Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.

Simon Boitard; Willy Rodriguez; Flora Jay; Stefano Mona; Frédéric Austerlitz

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Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.

Simon Boitard ^{1, 2} Willy Rodriguez ³ Flora Jay ^{4, 5} Stefano Mona ² Frédéric Austerlitz ⁵

1 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

2 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité

3 IMT - Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219

4 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique

5 EAE - Eco-Anthropologie et Ethnobiologie

Simon Boitard ^{1, 2} AuthorId : 1632869
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Author

Willy Rodriguez ³ AuthorId : 1635475
Author

Flora Jay ^{4, 5} AuthorId : 887502
Mail :
Author IdHAL : flora-jay

Stefano Mona ² AuthorId : 1167678
Author

Frédéric Austerlitz ⁵ AuthorId : 204619
Mail :
Author IdHAL : frederic-austerlitz ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8031-455X

1 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (24, chemin de Borde-Rouge - Auzeville Tolosane 31326 Castanet Tolosan - France) StructId : 444812

École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT] (France) StructId : 301264
INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR 1388 (France) StructId : 92114
ENVT - Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (23 chemin des Capelles 31076 Toulouse Cedex - France) StructId : 300421
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France) StructId : 448187
  - Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France) StructId : 443875

2 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (57 rue Cuvier - CP 50 - 75005 Paris - France) StructId : 519585

CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 7205 (France) StructId : 441569
UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France) StructId : 93591
EPHE - École pratique des hautes études (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France) StructId : 110691
MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle (57, rue Cuvier - 75231 Paris Cedex 05 - France) StructId : 7512

3 IMT - Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (UPS IMT, F-31062 Toulouse Cedex 9, INSA Toulouse, F-31077 Toulouse, France UT1, F-31042 Toulouse, France UT2, F-31058 Toulouse, Téléphone : 05.61.55.67.90 - France) StructId : 1954

INSA Toulouse - Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (135, avenue de Rangueil - 31077 Toulouse cedex 4 - France) StructId : 116255
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
UT1 - Université Toulouse 1 Capitole (2 rue du Doyen-Gabriel-Marty - 31042 Toulouse Cedex 9 - France) StructId : 81148
UT2J - Université Toulouse - Jean Jaurès (5 allées Antonio Machado - 31058 Toulouse Cedex 9 - France) StructId : 116256
UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France) StructId : 217752
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France) StructId : 443875
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5219 (France) StructId : 441569

4 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI - Bâtiments 650-660 Université Paris-Sud 91405 Orsay Cedex - France) StructId : 2544

CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623 (France) StructId : 441569
UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11 (Bâtiment 300 - 91405 Orsay cedex - France) StructId : 92966
CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575

5 EAE - Eco-Anthropologie et Ethnobiologie (Dpt Hommes Natures Sociétés 57 rue Cuvier 75231 Paris Cedex 05 Musée de l'Homme, place du Trocadéro 75016 Paris - France) StructId : 117740

MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle : 0104 (57, rue Cuvier - 75231 Paris Cedex 05 - France) StructId : 7512
UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7 (5 rue Thomas-Mann - 75205 Paris cedex 13 - France) StructId : 300301
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7206 (France) StructId : 441569

Abstract : Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.. GDR AIEM

Keywords : dairy-cattle breed linkage disequilibrium snp data genetic data inference sequence model recombination coalescent bottleneck

Domain :

Life Sciences [q-bio]

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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01605807
Contributor : Archive Ouverte Prodinra <>
Submitted on : Monday, October 2, 2017 - 10:03:52 PM
Last modification on : Tuesday, May 12, 2020 - 9:14:02 AM

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HAL Id : hal-01605807, version 1
PRODINRA : 386071

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Simon Boitard, Willy Rodriguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frédéric Austerlitz. Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.. GDR AIEM, Nov 2016, Montpellier, France. ⟨hal-01605807⟩

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