New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data

Alice Julien-Laferriere; Gustavo Sacomoto; Rayan Chikhi; Erwan Scaon; David P. Parsons; Marie-France Sagot; Pierre Peterlongo; Vincent Miele; Vincent Lacroix

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New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data

Alice Julien-Laferriere ¹ Gustavo Sacomoto ¹ Rayan Chikhi Erwan Scaon David P. Parsons ^{2, 3} Marie-France Sagot ⁴ Pierre Peterlongo Vincent Miele ⁵ Vincent Lacroix ¹

1 Baobab

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

2 BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments

Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

3 SED [Grenoble]

4 Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites

GINSENG - Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE]

5 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

Alice Julien-Laferriere ¹ AuthorId : 744626

Author

Gustavo Sacomoto ¹ AuthorId : 769475
Author

Rayan Chikhi AuthorId : 783136

Author IdHAL : rayan-chikhi ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1099-8735

Erwan Scaon AuthorId : 1226060
Author

David P. Parsons ^{2, 3} AuthorId : 725590

Author Employer institution : Institut National des Sciences Appliquées de Lyon IdHAL : david-parsons

Marie-France Sagot ⁴ AuthorId : 216688

Author Employer institution : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : marie-france-sagot

Pierre Peterlongo AuthorId : 639136

Author IdHAL : pierre-peterlongo ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-6407

Vincent Miele ⁵ AuthorId : 1496354

Author IdHAL : vincent-miele ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7584-0088

Vincent Lacroix ¹ AuthorId : 1496355

Author IdHAL : vincent-lacroix ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4235-8524

1 Baobab (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543494

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

2 BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive. UMR CNRS 5558 Campus de La Doua - Université Claude Bernard - Lyon 1 Bâtiment Grégoire Mendel - 16 rue Raphael Dubois 69 100 Villeurbanne -- INRIA Grenoble - Rhône-Alpes Inovallée 655 avenue de l'Europe -Montbonnot 38 334 Saint Ismier Cedex France - France) StructId : 89319

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
- VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

3 SED [Grenoble] (Service Expérimentation et Développement Inria 655, avenue de l'Europe 38 334 Saint Ismier Cedex - France) StructId : 115572

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009

4 Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543498

GINSENG - Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543489
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

5 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

Document type :

Conference papers

Domain :

Life Sciences [q-bio]

Complete list of metadatas

https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02069363
Contributor : Lauriane Pillet <>
Submitted on : Friday, March 15, 2019 - 4:03:01 PM
Last modification on : Tuesday, November 5, 2019 - 2:52:04 PM

Identifiers

HAL Id : hal-02069363, version 1

Collections

BAMBOO | BIOENVIS | UNIV-LYON1 | INRIA

Citation

Alice Julien-Laferriere, Gustavo Sacomoto, Rayan Chikhi, Erwan Scaon, David P. Parsons, et al.. New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-02069363⟩

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