TABLE DES MATIÈRES

Stratégies de publication scientifique

L’auteur

Remerciements

Introduction

Chapitre 1 - Pourquoi publier ?

Pourquoi communiquer et publier les résultats de la recherche ?

Quel contexte pour la communication des résultats de la recherche ?

Chapitre 2 - Que publier ?

Élaborer une hypothèse pour obtenir des résultats publiables

Qu’est-ce qui est publiable ?

Comment obtenir des résultats publiables ?

Combien d’articles publier ?

Chapitre 3 - Quand publier ?

Le bon moment pour publier

Veiller et être vigilant pour évaluer le bon moment pour publier

Chapitre 4 - Comment publier dans le respect des règles de l’éthique des publications ?

La notion d’éthique en recherche

Les règles de l’éthique des publications

Pour en savoir plus

Chapitre 5 - Avec qui publier ? Qui est auteur d’un article scientifique ?

Qui peut revendiquer être auteur d’un article scientifique ?

Les remerciements

Qui choisit les auteurs ? Quand ?

Ordre des noms des auteurs

Droits et devoirs des auteurs

Les noms des auteurs

La question de l’affiliation : l’adresse des auteurs

Pour en savoir plus

Chapitre 6 - Sous quelle forme publier ? - Les différents types d’articles et documents scientifiques

Le transfert de l’information scientifique et technique

L’article de recherche (scientific paper, regular paper, original article, full paper, primary article, etc.)

Le brevet d’invention

Les communications à un congrès, colloque ou séminaire scientifique

La thèse

Les articles et documents participant à la diffusion des connaissances scientifiques

Conclusion

Chapitre 7 - Où publier un article de recherche ? - Le choix du périodique de publication

Les critères de choix d’un périodique

Publier l’article dans le périodique choisi

Chapitre 8 - Construire et rédiger l’article de recherche

Lire les consignes aux auteurs des périodiques

Les différentes étapes de la construction de l’article

Les différentes parties de l’article : leur rôle et leur contenu

Les points-clés : titre et résumé, tableaux et figures

Les conventions à respecter : quelques rappels

Le style scientifique

Conclusion

Bibliographie

Liste d’ouvrages conseillés sur la rédaction scientifique

Guides en ligne

Guides diffusés par les éditeurs scientifiques généralistes commerciaux

Wébographie

STRATÉGIES DE PUBLICATION SCIENTIFIQUE

Patricia Volland-Nail

ISBN : 978-2-7592-2003-8

© éditions Quæ, 2013

Éditions Quæ

RD 10

78026 Versailles Cedex

Cet ouvrage a bénéficié du soutien financier de l’Institut national de la recherche agronomique pour sa diffusion en accès libre.

Les captures d’écran des sites Web ont été réalisées en février 2013 et, pour certaines, mises à jour en août de la même année. Tous les liens ont été vérifiés entre le 26 et le 29 août 2013.

Vous pouvez adresser vos remarques et/ou questions à Strategies.publication@gmail.com.

http://creativecommons.org/

L’AUTEUR

Biologiste de formation et titulaire d’une thèse de 3e cycle en écologie, Patricia Volland-Nail a été ingénieure de recherche à l’Institut national de la recherche agronomique (Inra) d’avril 1982 à juin 2012, spécialisée en information et communication scientifique et technique (ICST), au sein d’un département de recherche (Physiologie animale et systèmes d’élevage) sur le centre de Tours-Nouzilly (37).

À l’Inra, elle a organisé et animé pendant 25 ans de multiples formations ayant trait à la recherche, à la gestion et à la communication de l’information scientifique et technique (IST). Elle a notamment conçu et coordonné à partir de 2006 le projet MISTeR (Maîtriser l’information scientifique et technique en recherche) à l’intention des doctorants de l’Inra (cf. la présentation du projet ). Dans le cadre du projet FuturIST de la direction de l’Information scientifique et technique de l’Inra (2006-2009), elle a participé à la mise en place du pôle Bibliométrie, qu’elle a coanimé jusqu’en décembre 2011, et elle a été membre actif du pôle Formation par le biais de son implication dans le projet MISTeR. De 1996 à 2012, elle a été membre du comité de rédaction de la revue Inra Productions animales .

En parallèle, depuis 1991, elle a enseigné de nombreuses facettes de l’information et de la communication scientifique à l’université François-Rabelais de Tours dans différentes composantes de l’UFR Sciences (maitrises, DEA, puis masters et écoles doctorales), et plus spécifiquement ces dernières années au sein des écoles doctorales du domaine « Santé, sciences et techniques » pour lesquelles elle a conçu et continue d’animer différents séminaires.

Elle a par ailleurs animé ses formations dans le cadre de la coopération internationale entre l’Inra et l’Inrat (Institut national de la recherche agronomique de Tunisie) et l’Inat (Institut national agronomique de Tunis) à Tunis, ainsi qu’à l’Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro (UAAAN) à Torreon au Mexique.

Depuis le 1er juillet 2012, elle a créé une entreprise de formation indépendante, formaCIST.32, au titre de laquelle elle dispense désormais ses formations (formacist.32@gmail.com).

REMERCIEMENTS

Merci à l’Inra, et particulièrement à la direction déléguée à l’Information scientifique et technique, pilotée par Odile Hologne, d’avoir soutenu la réalisation et la publication de ce livre électronique et d’avoir permis qu’il puisse être en accès libre pour tous.

Merci à mes tout premiers lecteurs, Sophie Fouchecourt, Michèle Magistrini, Yves Tillet, et aussi, spécifiquement pour le chapitre sur les règles de l’éthique, à Laurence Guilloteau, tous chercheurs sur le centre Inra de Tours-Nouzilly. Leurs précieux conseils et leur regard avisé d’auteurs de publications scientifiques m’ont été très utiles et ont largement contribué à améliorer la rédaction de cet ouvrage.

Merci à Catherine Thiolon de m’avoir incitée à concrétiser cet ouvrage dans le cadre des éditions Quæ, ainsi qu’à Caroline Dandurand et Guillaume Perraud pour la réalisation technique de cet e-book.

Merci à Christiane Le Louedec qui m’a accompagnée entre 1987 et 1991 pour l’organisation et l’animation des toutes premières formations sur la stratégie de publication et la construction des articles de recherche dans le cadre de l’Inra, et qui m’a initiée à la problématique des publications dans le domaine scientifique.

Et un grand merci tout particulier aux centaines de stagiaires qui ont suivi les nombreuses formations que j’ai animées sur le sujet depuis 1987 jusqu’à aujourd’hui, qu’ils soient chercheurs ou pour la plupart doctorants, et qui, au fil des années, ont contribué à enrichir et faire évoluer mes connaissances sur le sujet grâce à leur expérience, à leurs nombreux commentaires et aux discussions que j’ai pu avoir avec eux. Ils m’ont très souvent encouragée à publier un ouvrage sur le sujet : le voici enfin !

INTRODUCTION

A scientific experiment, no matter how spectacular the results, is not completed until the results are published and understood.

Préface de Day et Gastel, 2006[1].

Communiquer les résultats de ses travaux de recherche fait partie du travail du chercheur. Le chercheur est au cœur même du processus de la communication scientifique puisqu’il est, tour à tour et à la fois, utilisateur et producteur de l’information scientifique et technique (figure 1).

Figure 1. Le chercheur au cœur du processus de l’information et de la communication scientifique et technique.

Les trois activités de base du travail du chercheur peuvent se résumer comme suit :

S’informer

- avant la mise en route de son projet de recherche ;

- pendant la réalisation de ses travaux et expérimentations ;

- jusqu’à la veille de la communication et de la publication de ses travaux ;

pour :

- faire le point des connaissances sur une thématique ou un sujet de recherche ;

- identifier les questions non résolues et mettre en place son projet de recherche ;

- suivre l’avancement des travaux dans son domaine grâce à la mise en place d’un système de veille documentaire régulière bien organisé ;

- évaluer le niveau de la compétition internationale et se positionner par rapport à elle.

Rechercher

Chercher à connaître, à établir, à définir ce qui n’est pas connu ou ce qui est mal connu.

Définition du Larousse

La recherche, qu’elle soit appliquée ou fondamentale, expérimentale ou théorique, est caractérisée par l’ensemble des analyses, études et travaux menés méthodiquement par un chercheur sur un sujet dans le but de faire progresser la connaissance scientifique.

Communiquer

- pour transformer la nouvelle connaissance acquise en une information accessible et disponible pour les autres chercheurs, qui l’utiliseront comme point de départ de leur propre recherche ;

- pour permettre d’évaluer l’état et l’avancement de la recherche elle-même : un des objectifs de la communication des résultats de la recherche est en effet directement lié à l’évaluation de la recherche en général, le principal indicateur étant la quantité et la qualité de l’ensemble des écrits de la recherche (articles scientifiques, brevets, ouvrages, rapports divers et variés, communications faites lors de colloques, congrès ou conférences, etc.).

Communiquer et publier ses résultats de recherche fait donc partie du travail du chercheur. C’est aussi important et fondamental que le fait de programmer et de conduire les expériences elles-mêmes. C’est le prolongement du travail expérimental. C’est une nécessité et une obligation de publier pour être évalué et participer à l’évaluation de la recherche en général.

Le suivi de la littérature scientifique, sur un sujet de recherche et les sujets connexes, est un préalable essentiel à la compréhension d’une thématique de recherche et à la publication future de nouveaux résultats puisque les articles ayant un rapport étroit avec le sujet traité devront être cités. En conséquence, la mise en place d’un système de veille bibliographique efficace est indispensable pour le chercheur et la lecture d’articles et documents scientifiques est une activité à laquelle il doit se conformer régulièrement.

L’importance des publications scientifiques n’est donc plus à démontrer car :

- la publication des résultats de ses recherches permet au chercheur de communiquer et d’échanger avec ses pairs et en même temps de faire progresser la connaissance dans le domaine scientifique ;

- les publications sous leurs formes diverses ont un rôle de validation des recherches réalisées et des résultats obtenus ;

- les publications participent au déroulement de la carrière du chercheur puisque son travail sera évalué en grande partie au regard de la publication des résultats de ses travaux dans des articles, ouvrages, communications, brevets ;

- l’analyse des publications aide à prendre des décisions dans le cadre de la distribution des financements de la recherche, tant au niveau individuel que collectif pour une unité de recherche, voire au niveau des organismes et des institutions.

En conséquence, l’acte de communiquer les résultats de ses travaux implique pour le chercheur le fait de les publier afin qu’ils soient diffusés au sein de la communauté scientifique à laquelle ils sont destinés ou, plus largement encore, auprès du grand public quand ces résultats sont entrés dans le domaine de la connaissance.

Cependant, si la publication sous forme d’article original dans un périodique scientifique est la manière la plus courante de communiquer, selon les domaines scientifiques, les pratiques ne sont pas identiques : du biologiste au physicien, en passant par l’économiste ou le chimiste, les conventions pour publier et diffuser les résultats de la recherche varient :

- la diffusion de preprint est courante chez les physiciens et a abouti à la mise en place des premières archives ouvertes en 1991 via le serveur arXiv  : ceci n’était pas une pratique courante chez les biologistes qui ont été pendant longtemps moins enclins à diffuser leurs articles sur des serveurs de type arXiv ;

- les économistes, et plus largement les chercheurs dans les domaines des sciences humaines et sociales, diffusent plus facilement les résultats de leurs travaux sous forme d’ouvrages, ou désormais via des blogs qui participent à la fois à la diffusion des idées et à l’élaboration de la connaissance scientifique à destination des spécialistes du sujet, mais aussi du grand public (exemple : les blogs académiques du site hypotheses.org ) ;

- les informaticiens publieront plus souvent leurs résultats dans le cadre de réunions, colloques ou congrès scientifiques, sous forme de communications rassemblées dans des proceedings plutôt que via des articles originaux dans des périodiques scientifiques (exemples : conférences, symposia et meetings de l’Institute of Electrical and Electronics Engineers, IEEE ).

Si ce livre ne prétend pas répondre à toutes les questions de tous les chercheurs dans tous les domaines pour ce qui est de la communication des résultats de la recherche, il a pour objectif de les aider à mettre en place une stratégie de publication simple et efficace en répondant aux principales questions qu’ils se posent :

- Comment communiquer et publier ses travaux de recherche ?

- Par où commencer quand il s’agit de publier un article de recherche ?

- Comment soumettre un article à un périodique scientifique ?

- Quelles sont les règles de base à respecter ?

Dans le cadre d’un projet de recherche, élaborer très tôt, parfois dès le départ, une stratégie de communication des futurs résultats obtenus, à l’échelle individuelle (au niveau du chercheur lui-même) ou à l’échelle collective (au sein d’une équipe de recherche ou d’une unité de recherche), facilitera la publication et la diffusion de ces mêmes résultats. La stratégie tiendra compte des formes « classiques » de publication des résultats (communications à des congrès ou colloques, articles originaux…), mais aussi des nouveaux modes de communication scientifique via le Web (blogs, wikis, sites collaboratifs, vidéos…).

Même si, comme nous l’avons vu précédemment, la stratégie peut varier selon les domaines scientifiques, les mêmes questions se posent systématiquement avant de commencer à communiquer et à rédiger le compte-rendu original de ses travaux :

- Pourquoi publier ? Pour qui ?

- Que publier ? Qu’est-ce qui est publiable ?

- Quand publier ? Quel est le moment le plus opportun ?

- Comment publier dans le respect des règles de la communication scientifique ?

- Sous quelle forme publier ?

- Avec qui publier ?

- Où publier ? Quel périodique choisir pour publier un article de recherche ?

- Comment construire et rédiger un article de recherche ?

Au moment où on se pose de plus en plus de questions sur l’« intégrité en recherche » face à la multiplication des cas de rétractations d’articles pour cause de mauvaises conduites, fraudes ou plagiats, un rappel des règles de l’éthique des publications est essentiel quand on envisage la publication des résultats. Ce point est abordé dans le chapitre 4 .

Enfin, si cet ouvrage n’est pas un guide de rédaction scientifique au sens basique du terme, quelques rappels sont donnés pour construire et rédiger au mieux les articles de recherche, articles de base de l’information scientifique et technique.

Au-delà des nombreux ouvrages et articles déjà écrits sur les sujets abordés et cités dans la bibliographie de chaque chapitre, un certain nombre de guides, accessibles pour la plupart gratuitement en intégralité sur le Web, sont conseillés. Se reporter à la wébographie .

1Day R.A., Gastel B., 2006. How to write and publish a scientific paper, 6th edit, Greenwood Press, Westport, Conn.

Chapitre 1

POURQUOI PUBLIER ?

La science n’est rien si elle ne communique pas. Sans l’échange régulier d’idées et la mise au banc d’essai des raisonnements, hypothèses et théories, il ne peut y avoir ni développement de la pensée scientifique, ni avancées de la recherche.

Federico Mayor, directeur général de l’Unesco. Séance d’ouverture de la Conférence internationale sur la publication électronique dans le domaine des Sciences, Paris, février 1996[2].

Le travail de recherche scientifique n’existe pas sans la communication des résultats qui en découlent : c’est la publication de ces résultats qui lui donne une existence « officielle ».

Ainsi, comme le rappelait très justement Nathalie Pignard (2000) en parlant de l’importance des publications scientifiques dans la communauté scientifique : « Communication et recherche scientifique sont étroitement liées, voire complémentaires : sans recherche, le scientifique n’a rien à communiquer et sans communication la recherche n’avance pas. »[3]

De nombreux chercheurs ont cependant des difficultés à communiquer facilement et correctement leurs résultats de recherche car, soit ils n’aiment pas écrire, soit ils ne connaissent pas bien les règles de la communication scientifique et se trouvent confrontés à de nombreuses interrogations de par la méconnaissance de ces règles, pas toujours enseignées durant leur formation initiale.

A naturalist’s life would be a happy one if he had only to observe and never to write.

Charles Darwin, Life and Letters of Charles Darwin, correspondance à C. Lyell, 1867, cité par Matthews et al., 2000[4]

La nécessité de communiquer et de publier les résultats de ses travaux doit donc être rappelée au chercheur afin qu’il prenne conscience que les formations et l’ensemble des aides à la communication des résultats de la recherche (dont l’ensemble des ouvrages écrits sur le sujet) peuvent lui être très utiles en l’aidant à mieux aborder cette tâche, partie intégrante de son métier de chercheur (cf. Introduction ).

Pourquoi communiquer et publier les résultats de la recherche ?

Communiquer et publier les résultats des travaux de recherche, c’est avant tout contribuer à l’élaboration de la connaissance scientifique, ce qui représente une tâche noble et valorisante pour le chercheur.

Research is not complete until it is communicated, and publication in a refereed journal is the fundamental unit of scientific communication […] As surely as dusk follows dawn, a research project must generate a written publication if it is to have lasting value.

Matthews et al., 2000

In fact, the cornerstone of the philosophy of science is based on the fundamental assumption that original research must be published; only thus can new scientific knowledge be authenticated and then added to the existing database that we call scientific knowledge. Préface de Day et Gastel, 2006

Mais publier c’est aussi le moyen par lequel le chercheur est connu, reconnu par ses pairs et surtout évalué, car l’évaluation de la recherche, que ce soit au niveau individuel ou général, passe en grande partie par l’évaluation des écrits de la recherche.

Dans le contexte de ces évaluations, et même dans le contexte de simples recherches bibliographiques, on cherchera à connaître par exemple :

- Qui a fait quoi ? Qui travaille sur quoi ? Qui travaille avec qui ?

- Combien d’articles a publié un chercheur ? Quels types d’articles a-t-il publié ? Dans quels périodiques ?

- Comment se positionne un organisme de recherche ou une université par rapport aux autres, que ce soit au niveau national ou international, en répertoriant sa production scientifique écrite et en essayant d’en évaluer l’impact par le biais des citations reçues ?

- Comment réaliser une cartographie de la recherche ? Quel est le maillage des collaborations entre chercheurs au niveau d’un organisme, au niveau national ou international ?

- Comment suivre l’histoire d’une idée ou d’une méthode ?

- Quels ont été l’influence et l’impact de la publication de telle ou telle nouvelle idée ou technique ?

Les réponses à ces questions seront obtenues principalement par le biais de l’analyse des publications scientifiques répertoriées, encore appelées « analyses bibliométriques ». On notera que ces analyses, en particulier en vue des évaluations, devront être faites correctement, en choisissant les critères les mieux adaptés aux différentes situations et aux différents cas de figure à analyser. De nombreux rapports et études ont en effet montré les biais de certaines analyses à partir des publications, et il convient de rester très prudent lorsqu’on se lance dans ce type d’analyse[5],[6].

En bref, pourquoi publier ?

Pour partager les résultats de son travail et les nouvelles avancées dans la connaissance d’un sujet précis, un chercheur doit les communiquer dans un cadre bien défini, publier des articles scientifiques et faire des communications ciblées et appropriées étant le principal moyen pour les rendre publics et accessibles.

Pour être connu et reconnu par ses pairs, un chercheur doit publier car l’analyse et la « mesure » des publications scientifiques seront le reflet de la valeur d’un chercheur.

Pour évaluer et être évalué sur l’ensemble du travail réalisé dans un laboratoire ou par le chercheur lui-même, voire sur l’ensemble du travail d’une équipe ou d’une unité de recherche, d’un organisme de recherche, etc., on aura recours à une analyse bibliométrique des publications.

L’obtention d’un poste de chercheur ou d’enseignant-chercheur est souvent conditionnée par la liste des publications que le candidat fournira et que les examinateurs analyseront et évalueront avec le plus grand soin.

Pour obtenir des financements pour une recherche spécifique et décrocher des contrats de recherche, on doit justifier de sa capacité à réaliser le travail par le biais d’une liste de publications scientifiques qui témoigne des aptitudes du chercheur ou de l’équipe à réaliser certains types de travaux.

