Intégration de données "Omic" et compréhension des mécanismes sous-jacents à la production de foie gras
Résumé
A QTL program in mule ducks for fatty liver led to the identification of 80 phenotypic QTLs and 176 pQTL of
protein abundances in fatty liver. In order to give meaning to these numerous results, we first tested the
hypothesis of pleiotropic QTLs between a protein and a phenotype when the 2 traits presented QTLs colocalized
on the genome, using the CLIPtest software: among the 66 co-locations observed, we concluded of 16
possible pleiotropic QTLs and, for 21 cases, of 2 distinct but linked QTLs. Building graphs of inference using
the Gephi software made possible to visualize the results. Thus the melting rate of liver is regulated by a
pleiotropic QTL which simultaneously impacts two distinct alpha-enolase’s spots, which demonstrate that a
locus on chromosome 15 participatesin the regulation of the glycolytic pathway. On chromosome 7, a QTL
affecting both the thigh weight and the apolipoprotein A1 was identified, confirming the central role of this
protein in the transport and storage of lipids. The pleiotropic QTL of the Z chromosome associates the GLUD1
protein and the blood glucose level after force-feeding, the GLUD1 gene modulating the hepatic absorption of
the glucose by the liver via insulin production. None of these 16 pleiotropic QTLs were cis-QTL, confirming the
complexity of metabolic regulation of the phenotype.
Un programme de détection de QTL d’intérêts du canard mulard a conduit à l’identification de 80 QTL
phénotypiques et de 176 pQTL d’abondances protéiques quantifiées dans le foie gras. Afin de donner sens à
cette masse de résultats, nous avons en premier lieu testé l’existence de QTL pléiotropiques entre une abondance
protéique et un phénotype lorsque ces 2 QTL étaient co-localisés sur le génome, à l’aide du logiciel CLIPtest :
parmi les 66 co-localisations observées, nous avons conclu à la possible existence d’un QTL pléiotropique pour
16 cas et pour 21 cas à 2 QTLs distincts mais liés. La réalisation de graphiques d’inférence à l’aide du logiciel
Gephi a permis de visualiser les résultats. Ainsi le taux de fonte du foie gras est régulé par un QTL pléiotropique
qui impacte simultanément 2 spots distincts de l’alpha-énolase, ce qui met en évidence sur le chromosome 15 un
locus impliqué dans la régulation de la voie glycolytique. Sur le chromosome 7, un QTL affectant conjointement
le poids de la cuisse et l’apolipoprotéine A1 a été mis en évidence, confirmant le rôle central de cette protéine
dans le transport et le stockage des lipides. Le QTL pléiotropique du chromosome Z associe la protéine GLUD1
et le taux de glucose sanguin après un repas de gavage, le gène GLUD1 modulant l’absorption hépatique du
glucose par le foie via la production d’insuline. Aucun de ces 16 QTLs pléiotropiques ne met en oeuvre un cis-
QTL, confirmant la complexité des régulations métaboliques jouant sur un phénotype.