Comparaison des performances de six coffrets de PCR pour la détection d'agents impliqués dans les pneumopathies atypiques communautaires.

Sibel Berger (1) , Julie Desroches (1) , Alain Lozniewski (1) , Corentine Alauzet (1)

1 Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy]

Objet de l’étude : L’objectif de cette étude était de comparer les performances diagnostiques de 6 coffrets de PCR commercialisés pour la détection des principales bactéries impliquées dans les pneumopathies atypiques communautaires : Mycoplasma pneumoniae (Mp), Chlamydophila pneumoniae (Cp) et Legionella pneumophila (Lp). Méthodes : Les coffrets Seeplex PneumoBacter ACE et Anyplex II RB5 (Seegene), FTD Atypical CAP (Fast-Track), Chla/Myco pneumo r-gene (bioMérieux), Mpn./Cpn./Lpn. Q-PCR Alert (Elitech) et Dia-MCpn/Dia-Lpn (Diagenode) ont été comparés. Résultats : Les performances de ces coffrets ont été évaluées sur36 échantillons de contrôle qualité calibrés (20 QCMD Cp/Mp et 16 QCMD Lp). Pour Cp et Mp, la sensibilité variait de 41% pour PneumoBacter à 100% pour FTD Atypical CAP, les autres trousses présentant des pourcentages intermédiaires. La spécificité pour ces 2 cibles était de 100%. Pour Lp, la sensibilité des tests ciblant le gène mip, spécifique de l’espèce L. pneumophila, variait de 82% (PneumoBacter) à 100% (RB5, Q-PCR Alert et Dia-Lpn). La spécificité pour ces 4 tests était de 100%. Avec la trousse FTD Atypical CAP détectant le gène rrn spécifique du genre Legionella, 28% de résultats faux-positifs ont été observés. Les 6 coffrets ont ensuite été testés sur un panel de 53 prélèvements cliniques reçus au laboratoire sur une période de 3 mois pour la recherche de ces 3 pathogènes. Cp et Mp n’ont pas été détectés alors qu’une amplification a été obtenue pour Lp dans un prélèvement avec l’ensemble des tests. La présence de Legionella spp. a été détectée dans 60% et 17% des prélèvements avec les tests FTD Atypical CAP et Dia-Lpn, respectivement. Conclusion : Aucun des coffrets testés ne présente les performances nécessaires pour la détection simultanée de Cp, Mp et Lp. Le coffret FTD Atypical CAP présente les meilleures performances pour la détection de Cp et Mp alors que pour la recherche de Lp, les meilleurs résultats ont été obtenus avec la trousse Q-PCR Alert. Par ailleurs, ce travail a mis en évidence des problèmes d’interprétation liés à la présence de légionelles non pathogènes environnementales contaminant les prélèvements et facilement détectables par les techniques de qPCR basées sur l’ADNr 16S.

Domaines: Microbiologie et Parasitologie

Sibel Berger, Julie Desroches, Alain Lozniewski, Corentine Alauzet. Comparaison des performances de six coffrets de PCR pour la détection d'agents impliqués dans les pneumopathies atypiques communautaires.. RICAI 2014 - 34ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Nov 2014, Paris, France. ⟨hal-01247191⟩