Le fameux adage Publish or perish!, maintes fois entendu et répété dans le monde scientifique, n’est donc pas vain, tant l’importance de la publication scientifique pour le chercheur et la communication de la science en général est réelle.

Quel contexte pour la communication des résultats de la recherche ?

Le système de communication et de diffusion de la connaissance scientifique qui prévaut encore actuellement, et qui passe en grande partie par la publication d’articles dans des périodiques scientifiques après validation par les pairs (referees ou reviewers), doit néanmoins désormais prendre en compte les multiples changements dans les pratiques de la recherche elle-même, l’apparition et l’évolution des technologies en matière de communication (via le Web en particulier), ainsi que l’évolution de nouvelles pratiques au sein de la communauté des chercheurs, qui se sont concrétisées en particulier par le mouvement du libre accès à l’information scientifique et technique[7] et la mise en place plus récente de blogs, wikis, sites collaboratifs et réseaux sociaux de chercheurs.

En parallèle, de nouveaux besoins ont émergé de la part des chercheurs, confrontés à une quantité d’information toujours plus importante et toujours plus variée : besoins d’analyses rapides de l’information collectée, de liens directs vers les données brutes, et besoin d’intégration de l’ensemble de ces informations permettant de mieux appréhender le sujet développé.

Le numéro de The Scientist d’août 2012 titre « Debating the future of Science Publishing » et s’interroge sur les nouvelles pratiques et le nouvel âge de la publication et de la communication des résultats issus de la recherche scientifique. On en déduit qu’une évolution inéluctable est en marche et que les pratiques risquent d’être très différentes de ce qu’elles sont aujourd’hui dans moins d’une dizaine d’années[8].

Le rappel du contexte actuel de la communication scientifique aidera le chercheur à se positionner par rapport à cette évolution en marche.

De l’avènement des premiers périodiques scientifiques aux « articles du futur »

De l’avènement des premiers périodiques scientifiques en 1665, Le Jovrnal des Scavans (lire « Journal des Savants ») en France et le Philosophical Transactions en Grande-Bretagne quelques mois plus tard (figure 1.1), aux premiers prototypes des « articles du futur » imaginés par le périodique Cell dès 2008, et diffusés sous format électronique via le Web (figure 1.2), on a assisté à une évolution considérable de la communication des résultats de la recherche dans les périodiques scientifiques, voire à une véritable révolution depuis la création du Web en 1989. En effet, l’évolution qui avait eu lieu durant les trois siècles précédents avait été, en comparaison de ces 20 dernières années, beaucoup plus lente et progressive et avait essentiellement concerné :

- l’avènement des grands éditeurs scientifiques et la publication des premiers périodiques scientifiques « modernes » au cours du XIXe siècle ;

- la problématique de la langue de publication des résultats scientifiques, qui a abouti à la fin du XXe siècle à une prédominance, voire, dans bon nombre de domaines, à une hégémonie de la langue anglaise pour communiquer la science au niveau international ;

- la normalisation de la structure des articles scientifiques avec la mise en place progressive de la structure IMRaD (pour Introduction, Materials and methods, Results and Discussion) pour une lecture plus rapide et plus efficace des articles de recherche.

Figure 1.1. Les premiers périodiques scientifiques : Le Jovrnal des Scavans (lire « Journal des Savants ») publié en France en 1665.

Figure 1.2. Prototype de l’« article du futur » en 2008 sur le site du périodique Cell (extrait du site http://beta.cell.com, site devenu inaccessible après la mise en place définitive de ce type d’article).

Avec l’article du futur, l’apparition d’un résumé visuel, appelé graphical abstract, destiné à promouvoir le message essentiel de l’article, et de vidéos, avec, dans certains cas, une interview des auteurs présentant leur article, mettent en avant le visuel et la convivialité par le rapprochement virtuel avec les auteurs. La façon dont l’article est présenté est totalement repensée. Les différentes parties de l’article sont identifiées par différents onglets cliquables, et les commentaires d’autres scientifiques après publication sont possibles et bienvenus.

Dès le premier fascicule de 2010, le périodique Cell incorpore ces nouveaux articles (figure 1.3 et figure 1.4), et Emilie Marcus, rédactrice en chef du périodique, justifie cette évolution dans un éditorial[9].

With this first issue of the year, Cell launches a new format for online presentation of all research articles. This “Article of the Future” initiative reflects our commitment to evolve the concept of a scientific publication in step with the development of new technologies and functionalities both now and into the future.

Marcus, 2010

Figure 1.3. « Article du futur » devenu réalité dès la publication du premier fascicule de Cell en janvier 2010.

Nomura D.K., Long J.Z., Niessen S., Hoover H.S., Ng S.-W., Cravatt B.F., 2010. Monoacylglycerol Lipase Regulates a Fatty Acid Network that Promotes Cancer Pathogenesis. Cell, 140, 49-61.

Figure 1.4. Les deux éléments essentiels de « l’article du futur » : le graphical abstract et l’interview des auteurs (Paperfilck) d’après Cell.

Nomura D.K., Long J.Z., Niessen S., Hoover H.S., Ng S.-W., Cravatt B.F., 2010. Monoacylglycerol Lipase Regulates a Fatty Acid Network that Promotes Cancer Pathogenesis. Cell, 140, 49-61.

S’ils ne sont pas encore actuellement tous construits et élaborés de cette façon, les articles scientifiques sont cependant désormais prioritairement diffusés sous format électronique, et donc construits en tenant compte de ce nouveau format. Le papier disparaît progressivement au profit du tout-électronique.

Cela permet à de nombreux éditeurs de périodiques de proposer sur leurs sites Web les articles avec leur structure IMRaD classique (Introduction, Materials and methods, Results and Discussion), mais lue désormais de façon non linéaire (avec le format électronique, on saute facilement de lien en lien pour accéder aux différentes parties), et avec un contenu considérablement enrichi, voire analysé ou analysable selon des critères choisis par le lecteur (analyses sémantiques par exemple), avec de nombreux liens vers de multiples compléments d’information pertinents (dont les données brutes elles-mêmes, les articles cités, les articles citants ou en lien direct avec l’article de départ car partageant les mêmes références citées, etc.). Des applications associées permettent d’identifier des termes spécifiques, des protéines et des gènes dans le domaine de la biologie, des produits, de les resituer par des liens dans d’autres contextes, d’accéder aux données expérimentales, de rebondir vers des bases ou banques de données diverses, etc.[10]

Si le format PDF imprimable, toujours disponible, permet encore la lecture de l’article sur le papier de façon linéaire, et si la structure IMRaD permettait déjà au lecteur d’aller rapidement vers la partie qui l’intéressait, le format électronique permet d’accéder encore plus rapidement par un simple clic aux différentes parties de l’article et aux différents contenus au gré de sa préoccupation à un instant précis.

En janvier 2012, l’éditeur commercial Elsevier titre : « The article of the future is now live! » (figure 1.5) L’« article du futur » a ainsi mis moins de quatre ans pour s’imposer réellement, et il n’y a désormais qu’à explorer l’ensemble des sites des éditeurs de périodiques scientifiques pour se rendre compte de la profonde mutation intervenue en quelques années.

Figure 1.5. The article of the future is now live!

© Elsevier, 2012.

En 2012, la publication de ces types d’articles est devenue chose courante (figure 1.6).

Figure 1.6. Exemple d’un article de Cell en 2012.

Dixon S.J., Lemberg K.M., Lamprecht M.R., Skouta R., Zaitsev E.M., Gleason C.E., Patel D.N., Bauer A.J., Cantley A.M., Yang W.S., Morrison Iii B., Stockwell, B.R., 2012. Ferroptosis: An Iron-Dependent Form of Nonapoptotic Cell Death. Cell, 149, 1060-1072.

Les technologies du Web toujours plus innovantes, donnant de nouvelles possibilités de diffusion et d’intégration de la connaissance scientifique et créant de nouvelles habitudes, c’est dans ce contexte en perpétuelle évolution qu’il faut désormais entreprendre la communication des résultats de la recherche.

Les moyens de communication et de diffusion des résultats scientifiques sont donc à la fois de plus en plus efficaces, mais également de plus en plus complexes, et il devient parfois difficile pour le chercheur de suivre cette évolution continue. Elle se caractérise par l’utilisation des différents moyens mis à sa disposition pour diffuser des résultats rapidement : de la multiplication des rencontres scientifiques à l’utilisation quotidienne du Web via les réseaux sociaux et les sites collaboratifs, en passant par la publication des résultats directement via le Web en accès libre, qui s’affranchit des circuits traditionnels de la communication scientifique représentés en partie par la publication d’articles dans les périodiques scientifiques.

Enfin, les pratiques de communication et de publication des résultats variant entre les disciplines scientifiques et les évolutions ne se faisant pas au même rythme dans les différentes communautés scientifiques, le chercheur doit désormais être attentif et vigilant par rapport à ces évolutions et être prêt à évoluer lui-même rapidement dans ses pratiques dans son propre domaine.

L’évolution de la communication scientifique à l’aube du XXIe siècle

La communication scientifique se présente classiquement sous différentes formes (articles, ouvrages, communications à des congrès, etc.), s’adresse à différents publics (le monde scientifique en général, les chercheurs spécialistes du sujet, les enseignants, les industriels, le grand public), utilise différents moyens (du texte, des illustrations, des tableaux et des figures, des images ou des photographies, des vidéos, le Web, etc.) et différents supports (du support imprimé au support électronique, en passant par le support virtuel qui se crée à un instant t sur le Web).

Au cours de la seconde moitié du XXe siècle, on a assisté à une évolution progressive des moyens et des supports de diffusion. À partir des années 1950, face à la masse croissance des informations scientifiques disponibles et à l’explosion de la publication des périodiques scientifiques, il a été nécessaire de mettre en place une normalisation de la communication scientifique : des règles ont été établies pour garantir une bonne communication des résultats, en particulier dans le domaine de la biologie par le Council of Biological Editors[11]. Dans le même temps, on a vu la mise en place d’une communication formelle par opposition à une communication informelle. Seule la première a été longtemps prise en compte par la communauté scientifique, mais l’arrivée du Web a totalement bouleversé ces règles.

Communiquer et publier les résultats de ses travaux ayant un triple objectif pour le chercheur — diffuser ses résultats, acquérir une certaine notoriété et être évalué —, en plus de la publication de ses articles dans les périodiques scientifiques, le même chercheur a utilisé et utilise encore les moyens qui lui semblent les plus efficaces sur le moment pour diffuser ses résultats : la mise en place de collaborations facilitées par le réseau Internet dès le début des années 1980, la multiplication des rencontres scientifiques, l’utilisation des médias publics (par exemple la découverte du virus du SIDA dans les années 1980[12] et plus récemment avec l’affaire des OGM et G.E. Séralini[13]), et enfin les nouveaux outils du Web au début des années 2000 (baptisé Web 2.0) : blogs, sites collaboratifs et de partages, et réseaux sociaux.

Enfin, le mouvement du libre accès à l’information scientifique et technique a lui aussi depuis 20 ans bouleversé et révolutionné les conditions de publication et de diffusion des résultats de la recherche.

Pour en savoir plus sur l’évolution de la communication scientifique et des pratiques des chercheurs dans ce domaine, voir annexe .

L’apparition de nouveaux types d’articles scientifiques

La forme des articles scientifiques se modifie. On l’a vu précédemment avec les « articles du futur ». Mais de nouveaux types d’articles apparaissent encore pour communiquer plus rapidement et plus efficacement des résultats ou des protocoles expérimentaux.

Les video abstracts

La mise en place de video abstracts est de plus en plus utilisée par certains périodiques. Le chercheur devra désormais s’habituer à être filmé pour expliquer en quelques minutes le message essentiel transmis par le biais de son article, ou mettre directement en scène les résultats de son travail sous la forme d’un film.

Premier exemple : les video abstracts du New Journal of Physics qui ont pour objectif d’accroître la visibilité des auteurs et de leurs travaux, de permettre aux auteurs d’aller au-delà des contraintes de l’écrit pour présenter leur travail et d’améliorer la compréhension de l’utilisateur (figure 1.7).

Figure 1.7. Video abstracts du New Journal of Physics.

Hilbert S.A., Caprez A., Batelaan H., 2011. Experimental observation of time-delays associated with electric Matteucci-Pozzi phase shifts . New J. Phys., 13, 093025.

© IOP Publishing

Deuxième exemple : le Journal of Visualized Experiments souhaite accélérer la compréhension de techniques dans les domaines de la biologie, de la médecine, de la chimie et de la physique par une combinaison de vidéos et d’écrits validés par les pairs (figure 1.8).

A

B

Figure 1.8. JoVE , Journal of Visualized Experiments.

A. http://www.jove.com/video/3265/a-pcr-based-genotyping-method-to-distinguish-between-wild-type-and-ornamental-varieties-of-imperata-cylindrica

B. http://www.jove.com/video/2570/fish-for-pre-implantation-genetic-diagnosis

La publication des protocoles expérimentaux

En complément de la publication des articles scientifiques classiques, on voit se développer la publication des seuls protocoles expérimentaux, sous une forme classique dans le cadre d’ouvrages spécifiques, ou sous forme de vidéos plus dynamiques.

Exemple 1 : voir le site Springer protocols dans le domaine des sciences de la vie et le domaine biomédical.

Exemple 2 : le site Protocol Online , base de données de protocoles expérimentaux dans le domaine des sciences de la vie créée en 1999, permettant un accès direct et rapide à ces protocoles par une recherche simple ou avancée (figure 1.9).

Figure 1.9. Protocol Online .

Les open notebook : cahiers de laboratoire en ligne

Les open notebook correspondent à la mise en ligne directe d’informations préalablement détenues au sein même des laboratoires dans les cahiers de laboratoire des chercheurs. L’objectif de ces cahiers de laboratoire « ouverts » est encore une fois d’améliorer la créativité et la diffusion des connaissances accumulées[14] (figure 1.10).

Figure 1.10. Exemple d’open notebook : page d’accueil d’un wiki regroupant des open notebooks.

L’évolution des pratiques : les blogs, wikis, sites collaboratifs…

Avec les outils du Web 2.0, l’évolution des pratiques et l’utilisation des blogs[15], sites scientifiques collaboratifs, réseaux sociaux, wikis[16], etc., continue à modifier la façon de « communiquer la Science »[17].

Les blogs incitent au partage d’idées et à la discussion. Ils permettent aussi de faire émerger rapidement de nouvelles idées et de nouveaux concepts par le biais des commentaires libres qu’ils suscitent. Exemples : les blogs de Nature (figure 1.11) ou la plateforme de blogs française en sciences humaines et sociales hypotheses.org (figure 1.12).

Figure 1.11. Les blogs de Nature .

Figure 1.12. Plateformes de blogs et carnets de recherche en sciences humaines et sociales, hypotheses.org .

L’utilisation active des réseaux sociaux par les scientifiques n’est pas encore chose courante dans tous les laboratoires et dans tous les domaines[18], mais elle se développe actuellement très rapidement et on peut légitimement penser que ce mouvement va s’accélérer à l’avenir. Les chercheurs sont en effet de plus en plus présents sur Facebook , LinkedIn , voire des réseaux spécialisés pour les scientifiques, tel le réseau Academia , Mendeley ou ResearchGate par le biais desquels ils partagent et discutent autour d’articles ou de sujets de recherche d’actualité.

Par le biais de ces blogs, médias sociaux et autres sites, tels Twitter ou YouTube , les scientifiques peuvent désormais partager en direct rapidement et de façon totalement interactive leur connaissance de faits et mécanismes auprès du plus grand nombre, même vers le grand public friand de savoir ce qui se fait au sein des laboratoires.

Il faut néanmoins encore utiliser ces nouveaux médias avec prudence et discernement car l’évaluation de l’information qu’ils diffusent est à effectuer par le lecteur lui-même, sans intermédiaire et sans autre validation par des referees comme pour les publications scientifiques « classiques ». Le risque de l’utilisation de ces médias est d’emmener parfois l’utilisateur vers de fausses informations (diffusées sciemment ou inconsciemment) ou vers de fausses pistes à suivre. C’est le crédit accordé à leurs auteurs qui permettra d’apprécier la validité de l’information diffusée.

Mais il convient désormais malgré tout de tenir compte de cette évolution de la communication scientifique qui, par ailleurs, gagne en efficacité et en rapidité de diffusion de l’information pour qui utilise ces médias consciemment et avec discernement. On peut facilement imaginer que les scientifiques auront à terme leurs propres blogs personnels (figure 1.13) et participeront en direct à des débats autour des articles publiés, complétant les commentaires des referees qui auront été la première étape de validation de la nouvelle information scientifique diffusée.

Figure 1.13. Exemple de blog de chercheur : Biological Ice Nucleators , blog animé par Cindy E. Morris, bactériologiste et directrice de recherche à l’Inra d’Avignon.

Les nouveaux périodiques scientifiques vont ainsi de plus en plus s’articuler autour de trois modes de création de contenus : les articles traditionnels, les blogs ou billets rédigés par des scientifiques de renom, la participation de l’ensemble des scientifiques qui le souhaitent à des débats, tous les articles publiés devant pouvoir être largement discutés et critiqués.

Le libre accès à l’information scientifique et technique

Deux phénomènes sont à l’origine de cette évolution vers le libre accès à l’information scientifique et technique :

- l’émergence du Web en 1989 et son appropriation rapide par les chercheurs du monde entier, qui réalisent rapidement comment ils peuvent exploiter et utiliser ce nouvel outil pour la diffusion de leurs résultats scientifiques et de leurs articles et documents scientifiques ;

- l’augmentation considérable des tarifs des abonnements aux périodiques scientifiques par les éditeurs commerciaux dans les années 1990, qui a provoqué la réaction concomitante des chercheurs et des bibliothèques qui avaient de plus en plus de difficultés à s’abonner à ces périodiques compte tenu de leur coût.

Il a découlé de ces deux phénomènes :

- le mouvement des archives ouvertes, une entreprise internationale accessible à tous : les open archives[19]. Ce mouvement, lancé par des physiciens en 1991, consiste à déposer des preprints et/ou des articles publiés sur des serveurs spécifiques, inter-opérables grâce à un protocole commun normalisé, le protocole OAI (open archive initiative)[20]. L’OAI définit des normes d’échanges de métadonnées pour que ces dernières puissent être récupérées et interrogées en une seule requête simultanément comme si l’ensemble des serveurs n’en faisaient qu’un. La première archive ouverte a été créée par Paul Ginsparg à l’université de Los Alamos aux USA, d’où leur nom : les archives de Los Alamos (pour la physique et les mathématiques) ou son miroir français . En octobre 2000, la création en France du CCSD (Centre pour la communication scientifique directe du CNRS) a permis l’initiation de l’archive française pluridisciplinaire HAL (pour Hyper-articles en ligne) (figure 1.14). Le mouvement ne cesse de se développer depuis. L'auteur dépose lui même son article dans l'archive ouverte, dans la version et en respectant la durée d'embargo exigées par l'éditeur de la revue : c'est la « voie verte » du libre accès (ou green access).

Figure 1.14. Archive HAL (Hyper-articles en ligne) : archive ouverte pluridisciplinaire mise en place par le CCSD (Centre pour la communication scientifique directe) et « destinée au dépôt et à la diffusion d’articles scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, et de thèses, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés ».

- de nombreuses opérations « libre accès » orientées sur la « gratuité » de l’accès à l’information scientifique et technique, avec en particulier le développement des périodiques scientifiques électroniques en libre accès. L'accès au contenu de ces périodiques est totalement et immédiatement gratuit. C’est la « voie dorée » du libre accès (ou gold access). Dans ce cas, le financement de la revue est assuré soit par des organisations, soit par les chercheurs eux-mêmes, qui paient ce qu'on appelle les APC (ou articles processing charges), qui recouvrent les frais administratifs de soumission et de relecture par les referres, ainsi que les frais de mise en ligne sur le site. C'est le modèle « auteur-payeur », à opposer au modèle initial « lecteur-payeur » par le biais des abonnements. En contrepartie, le copyright est laissé au chercheur. Ces périodiques sont compatibles OAI. Voir des exemples de périodiques en accès libre en annexe .

