Untargeted metabolomic approach by GC-QTOF : From low to high resolution
Résumé
Les approches métabolomiques non ciblées par GC-MS ont pu évoluer grâce au développement
de nouveaux instruments de plus haute résolution, comme le GC-QToF. Cette approche est utilisée au
laboratoire dans le cadre de projets scientifiques pour la recherche de biomarqueurs permettant la carac-
térisation de phénotypes métaboliques.
Une méthode d’analyse non ciblée pour la détermination de profils métaboliques de biofluides par GC-
QToF a été adaptée d’une méthode basse résolution (Gao et al (1)) basée sur une double dérivation
oximation /silylation.
Cette technique, plus sensible et plus résolutive, nécessite des outils de traitement des données spéci-
fiques dédiés. Aussi, nous avons dû adapter des outils développés par notre laboratoire pour le traitement
de données métabolomiques à ce type de données. Ces outils comprennent l’extraction des données par
xcms sous la plateforme Galaxy (W4M, (2)), ainsi que tout le workflow conduisant à l’annotation des
ions extraits après filtration et correction des effets batch.
Parallèlement, nous déployons une stratégie de déconvolution, à partir d’outils constructeurs afin de com-
pléter les résultats obtenus sous Galaxy.
A ce jour, les bibliothèques GC-MS (NIST, Golm, Massbank) restent très utilisées pour l’identification
des métabolites mais ne contiennent aucun spectre avec des masses précises bien que certains provi-
ennent de GC-EI-ToF. Par conséquent, nous constituons une bibliothèque interne en haute résolution
avec des standards purs et en matrices biologiques qui alimentera la base de données PeakForest de
l’infrastructure française MetaboHUB.
La mesure des masses précises ainsi que le développement de nouveaux outils d’automatisation du traite-
ment de données devraient permettre de lever certains verrous rencontrés dans la recherche de biomar-
queurs concernant l’identification des métabolites.
Format : Poster