La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols

Sébastien Terrat (1) , Battle Karimi (1) , Samuel Dequiedt (1) , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré (1) , Walid Horrigue (1) , Christophe Djemiel (1) , Lionel Ranjard (1)

1 Agroécologie [Dijon]

Soil microorganisms are key players of the numerous functions and services provided by soil and more globally of the environment quality and plant productivity. Despite their pivotal role, our knowledge about the diversity and composition of soil microbial communities is relatively poor as well as the impact of land use on these communities. One of the promising strategy to fill this gap of knowledge aims at assessing soil microbial community on a large set of soils by using the recently developed molecular tools allowing the high throughput characterization of microbial diversity. In France, such an initiative has been conducted on the French Soil Quality Monitoring Network (Réseau de Mesures de la Qualité des Sols, RMQS in French), which has allowed the significant improvement of our understanding about the ecological processes regulating soil microbial diversity and about the impact of the different land uses

Les microorganismes du sol sont les acteurs clés de nombreuses fonctions et services qui sont à la base de la qualité du sol et de son rôle dans la qualité de l’environnement mais aussi dans sa capacité à supporter une production végétale. Malgré ce rôle clé, nos connaissances sur la diversité et la composition des communautés microbiennes ainsi que l’impact des modes d’usages des sols sur ces communautés restent encore très incomplète. Une approche pour palier à ce manque de connaissances est d’étudier ces communautés microbiennes à grande échelle sur un grand nombre de sols et ceci grâce aux développements récents d’outils moléculaires qui permettent l'analyse en haut débit de la diversité microbienne. En France, une étude de ce type a été mené sur les sols du Réseau de Mesures de Qualité des Sols (RMQS) ce qui a permis d’améliorer significativement nos connaissances sur les processus impliqués dans la régulation de la diversité des communautés microbiennes et de mieux évaluer l’effet du mode d’usage des sols. De plus, cela a aussi permis d’élaborer le premier référentiel sur la diversité microbienne des sols français avec pour application le développement d’un diagnostic sur la qualité microbiologique des sols.

Mots clés: Sol; Diversité microbienne; Biogéographie; Mode d’usage; Bioindicateurs; RMQS; Soil; Microbial diversity; Biogeography; Land use; Bioindicators

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Sébastien Terrat, Battle Karimi, Samuel Dequiedt, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Walid Horrigue, et al.. La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols. Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.27-37. ⟨10.15454/IO3VXY⟩. ⟨hal-02002766⟩