Des marqueurs génomiques au service de la qualité de la viande

Brigitte Picard (1) , Bénédicte Lebret (2) , Isabelle Cassar-Malek (1) , Laurence Liaubet (3) , Cécile Berri (4) , Elisabeth Duval (4) , Florence Lefèvre (5) , Jean-François J.-F. Hocquette (1) , Gilles Renand (6)

1 UMRH - Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213
2 PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes]
3 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
4 URA - Unité de Recherches Avicoles
5 LPGP - Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons
6 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative

Sequencing and annotation of the genomes of the main animals producing meat or flesh, have enabled the development of genomic studies in the last decade. The techniques developed allow the detection of mutations in the genome called QTL (Quantitative Trait Loci). These approaches allowed the detection of major genes (mutations with a major effect on a character) suche as the "double muscling" gene in cattle and sheep, RN halothane gene in pigs. QTL associated with quality, such as the speed of post-mortem pH decrease in chickens, have been revealed. Transcriptomics and proteomics allow respectively the analysis of relative abundance of mRNA and protein. Proteins or mRNA whose abundance is associated with meat quality traits have been detected in pigs, cattle, chickens and trout. They are potential biomarkers for understanding and controlling qualities of interest for each species. The ongoing development of tools for quality evaluation will allow applications on the live animal especially for the adaptation of the breeding system to its quality potential. Applied to carcasses it will help to orientate the destination of carcasses or cuts. These biomarkers will also be useful to provide phenotypic measures for application in genomic selection applied to meat quality.

Le séquençage et l’annotation du génome des principaux animaux producteurs de viande ou de chair, ont permis l’essor des études de génomique au cours de la dernière décennie. Les techniques utilisées concernent d’une part la détection de mutations sur des régions du génome (QTL : « Quantitative Trait Loci »). Cette approche dite de génomique structurale a permis la détection de gènes majeurs (mutations ayant un effet majeur sur un caractère), comme le gène « culard » chez le bovin et le mouton, les gènes halothane et « Rendement Napole » chez le porc. Des QTL associés à une qualité, comme la vitesse de chute de pH chez le poulet, ont été identifiés. D’autre part, le niveau d’expression des gènes mesuré au travers de l’abondance relative d’ARN messagers et de protéines est analysé respectivement dans les études de transcriptomique et de protéomique. Des protéines ou des ARN messagers dont l’abondance est associée à une composante de qualité de viande, ont été identifiés chez le porc, le bovin, le poulet et la truite. Ils constituent des biomarqueurs d’intérêt pour la compréhension et la maîtrise des qualités d’intérêt pour chaque espèce. Le développement en cours d’outils d’évaluation de la qualité à destination des acteurs des filières permettra des applications sur l’animal vivant pour l’évaluation de son potentiel de qualité et l’adaptation de la conduite d’élevage à ce potentiel. Sur la carcasse, ils serviront à orienter sa destination bouchère ou celle des pièces ou morceaux de découpe. Ces biomarqueurs seront également utiles pour fournir des mesures phénotypiques pour la sélection génomique appliquée à la qualité de la viande.

Mots clés: e-QTL

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Isabelle Cassar-Malek, Laurence Liaubet, Cécile Berri, et al.. Des marqueurs génomiques au service de la qualité de la viande. INRA Productions Animales, 2015, 28 (2), pp.183-195. ⟨10.20870/productions-animales.2015.28.2.3024⟩. ⟨hal-01194126⟩