Depuis l’apparition du modèle « auteur-payeur », certains éditeurs commerciaux ont mis en place un modèle hybride selon lequel l’auteur lui-même fait le choix ou non du libre accès de son article quand il publie dans un périodique qui n’est pas lui-même initialement en libre accès : c’est l’Open choice, proposé pour la première fois en 2003 par Springer, en contre-partie d’un coût, variable selon les éditeurs et les périodiques (figure 1.17).

Figure 1.17. Choix du libre accès offert par Springer à ses auteurs : Open choice .

Pour conclure, le mouvement du libre accès, qui désigne désormais globalement l’ensemble des initiatives prises depuis environ 15 ans pour la mise à disposition sans restriction des résultats de la recherche au plus grand nombre, a fait l’objet de nombreuses déclarations officielles et de nombreuses réactions de l’ensemble des protagonistes qui proposent un certain nombre de solutions adaptables selon les contextes[21].

Ce mouvement, dans le sens où il favorise une meilleure visibilité des travaux scientifiques, a obligatoirement un impact important sur les choix que le chercheur sera amené à faire au moment de la publication de ses résultats de recherche, en particulier au moment du choix du périodique de publication (cf. chapitre 7 ).

C’est un élément important à prendre en compte pour la mise en place de sa stratégie de publication et de diffusion de ses résultats.

Pour en savoir plus sur le libre accès à l’information scientifique et technique

Historique et actualité du mouvement du libre accès à l’information scientifique et technique le site web de l’Inist .

Dossier Open Access du blog My Science Work .

Libre accès (édition scientifique) sur Wikipédia , qui résume l’historique du mouvement du libre accès et donne les principaux liens d’intérêt sur le sujet.

Site du GFII, http://www.gfii.fr/uploads/docs/groupe-de-travail-gfii-sur-le-libre-acces-mise-en-ligne-de-la-synthese-des-discussions-et-des-recommandations.pdf.

2Communiqué de presse de l’Unesco

3Pignard N., 2000. Les nouvelles formes de publication scientifique sur Internet. La remise en cause du modèle éditorial traditionnel . Mémoire DEA de Sciences de l’information et de la communication, Institut de la communication et des médias. Université Grenoble 3.

4Matthews J.R., Bowen J.M., Matthews R.W., 2000. Successful scientific writing. A step-by-step guide for the biological and medical sciences, 2nd edition, Cambridge University Press.

5Gingras Y., 2008. La fièvre de l’évaluation de la recherche. Du mauvais usage de faux indicateurs . CIRST, Université du Québec, Montréal.

6Rapport de l’académie des Sciences, 2011. Du bon usage de la Bibliométrie pour l’évaluation individuelle des chercheurs , académie des Sciences, Paris, 17 janvier 2011.

7Pour une information complète et détaillée sur l’historique et l’actualité du mouvement du Libre accès à l’information scientifique et technique, le site Web de l’Inist .

8http://the-scientist.com/2012/08/01/whither-science-publishing/

9Marcus E., 2010. 2010: A Publishing Odyssey. Cell, 140, 9.

10Voir pour exemple les applications de Sciverse ScienceDirect.

11Conference of Biological Editors, 1960. Committee on Form and Style. Style manual for biological journals. Washington (DC), American Institute of Biological Sciences. Cet ouvrage a été le premier manuel de « style scientifique ». Il est devenu progressivement au gré des différentes rééditions le CBE Style manual, bien connu de l’ensemble des éditeurs scientifiques, puis The CSE manual pour devenir plus généraliste et s’étendre à d’autres disciplines que la seule Biologie. http://www.councilscienceeditors.org .

1223 avril 1984 : annonce dans la presse par la secrétaire américaine à la Santé, M. Heckler, de la découverte du virus du SIDA par R. Gallo et polémique et controverse qui s’en suivit.

13Voir le site Science… & pseudo-sciences donnant l’avis des agences et académies nationales sur l’étude et les très nombreux articles de presse sur l’affaire Séralini.

14http://www.nature.com/news/2008/080915/full/455273a.html http://en.wikipedia.org/wiki/Open_notebook_science

15Voir définitions et usages du blog . Définition du Larousse : Site Web sur lequel un internaute tient une chronique personnelle ou consacrée à un sujet particulier.

16Wiki : Site web dont les pages sont modifiables par les visiteurs afin de permettre l’écriture et l’illustration collaboratives des documents numériques qu’il contient (cf. définition donnée par Wikipedia )

17Voir les articles du dossier Science 2.0 sur le blog My Science Work .

18Bianchini L., 28 septembre 2011. Les réseaux sociaux scientifiques : différences d’approches suivant les disciplines .

19Archive ouverte ou Open archive : expression aujourd’hui assimilée dans le domaine scientifique à un serveur de documents scientifiques (articles scientifiques, mais aussi thèses, actes de congrès...) en accès libre ou à un site, lui aussi en libre accès sur le Web, qui respecte le protocole d’interopérabilité OAI.

20Site officiel de l’Open Archives Initiative .

21Ensemble des textes de référence accessible sur le site Libre accès à l’information scientifique et technique de l’Inist-CNRS, site donnant par ailleurs au jour le jour l’actualité de ce mouvement du libre accès depuis 2003.

Chapitre 2

QUE PUBLIER ?

La plupart des gens voient dans la recherche scientifique un processus purement logique… Et pourtant, quand on examine de plus près « ce que font les scientifiques », on constate avec étonnement que la recherche comporte en fait deux aspects qu’un bon auteur a appelés science de jour et science de nuit. La science de jour met en jeu des raisonnements qui s’articulent comme des engrenages, des résultats qui ont la force de la certitude… Consciente de sa démarche, fière de son passé, sûre de son avenir, la science de jour avance dans la lumière et la gloire. La science de nuit, au contraire, erre à l’aveugle… Doutant de tout, elle se cherche, s’interroge, se reprend sans cesse. C’est une sorte d’atelier du possible où s’élabore ce qui deviendra le matériau de la science. Où les hypothèses restent sous forme de pressentiments vagues, de sensations brumeuses…

Jacob, 2000[22]

Avant d’envisager la publication d’un article scientifique, il faut être sûr d’avoir quelque chose de nouveau, d’important et d’original à communiquer, d’avoir des résultats qui soient publiables selon les critères de la communication scientifique entre chercheurs. Le contexte du Publish or perish!, dans le cadre de la compétition internationale et des multiples évaluations, et la pression pour publier qui en découle, obligent actuellement le chercheur à produire des résultats qualifiés de publiables.

En théorie, l’ensemble des résultats de la recherche, quand ils sont identifiés en tant que tels, devraient être publiables, mais on assiste actuellement à une forte pression de la part des périodiques pour publier essentiellement des résultats qui soutiennent une hypothèse de départ. Dans de nombreuses disciplines scientifiques, les articles sont plus facilement publiés, cités et acceptés par de « bons » périodiques s’ils rapportent des résultats qualifiés de « positifs », à savoir des résultats qui confortent la (ou les) hypothèse(s) de départ[23],[24].

Élaborer une hypothèse pour obtenir des résultats publiables

David Lindsay, dans son récent ouvrage sur la rédaction scientifique[25], titre L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique. Il conforte ainsi la théorie de la nécessité de l’hypothèse de départ, essentielle et indispensable pour la mise en place des protocoles expérimentaux, mais aussi déterminante de par son rôle dans la rédaction des articles scientifiques car la rédaction des articles scientifiques est un processus logique intimement lié à celui de l’expérimentation[26].

Avant de commencer l’étude d’une problématique, pour préparer son angle de réflexion ou élaborer un protocole expérimental, il convient de s’être préparé au préalable en élaborant une (ou des) hypothèse(s) de travail.

Il est indispensable de réfléchir globalement à son projet de recherche et se demander : « Quelle est la question que je me pose, et quelle est, ou pourrait être, la réponse ? » En effet, comme le souligne David Lindsay dans ses cours sur la rédaction scientifique[27], la principale difficulté à publier est souvent liée à l’absence de questions ou d’hypothèses clairement formulées au départ : « La rédaction scientifique, c’est de la réflexion sur papier », dit David Lindsay.

Il faut en effet suffisamment réfléchir à son projet de recherche avant de commencer les expériences pour :

- essayer de « prédire » les résultats ;

- imaginer à l’avance comment seront présentés et expliqués ces résultats…

- … pour élaborer une hypothèse.

Un projet de recherche doit commencer par l’élaboration d’une hypothèse. Cette « prédiction » est la pierre angulaire de tous les bons protocoles expérimentaux.

Lindsay, 2011

Les principaux avantages d’élaborer une hypothèse sont :

- d’obliger le chercheur à réfléchir avant d’agir car l’hypothèse devra pouvoir être compatible avec les résultats déjà connus, et être vérifiable : l’expérience ou le protocole expérimental est la mise à l’épreuve de l’hypothèse formulée ;

- de penser logiquement et scientifiquement pour programmer ses expériences.

L’hypothèse permettra ensuite de structurer et de rédiger l’article plus facilement :

- elle donne un but précis à la rédaction de l’article ;

- elle génère une expectative chez le lecteur de l’article ;

- elle structure enfin naturellement l’article puisque les différents éléments de l’article feront référence et seront liés à l’hypothèse de départ.

En parallèle, l’analyse approfondie de l’ensemble des données obtenues, par suite de la mise en place d’une expérience, est le second préalable incontournable à toute publication et communication de résultats scientifiques, en même temps que la lecture précise et critique de la bibliographie recueillie sur le sujet tout au long de son travail de veille scientifique afin d’être sûr que les résultats obtenus sont réellement originaux et nouveaux, n’ont pas été publiés au préalable et complètent l’ensemble des connaissances déjà acquises sur le sujet.

Qu’est-ce qui est publiable ?

Lorsqu’il en vient à écrire un article pour publier le résultat de son travail, le scientifique, consciemment ou non, oublie la science de nuit pour ne plus garder que la science de jour. Il s’agit de mettre en ordre une masse de données récoltées au fil des mois et des années. De leur donner une forme dont on peut tirer une histoire raisonnable qui deviendra alors le compte rendu officiel de la recherche. Une histoire possédant assez de force et de persuasion pour convaincre les collègues. Pour les pousser à adopter votre point de vue et même pour éclairer leur propre recherche.

Jacob, 2000

La question principale est : « Est-ce que les résultats obtenus méritent qu’on les communique ? »

La réponse à la question précédente est OUI si ces résultats sont à la fois originaux, nouveaux et significatifs et ont permis de tirer des conclusions qui font progresser la connaissance scientifique.

La notion de progrès dans la connaissance est essentielle.

Une façon de savoir si les résultats obtenus sont importants et méritent d’être publiés est de commencer à en parler autour de soi, avec d’autres collègues lors de réunions de travail au sein du laboratoire, même si l’écho reçu à ce niveau-là pourra être parfois très faible et décevant pour le chercheur lui-même tant la spécialisation de certaines recherches rend difficile une analyse critique de la part de ses collègues, même des plus proches.

Se rendre aux congrès spécialisés, colloques ou réunions scientifiques de niveau national ou international sur le sujet, où les derniers résultats sont présentés, et présenter soi-même des bribes de résultats, par le biais de posters ou de courtes communications orales permet de se rendre compte de l’intérêt qu’ils suscitent, et parfois de décider de leur publication rapidement au regard de ce qui est présenté ou divulgué par ailleurs. Il faut alors avoir conscience que divulguer des premiers résultats à un colloque ou congrès peut présenter un certain danger puisque l’on montre clairement aux chercheurs ou équipes « concurrentes » où on en est dans l’étude d’un sujet ou l’élucidation d’une problématique : cela peut inciter les autres chercheurs à publier rapidement leurs propres résultats pour être les premiers.

On considère ainsi comme publiable :

- tout progrès spécifique, identifiable, vérifiable, répétable dans le cadre de certaines procédures expérimentales, représentant quelque chose qui n’a jamais été fait ou obtenu jusque-là, ou une nouvelle direction de recherche ;

- toute observation nouvelle d’un processus ou d’un phénomène qui apporte une nouvelle « brique » dans la construction de la connaissance scientifique ;

- tout fait marquant et spécifique qui permet par exemple d’identifier un obstacle, de le débloquer et de franchir une étape de plus dans la connaissance d’un sujet ;

- toute démonstration fiable d’un processus, même si elle aboutit à montrer une absence d’effet : l’absence d’effet peut être considérée comme un résultat, même si c’est aussi parfois considéré comme un résultat « négatif » , malheureusement difficilement publiable ;

- toute avancée significative dans l’application pratique de principes connus.

Le message à transmettre doit être précis et clair et présenter un intérêt réel pour les autres scientifiques.

Ce sont des chercheurs de la même discipline scientifique, dénommés referees, reviewers ou « lecteurs-arbitres », qui seront ensuite amenés à critiquer et valider les nouveaux résultats diffusés. Il est donc essentiel que le message les interpelle et que l’article leur apprenne quelque chose de nouveau et d’inédit : le principe de nouveauté est à la base de la publication des articles de recherche.

Ce que fait un scientifique n’est donc pas seulement déterminé par sa propre vue du monde, mais aussi par celle de son temps. Jacob, 2000

Néanmoins, il faut aussi savoir laisser libre court à son intuition, être critique, dans tous les sens du terme, à l’égard des résultats obtenus et ne pas se laisser enfermer dans des préjugés et des théories qui pourraient bloquer la découverte de nouvelles pistes de recherche et de nouvelles avancées dans la connaissance scientifique. Il faut être persuasif, inventif, curieux et innovant quand il s’agit d’argumenter sur l’importance des résultats obtenus.

Un exemple illustrant cela est la parution de l’article sur la découverte de fossiles d’organismes vieux de 2,1 milliards d’années dans le périodique Nature le 1er juillet 2010 (Nature, 466, 100-104). L’un des auteurs de l’article, Abderrazak El Albani, disait, dans une interview au journal Le Monde réalisée suite à la publication de l’article le 3 juillet 2010 : « Comment se fait-il que, sur une zone aussi étudiée que le bassin de Franceville (sud-est du Gabon), une telle découverte ne soit pas intervenue plus tôt ? Ce n’est pas le fait d’un manque d’observations, mais c’est, à mon sens, le fait que nous autres scientifiques sommes parfois trop formatés par les livres. Nous avons malheureusement tous tendance à trop faire confiance à ce que nous ont appris nos professeurs… Il faut bien sûr de la connaissance, mais il faut aussi de la curiosité… » En effet, si les chercheurs de l’équipe qui a fait cette découverte étaient restés sur leurs a priori et n’avaient pas voulu remettre en cause certaines autres théories, ils n’auraient sans doute jamais osé publier cet article.

De plus, quand la décision de publier est prise, il faut être cohérent et ne pas se laisser emporter par la tentation du salami slicing[28], terme employé par les éditeurs scientifiques pour désigner la subdivision abusive d’un travail en plusieurs petits articles au lieu d’un seul article complet dans le seul but d’augmenter le nombre d’articles publiés. Les rédacteurs en chef des périodiques scientifiques mettent souvent en garde les auteurs contre cette pratique peu louable car elle a pour conséquence une inflation documentaire pas toujours justifiée. Néanmoins, la publication de plusieurs « petits » articles sur un sujet, plus faciles à lire de par leur brièveté, au lieu d’un seul « gros » article, qui sera très complet mais plus difficile à lire et à assimiler, peut permettre une meilleure diffusion des résultats.

On gardera à l’esprit que la règle à respecter sera :

1 article de recherche = 1 message clair à faire passer.

Enfin, on communiquera ses résultats en se conformant aux règles de l’éthique des publications (cf. chapitre 4 ), mises en place par les éditeurs et rédacteurs en chef des périodiques scientifiques, qui soulignent de leur côté ce qui est publiable, dans quelles conditions et sous quelle forme.

Comment obtenir des résultats publiables ?

Au regard de ce qui a été dit précédemment, nous rappellerons que la conception et la mise en place du protocole expérimental doit avoir été faite au préalable avec le plus grand soin pour obtenir des résultats publiables.

Le chercheur doit alors se poser un certain nombre de questions :

- Quelle est mon hypothèse de départ ou ma question de recherche ?

- Quel est ou quels sont le ou les objectifs de mon étude ?

- Quel est le meilleur moyen pour atteindre cet (ces) objectif(s) ?

- Ai-je les moyens matériels et expérimentaux nécessaires pour réaliser l’ensemble de mes expériences et tester mon hypothèse de départ ?

- Ai-je les permissions requises en matière d’éthique pour réaliser certaines expériences, en particulier en expérimentation animale ou quand on travaille directement sur l’homme ?

- Ai-je assez d’échantillons pour réaliser une analyse statistique correcte sur l’ensemble de mes résultats ? Quels sont les meilleurs tests statistiques à utiliser dans mon cas ?

Toutes ces différentes questions doivent avoir reçu une réponse pour envisager obtenir à terme des résultats publiables.

Combien d’articles publier ?

Cette question, que se posent régulièrement un certain nombre de chercheurs, n’a pas de réponse tranchée et définitive.

Dans le contexte des évaluations, le nombre d’articles publiés varie selon les domaines scientifiques et l’importance de la communauté scientifique qui travaille dans le domaine. Il dépend également grandement de la nature du problème posé et du nombre d’investigations nécessaires pour le résoudre. Certains domaines scientifiques, comme la biologie moléculaire ou la chimie organique, se prêtent à des investigations plus rapides et plus courtes que d’autres, comme la biologie des populations ou la physique des hautes énergies, pour produire des résultats publiables. En conséquence, il y aura plus de publications dans certains domaines que dans d’autres et la nature des publications pourra aussi être très différente : en biologie il y aura par exemple plus d’articles originaux publiés dans des périodiques scientifiques qu’en sciences humaines où on privilégie la publication d’ouvrages et de chapitres d’ouvrages.

En conséquence, aucune règle n’est donnée sur ce point, mais des recommandations et des critères sont indiqués au cas par cas par les instances et agences d’évaluation, telle l’Agence d’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Aeres ) en France, pour un nombre minimal de publications.

Les exigences des instances d’évaluation peuvent ainsi varier en fonction du domaine scientifique. Il en est de même du contexte dans lequel le doctorant, le chercheur ou l’enseignant-chercheur travaille :

- le chercheur ou l’enseignant-chercheur soumis actuellement à ces évaluations doit avoir conscience des exigences requises pour un bon déroulement de sa carrière et pour l’obtention de contrats de recherche afin d’établir en partie une stratégie de publication en conséquence : d’une part pour être bien « noté » de la part de sa hiérarchie et avoir une liste de publications propre à un bon déroulement de carrière et à l’obtention de contrats de recherche, d’autre part pour faire une bonne diffusion de ses résultats auprès du public concerné par le sujet, les spécialistes du domaine en particulier ;

- le doctorant devra, pour sa part, tenir également compte des exigences de l’université dont il dépend pour obtenir son grade de docteur : la délivrance du doctorat, après trois années de recherche et la soutenance de la thèse, est en plus conditionnée à la publication d’un nombre minimal d’articles scientifiques originaux (1, 2 ou plus selon les universités).

Dans la pratique, ces exigences entraînent malheureusement parfois la publication d’articles qui ne respectent pas les principes fondamentaux de l’éthique des publications . Il convient de le rappeler et de rester vigilant. Il ne faut en effet pas tomber dans le cercle vicieux des indicateurs numériques, issus des analyses bibliométriques , qui entraînent des pratiques contraires à un certain nombre de principes de base : multiplication artificielle du nombre des publications par le biais du salami-slicing, non-respect des principes de signature des articles scientifiques, voire manipulation de résultats, fraude et plagiat pour augmenter sa liste de publications.

22Jacob F., 2000. La souris, la mouche et l’homme, Ed. Poches Odile Jacob. Chapitre VII, p. 181-184.

