Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence

Vincent Le Gallic 1 Alain Denise 2, 1 Yann Ponty 3, 4
1 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique
2 I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
3 LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
4 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau], LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, Inria Saclay - Ile de France
Résumé : Le problème du design consiste à concevoir une ou des séquences d’ARN qui vont, dans un modèle énergétique, se replier en une structure cible. Les algorithmes déjà existants dans le domaine ne gèrent pour la plupart pas l’ajout au problème des contraintes de séquence, c’est-à-dire l’interdiction ou l’obligation d’utiliser certains motifs. Zhou et al. (2013) ont proposé un algorithme qui utilise de la génération aléatoire dans un langage formel conditionné par un automate fini qui gère les contraintes de motifs interdits/imposés et une grammaire non contextuelle qui gère les contraintes imposées par la structure recherchée. On propose ici de se baser sur cet algorithme en y ajoutant des optimisations permettant de réduire sa complexité. Ce travail soulève également des questions ouvertes sur la construction efficace d’un automate (quasi) minimal, ainsi que l’incorporation de contraintes supplémentaires garantissant le repliement des séquences engendrées vers une structure cible à l’exclusion de tout autre repliement.
Mots-clés : Structure secondaire d'ARN design de séquence langages formels
Type de document :
Communication dans un congrès
SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015
Liste complète des métadonnées
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01266096
Contributeur : Alain Denise <>
Soumis le : mardi 2 février 2016 - 10:02:56
Dernière modification le : mercredi 23 janvier 2019 - 14:39:27

Identifiants

  • HAL Id : hal-01266096, version 1

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Citation

Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty. Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence. SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015. 〈hal-01266096〉

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