Mise en place d’évaluations génomiques dans les races bovines laitières à effectifs limités en France

Chris Hoze (1) , Sebastien Fritz (1) , Aurélia Baur (1) , Florence Phocas (2) , Didier Boichard (2) , Vincent Ducrocq (2) , Pascal Croiseau (2)

1 Service Génétique
2 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative

Within-breed genomic selection is now implemented in a number of large cattle breeds. However, building large enough reference populations (ie animals with both phenotypes and genotypes) remains a major challenge for smaller breeds. Combining reference populations and implementing a multi-breed genomic evaluation initially appeared to be an appealing alternative for small breeds. Such an approach requires a chip dense enough to maintain associations between QTL and markers. The first results of multi-breed genomic evaluations using highdensity genotypes show that using a multi-breed reference population slightly increases the accuracy of genomic estimated breeding value. However the gain in accuracy was rather low suggesting that multi-breed reference population cannot be the unique solution to implement genomic selection in breeds with a limited population size. An alternative strategy is to increase within-breed reference population size through international exchange and female genotyping. The use of results from whole genome sequencing is also an appealing tool to improve the accuracy of genomic evaluation in breeds with limited reference population size.

Les évaluations génomiques sont aujourd’hui disponibles pour les principales races bovines laitières françaises. Cependant, construire une population de référence, ensemble des individus génotypés avec performances, de taille suffisante pour mettre en place des évaluations génomiques précises, s’avère un réel challenge pour les races laitières à effectifs limités. Pour contourner cette contrainte et développer des évaluations génomiques pour les races régionales, il a été initialement proposé de créer une population de référence commune entre races. Cette approche nécessite cependant, de disposer d’une densité en marqueurs suffisamment élevée pour que le lien QTL-marqueur soit conservé entre races. Les premiers travaux d’évaluations génomiques multiraciales ont démontré qu’une population de référence multiraciale génotypée sur une puce haute densité permettait d’augmenter la précision des valeurs génétiques estimées. Cependant, le gain observé est très dépendant de la proximité des races incluses dans la population de référence multiraciale. Ceci suggère que les évaluations multiraciales ne sont pas l’unique solution à la mise en place d’une sélection génomique dans les races à effectifs limités. D’autres stratégies basées à la fois sur l’augmentation de la population de référence intra-race (grâces aux échanges internationaux et au génotypage de femelles) et l’identification de mutations causales sont étudiées afin de mettre en place un prototype d’évaluations génomiques adapté à chacune des races régionales.

Mots clés: bovin laitier; sélection génomique

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Chris Hoze, Sebastien Fritz, Aurélia Baur, Florence Phocas, Didier Boichard, et al.. Mise en place d’évaluations génomiques dans les races bovines laitières à effectifs limités en France. 21. Rencontres Recherches Ruminants, Dec 2014, Paris, France. ⟨hal-01194024⟩