23 Fanelli D., 2010. Do Pressures to Publish Increase Scientists’ Bias? An Empirical Support from US States Data . PLoS ONE, 5(4), e10271.

24Fanelli D., 2010. ‘‘Positive’’ Results Increase Down the Hierarchy of the Sciences . PLoS ONE, 5(4), e10068.

25Lindsay D., 2011. Guide de rédaction scientifique. L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique, éditions Quae, Versailles.

26Lindsay D., 2011. Guide de rédaction scientifique. L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique , éditions Quae, Versailles, 128 p.

27Lindsay D., 2003, 2005. Scientific writing workshop, Inra, Nouzilly. 150 diapositives.

28Cf. Editorial, The cost of salami slicing. Nature Materials, 4, 1, 2005.

Chapitre 3

QUAND PUBLIER ?

Une fois de plus, la réponse à cette question n’est pas tranchée de façon absolue. On pourra seulement dire : « Ni trop tôt, ni trop tard ! », en particulier si on doit tenir compte, dans certains domaines, du niveau de la compétition internationale, pour être le premier à publier.

Les résultats publiables devant être nouveaux et originaux, il faut être le premier à publier.

Attention ! Avant de commencer à divulguer des résultats de recherche lors de colloques ou congrès et/ou à entreprendre la publication d’un article de recherche dans un périodique, il faudra, dans certains domaines, se poser la question de la valorisation des résultats par le biais du dépôt d’un brevet. En effet, si les résultats d’un travail de recherche présentent les critères d’une invention brevetable, la question du brevet peut et doit se poser. Si on est alors en capacité de déposer un brevet, c’est la voie qui devra être choisie, quitte à retarder la publication de l’article de recherche, compte-rendu classique de tout travail de recherche (cf. chapitre 6 ).

Le bon moment pour publier

Globalement, le bon moment pour publier sera déterminé quand on sera en présence :

- de résultats dont les interprétations ont été faites et dont on a tiré un certain nombre des conclusions ;

- de résultats significatifs que l’on pourra relier à l’ensemble des informations et connaissances déjà acquises ;

- de résultats représentant un ensemble de données apportant un progrès dans la connaissance ;

- de résultats permettant d’ouvrir de nouvelles pistes de recherche et de mettre en place de nouvelles hypothèses de travail.

Il ne faut pas se précipiter pour publier de nouveaux résultats car le risque peut être grand de ne pas en avoir suffisamment évalué les conclusions, ce qui peut entraîner un rejet par le périodique auquel on aura soumis l’article, à cause de résultats pas assez convaincants ou d’une conclusion trop hâtive . Ceci pourra représenter au final une perte de temps non négligeable.

De plus, des résultats publiés trop précipitamment, et donc peu crédibles ou peu fiables, peuvent entraîner un discrédit de la part de la communauté scientifique internationale à l’égard des auteurs.

Il ne faut cependant pas non plus trop tarder pour publier car la compétition internationale en matière de recherche est telle dans certains domaines, tout particulièrement dans le domaine biomédical et dans celui de la biologie moléculaire, qu’on peut se trouver dans l’impossibilité de valoriser son travail par une publication si un autre chercheur ou une autre équipe publie avant les mêmes résultats.

Veiller et être vigilant pour évaluer le bon moment pour publier

Une veille scientifique régulière, précise et de qualité, sur l’ensemble des travaux réalisés sur son thème de recherche est indispensable à mener en parallèle de tout travail de recherche car elle permettra de mesurer le niveau de la compétition internationale sur le sujet. Même si parfois elle ne suffit pas à écarter totalement le risque qu’une autre équipe de chercheurs publient le même type de résultats, elle minimisera ce risque.

Il convient également d’être vigilant après avoir commencé à diffuser certaines informations lors de colloques ou congrès scientifiques, même si c’est seulement sous forme d’abstracts ou de posters, car les « concurrents » sauront alors où vous en êtes dans votre travail et pourraient envisager d’accélérer la publication de leurs propres résultats s’ils semblent proches de ce que vous avez commencé à communiquer. La diffusion d’informations lors de ces colloques et congrès doit donc se faire simultanément avec la publication du compte-rendu complet du travail, à savoir la publication de l’article de recherche lui-même.

Dans certains congrès dont les communications orales seront publiées dans des suppléments de périodiques scientifiques, des short papers ou extended abstracts de 3 ou 4 pages sont parfois demandés (environ 1 400 mots). Les auteurs ne sont pas toujours mis en garde sur le fait que, s’ils publient des résultats sous cette forme, la publication ultérieure d’un article de recherche plus complet peut ne pas être acceptée dans un périodique d’un autre éditeur, cette courte communication pouvant être considérée comme un article primaire original. En conséquence, pour ne pas tomber dans ce piège, avant la soumission d’un abstract, d’un poster ou d’une courte communication orale à un colloque ou congrès scientifique, il faut se renseigner auprès des organisateurs pour savoir de quelle manière seront publiées les communications, si ce n’est pas précisé dans les consignes aux auteurs. À titre d’exemple, voir l’extrait du Guidelines for Authors du 10e International Symposium on Equine Research en 2010 qui précisait les conditions et les conséquences de la publication d’extended abstracts.

Chapitre 4

COMMENT PUBLIER DANS LE RESPECT DES RÈGLES DE L’ÉTHIQUE DES PUBLICATIONS ?

Science sans conscience n’est que ruine de l’âme.

Rabelais, 1532[29]

La règle du jeu en science, c’est de ne pas tricher. Ni avec les idées, ni avec les faits. C’est un engagement aussi bien logique que moral. Celui qui triche manque simplement son but. Il assure sa propre défaite. Il se suicide.

Jacob, 1981[30]

Depuis 30 ans, la question de l’« intégrité en recherche » et les questions spécifiques de déontologie et d’éthique dans le monde scientifique sont au cœur de l’actualité, et de nombreux débats ont lieu sur ces sujets. Ces questions ne sont pourtant pas nouvelles. Mais elles ont pris un regain d’intérêt au cours des dernières décennies par suite d’affaires de fraudes et de « mauvaises conduites » de certains scientifiques qui ont fait la une de l’actualité scientifique internationale, affaires qui ont été révélées pour la plupart par le biais des publications scientifiques. Ce sont des questions particulièrement sensibles dans le domaine de la recherche biomédicale, mais elles touchent tous les domaines scientifiques.

La distinction devra cependant être faite entre les « mauvaises conduites » dans le cadre de la pratique de la recherche elle-même, liées à ce que l’on qualifie globalement d’« intégrité en recherche », et celles qui sont liées à la publication des résultats, pour lesquelles on parlera d’« éthique des publications ».

De l’affaire Schön en 2002 dans le domaine de la physique[31] à l’affaire Stapel en 2011 en psychologie[32] en passant par l’affaire Hwang en 2005 pour la biologie[33], la dernière décennie a été particulièrement marquée par de grandes affaires de fraudes.

En 2005, une enquête sur le comportement des chercheurs, révélée par le périodique Nature, indiquait que 33 % des chercheurs qui avaient répondu à l’enquête admettaient avoir eu au moins une fois un comportement contraire aux bonnes pratiques de la recherche. Parmi ces mêmes chercheurs, 15,5 % avouaient avoir changé une présentation de résultats, une méthodologie ou les résultats de l’étude elle-même en réponse à la pression d’un bailleur de fonds[34].

En janvier 2010, une « News » du même périodique Nature[35] informe qu’en Chine, la pression pour publier dans des journaux à fort impact est devenue telle qu’elle encourage la fraude à grande échelle. Des enquêtes auprès de scientifiques chinois appartenant à de grandes universités révèlent qu’un tiers d’entre eux admettent se livrer au plagiat, ainsi qu’à la falsification et la fabrication de résultats.

En août 2011, le Wall Street Journal révèle les résultats d’une étude commandée à Thomson Reuters® (gestionnaire du Web of Science®) et conclut : « Si le nombre de publications a augmenté de moitié entre 2001 et 2010, le nombre d’articles rétractés pendant la même période a été multiplié par 15. »[36]

Cette information, largement reprise dans bon nombre de médias grand public et commentée dans des périodiques scientifiques, dont Nature, interroge sur la qualité et la validité de la publication des résultats de la recherche dans leur ensemble, même si rétractation d’article ne veut pas dire forcément fraude[37].

D’après une analyse publiée en 2011 dans le Journal of Medical Ethics[38], sur 742 articles « rétractés » dans la base de données bibliographiques PubMed entre 2000 et 2010, 73,5 % sont des « erreurs » reconnues contre 26,6 % de la « fraude caractérisée ».

Les questions liées à l’intégrité en recherche, associées à celles de la fraude, falsification de résultats ou plagiat, sont actuellement récurrentes dans le milieu scientifique.

En conséquence, de nombreuses actions ont été mises en place depuis plusieurs années pour essayer de contrer ces problèmes d’intégrité et d’éthique en recherche et surtout essayer de les prévenir.

Outre l’European Science Foundation (ESF) (figure 4.1) et l’Office of Research Integrity (ORI) (figure 4.2), particulièrement engagés dans tous les aspects de l’intégrité en recherche, on citera le Committee On Publication Ethics (figure 4.3) qui est pour sa part très impliqué plus spécifiquement dans le domaine de l’éthique des publications.

Figure 4.1. European Science Foundation et ses travaux sur tous les aspects de l’intégrité en recherche .

Figure 4.2. Office of Research Integrity (ORI). L’ORI est à l’origine d’un certain nombre de ressources pour promouvoir l’éducation d’une conduite responsable de la recherche.

Figure 4.3. Site du Committee On Publication Ethics (COPE) particulièrement impliqué sur l’éthique des publications.

Au niveau international, des congrès, colloques, conférences et débats ont lieu pour soulever toutes ces questions et essayer d’apporter des éléments de réponse, tout particulièrement en matière de prévention contre les comportements non intègres et non éthiques de certains chercheurs.

À titre d’exemples :

- World Conference on Research Integrity. Congrès internationaux organisés depuis 2007 par l’European Science Foundation (ESF) et l’US Department of Health and Human Services Office of Research Integrity (ORI). La première conférence a eu lieu à Lisbonne en septembre 2007[39]. La seconde conférence en 2010 à Singapour a été l’occasion de la publication du Singapore Statement on Research Integrity , document de référence qui rappelle les grands principes de l’intégrité en recherche et donne les principales règles à respecter dans ce cadre (figure 4.4) ;

- « Parlons éthique ! » Séminaire sur l’intégrité scientifique, organisé en France en avril 2012 par l’institut Curie[40]. Un compte-rendu du séminaire , publié dans le périodique La Recherche en juin 2012, est disponible.

Figure 4.4. Singapore Statement on Research Integrity . Version Web .

La traduction française est disponible sur le site de l’Inserm .

Les éditeurs scientifiques sont particulièrement actifs sur le sujet de l’éthique des publications. Ils réaffirment et rappellent les règles de base en la matière au travers de leurs consignes aux auteurs qui sont de plus en plus importantes et précises sur le sujet, mais aussi par le biais de sites spécifiquement dédiés à l’éthique . En effet, outre ses pages consacrées à l’éthique des publications directement accessibles sur son site , l’éditeur Elsevier a publié en 2012 un site Web totalement dédié aux questions de l’éthique en recherche et dans les publications scientifiques : Ethics in Research & Publication (figure 4.5 et annexe ).

Figure 4.5. Site Ethics in Research & Publication mis en place par Elsevier pour aider les chercheurs à publier en respectant les règles de l’éthique des publications.

De leur côté, les académies et les universités se mobilisent pour rappeler les règles de l’éthique. À titre d’exemples :

- les académies belges ont publié en 2009 un Code d’éthique de la recherche scientifique des académies royales de Belgique  ;

- en 2010, le conseil des académies canadiennes a diligenté un comité d’experts sur l’intégrité en recherche (présidé par Paul Davenport) pour mener une évaluation sur les principes, procédures et pratiques importants en matière d’intégrité en recherche et promouvoir l’intégrité en recherche au Canada  ;

- en 2012, l’université de Bordeaux-Segalen en France s’est dotée d’une charte éthique .

Les organismes de recherche français ont créé des comités d’éthique qui délivrent de nombreuses recommandations sur l’éthique de la recherche :

- l’Inra a créé le Comepra, Comité d’éthique et de précaution pour les applications de la recherche agronomique dès 1998 ; il a publié un certain nombre d’avis et de rapports. Le Comepra a été remplacé en 2007 par le « Comité consultatif commun d’éthique pour la recherche agronomique » (commun Inra-Cirad) qui a publié Les principes et valeurs du Comité d’éthique pour la recherche agronomique  ;

- à l’Inserm, la Délégation à l’intégrité scientifique (DIS) a été mise en place en 1999 ;

- le Comité d’éthique du CNRS, le COMETS , a été créé en 1994 ;

- l’Institut de recherche et développement (IRD) a un Comité consultatif de déontologie et d’éthique (CCDE) .

Une multitude d’articles et d’ouvrages sur les problèmes de fraudes, plagiats et mauvaises conduites sont publiés régulièrement dans les périodiques scientifiques pour dénoncer les faits et rappeler, dans tous les domaines scientifiques, la nécessité de respecter les règles de l’intégrité en science et de l’éthique des publications.

Enfin, de nombreux blogs relaient également régulièrement l’ensemble de ces questions. On citera particulièrement le désormais célèbre blog Retraction Watch qui, depuis 2010, recense et explique un certain nombre de cas de rétractations d’articles, principalement dans le domaine des sciences de la vie, mais pas seulement puisqu’une catégorie « Physical sciences retractions  » fait aussi état des cas de rétractation dans le domaine de la physique.

On pourra suivre également le blog français Rédaction Médicale et Scientifique , tenu par un médecin, Hervé Maisonneuve, qui fait également souvent état de ces problèmes d’éthique et de fraudes dans le domaine biomédical et donne de nombreuses informations et liens sur ces deux thématiques.

La notion d’éthique en recherche

Par rapport aux objectifs de la science, le devoir du chercheur est en premier lieu un devoir d’honnêteté intellectuelle. Les écarts à l’intégrité scientifique doivent être prévenus par un encadrement strict des chercheurs dans des services expérimentés, par la définition stricte des conditions de publication et de vérification des résultats d’une recherche. Béatrice Godard, directrice du Département de bioéthique, université de Montréal, 2006-2007[41]

C’est en partie l’« affaire Baltimore »[42] aux États-Unis au milieu des années 1980 qui a été à l’origine de la création de l’Office of Research Integrity (ORI) en 1989 et d’un intérêt accru pour l’éthique des publications.

L’« affaire Baltimore », qui a débuté par une accusation de fraude par suite de la publication d’un article dans le périodique Cell dont David Baltimore était coauteur[43], a provoqué un choc dans l’opinion américaine, David Baltimore ayant été lauréat du prix Nobel de Médecine en 1975. Cela a permis une réelle prise de conscience des problèmes d’éthique et de la nécessité d’imposer des règles pour préserver l’« intégrité de la recherche ».

De nombreux guides, codes et recommandations ont ainsi été rédigés et édités par des groupes, associations ou comités d’éthiques afin de conseiller et guider les chercheurs pour qu’ils adoptent un comportement éthique dans la pratique de la recherche. Certains de ces documents avaient vu le jour antérieurement à l’« affaire Baltimore » suite à des constats de manquement à la déontologie, quelques-uns ont essayé de répondre à des interrogations ponctuelles devant certaines situations nouvelles, d’autres enfin ont évolué régulièrement pour apporter des solutions à des nouveaux problèmes ou défis issus de l’évolution du monde de la recherche.

L’ensemble des recommandations données par ces groupes, conseils ou comités divers ont toutes pour objectif la pratique d’une recherche intègre, responsable et honnête et sont résumées ainsi dans le Singapore Statement on Research Integrity (2010) :

- honnêteté dans tous les aspects de la recherche ;

- conduite responsable de la recherche ;

- courtoisie et loyauté dans les relations de travail ;

- bonne gestion de la recherche pour le compte d’un tiers.

(Traduction française de la Déclaration de Singapour sur l’intégrité en recherche par l’Inserm )

Les règles de l’éthique des publications

Au-delà de l’intégrité dans la conduite même de la recherche en général, les auteurs des publications scientifiques ont des devoirs en ce qui concerne la communication des résultats obtenus : on ne publie pas n’importe quoi, n’importe où, n’importe comment. Le droit à l’erreur est reconnu, mais pas la fraude délibérée… Et, si le droit et le devoir de publier sont établis, des obligations et des règles à respecter engagent à la fois les auteurs, les éditeurs et les referees.

Pour la plupart, ces obligations et règles en matière d’éthique des publications ont été établies par les éditeurs et rédacteurs en chef des périodiques scientifiques et sont rappelées dans la plupart des consignes ou instructions aux auteurs de ces mêmes périodiques ou sur le site de l’éditeur.

Le site du Committee On Publication Ethics , le COPE, a un intérêt particulier. Créé en 1997 par des éditeurs de revues biomédicales issus de l’International Committee of Medical Journal Editors, il regroupe des consignes applicables dans tous les domaines scientifiques. Il offre aux éditeurs des périodiques qui adhèrent à ce comité un cadre et des guides sur les pratiques en matière de publication et publie entre autres un Guidelines on Good Publication Practice. Les règles du COPE, généralisables à tous les domaines scientifiques, sont donc désormais adoptées par de nombreux éditeurs de périodiques scientifiques, actuellement plus de 7 000, dont, d’une façon globale, de grands éditeurs commerciaux : Elsevier, Wiley-Blackwell, Springer, Taylor & Francis, Palgrave Macmilan, Wolters Kluwer. L’éditeur Elsevier a adopté les règles du COPE en matière d’éthique des publications en février 2008 pour la raison suivante : « Our editors face an increasing number of cases of plagiarism and unethical publishing behaviour. As publishing ethics is a major aspect of the peer-review process, we’re delighted to announce the partnership with COPE which can act as a sounding board for all our editors seeking for an external authoritative opinion on difficult cases. » (Martin Tanke, Managing Director, Elsevier S&T Journals Publishing [traduction ]). Les règles du COPE font donc référence, bien au-delà du domaine biomédical, qui fut le pionnier en la matière, et elles se généralisent dans tous les domaines.

Le poster de l’American Physiological Society (figure 4.6) résume une grande partie des points de vigilance en matière d’éthique des publications

Figure 4.6. « Ce que vous devez savoir concernant les problèmes d’éthique afin d’écrire un article scientifique ». Poster publié par l’American Physiological Society en 2009.

©American Physiological Society .

Les devoirs des auteurs des publications scientifiques et les principes d’éthique qu’ils doivent respecter concernent ainsi spécifiquement :

- l’évaluation par les pairs, communément appelés dans le monde scientifique international referees ou reviewers ;

- les règles de présentation des résultats dans le respect des principes fondamentaux de la démarche scientifique ;

- le respect des règles de bonne conduite et l’affranchissement d’éventuels conflits d’intérêt ;

- la contribution significative de chacun des auteurs à l’élaboration du contenu et à la rédaction de l’article.

On assiste ces dernières années à un phénomène inquiétant de multiplication de nouveaux éditeurs, peu scrupuleux, qui profitent des attraits suscités par le phénomène de l’open access, pour solliciter les chercheurs directement par e-mail[44] afin qu’ils publient dans leurs périodiques[45]. Or bon nombre d’entre eux ont des pratiques douteuses, n’hésitant pas à publier des articles totalement plagiés[46] ou à escamoter le processus du peer reviewing. Une liste de ces éditeurs qualifiés de « prédateurs », avec lesquels il faut être particulièrement vigilant, est régulièrement mise à jour par Jeffrey Beall sur son blog : Beall’s List of Predatory Open-Access Publishers . Il publie également les critères qui permettent de déterminer s’il faut se méfier d’un éditeur : Criteria for Determining Predatory Open-Access Publishers .

L’évaluation par les pairs

Toute nouvelle information scientifique doit avoir été acceptée et validée par les pairs pour être publiée.

