Phylodynamique des infections virales

Résumé : La facilité croissante avec laquelle les gènes, voire les génomes, viraux sont séquencés a entraîné l'essor d'une discipline appelée phylodynamique. Celle-ci vise à utiliser les données de séquences génétiques pour estimer des paramètres tels que le taux de croissance de la population virale, le nombre d'infections ou même leur durée moyenne. L'hypothèse de travail est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome. Dans cette revue, nous introduisons d'abord l'origina-lité des inférences en phylodynamique par rapport aux approches « classiques » en phylogénétique. Puis, nous présentons la nouveauté qu'ont constitué les phylogénies d'infections virales par rapport aux phylogénies d'espèces tout en donnant des pistes pour inférer ces phylogénies. Ensuite, nous retraçons la naissance de la phylodynamique et ses premiers succès, afin de passer en revue les différentes questions auxquelles l'approche permet de répondre. Enfin, nous présentons quelques défis pour la discipline.
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Contributeur : Samuel Alizon <>
Soumis le : samedi 5 mai 2018 - 15:03:21
Dernière modification le : jeudi 24 mai 2018 - 15:59:22
Document(s) archivé(s) le : lundi 24 septembre 2018 - 14:11:25

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Samuel Alizon, Emma Saulnier. Phylodynamique des infections virales . Virologie, John Libbey Eurotext 2017, 21 (3), pp.119-129. 〈http://www.jle.com/10.1684/vir.2017.0696〉. 〈10.1684/vir.2017.0696〉. 〈hal-01638067〉

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