroix
1
2
BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
4
Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites
GINSENG - Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE]
Alice Julien-Laferriere 1
Author
Gustavo Sacomoto 1
Author
Rayan Chikhi
Author IdHAL : rayan-chikhi ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1099-8735
Erwan Scaon
Author
David P. Parsons 2, 3
Author Employer institution : Institut National des Sciences Appliquées de Lyon IdHAL : david-parsons
Marie-France Sagot 4
Author Employer institution : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : marie-france-sagot
Pierre Peterlongo
Author IdHAL : pierre-peterlongo ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-6407
Vincent Miele 5
Author IdHAL : vincent-miele ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7584-0088
Vincent Lacroix 1
Author IdHAL : vincent-lacroix ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4235-8524
1
Baobab (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
2
BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive. UMR CNRS 5558 Campus de La Doua - Université Claude Bernard - Lyon 1 Bâtiment Grégoire Mendel - 16 rue Raphael Dubois 69 100 Villeurbanne -- INRIA Grenoble - Rhône-Alpes Inovallée 655 avenue de l'Europe -Montbonnot 38 334 Saint Ismier Cedex France - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
3
SED [Grenoble] (Service Expérimentation et Développement Inria 655, avenue de l'Europe 38 334 Saint Ismier Cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
4
Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- GINSENG - Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
5
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
Document type :
Conference papers
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02069363
Contributor : Lauriane Pillet <>
Submitted on : Friday, March 15, 2019 - 4:03:01 PM
Last modification on : Monday, February 10, 2020 - 4:36:55 PM
Contributor : Lauriane Pillet <>
Submitted on : Friday, March 15, 2019 - 4:03:01 PM
Last modification on : Monday, February 10, 2020 - 4:36:55 PM
Identifiers
- HAL Id : hal-02069363, version 1
Citation
Alice Julien-Laferriere, Gustavo Sacomoto, Rayan Chikhi, Erwan Scaon, David P. Parsons, et al.. New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-02069363⟩
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