Le processus de l’évaluation par les pairs consiste en la relecture des travaux et leur validation par des chercheurs sélectionnés pour leur compétence dans le même domaine scientifique. On les nomme communément dans le milieu scientifique les reviewers ou referees. L’évaluation par les pairs a été mise en place avec la publication des tous premiers périodiques scientifiques et cette évaluation par la simple relecture des articles est restée un principe de base.

Ce système de relecture est loin d’être parfait et est souvent critiqué, d’autant qu’il est critiquable, dans la mesure où il n’exclut pas la publication d’erreurs, de fraudes et de résultats non conformes. De plus, c’est un système lourd et lent, en contradiction avec les pratiques actuelles de la communication via Internet qui est devenue rapide et instantanée.

De ce fait, l’évolution des pratiques de la communication scientifique, en particulier la communication directe via le Web, rompt parfois avec ce principe. Il est donc régulièrement rappelé qu’il ne doit pas y avoir de communication directe des résultats de recherche sur le Web sans évaluation par les pairs. Mais ce processus est en train d’évoluer.

Dans le schéma classique qui a perduré depuis plus de trois siècles, les pairs sont en général au nombre de 2, voire parfois 3, et, en fonction de leur avis, la décision finale de publication est prise par le rédacteur en chef du périodique.

Comment se passe l’évaluation par les pairs ?

Une figure-résumé du processus de l’évaluation par les pairs est donnée dans le guide Peer review : A guide for researchers (mars 2010), guide produit par The Research Information Network (figure 4.7).

Figure 4.7. Schéma extrait du guide Peer review: A guide for researchers , 2010, produit par The Research Information Network.

1. L’auteur (avec ses coauteurs éventuels) soumet son article à un périodique.

2. Si l’article est jugé acceptable par le périodique, le rédacteur en chef sélectionne et choisit en général 2 chercheurs du même domaine pour relire et évaluer l’article. Les chercheurs choisis, qualifiés de pairs, referees ou reviewers, doivent, de la même façon que les auteurs, respecter un certain nombre de règles. Ils reçoivent en général un guide et un formulaire à compléter pour rendre compte de ce travail d’évaluation qui se fait de plus en plus directement en ligne sur le site Web de l’éditeur du périodique. Ils sont tenus de renvoyer leurs commentaires dans des délais définis par le rédacteur en chef. Ils sont couverts par l’anonymat à l’égard des auteurs.

3. Les pairs ont 3 options :

- validation immédiate des résultats et acceptation directe de l’article ;

- corrections plus ou moins importantes à réaliser par les auteurs pour que l’article soit publié ;

- refus pur et simple de l’article avec argumentation.

4. Après la réception des avis des pairs, le rédacteur en chef prend la décision qui s’impose et renvoie les commentaires éventuels aux auteurs.

5. Si des corrections sont demandées, les auteurs doivent les faire le plus rapidement possible. Si l’auteur n’est pas d’accord avec les commentaires et corrections demandées, il peut en informer le rédacteur en chef en argumentant.

6. La nouvelle version de l’article est renvoyée au rédacteur en chef qui pourra de nouveau la soumettre aux pairs pour acceptation finale si les corrections demandées sont conséquentes. En seconde lecture, les pairs ne devront pas revenir sur ce qui n’avait pas reçu une demande de correction au préalable.

7. Une fois l’ensemble du processus terminé, l’article sera mis en page par le secrétariat de rédaction.

8. Les « épreuves » seront envoyées aux auteurs pour une dernière relecture avant la publication définitive de l’article.Afin d’éviter qu’un travail inutile de relecture par des pairs puisse se répéter si, après un refus par un périodique, le chercheur soumet son article sans modification à un autre périodique, certains groupes de périodiques publiant des travaux sur le même thème chez le même éditeur, redirigent directement les articles refusés, avec les commentaires des premiers relecteurs, à l’ensemble des autres périodiques.

Les critiques et suggestions des referees seront utilisées par le rédacteur en chef si elles sont clairement documentées et argumentées. Toutes les recommandations des referees seront prises en compte mais, dans la mesure où ces referees sont plusieurs (au minimum 2) et qu’ils peuvent avoir des avis contradictoires, la décision finale concernant certaines remarques incombe au rédacteur en chef du périodique.

Maillon très important de la chaîne de publication des résultats de la recherche, le reviewer ou referee doit faire son travail de relecture et de validation des articles conformément à un certain nombre de règles qui lui sont rappelées par le rédacteur en chef du périodique qui le sollicite.

Il doit en particulier :

- respecter des règles de déontologie, comme ne pas citer un travail avant qu’il ne soit publié ou ne pas utiliser l’information qu’il aura eue en avant-première avant sa publication ;

- adopter une attitude « positive » et impartiale à l’égard des auteurs lors de la relecture de l’article ;

- faire ses commentaires en se mettant à la place des auteurs, « dépassionner » les critiques et éviter les remarques désobligeantes ;

- suggérer des révisions possibles en distinguant ce qui est essentiel de ce qui est accessoire ;

- ne pas juger un travail s’il ne s’en sent pas capable ; il doit alors le retourner au rédacteur en chef dans les plus brefs délais ;

- respecter les délais de renvoi de ses commentaires ;

- si le referee connaît les auteurs de l’article, il ne doit en aucun cas communiquer directement avec eux.

Le referee doit prendre en considération les aspects suivants :

- l’originalité du travail ;

- l’importance de la question ou du sujet traité ;

- la pertinence de l’approche expérimentale, des techniques utilisées et des analyses statistiques réalisées dans le cas d’échantillons multiples ;

- la justesse des interprétations et des conclusions tirées ;

- la pertinence de la discussion ;

- la clarté de l’expression écrite : on ne demande pas systématiquement au reviewer de corriger les déficiences de style et les fautes de grammaire, mais des remarques peuvent néanmoins être utiles, à la fois pour le rédacteur en chef qui devra être vigilant sur ces aspects, et pour les auteurs afin qu’ils améliorent leur style scientifique et la rédaction elle-même.

Pour en savoir plus sur le travail des referees, voir annexe .

Évolution du processus de l’évaluation par les pairs

Le processus de l’évaluation par les pairs évolue avec les nouvelles possibilités offertes par le Web et les articles accessibles au format électronique sur les sites Web des éditeurs.

Le principe de l’anonymat des referees a souvent été discuté et contesté. Grâce aux nouvelles technologies du Web, la possibilité que d’autres chercheurs puissent faire des commentaires suite à la publication de l’article se développe dans le but d’enrichir le peer reviewing.

Il est aussi parfois proposé par certains éditeurs de mettre les articles soumis directement sur le Web en libre accès afin de permettre un peer reviewing total et plus largement ouvert à l’ensemble des spécialistes du domaine : les commentaires ainsi reçus peuvent être plus nombreux et contribuer à améliorer la qualité des articles publiés.

En 2006, le périodique Nature a lancé un débat sur le sujet et fait des essais de peer reviewing ouvert . Un blog a également permis de débattre sur le sujet jusqu’en 2011. Mais, malgré un enthousiasme réel sur le concept, l’expérience n’a pas été totalement concluante.

Cependant, le débat sur la façon de réaliser le processus du peer reviewing continue[47].

Des chercheurs finlandais ont récemment mis en place un nouveau service, indépendant des périodiques, dont l’objectif est de réaliser des pré-évaluations par des pairs avant la soumission des articles : c’est le site Peerage of Science (figure 4.8).

Figure 4.8. Site Peerage of science .

Cependant, si la question de la validation par les pairs suscite toujours des débats sur la manière de faire et évolue en utilisant les nouvelles possibilités du Web, le principe de cette validation n’est pas remis en cause et reste un principe de base de l’éthique des publications.

Le respect des principes fondamentaux de la démarche scientifique

La démarche scientifique consiste à confronter sans relâche ce qui pourrait être et ce qui est. Jacob, 2000[48]

La démarche scientifique, en tant que méthode expérimentale, commence par la définition d’un problème et l’énoncé d’une question de recherche pour essayer d’explorer et de comprendre un système, plus ou moins complexe. Elle consiste en la formulation d’hypothèses, établies au regard de ce qui est déjà connu sur le sujet pour imaginer des réponses à la question posée. Elle se poursuit par la vérification des hypothèses grâce à la mise en place et à la réalisation d’un travail expérimental pour tester ces hypothèses avec comme objectif principal la résolution du problème. Suite aux expériences réalisées, l’analyse des résultats obtenus, conformes ou non aux hypothèses de départ, permettra de théoriser et de généraliser ou non un concept ou une méthode hors du champ de l’expérimentation. Au final, on aboutit à l’élaboration de conclusions et/ou de théories, toujours au regard de ce qui est connu sur le sujet, en référence aux travaux déjà réalisés et publiés.

Respecter la démarche scientifique, c’est respecter les principes suivants :

- l’explication détaillée de l’ensemble du protocole et des méthodes ayant permis d’obtenir les résultats présentés pour permettre la reproductibilité des faits expérimentaux. C’est l’objectif principal de la partie « Matériel et méthodes » des articles originaux ;

- l’exactitude des données rapportées ;

- la disponibilité des données qui ont permis d’obtenir les résultats rapportés et de tirer les conclusions :

- dans cet objectif, la mise à disposition de toutes les informations détenues et des cahiers de laboratoire doit être possible, l’archivage de ces cahiers de laboratoire est en conséquence organisé et désormais obligatoire dans les organismes de recherche,

- l’ensemble des données chiffrées, ainsi que l’ensemble des « produits » obtenus (enregistrements divers, photographies, etc.), doivent être conservés et archivés dans les meilleures conditions ;

- la discussion objective des résultats obtenus ;

- la citation des travaux antérieurs qui ont permis d’une part de mettre en place le projet de recherche et le protocole expérimental et d’autre part d’argumenter et de soutenir le raisonnement qui aboutira aux conclusions finales.

Les travaux scientifiques qui ne demandent pas forcément l’application d’une méthode expérimentale au sens strict du terme nécessitent néanmoins eux aussi de respecter les mêmes principes passant par différents stades de l’explication de la problématique de départ à la présentation et à la discussion objective des données en passant par la citation des travaux antérieurs sur le sujet.

Ces principes sont reconnus par l’ensemble des acteurs de la recherche et doivent être respectés.

Le respect des règles de bonne conduite scientifique

En fait, les fraudes en science sont à la fois surprenantes et intéressantes. Surprenantes parce que, sur des questions importantes, il est enfantin de penser que la supercherie passera longtemps inaperçue ; il faut donc que le tricheur croit dur comme fer non seulement à la possibilité, mais à la réalité du résultat qu’il entend démontrer par sa fraude. Intéressantes aussi parce que les fraudes vont du truquage délibéré des résultats à ce qui n’est que déviation légère, parfois même inconsciente, par rapport au comportement normal du scientifique. Elles touchent ainsi à des aspects psychologiques et idéologiques de la science et des scientifiques. Elles peuvent donc aider à comprendre certaines des idées préconçues qui, à une période donnée, font obstacle au développement scientifique. En ce sens, les fraudes font partie de l’histoire des sciences. F. Jacob, 1981. Le jeu des possibles, essai sur la diversité du vivant, Fayard, p. 38-39.

L’éthique scientifique correspond à un ensemble de valeurs, usages, obligations et règles, reconnus par l’ensemble de la communauté scientifique et/ou par la société au sens large, régissant l’activité de recherche et le comportement individuel des chercheurs.

Certains actes qualifiés d’« inconduite scientifique » ou de « fraude scientifique  » ont pour conséquence de nuire au bon fonctionnement général de la recherche et à la communauté scientifique dans son ensemble. Ils sont répréhensibles. Ce sont :

- la fabrication de résultats ;

- la falsification ou la suppression volontaire et délibérée de certains résultats ;

- le plagiat ou l’appropriation de résultats, de données ou de concepts déjà publiés par d’autres ; le défaut de citation des travaux antérieurs en toute conscience, correspondant à une non-reconnaissance des apports d’autrui, est assimilé à du plagiat ;

- l’auto-plagiat ou duplication de ses propres articles : un même article, avec les mêmes résultats, publié par un même auteur dans des périodiques différents est considéré comme une publication redondante et comme de l’auto-plagiat. Cependant, une publication secondaire, particulièrement dans une autre langue peut être justifiée et justifiable sous certaines conditions, en particulier la citation de la publication originale et l’accord de l’éditeur du périodique dans lequel a eu lieu la première publication : c’est le cas par exemple de périodiques qui publient en anglais des articles publiés dans une langue moins connue dans le seul but d’une meilleure diffusion des résultats.

La fabrication et la falsification de résultats sont considérées comme les actes d’inconduite ou de fraude scientifique les plus graves.

Le plagiat dans le domaine de la recherche a pris ces dernières années une ampleur telle que c’est devenu un problème particulièrement grave.

Le site InfoSphère donne la définition suivante du plagiat :

« Plagier c’est :

- s’approprier le travail créatif de quelqu’un d’autre et le présenter comme sien ;

- s’accaparer des extraits de texte, des images, des données, etc. provenant de sources externes et les intégrer à son propre travail sans en mentionner la provenance ;

- résumer l’idée originale d’un auteur en l’exprimant dans ses propres mots, mais en omettant d’en mentionner la source. »

(Source : http://www.bib.umontreal.ca/infosphere/sciences_humaines/module7/evaciter1.html)

En complément, le site Intégrité, fraude et plagiat de l’université de Montréal (figure 4.9), fait de l’intégrité « une valeur fondamentale » et essaie de combattre les mauvaises pratiques.

Figure 4.9. Site Intégrité fraude et plagiat . Consulté le 10/09/2012.

Compte tenu de l’ampleur prise par le plagiat, spécifiquement dans le cadre des travaux universitaires, de nombreux congrès, colloques et conférences ont été organisés ces dernières années sur ce thème. On citera à titre d’exemples :

- « Le plagiat de la recherche scientifique » organisé du 20 au 21 octobre 2011 à l’université Paris-II. Les conférences ont fait l’objet de la publication d’un ouvrage Le plagiat de la recherche scientifique, 2012, sous la direction de G.J. Guglielmi et G. Koubi, L.G.D.J. Lextenso Editions, Paris. Le site créé à l’occasion du colloque donne un résumé de certaines interventions ;

- 5th International Plagiarism Conference, 16th-18th July 2012, The Sage Gateshead, Newcastle upon Tyne, UK. Certaines conférences et supports de présentations sont accessibles via le site de la conférence .

Il ressort de ces congrès que le plagiat touche toutes les disciplines scientifiques, qu’il n’est pas toujours évident à définir avec précision, mais que c’est une pratique qui, même si elle n’est pas nouvelle, est de plus en plus fréquente. Le site Internet Fraude et déontologie selon les acteurs universitaires , tenu par Michelle Bergadaà de l’université de Genève, est particulièrement complet sur les aspects du plagiat.

Si le plagiat n’est pas un problème nouveau, la technique du copier/coller s’est accentuée avec l’apparition d’Internet et il convient désormais de la prévenir et de la combattre efficacement. Au-delà de la nécessité de mettre en place des formations pour expliquer aux chercheurs ce que l’on peut faire ou ne pas faire en matière d’« emprunt de citations » pour lutter contre cette pratique, des logiciels anti-plagiats voient le jour. Cependant, ces logiciels, de plus en plus utilisés par les périodiques eux-mêmes pour combattre ce fléau, ne sont pas sans failles et ne sont pas la solution à tous les problèmes. Lors du colloque « Le plagiat de la recherche scientifique », Jean-Noël Darde explique : « Dès qu’un plagiat s’éloigne du "copier-coller" strict, les logiciels ne le détectent pas. Les logiciels ne détectent que des « similitudes » dont certaines peuvent être légitimes, comme les citations. »[49]

La contribution significative de chacun des auteurs des publications : la notion de la paternité des articles plus largement désignée sous le nom d’authorship

Cette question de la paternité (authorship) des écrits scientifiques est la réponse à la question : « Qui peut être qualifié d’auteur d’un article scientifique ? ».

À cette question, l’ensemble des éditeurs répondent que le fait de signer une publication implique en tout premier lieu la contribution « significative » de chacun des auteurs dans l’élaboration du contenu et la rédaction. Tous les acteurs de la recherche peuvent ainsi légitimement prétendre à la signature des travaux auxquels ils ont contribué sans discrimination, mais dans le respect des règles de l’authorship !

La question de l’authorship faisant partie des questions stratégiques est spécifiquement traitée dans le chapitre 5 .

Pour en savoir plus

En dehors des multiples documents cités dans ce chapitre, quelques présentations récentes résumant les questions d’éthique des publications :

Falize C., Garandel-Batifol V., Volland-Nail P., 2011. Processus de publication d’un article. 6 – L’éthique des publications .

Maisonneuve H., 2012. Publications, conflits d’intérêts, éthique. Présentation aux Universités médicales 2012 de la Société française d’étude et de traitement de la douleur (24-26 juin 2012).

Pierson C., 2012. Publication Ethics Video Series .

Publication Ethics, Part 1 – Overview

Publication Ethics, Part 2 – Authorship

Publication Ethics, Part 3 – Plagiarism

Publication Ethics, Part 4 – Conflicts of Interest

Publication Ethics, Part 5 – Retracted Literature

Volland-Nail P., 2011. Intégrité en recherche. Éthique des publications . Conférence à la journée du réseau ISIDORA du CNRS, 22 novembre 2011, Grenoble.

Conférence .

Volland-Nail P., 2011. Introduction à la conférence-débat organisée par le groupe Éthique du centre Inra de Tours le 14 septembre 2011 sur le thème : « Éthique des publications scientifiques : publier pour diffuser des connaissances ou pour être évalué ?  ».

29Rabelais, 1532. Pantagruel, chap. 8.

30Jacob F. (prix Nobel de médecine 1965), 1981. Le jeu des possibles, essai sur la diversité du vivant, Fayard, p. 38.

31Ramunni G., 2003. La fraude scientifique , La revue pour l’histoire du CNRS, mis en ligne le 30 octobre 2006, consulté le 09 octobre 2012.

32Voir Press Release et l’ensemble des billets du site Retraction Watch sur l’affaire Stapel.

33Voir Nature News .

34Martinson B.C., Anderson M.S., de Vries R., 2005. Scientists behaving badly . Nature, 435, 737-738.

35 Qiu J., 2010. Publish or perish in China . Nature, 463, 142-143. doi :10.1038/463142a.

36Naik G., 10 Août 2011. Mistakes in scientific studies surge . The Wall Street Journal / Health.

37 Van Noorden R., 2011. Science publishing : The trouble with retractions. Nature, 478, 26-28.

38 Steen R.G., 2011. Retractions in the scientific literature: is the incidence of research fraud increasing? Journal of Medical Ethics, 37, 249-253.

39 Site de la 1re World Conference on Research Integrity .

40Annonce du séminaire de l’Institut Curie .

41http://www.integrite.umontreal.ca/definitions/godard-levesque.htm

42 Kevles D.J., 1998. The Baltimore Case: A Trial of Politics, Science, and Character, W.W. Norton, New York.

43 Weaver D., Reis M.H., Albanese C., Costantini F., Baltimore D., Imanishi-Kari T., 1986. Altered repertoire of endogenous immunoglobulin gene expression in transgenic mice containing a rearranged mu heavy chain gene. Cell, 45(2), 247-59.

44Exemple d’e-mail pour un appel à publier dans un journal d’un de ces nouveaux éditeurs peu scrupuleux : http://scholarlyoa.com/2012/02/05/new-publisher-scientific-academic-publishing/

45Beall J., 2012. Predatory publishing . The Scientist, August 1, 2012.

46Exemple : http://scholarlyoa.com/2012/08/31/international-prank-involving-predatory-publishers-makes-headlines-in-indonesia/

47 Whiter Science Publishing? The Scientist, August 1 2012.

48Jacob F., 2000. La souris, la mouche et l’homme, éd. Poches, Odile Jacob, p. 189.

