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Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
Résumé : Le problème du design consiste à concevoir une ou des séquences d’ARN qui vont, dans un modèle
énergétique, se replier en une structure cible. Les algorithmes déjà existants dans le domaine ne
gèrent pour la plupart pas l’ajout au problème des contraintes de séquence, c’est-à-dire l’interdiction
ou l’obligation d’utiliser certains motifs.
Zhou et al. (2013) ont proposé un algorithme qui utilise de la génération aléatoire dans un langage
formel conditionné par un automate fini qui gère les contraintes de motifs interdits/imposés et une
grammaire non contextuelle qui gère les contraintes imposées par la structure recherchée.
On propose ici de se baser sur cet algorithme en y ajoutant des optimisations permettant de réduire
sa complexité. Ce travail soulève également des questions ouvertes sur la construction efficace d’un
automate (quasi) minimal, ainsi que l’incorporation de contraintes supplémentaires garantissant le
repliement des séquences engendrées vers une structure cible à l’exclusion de tout autre repliement.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01266096
Contributor : Alain Denise Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, February 2, 2016 - 10:02:56 AM
Last modification on : Monday, December 13, 2021 - 9:16:21 AM
Contributor : Alain Denise Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, February 2, 2016 - 10:02:56 AM
Last modification on : Monday, December 13, 2021 - 9:16:21 AM