Plateforme GenoSol : une structure logistique d'appui à la recherche sur la microbiologie des sols et de l'environnement
Résumé
Les communautés microbiennes du sol sont difficiles à caractériser. Ceci s’explique par une accessibilité plus ou moins importante des populations au sein d’une matrice hétérogène et structurée mais aussi par leur densité et diversité très importante qui rend difficile à résoudre l’information obtenue. Toutefois, grâce aux avancées méthodologiques qui ont eu lieu depuis une quinzaine d’années, les études d’écologie microbienne bénéficient maintenant d’une automatisation des outils moléculaires (extraction d’ADN, caractérisation du polymorphisme de l’ADN, séquençage haut débit, métagénomique, métaprotéomique…) permettant la caractérisation des ressources génétiques microbiennes (diversité taxonomique, potentiel génétique et fonctionnel) des sols en moyen débit. Dans ce contexte, l’UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement s’est positionnée très tôt comme un leader national et international sur ces développements méthodologiques. Dans ce contexte, l’UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement de l’INRA de Dijon a créé en 2008 la plateforme « GenoSol » (http://www.dijon.inra.fr/plateforme_genosol), dont l’objectif est de fournir une structure logistique et technique assurant l’acquisition, la conservation, la caractérisation et la mise à disposition des ADN métagénomiques de sols issus d’échantillonnages de grande envergure (plusieurs centaines à plusieurs milliers de sols correspondant à de grandes échelles spatiales et/ou temporelles) (Ranjard et al., 2009). Cette plateforme représente l’aboutissement de l’expertise et du savoir faire de l’unité d’adossement (UMR MSE) en termes de standardisation des outils moléculaires, mais aussi de mise en place de DNA-thèque et de base de données des ressources génétiques/biodiversité sur les sols servant aux interprétations de ces analyses à grande échelle (temps, espace). Ces analyses doivent permettre i) de combler le déficit d’approches globales et sans a priori qui permettront d’évaluer la contribution des facteurs environnementaux dans l’évolution des sols à long terme, ii) une meilleure connaissance, gestion et valorisation de la biodiversité et iii) une meilleure « finalisation » des résultats obtenus par la traduction de ces ressources génétiques en services écosystémiques dans le souci d’un usage durable des sols. Cette plateforme à permis à l’UMR MSE de se positionner sur différents projets scientifiques de grande envergure comme ECOMIC-RMQS, projet ANDRA, ADEME Bioindicateur et dernièrement le projet Européen ECOFINDER.