49Voir la conférence de Jean-Noël Darde au colloque « Le plagiat de la recherche scientifique » dupliquée sur son blog Archéologie du « copier-coller » : « Les logiciels anti-plagiat : détection ? formation ? prévention ? dissuasion ?  » (consulté le 10/09/2012).

Chapitre 5

AVEC QUI PUBLIER ? QUI EST AUTEUR D’UN ARTICLE SCIENTIFIQUE ?

La signature en science n’est pas un simple geste qui vient clore une recherche et qui est réductible à une information chiffrée : elle véhicule des traditions en vigueur au sein d’une discipline, les relations entre les membres d’un même laboratoire, les collaborations qu’ils ont établies avec d’autres collègues, le mode d’organisation de la communauté scientifique. Pontille, 2005[50]

Être ou ne pas être auteur d’un article scientifique ? C’est une question très importante pour le chercheur, mais aussi pour l’ensemble du processus de la publication des résultats de la recherche car elle relève des principes de l’éthique des publications.

La question de la signature des articles scientifiques, que ce soit du point de vue des signataires eux-mêmes ou de l’ordre des signataires, est souvent au centre de nombreuses discussions dans les laboratoires et équipes de recherche car ce n’est pas une question anodine compte tenu des conséquences qu’elle peut entraîner. On s’aperçoit néanmoins que cette question n’est malheureusement pas toujours traitée dans le respect des règles de l’éthique des publications (figure 5.1).

Figure 5.1. Auteurs et ordre des noms des auteurs d’un article scientifique tels qu’ils pourraient être rencontrés de façon certes caricaturale, mais pas si éloignée de la vérité dans certains cas.

© The author list , 2005, by Jorge Cham.

En effet, un des objectifs des écrits de la recherche, outre participer à la communication et à la diffusion des résultats de la recherche et permettre l’accroissement des connaissances scientifiques, est d’évaluer la recherche, et en conséquence les chercheurs eux-mêmes, en estimant la quantité et la qualité de leurs publications. De plus, publier permet au chercheur de justifier de son travail et de se faire connaître et reconnaître par l’ensemble de la communauté scientifique. Enfin, une grande partie de la « vie académique » tourne autour des publications puisque l’obtention de crédits ou de contrats est fonction des publications.

Se souvenir de l’adage « Publier ou périr ! » D’où l’importance de la notion d’auteur des publications pour les chercheurs.

Depuis les années 1980, la pression pour publier a entraîné une augmentation significative du nombre d’auteurs sur les publications. De plus, la recherche scientifique est très souvent un travail d’équipe, ce qui complique l’analyse de la notion d’auteur réel des publications. Si on se réfère au seul travail d’écriture, l’auteur est la personne qui a écrit l’article ou le livre, mais un auteur peut aussi être défini comme « la personne qui est à l’origine de quelque chose, qui en est le créateur, qui l’a conçu, réalisé » (cf. définition de « auteur » dans les dictionnaires Le Robert et Larousse). En conséquence, on peut avoir derrière la notion d’auteur diverses interprétations en fonction de ce que l’on sous-entend.

De nombreuses affaires de fraude scientifique, dont l’affaire Baltimore[51] dans laquelle la problématique des auteurs de l’article remis en question a été clairement évoquée concernant l’implication du prix Nobel de médecine David Baltimore, ont incité les éditeurs de périodiques scientifiques à édicter des règles sur la notion d’auteur dans le cadre des principes de l’éthique des publications.

Toutefois, la notion d’auteur d’une publication scientifique fait toujours débat à l’heure actuelle et reste très discutée malgré les très nombreux rapports, articles et éditoriaux qui ont été écrits ces 30 dernières années sur le sujet sans pour autant trancher définitivement la question. Elle reste en effet très dépendante des pratiques et des habitudes prises dans les différents domaines scientifiques en matière de signature d’articles, pratiques qui peuvent varier considérablement d’un domaine à un autre, voire au sein d’un même domaine en fonction des laboratoires et équipes de recherche (Pontille, 2004, 2005 ; Rapport de l’Académie des sciences, 2011 ).

Les règles de l’éthique des publications, acceptées par une large majorité des éditeurs scientifiques, stipulent que signer une publication scientifique implique la contribution « significative » de chacun des auteurs dans l’élaboration du contenu et la rédaction.

Ainsi, de nombreux acteurs de la recherche peuvent légitimement prétendre à la signature des travaux auxquels ils ont contribué, sans discrimination, depuis le technicien jusqu’au directeur du laboratoire, mais dans le respect des règles dites de l’authorship.

Qui peut revendiquer être auteur d’un article scientifique ?

Mise en place des règles en matière d’auteur

En 1982, Eugene Garfield (concepteur du Science Citation Index de l’Institute of Scientific Information), face à l’accroissement du nombre de coauteurs sur les articles scientifiques (phénomène qu’il juge injustifié), s’adresse au Council of Biology Editors pour qu’il établisse des règles en la matière, estimant que les éditeurs des périodiques scientifiques « ont autorité pour établir ces règles »[52]. La même année, un éditorial de Edward J. Huth[53] dans les Annals of Internal Medicine discute de la notion d’auteur en se plaçant du côté du lecteur : « Quand des lecteurs lisent un article, ils souhaitent savoir qui pourrait prendre la responsabilité publique du contenu. » Par ces trois mots, responsabilité, publique et contenu, il tente de donner une définition de l’auteur des articles scientifiques.

Au paragraphe « Authorship », à la première page de la 5e édition du CBE Style Manual[54], publié en 1983, il est indiqué : « The basic requirement for authorship is that an author should be able to take public responsability for the content of the paper. An author should be able to indicate why and how the observations were made, and how the conclusions follow the observations. An author should be able to defend criticisms of the paper, as, for example, in a letter-to-the-editor responding to published criticisms. These abilities should come from having participated in design of the study, in observing and interpreting the reported findings, and in writing the paper. » (traduction )

Il est admis en même temps qu’il peut y avoir des exceptions et que tous les auteurs des articles ne sont pas forcément capables de défendre l’intégralité du contenu de l’article en fonction du caractère spécialisé de certaines participations d’auteurs.

Sur ces bases, l’International Committee of Medical Journal Editors[55] a été un des premiers à donner des règles précises en matière d’auteur, insérées à partir de 1988 dans les Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals .

Définition de l’auteur

Selon les Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals , « Chaque auteur doit avoir suffisamment participé au travail pour assumer la responsabilité du contenu en public. » En d’autres termes, est auteur toute personne ayant la capacité de défendre le contenu de l’article, c’est-à-dire la justification de l’étude, la conception du protocole expérimental, l’obtention des données, l’analyse et l’interprétation des données, ainsi que l’élaboration des conclusions, en assumant sa responsabilité si l’article est remis en cause par des lecteurs.

On retrouve les deux notions essentielles régissant la qualité d’auteur : participation et responsabilité.

Pour prétendre être qualifié d’auteur d’un article scientifique, les Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals stipulent que les trois conditions suivantes doivent être remplies :

- avoir contribué de façon « substancielle » à la conception et à la mise au point du protocole expérimental (hypothèse, plan d’expérience), à l’acquisition de données ou à l’analyse et à l’interprétation des données ;

- avoir contribué à la rédaction de l’article ou à la révision critique du contenu intellectuel de l’article ;

- avoir approuvé la version finale publiée.

Il est ensuite ajouté dans ce document :

- participer seulement à la collecte des résultats ou exécuter seulement les expériences ne justifie pas automatiquement la qualification d’« auteur » ;

- superviser un groupe de recherche (équipe, laboratoire, unité) n’entraîne pas automatiquement la qualification d’« auteur » pour tous les articles du groupe ;

- toute personne désignée en tant qu’auteur doit en avoir la compétence.

La définition des auteurs et les critères de choix sont désormais reconnus par la plupart des périodiques scientifiques et sont intégrés dans les consignes ou instructions aux auteurs au paragraphe « Authorship ».

Un rapport Inra, Déontologie des chercheurs en matière de publications des résultats de la recherche (2002), précise : « L’obtention de financement(s), la simple exécution des expériences selon des protocoles définis initialement, la direction d’équipe ou d’unité, ou le seul recensement de données ne peuvent pas se substituer à l’une des conditions précédentes [celles des Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals] et ne justifient pas à eux seuls la qualification d’auteur. »[56]

Les différents types d’auteurs

À partir de la définition et des conditions requises pour être auteur, les éditeurs des périodiques scientifiques qualifient comme suit certains types d’auteurs :

- gift author : c’est l’auteur à qui on fait « cadeau » de la paternité de l’article, même s’il ne remplit pas l’ensemble des critères permettant d’être auteur. Pour certaines personnes, c’est une façon de remercier d’autres chercheurs ou des techniciens que de les mettre en auteur d’une publication à laquelle ils ont contribué d’une façon ou d’une autre, mais cependant parfois d’assez loin, sans remplir les trois conditions requises pour être qualifié d’« auteur ». Souvent, les gift authors ne sont pas forcément prévenus qu’ils sont auteurs d’un article et ils le découvrent une fois l’article publié. Rappelons qu’il est essentiel de ne pas mettre parmi les auteurs quelqu’un sans l’en avertir, afin de ne pas l’engager dans une responsabilité qu’il ne tient pas forcément à assumer ! Pour limiter ce genre de pratique, de plus en plus de périodiques demandent, au moment de la soumission de l’article, que tous les auteurs soient conscients qu’ils sont réellement auteurs, en assument la responsabilité et qu’ils s’engagent en signant un formulaire spécifique ou en acquiesçant par renvoi d’un e-mail quand la soumission se fait sous format électronique ;

- honorary authorship ou guest authorship : ce sont les auteurs à titre honorifique, ou « invités ». Ils sont inclus dans la liste des auteurs soit pour les remercier de façon honorifique, soit parce que ce sont des scientifiques de l’équipe déjà connus et reconnus et que la mention de leur nom sur la publication permettra de mieux faire accepter l’article par les referees. Cette notion n’a pas de sens. Comme pour le cas précédent, elle confère à ces auteurs une responsabilité qu’ils ne sont pas censés assumer dans la mesure où leur participation n’est pas « substancielle ». Un éditorial récent (2012) du périodique Science[57] revient sur cette notion d’« auteur honorifique » en la dénonçant fermement et en intimant « les différentes institutions, les auteurs et les périodiques à mettre fin à cette pratique frauduleuse et non éthique. » ;

- ghost author ou « auteur fantôme » : c’est le cas de personnes qui, légitimement, pouvaient prétendre être auteurs d’un article au regard de leur participation active et « substancielle » à de nombreuses étapes de l’obtention des résultats, mais à qui on n’a pas fait part de la volonté de publier un article et qui n’ont pas pu participer à la rédaction ou à la révision critique de l’article et, par conséquent, n’ont pas pu approuver la version finale publiée. Cet oubli volontaire de certains auteurs est également répréhensible et contraire aux règles de l’éthique des publications.

En ce qui concerne la paternité des articles, le Committee On Publication Ethics (COPE) a publié des chartes sous forme d’organigrammes pour permettre aux auteurs qui suspectent des ghost, guest ou gift auteurs dans une liste d’auteurs de connaître la marche à suivre pour remédier à cette situation[58].

Cependant, la notion d’auteur évolue et on parle maintenant de plus en plus de la notion de contributeur, ou contributorship. Les rédacteurs en chef des périodiques scientifiques peuvent ainsi demander aux auteurs de décrire précisément la contribution de chacun et leur degré de responsabilité. L’éditeur PLoS inclut désormais systématiquement la « contribution » de chacun des auteurs des articles publiés dans ses périodiques (figure 5.2).

Figure 5.2. Exemple de contributorship, ou contribution des auteurs, dans PLoS ONE.

De même, apparaît depuis quelques années la notion de guarantor ou « auteur garant » de l’intégralité du travail. En effet, comme il est parfois difficile de voir tous les auteurs d’une publication responsables de tous les aspects du projet, les éditeurs souhaitent que soit désigné comme garant un ou plusieurs auteurs qui puissent endosser si nécessaire la responsabilité de l’ensemble du travail rapporté.

Le corresponding author

Parmi les coauteurs il faudra désigner un corresponding author. Cet auteur « correspondant » a, dans un premier temps, la responsabilité des relations avec l’éditeur du périodique, depuis la soumission de l’article jusqu’à sa publication, en passant par toutes les étapes du processus de l’évaluation par les referees. Durant toute cette période, il fait le lien entre le rédacteur en chef du périodique et l’ensemble des coauteurs de l’article en avertissant ces derniers de l’avancée des étapes de publication au fur et à mesure de leur déroulement. Il reçoit les retours des referees et doit alors en faire part immédiatement à l’ensemble des coauteurs pour que soient prises les décisions nécessaires en matière de corrections éventuelles ou de soumission à un nouveau périodique si l’article est refusé. Au moment de la publication de l’article, c’est son adresse e-mail qui est le plus souvent spécifiée pour répondre aux éventuelles demandes des lecteurs, telles que les demandes de copie des articles ou les demandes de renseignements divers. Dans la base du Web of Science®, un champ spécifique est réservé dans la notice bibliographique pour les coordonnées postales et l’e-mail du corresponding author. En conséquence, il doit avoir une adresse stable. Le choix du correspondant se fait en fonction de ce rôle spécifique qu’il a à jouer et en concertation avec l’ensemble des coauteurs.

La signature des techniciens

La question de la qualité d’auteur des techniciens dans les laboratoires est souvent posée et est parfois source de longues discussions, voire de conflits. Un article, publié en 1991 intitulé « Le technicien invisible »[59], retrace le rôle des techniciens dans l’histoire des sciences, et constate l’absence de visibilité de ces derniers. L’article analyse et résume le problème et montre que c’est évidemment par le biais des signatures des articles que les techniciens sont le plus visibles, mais encore faut-il qu’ils remplissent les conditions requises pour être qualifiés d’« auteurs ». En conséquence, on peut conclure que la question de la signature des techniciens est elle aussi gérée par les règles de l’authorship, sans aucune autre considération, et que les techniciens doivent donc impérativement remplir les conditions requises pour être qualifiés d’« auteurs ».

La question des auteurs d’un article scientifique est une question qui doit impérativement se résoudre et être discutée entre l’ensemble des personnes qui ont contribué de près ou de loin au travail rapporté, en respectant les règles énoncées plus haut, règles désormais acceptées par une grande majorité de périodiques scientifiques dans pratiquement tous les domaines scientifiques. Cette question sera totalement résolue en incluant dans la discussion la question des remerciements qui complètent cette notion.

Les remerciements

Une partie « Remerciements » apparaît à la fin de la plupart des articles scientifiques. Ces remerciements sont intimement liés à la notion d’auteur. En effet, toutes les personnes, physiques ou morales, ayant participé au travail rapporté mais ne pouvant être qualifiées d’« auteur » doivent être citées dans les remerciements. C’est également une question d’éthique des publications. Les Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals , le COPE , le Singapore Statement on Research Integrity et l’ensemble des recommandations en matière d’éthique des publications évoquent systématiquement la notion de remerciements.

Qui peut prétendre être dans les remerciements ?

Par exemple (liste non exhaustive) :

- les aides techniques de toute nature qui ne peuvent être qualifiées d’« auteur » ;

- les personnes ayant fourni ponctuellement des produits ou du matériel expérimental mais qui n’ont pas participé aux expériences, ni à la rédaction du compte rendu du travail ;

- les personnes ayant participé à l’écriture de l’article mais seulement en tant que professionnels de l’écriture scientifique (writing assistance) ;

- les personnes ayant participé seulement à la relecture, à la correction (voire à la traduction) et/ou à des discussions sur le contenu de l’article ;

- le soutien matériel ou financier, etc.

Les personnes, physiques ou morales, sont remerciées avec la description précise de leur fonction ou contribution : « conseiller scientifique », « analyse critique du protocole d’étude », « collecte des données », « fourniture des animaux », « fourniture d’un anticorps », « avec le soutien financier de…  », « assistance à l’écriture de l’article », etc.

Toute personne remerciée doit en principe en être avisée et doit avoir donné son accord pour être citée dans les remerciements. Certains journaux (aux États-Unis principalement) demandent que les personnes remerciées signent aussi les formulaires de soumission des articles. Les auteurs de l’article sont responsables de l’obtention de l’autorisation écrite des personnes remerciées.

Qui choisit les auteurs ? Quand ?

Le choix des auteurs se fait en concertation entre toutes les personnes qui ont travaillé sur le projet de recherche, avant de commencer le travail de rédaction proprement dit puisque la rédaction est une des conditions requises.

C’est en général la personne la plus engagée dans le projet qui propose les noms des coauteurs car elle sait le mieux « qui a fait quoi ». Dans le cas de programmes conduisant à plusieurs publications, la discussion globale sur les auteurs des différentes publications qui en découleront peut permettre d’intégrer au mieux l’ensemble des participants au programme. À ce niveau, le choix des auteurs peut être stratégique et permettre la mise en avant de certaines personnes au sein d’une équipe de recherche selon les circonstances, mais toujours en respectant les règles de l’éthique en matière de paternité des articles scientifiques.

Le corresponding author doit également être désigné dès le départ, au moment où commence le projet de rédaction et de publication des résultats.

Ordre des noms des auteurs

Quand plusieurs coauteurs se partagent la paternité d’un article, l’ordre dans lequel les noms sont cités peut avoir une importance.

Dans le cas où le nombre des coauteurs est supérieur à deux, on se souvient souvent du nom du premier auteur et on oublie parfois les autres car, quand on cite des références dans un article selon le « style Harvard », qui correspond dans le texte à la forme (nom, date), à partir du moment où il y a plus de 3 auteurs, on cite le premier puis « et al. » (par exemple « Dupont et al. »). Si Durand et Martin sont aussi coauteurs, on ne citera pas leur nom au sein de l’article, mais seulement dans la liste des références.

La place de premier auteur et/ou de dernier auteur, ainsi que, dans une moindre mesure, la place de deuxième auteur, peut également être plus « cotée » par certains comités d’évaluation, qui tiennent compte du rang des auteurs pour établir des classements, sans que ce soit une règle générale.

Il n’y a en effet pas de règles précises données par les éditeurs scientifiques sur l’ordre des auteurs, mais il y a des conventions qui durent depuis de nombreuses années et surtout qui varient selon les domaines scientifiques.

En biologie et dans l’ensemble du domaine biomédical, par convention :

- le premier auteur est la personne la plus engagée dans le travail : celle qui fait la synthèse du travail, qui rédige la plus grande partie de l’article, qui a été impliquée du début jusqu’à la fin dans le projet. Exemple : c’est le doctorant qui sera premier auteur des articles qui portent sur le cœur de son travail de thèse ;

- le responsable du laboratoire, de l’équipe ou du groupe, à condition bien évidemment qu’il puisse être qualifié d’« auteur », signe en dernier. Exemple : dans le cas d’un projet de thèse, le directeur de thèse du doctorant signera la plupart du temps en dernier ;

- entre les deux, l’ordre peut refléter l’importance de la participation estimée de chaque coauteur (ordre de responsabilité décroissante), ou l’ensemble des coauteurs seront signalés par ordre alphabétique (dans le cas où la responsabilité de chacun est équivalente) : dans tous les cas, cet ordre doit être déterminé en accord avec l’ensemble des coauteurs.

En mathématiques, c’est l’ordre alphabétique qui prévaut la plupart du temps. En physique, les habitudes sont variées selon les sous-domaines : dans certains cas c’est l’ordre alphabétique qui prévaut (en particulier quand le nombre d’auteurs est très élevé comme en physique des particules ou des hautes énergies), alors que dans d’autres cas on retrouve des règles semblables à la biologie. En sciences économiques et sociales, c’est souvent l’ordre alphabétique qui est privilégié.

De temps en temps, le périodique donne des consignes spéciales telles que l’ordre alphabétique par exemple, ou des recommandations dans le sens où l’ordre des coauteurs reflète l’importance de la contribution de chacun. Mais, dans la majorité des cas, ce sont les conventions adoptées dans le domaine scientifique qui sont suivies.

Si la participation de tous les coauteurs est équitable, l’ordre alphabétique peut être appliqué. Si l’ordre n’est pas conventionnel, on peut l’expliquer en note de bas de page. De même, si deux coauteurs peuvent être qualifiés tous deux de « premiers auteurs » ou de « derniers auteurs » et que cet ordre a une signification précise dans le domaine (en biologie par exemple), une note de bas de page l’indiquera.

Il est important de décider dès le départ de l’ordre des auteurs, afin d’éviter par la suite d’éventuels malentendus.

Droits et devoirs des auteurs

Au regard du droit, l’auteur d’un article scientifique possède des droits de propriété intellectuelle en tant que créateur du contenu. Mais les articles scientifiques sont pour la plupart publiés dans des périodiques scientifiques internationaux, soumis au copyright, et les auteurs doivent accepter les conditions des éditeurs scientifiques avec lesquels ils passent contrat, dont la cession de l’ensemble de leurs droits à ces mêmes éditeurs.

Les éditeurs anglo-saxons font signer aux auteurs un contrat, appelé copyright assignment ou copyright transfer, qui est un document de cession et transfert de droits . Par ce document, l’éditeur s’assure en particulier que l’article est libre de droits, qu’il n’y a pas eu publication antérieure des mêmes résultats dans un autre périodique, qu’il n’y a pas soumission simultanée à un autre périodique, que toutes les illustrations et photographies sont elles-mêmes libres de droits, que les expérimentations ont été réalisées dans les règles de l’éthique, que les auteurs ne sont pas soumis à des conflits d’intérêt avec des financiers, etc. (figure 5.3).

Figure 5.3. Exemple de copyright transfer agreement form du périodique Reproduction.

Le transfert de droits peut s’étendre aux traductions futures et à tout autre support de diffusion, y compris le support électronique (fichier PDF, site Web, etc.). Toute reproduction totale ou partielle de l’article est la plupart du temps interdite sans l’autorisation de l’éditeur. Seuls les résumés et les communications orales ou les posters présentés dans des congrès échappent à cette contrainte.

Les auteurs doivent donc être vigilants lors de la signature de ces documents afin de ne pas se trouver par la suite dans une situation contraire à ce qu’ils ont signé.

Les périodiques en libre accès ont des contrats et licences beaucoup plus souples qui laissent en particulier aux auteurs la pleine propriété de leur article. À titre d’exemple, voir le BioMed Central copyright and licence agreement .

Ainsi, sauf exceptions en particulier dans le cadre des périodiques en libre accès, les auteurs d’articles scientifiques publiant dans des périodiques internationaux transfèrent la quasi-totalité de leurs droits d’auteur à l’éditeur du périodique.

Les noms des auteurs

Le nom d’auteur est un moyen d’identification important pour un chercheur au sein de la communauté scientifique. La composition du nom, c’est-à-dire l’association nom et un ou plusieurs prénom(s), et l’orthographe des noms des auteurs des articles scientifiques doivent en conséquence rester invariables tout au long de leur carrière. Les femmes doivent être particulièrement vigilantes au changement éventuel de leur nom si, par exemple, l’usage fait qu’elles prennent le nom de leur époux quand elles se marient. En conséquence, il est plus raisonnable de mettre et de garder son nom patronymique en tant que nom d’auteur scientifique tout au long de sa carrière de scientifique. Le fait d’accoler deux noms après son mariage en les réunissant par un trait d’union (Durand-Martin J. par exemple) n’est pas une solution forcément durable et elle ne permet pas de pouvoir réunir dans la même liste les travaux signés par mademoiselle Durand J. avant son mariage avec monsieur Martin !

Il faut également faire attention aux éventuels homonymes. Lors de la première publication d’un article ou d’un document scientifique quel qu’il soit (un rapport, un article de recherche, une communication à un congrès, une thèse, etc.), on fera une recherche bibliographique poussée sur les bases de données scientifiques internationales pour voir si d’autres scientifiques portent le même nom associé aux mêmes initiales de prénom. S’il en existe, il conviendra alors d’essayer de se départager dès la première publication d’un article en ajoutant éventuellement des initiales de prénoms supplémentaires. Cependant, si par la suite on détecte un nouvel homonyme, il ne faut plus changer la composition de son nom.

La question des homonymes et de la composition parfois différente des noms des auteurs (Blanc M. et Blanc M.R. ; Cadoret V. et Laurent-Cadoret V.) est un problème important lors de l’interrogation du champ « Auteur » des bases de données bibliographiques internationales. Pour essayer de contrer ce problème, améliorer l’identification des travaux de tel ou tel auteur et pouvoir mieux attribuer les travaux au bon auteur, des systèmes sont actuellement mis en place par les éditeurs et les producteurs de certaines de ces bases de données bibliographiques internationales :

- le Scopus Author Identifier de la base Scopus® d’Elsevier attribue un identifiant aux auteurs et permet de regrouper les articles d’un même auteur par l’utilisation d’un algorithme qui met en relation les noms des auteurs à partir de leur affiliation, de leur adresse, de leur domaine de recherche, du titre des périodiques dans lesquels ils publient, des dates de citation des publications et des noms des coauteurs ;

- la plateforme ResearcherID ® de Thomson Reuters, associée aux autres produits de Thomson Reuters, dont la base du Web of Science®, permet également d’améliorer l’identification des auteurs. Par le biais de cette plateforme, et sur la base du volontariat, les auteurs des publications scientifiques, quel que soit leur domaine de recherche, peuvent s’enregistrer, enregistrer leur curriculum vitae scientifique et surtout leur liste de publications. Un identifiant est alors attribué à chaque auteur et repéré dans tous les produits et services associés de Thomson Reuters, dont la base du Web of Science®.

Même si ces services sont associés à chaque fois aux produits d’un seul éditeur commercial et sont loin de couvrir l’ensemble des autres éditeurs, ils ont le mérite d’essayer de résoudre cette question des homonymes dans les bases de données pluridisciplinaires les plus utilisées par l’ensemble de la communauté scientifique internationale (Web of Science® et Scopus®), surtout dans le cadre des analyses bibliométriques et des évaluations.

La pérennité du nom d’un auteur scientifique est un élément important pour pouvoir suivre les travaux de cet auteur dans les bases de données internationales, ou même tout simplement sur le Web.

La question de l’affiliation : l’adresse des auteurs

L’affiliation est un élément important pour identifier une équipe, une unité de recherche, voire plus généralement un organisme de recherche ou une université.

L’adresse, ou affiliation, figurant sur les articles scientifiques est celle du laboratoire où ont été réalisés les travaux. Les éléments de l’adresse ne doivent en principe pas être traduits dans une autre langue que la langue originale du laboratoire. Ainsi l’Inra, ou Institut national de la recherche agronomique, ne doit pas se transformer en French National Institute for Agricultural Research. Il en est de même pour tous les organismes français de recherche, comme par exemple le CNRS, Centre national de la recherche scientifique, qui restera le « CNRS » et ne doit pas devenir le National Center for Scientific Research ! L’utilisation des sigles des organismes plutôt que le nom développé, à partir du moment où ils sont connus au niveau international, est chose courante, voire recommandée dans certains cas.

La diversité avec laquelle sont écrites les affiliations sur les publications rend actuellement très difficile la recherche des travaux d’un organisme ou d’une unité de recherche dans les bases de données internationales. La multiplication des évaluations et des études bibliométriques menées à tous les niveaux — individuel, national voire international — a rendu le champ « Affiliation » des bases de données internationales très utilisé, en particulier celui des bases de données pluridisciplinaires, Web of Science® (Thomson Reuters) et Scopus® (Elsevier), qui donnent les affiliations de tous les coauteurs des publications, contrairement par exemple à la base de données biomédicale PubMed qui donne uniquement l’affiliation du premier auteur dans son champ « Affiliation » (AD).

En France, la question des affiliations a été rendue particulièrement complexe avec la multiplication de la création des unités mixtes de recherches (UMR) qui se trouvent sous la tutelle de plusieurs organismes ou universités, et a rendu plus difficile la visibilité de ces organismes dans le cadre des études bibliométriques.

En parallèle, des observations faites sur la retranscription des adresses effectives sur les publications par les algorithmes de Thomson-Reuters dans la base du Web of Science® montrent que l’adresse retranscrite dans la base de données n’est pas toujours exactement celle qui est sur la publication et cette retranscription peut dans certains cas transformer, voire éliminer, certaines parties des adresses.

En 2006-2007, un projet piloté par l’Observatoire des sciences et techniques , le projet Normadresses a eu pour objectif d’essayer de normaliser les adresses des organismes de recherche et des universités pour les rendre compatibles avec les règles de la base de données du Web of Science® (Thomson Reuters), base internationale la plus utilisée pour réaliser des études et analyses sur la production scientifique au niveau national et international.

Les recommandations ont été affinées et reprises par l’ensemble des organismes et universités concernés. On peut cependant regretter que l’interprétation de ces recommandations n’ait pas été identique pour chaque organisme, ce qui pose quelques problèmes aux chercheurs dans les UMR. Il convient de se reporter aux recommandations en fonction de son organisme d’appartenance (exemple pour l’Inra ).

D’autres problèmes perdurent et ne permettent pas toujours de respecter les recommandations.

- Ce sont les périodiques qui imposent parfois que les adresses soient retranscrites en anglais. Il revient donc aux auteurs français des articles de se justifier sur le fait qu’une adresse en France retranscrite en anglais n’a pas de sens. Le propre d’une adresse est de localiser clairement une unité de recherche dans son pays d’origine par la voie postale. Une adresse française doit être libellée en français, une adresse espagnole en espagnol, etc.

- Certains périodiques limitent le nombre de caractères pour les adresses et cherchent à éliminer certaines parties des adresses, en particulier dans le cas des adresses multilignes des UMR. Il conviendra d’être ferme avec les éditeurs sur le bien-fondé de l’ensemble des éléments de ces adresses quand l’adresse tient compte de l’ensemble des partenaires de l’UMR.

- Certains périodiques développent systématiquement les sigles des organismes même si l’auteur a mis lui-même les sigles (c’est le cas par exemple de la revue Endocrinology ). Là encore, il faut discuter avec l’éditeur pour garder les sigles des organismes. En effet, des sondages dans la base du Web of Science® ont montré que parfois le développé « Institut national de la recherche agronomique » dans la revue Endocrinology avait disparu et s’était transformé en sigle « INSERM » dans le champ « Affiliation » de la base ! La publication est ainsi « perdue » pour le compte de l’Inra ! C’est un argument de poids à faire valoir auprès des éditeurs.

Il faut donc être vigilant et ferme avec les éditeurs des périodiques pour leur faire comprendre et admettre ces contraintes et consignes.

Comme pour les auteurs, l’hétérogénéité des affiliations a aussi conduit les éditeurs et producteurs des bases de données bibliographiques internationales à mettre en place des identifiants uniques pour caractériser des entités et s’affranchir de la diversité avec laquelle les affiliations sont rédigées sur les publications. Par exemple, le Scopus Affiliation Identifier ® de la base Scopus® d’Elsevier qui permet de distinguer les organisations, tels les départements de recherche, à l’intérieur même des organismes de recherche ou des universités, ainsi que ces mêmes organismes ou universités.

Pour en savoir plus

La bibliographie sur la question des auteurs des articles scientifiques est très importante. Sont citées ci-dessous quelques références parmi la multitude sur le sujet.

Articles

Albert T., Wager E., 2003. How to handle authorship disputes: a guide for new researchers . The COPE Report 2003.

Benos D.J., Fabres J., Farmer J., Gutierrez J.P., Hennessy K., Kosek D., Lee J.H., Olteanu D., Russell T., Shaikh F., Wang K., 2005. Ethics and scientific publication . Advances in Physiology Education, 29, 59-74. En libre accès.

Paragraphe sur la question de l’authorship .

Claxton L.D., 2005. Scientific authorship. Part 1. A window into scientific fraud? Research/Reviews in Mutation Research, 589, 17-30.

Claxton L.D., 2005. Scientific authorship. Part 2. History, recurring isues, practices, and guidelines . Mutation Research/Reviews in Mutation Research, 589, 31-45.

COPE, 2008. What to do if you suspect ghost, guest or gift authorship .

International Committee of Medical Journal Editors, 1985. Guidelines on authorship. British Medical Journal, 291, 722.

Marušić A., Bošnjak L., Jerončić A., 2011. A Systematic Review of Research on the Meaning, Ethics and Practices of Authorship across Scholarly Disciplines . PLoS ONE, 6 (9), e23477.

Pontille D., 2001. L’auteur scientifique en question : pratiques en psychologie et en sciences biomédicales . Social Science Information, 40 (3), 433-453.

Pontille D., 2004. La signature scientifique : Une sociologie pragmatique de l’attribution, CNRS éditions.

Pontille D., 2005. Articles scientifiques : le dessous des signatures. Pour la Science, 327, 58-60.

Resnik D.B., Master Z., 2011. Authorship policies of bioethics journals . Journal of Medical Ethics, 37, 424-428.

Scott-Lichter D., Editorial Policy Committee, Council of Science Editors, 2012. CSE’s White Paper on Promoting Integrity in Scientific Journal Publications, Update, 3rd Revised Edition, Wheat Ridge, CO.

Stern S., Lemmens T., 2011. Legal remedies for medical ghostwriting: Imposing fraud liability on guest authors of ghostwritten articles . PLoS Medicine, 8 (8), e1001070.

The PLoS Medicine Editors, 2011. Ghostwriting Revisited: New Perspectives but Few Solutions in Sight . PLoS Medicine, 8 (8), e1001084.

Wager E., 2009. Recognition, reward and responsibility: Why authorship of scientific papers matters . Maturitas, 62, 109-112.

Rapports

Colonna P., Escudier J.-L., L’Hostis D., Lequere J.-L., Mazauric J.-P., Melcion J.-P., Sablayrolles J.-M., Volland-Nail P., 2002. Déontologie des chercheurs en matière de publications des résultats de la recherche. Rapport d’un groupe de travail interne à l’Inra (par ordre alphabétique).

Rapport de l’Académie des sciences, 2011. Du bon usage de la bibliométrie pour l’évaluation individuelle de chercheurs . Remis le 17 janvier 2011 à la ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. 70 p. (consulté le 30 mai 2012).

Sur la question spécifique des affiliations

Adest, 2008. Affiliation institutionnelle des laboratoires de recherche et production scientifique (Institutional affiliation of research laboratories and scientific production). Compte-rendu du séminaire du vendredi 28 septembre 2007 à Paris, Adest, Grenoble, France, 83 p.

Bador P., Lafouge T., 2005. Rédaction des adresses sur les publications : un manque de rigueur défavorable aux universités françaises dans les classements internationaux. La Presse médicale, 34, 633-636.

Bador P., Lafouge T., 2006. La difficulté d’accéder aux adresses des chercheurs français dans les bases de données bibliographiques. L’exemple d’une université lyonnaise . Documentaliste - Sciences de l’information, 43 (1), 28-35.

Haeffner Cavaillon N., Graillot Gak C., Bréchot C., 2005. Automated grading of research performance clearly fails to measure up [Correspondance]. Nature, 438, 559.

Observatoire des sciences et des techniques, 2006-2007. Projet Normadresses .

Fiches techniques-résumés produites à l’Inra

Falize C., Garandel-Batifol V., Volland-Nail P., 2011. Processus de publication d’un article. 4 - Comment signer ses publications ? Choisir votre nom d’auteur et rédiger votre affiliation .

Falize C., Garandel-Batifol V., Volland-Nail P., 2011. Processus de publication d’un article. 5 – Rôle de l’auteur .

50Pontille D., 2005. Pour la Science n° 327, p. 58-61.

51 Kevles D.J., 1998. The Baltimore Case: A Trial of Politics, Science, and Character, W.W. Norton, New York.

52Garfield E., 1982. More on the ethics of scientific publication: abuses of authorship attribution and citation amnesia undermine the reward system of science . Currents Contents, 25, 5-10.

53Huth E.J., 1982. Editorial. Authorship from the Reader’s Side . Annals of Internal Medicine, 97, 613-614.

54CBE Style Manual Committee, 1983. CBE Style Manual: a guide for authors, Editors, and Publishers in the Biological Sciences. 5th Ed, revised and expended. Bethesda, MD. Council of Biology Editors Inc.

55International Committee of Medical Journal Editors, 1985. Guidelines on authorship. British Medical Journal, 291, 722.

56Déontologie des chercheurs en matière de publications des résultats de la recherche, 2002. Rapport d’un groupe de travail interne à l’Inra (par ordre alphabétique) : P. Colonna, J.-L. Escudier, D. L’Hostis, J.-L. Lequere, J.-P. Mazauric, J.-P. Melcion, J.-M. Sablayrolles, P. Volland-Nail.

57Greenland P., Fontanarosa P.B., 2012. Ending honorary authorship . Science, 337 (6098), 1019. doi : 10.1126/science.1224988.

58Voir les Flowcharts du COPE, « Changes in authorship ».

59Shapin S., 1991. Le technicien invisible. La Recherche, 22, 324-333.

Chapitre 6

SOUS QUELLE FORME PUBLIER ?

LES DIFFÉRENTS TYPES D’ARTICLES ET DOCUMENTS SCIENTIFIQUES

Des articles de recherche primaires aux ouvrages de vulgarisation destinés au grand public, en passant par les communications aux congrès, les thèses et autres types de documents et d’articles qualifiés de scientifiques ou techniques, l’information scientifique et technique est véhiculée sous différentes formes. Ce chapitre passe en revue les principaux types de documents et articles scientifiques publiés afin de cibler le document le plus approprié à chaque situation.

Le transfert de l’information scientifique et technique

La communication des résultats de la recherche, et par conséquent le transfert de l’information scientifique et technique, se fait par le biais de différents documents : article original ou article de recherche dans des périodiques (original article, research article, scientific article…), brève communication (brief communication), communication rapide (rapid communication), lettres (letters), cas clinique ou case report (essentiellement dans le domaine biomédical), communication orale ou écrite à un congrès, abstract de congrès ou poster, conférence plénière à un congrès, article de synthèse ou chapitre d’ouvrage, ouvrage, working paper, article technique, article de vulgarisation, thèse, brevet, article dans une encyclopédie, etc.

La façon de présenter et communiquer les résultats de la recherche varie en effet en fonction de l’objectif à atteindre :

- archiver des informations scientifiques : essentiellement par le biais de la publication d’articles de recherche dans des périodiques ou par le dépôt d’un brevet d’invention ;

- intégrer l’information dans la connaissance : publication d’articles de synthèse dans des périodiques, de chapitres d’ouvrage, ou encore d’ouvrages dans leur intégralité ;

- diffuser des connaissances au plus grand nombre : publication d’articles de transfert pour les techniciens ou professionnels du domaine, d’articles de vulgarisation pour le grand public, d’ouvrages de vulgarisation, d’articles de presse, de cours.

Tous ces documents ou articles qualifiés de « scientifiques » pourront traiter d’une même information scientifique mais ne seront pas identiques, chacun jouant un rôle spécifique dans le transfert de l’information scientifique. Entre ces différents documents, il existe une relation chronologique dont la conséquence est la transformation d’un résultat scientifique original en connaissance scientifique.

Une publication scientifique est un rapport écrit et publié pour transmettre une connaissance scientifique de la part d’un chercheur ou d’un groupe de chercheurs à une large audience de scientifiques ou à une audience spécialisée.

Day, 1988[60].

Le transfert de l’information scientifique et technique passe par deux étapes essentielles :

- l’enregistrement des faits (figure 6.1) ;

- la diffusion des connaissances (figure 6.2).

Figure 6.1. Transfert de l’information scientifique et technique (IST). Étape 1 : enregistrement des faits.

Figure 6.2. Transfert de l’information scientifique et technique (IST). Étape 2 : diffusion des connaissances.

Depuis l’obtention de résultats de recherche et le premier stade de leur communication jusqu’à la diffusion de la connaissance scientifique, plusieurs types de documents ou d’articles vont se succéder dans le temps. Mais, au cœur de ce dispositif, l’article de recherche, encore appelé « article scientifique », « article primaire » ou « article original » (scientific article, research article, original, article, primary article…), est l’article-clé de la communication scientifique, car toute nouvelle information scientifique ou tout nouveau résultat doit être publié sous cette forme pour être validé et reconnu par la communauté scientifique internationale.

Des résultats présentés pour la première fois lors d’un congrès ou colloque scientifique perdent rapidement toute valeur et tout crédit si cette présentation n’est pas suivie de la publication d’un article de recherche dans un périodique. Une information scientifique non publiée antérieurement dans un article de recherche et insérée dans un article de synthèse, un chapitre d’ouvrage ou un ouvrage est sujette à caution puisqu’il n’y a pas eu de contrôle par les pairs. Une thèse doit être publiée sous forme d’articles de recherche pour que les résultats présentés soient largement diffusés. Le brevet n’étant en aucune façon un document de diffusion de l’information scientifique, les résultats doivent être ensuite publiés dans un article de recherche pour être validés par la communauté scientifique.

L’article de recherche est l’article-clé du transfert de l’information scientifique validée par les pairs.

L’article de recherche (scientific paper, regular paper, original article, full paper, primary article, etc.)

Définition

L’article de recherche présente des résultats de recherche originaux, nouveaux, qualifiés de résultats primaires, et validés par les pairs.

Plusieurs définitions de l’article de recherche ont été données. On retiendra celle de Day (1988)[61] : « Un article de recherche est la première publication des résultats d’une recherche originale, sous une forme telle que les pairs puissent répéter les expériences et tester les conclusions, dans un périodique ou autre document facilement accessible par l’ensemble de la communauté scientifique. »

L’article de recherche décrit l’information scientifique à l’état brut. Il requiert les mêmes qualités inhérentes à la démarche scientifique : logique, clarté et précision. Sa forme et sa structure sont bien définies. Enfin, le périodique scientifique à comité de lecture est le support privilégié de publication de ces articles.

Un article de recherche original ne doit pas être soumis en même temps à plusieurs journaux et les mêmes résultats ne doivent pas être dupliqués et faire l’objet de plusieurs publications qui occasionneraient répétitions et confusion (cf. chapitre 4 ). Il est soumis à l’expertise et aux critiques des pairs, ou referees, qui valident et garantissent leur qualité et leur niveau scientifique.

Certains articles, qualifiés de courtes notes ou notes préliminaires (brief communication ou brief reports des journaux anglo-saxons) par les périodiques qui les publient, sont assimilables à des articles de recherche, mais ils sont, comme leur nom l’indique, plus courts, leur objectif étant la publication rapide et condensée d’un résultat essentiel avant d’être le compte rendu global d’un travail de recherche. De la même façon, les communications rapides ou accélérées (rapid communication), souvent également courtes, sont qualifiées de cette manière du fait d’un processus de publication plus rapide que la moyenne, sur demande des auteurs ou sur décision du rédacteur en chef du périodique. La raison de cette accélération de la publication peut être l’urgence à faire passer un nouveau résultat à cause de la compétition entre différentes équipes au niveau international ou à cause de l’importance fondamentale de ce résultat qui doit être, de ce fait, publié rapidement.

Les articles des périodiques Nature et Science, qui ont pour objectif principal de publier vers un large public scientifique, tous domaines confondus, des articles présentant une avancée significative dans la connaissance scientifique, sont, pour une majorité d’entre eux, des notes ou de courts reports dont la structure est sensiblement différente de la structure des articles de recherche classiques.

Enfin, d’autres types d’articles publiant des résultats qualifiés d’originaux sont acceptés et publiés dans certains périodiques scientifiques. On citera à titre d’exemples les randomized clinical trials, case reports ou clinical reports, research letters, research and practice methods, etc. À chaque fois, une description du contenu de ces articles est donnée. Il convient de consulter le détail des consignes aux auteurs du périodique pour les rédiger et les publier.

Rôle de l’article de recherche

L’article de recherche permet à la fois la diffusion et l’archivage des résultats de la recherche. Il participe à l’enregistrement des faits tels qu’ils ont été obtenus suite aux expériences réalisées par les chercheurs ou suite à leur travail de réflexion original. Une recherche dont les résultats ne sont pas accessibles à l’ensemble des scientifiques via la publication d’un article de recherche sera une recherche dévalorisée, voire carrément perdue pour le plus grand nombre.

L’article de recherche, qui est le compte-rendu d’un travail effectif, représente la preuve des efforts et du travail d’un chercheur ou d’une équipe. De ce fait, il joue un rôle extrêmement important et fondamental dans l’évaluation de la recherche et des chercheurs. Le nombre et la qualité de ces articles constituent un des principaux indicateurs de l’évaluation scientifique, que ce soit dans le cadre individuel ou collectif, d’où son importance en terme de publication scientifique.

Structure et contenu

L’article de recherche type est construit selon une structure bien définie : la structure IMRAD des Anglo-Saxons : Introduction, Methods, Results And Discussion[62]. Cette structure découle de la logique du processus de la recherche expérimentale, et des travaux de Pasteur à la fin du XIXe siècle, chaque partie ayant pour objectif de répondre à une question bien définie :

- introduction : quel est le problème ou la question de recherche ? Pourquoi ce travail a-t-il été entrepris dans le contexte de la connaissance déjà acquise ?

- matériel et méthodes : avec quoi et comment a-t-on étudié le problème ?

- résultats : quels sont les résultats bruts obtenus ?

- discussion : que signifient les nouveaux résultats obtenus au regard de la connaissance déjà acquise ?

Certains périodiques, comme Cell en biologie, ont fait évoluer cette structure en IRDAM (Introduction, Results, Discussion And Methods), la partie méthodes se trouvant reléguée à la fin des articles, pour mieux répondre aux habitudes de lecture, la partie résultats étant une des premières lues. D’autres périodiques, tels Nature et Science, font apparaître le matériel et les méthodes dans la légende des figures ou dans les notes de bas de tableaux.

La structure IMRAD n’est cependant pas toujours applicable à tous les articles rapportant des résultats originaux, en particulier ceux rapportant des faits descriptifs, par exemple les cas cliniques du domaine médical (type case report) : en fonction du type d’information et des résultats rapportés, il faut suivre les consignes aux auteurs du périodique dans lesquels ils seront publiés pour adapter la structure adéquate.

Note : la forme et le contenu des articles rapportant des résultats originaux évoluent sans cesse, et particulièrement depuis l’avènement du Web (cf. chapitre 1 ). Au-delà des réponses aux différentes questions qui se posent initialement dans l’article classique et qui déterminent sa structure précise, on voit désormais apparaître sous forme de liens multiples, sur la version Web des articles, de plus en plus d’informations nouvelles, dont les données brutes elles-mêmes (data), des données supplémentaires (supplementary materials) utiles à la compréhension des résultats, voire des commentaires de lecteurs (comments). Le respect scrupuleux des consignes aux auteurs du périodique dans lequel seront publiés les articles est important.

Pour des détails supplémentaires sur la structure et le contenu de l’article de recherche, voir chapitre 8 .

Le brevet d’invention

Si les résultats d’un travail de recherche peuvent avoir une application qualifiée d’« industrielle », la question du dépôt d’un brevet d’invention peut et doit impérativement se poser dès que la décision de diffusion des résultats est prise, avant tout autre type de communication des résultats, dans la mesure où le critère de nouveauté est, dans le cas du brevet, impératif et déterminant.

Le dépôt d’un brevet peut être éminemment stratégique pour un chercheur, une équipe ou un organisme de recherche dans la mesure où, au-delà de l’aspect de communication et d’archivage de l’information scientifique (et surtout technique) et de la protection de l’invention qu’il entraîne, le brevet peut devenir une source de finances importante. La question du brevet ne se posera pas dans bon nombre de cas, mais elle doit être étudiée quand les résultats de la recherche peuvent induire des applications techniques et pratiques.

Le brevet d’invention est un document à part dans l’ensemble des documents scientifiques et techniques, mais il doit absolument être intégré dans une stratégie de publication à partir du moment où les résultats de la recherche obtenus sont brevetables.

Pour tout ce qui relève de la question du brevet, on se référera principalement au site de l’Institut national de la propriété industrielle, INPI (figure 6.3) qui, en France, est l’organisme qui délivre les brevets.

Figure 6.3. Site de l’INPI .

Les réponses aux principales questions qui peuvent se poser au moment de communiquer des résultats de recherche sont données ci-après, toutes ces informations étant issues du site de l’INPI auquel on peut se référer directement.

Qu’est-ce qu’un brevet ?

Un brevet d’invention est un titre légal délivré sur demande par un service public d’un État. Il décrit une invention et crée une situation juridique selon laquelle l’invention brevetée ne peut normalement pas être exploitée sans l’autorisation du propriétaire du brevet. Il confère à son titulaire un droit exclusif d’exploitation.

C’est en grande partie un document qui relève essentiellement du droit. Son caractère scientifique et technique se trouve dans la description détaillée de l’invention, c’est-à-dire dans le document dénommé « demande de brevet ».

Qu’est-ce qui est brevetable ?

La loi ne donne pas de réelle définition de l’invention brevetable, mais, à partir des créations auxquelles elle refuse la qualité d’invention ou de celles qui sont exclues de la brevetabilité, on en déduit que « l’invention consiste dans un mode de réalisation d’une solution technique à un problème technique ».

Une simple idée, sans moyen de mise en œuvre, ne correspond pas à cette définition et n’est en aucun cas brevetable.

L’objet de l’invention peut consister :

- soit en un objet physique : un produit ;

- soit en une manière d’opérer : un procédé ;

- soit dans l’utilisation d’un produit par un procédé ou un autre produit.

Pour être brevetable, l’invention doit impérativement répondre à trois critères :

- nouveauté. L’invention ne doit jamais avoir été portée à la connaissance du public avant la date de dépôt, dans aucun pays, d’aucune manière (autre document écrit, communication orale, soutenance de thèse en public, poster, etc.), par qui que ce soit, même par l’inventeur lui-même.

- activité inventive. Une invention est considérée comme impliquant une activité inventive si, pour un homme du métier, elle ne découle pas d’une manière évidente de l’état de la technique, c’est-à-dire que :

- si une matière ou un dispositif connu, utilisé dans une application nouvelle, permet de résoudre pour la première fois un certain problème technique, il y a activité inventive ;

- si l’invention donne des résultats prévisibles par un homme du métier ou par simple extrapolation de courbes ou de calculs par machine, il n’y a pas activité inventive.

- application industrielle. Il y a application industrielle si l’objet de l’invention peut être fabriqué ou utilisé dans tout genre d’industrie, y compris l’agriculture.

C’est donc souvent par les exemples de ce qui n’est pas considéré comme une invention ou par ce qui est exclu de la brevetabilité que l’on peut déterminer si des résultats de recherche sont brevetables.

Ne sont pas considérées comme des inventions brevetables et sont exclus de la brevetabilité, entre autre (extrait de la liste donnée par l’INPI ) :

- les découvertes scientifiques, mais leurs applications peuvent l’être : par exemple la découverte d’un minerai n’est pas brevetable, mais un procédé de traitement de ce minerai l’est ;

- les créations esthétiques ;

- les plans, principes et méthodes dans l’exercice d’activités intellectuelles (méthodes d’étude de langues, plan de gestion, etc.) ;

- les programmes d’ordinateurs, la protection des logiciels relevant de la loi du droit d’auteur ;

- les obtentions végétales, qui sont par ailleurs protégées par le certificat d’obtention végétale (COV) ;

- les procédés essentiellement biologiques d’obtention de végétaux ou d’animaux, sans que ceci s’applique aux procédés microbiologiques et aux produits obtenus par ces procédés : des demandes de brevet peuvent ainsi être déposées pour des procédés utilisant des micro-organismes et pour des micro-organismes obtenus par ces procédés dans le cadre des inventions biotechnologiques ;

- les races animales ;

- les procédés de clonage et de modification de l’identité génétique de l’être humain, etc.

Pour plus d’informations sur ce qui est brevetable et non brevetable, ou exclu de la brevetabilité, voir le site de l’INPI .

Rôle d’un brevet d’invention

C’est avant tout un moyen de protection légale de l’invention pour le déposant. Il assure une protection durant 20 ans à compter de la date du dépôt de la demande, sous réserve de paiement de taxes annuelles pour son maintien en vigueur.

C’est une source de finances, le brevet donnant un monopole d’exploitation de l’invention.

C’est une source d’informations techniques considérable car elle est :

- complète : la description de l’invention devant être suffisante pour permettre son exécution par un homme de métier, tous les détails sont donnés ;

- dense : l’information sur l’invention est donnée de façon concentrée, sans détails superflus ;

- bien à jour au moment de la demande : une des exigences pour le dépôt d’une demande de brevet étant la nouveauté, les brevets contiennent des informations techniques diffusées pour la première fois.

Structure d’une demande de brevet

Ce que l’on appelle « brevet » en terme de document scientifique et technique est en fait le document qui constitue la demande de brevet, le brevet lui-même étant le titre au regard de la loi.

Une demande de brevet est structurée de façon très précise et comprend :

- une requête, rédigée sur un formulaire fourni par l’INPI ;

- une description précise de l’invention, de ses modes de réalisation et de ses applications, avec des règles de rédaction obéissant à la législation en vigueur ;

- des dessins ou figures, s’ils sont nécessaires à la compréhension de l’invention ;

- des revendications, c’est-à-dire des propositions expliquant de manière analytique ce que l’inventeur estime constituer les caractéristiques nouvelles de son invention ;

- un abrégé qui est le résumé concis de ce qui est exposé dans la description et les revendications et qui sera diffusé dans les bases de données recensant les brevets.

La demande de brevet est rarement rédigée par le chercheur lui-même, tant elle est réglementée, mais elle est faite en concertation avec le(s) chercheur(s) concerné(s) par l’invention, qualifié(s) alors d’« inventeur(s) », par des spécialistes de la propriété industrielle. Les instituts, organismes de recherche ou universités peuvent avoir en leur sein de tels spécialistes, ainsi que des services spécialisés pour la valorisation des résultats de la recherche. Dans une grande majorité de cas ce sont des cabinets spécialisés en propriété industrielle qui seront contactés pour rédiger la demande de brevet. L’INPI a de nombreuses antennes régionales qui peuvent être contactées pour prendre conseil.

La procédure de dépôt et de délivrance du brevet

Du dépôt de la demande à la délivrance du brevet, plusieurs étapes vont se succéder. Voir le détail des 16 étapes clés sur le site de l’INPI.

On retiendra à titre d’information préalable les principales étapes suivantes :

- vérification de la régularité de la demande : recevabilité de la demande, attribution d’une date de dépôt (qui sera la date de référence pour avoir des droits potentiels sur l’invention), et examen de conformité par rapport aux prescriptions de fond et de forme (dossier complet, etc.) ;

- examen par les services de la Défense nationale, qui donnera l’autorisation de divulgation et d’exploitation ;

- établissement d’un rapport de recherche : la procédure est engagée sur requête du demandeur, et accompagnée du versement d’une redevance. Le rapport de recherche préliminaire consiste en une liste de documents ou de références de documents qui constituent l’état de la technique à la date de dépôt de la demande et peuvent éventuellement affecter la nouveauté ou l’activité inventive. Lorsque des antériorités sont relevées, le déposant doit modifier ses revendications ou présenter des observations pour justifier le maintien en l’état de sa demande ;

- publication de la demande : au terme d’un délai de 18 mois jour pour jour après la date de dépôt, avec le rapport de recherche préliminaire s’il est disponible ;

- délivrance du brevet : après établissement du rapport de recherche final sur la base des revendications éventuellement modifiées et, le cas échéant, des observations des tiers, le brevet est délivré par l’INPI. Cela peut prendre encore plusieurs mois après la publication de la demande.

C’est la publication de la demande de brevet qui constitue la publication scientifique et technique de référence.

Le processus implique que des frais de dépôt et de délivrance sont perçus par l’INPI, et le maintien en vigueur d’un brevet délivré est ensuite subordonné au paiement d’une redevance annuelle.

À partir du moment où on a obtenu une date de dépôt pour la demande du brevet, et seulement à ce moment-là, on peut commencer à divulguer et publier sous d’autres formes les résultats de la recherche : communication orale lors d’un congrès ou colloque ou publication d’un article de recherche primaire par exemple.

Identification ou référence bibliographique d’une demande de brevet

Tout brevet d’invention s’identifie par :

- un ou plusieurs inventeurs (inventors) : ce sont les chercheurs-auteurs des résultats ;

- un ou plusieurs demandeurs (assignees) : cela peut être l’inventeur lui-même si c’est un chercheur indépendant, mais c’est en général l’employeur, privé ou public, du chercheur — l’organisme de rattachement ou l’université dans le cadre de la recherche publique ;

- un numéro d’enregistrement national donné par l’INPI au moment du dépôt de la demande, avec indication du pays d’origine (par exemple FR 84 11188) ;

- un titre, le titre explicite de l’invention elle-même ;

- la date de dépôt ;

- le nombre de pages ;

- un code de classification (par exemple Int Cl4 A61K 39/10), cette classification étant définie de façon très précise au niveau international entre tous les États délivrant des brevets.

Le brevet dans la stratégie de publication

Un certain nombre de précautions sont à prendre si des résultats de recherche sont potentiellement brevetables afin de ne pas compromettre la délivrance potentielle d’un brevet :

- ne pas divulguer l’invention avant le dépôt de la demande de brevet, sous quelle que forme que ce soit, même lors d’une soutenance de thèse publique par exemple : ne révéler l’invention qu’aux personnes astreintes au secret professionnel. Si une thèse doit être soutenue avant de pouvoir divulguer l’invention, la soutenance se fera à huis clos ;

- ne pas tarder pour déposer une demande de brevet : plusieurs chercheurs et équipes peuvent travailler simultanément sur une même idée et un même concept, et parvenir en même temps à une même conclusion ou invention ! Dans ce cas, c’est le premier déposant qui obtiendra le brevet. Il convient donc d’être particulièrement vigilant face à la concurrence si c’est le cas.

- ne pas négliger de vérifier que l’invention est bien brevetable auprès de spécialistes de la propriété industrielle avant d’engager des dépenses inutiles d’une protection qui n’aboutira pas.

Dans une stratégie de publication, si les résultats sont brevetables, le document « demande de brevet » constitue la première étape de diffusion de ces mêmes résultats.

Les communications à un congrès, colloque ou séminaire scientifique

Les congrès, colloques, séminaires ou réunions scientifiques diverses sont avant tout organisés pour être des lieux d’échanges privilégiés entre chercheurs, souvent spécialisés sur une thématique donnée. Plusieurs types de communications sont faits pour concrétiser ces échanges : présentations orales de rapports de synthèses ou conférences plénières (conférences invitées la plupart du temps), courtes communications orales, présentation de posters, ou simples soumissions d’abstracts.

Que représente la communication de résultats lors de congrès scientifiques ?

Hormis les rapports de synthèse ou les conférences plénières, qui seront souvent suivis de la publication d’un article de synthèse dans un numéro spécial de périodique ou d’un chapitre dans les proceedings du congrès, la présentation de premiers résultats de recherche lors de congrès, colloques ou séminaires scientifiques sous la forme d’une courte communication orale, d’un résumé (ou abstract) ou d’un poster n’est pas un obstacle à la future publication d’un article de recherche, même si une des conditions de publication d’un article de recherche est le critère de nouveauté de communication des résultats.

Au contraire, les résultats présentés de cette manière peuvent et doivent être publiés par la suite sous forme d’articles de recherche dans un périodique scientifique pour être validés et plus largement diffusés à l’ensemble de la communauté scientifique pour les raisons suivantes :

- les courtes communications orales présentées à des congrès sont plus ou moins formelles et n’ont souvent qu’une valeur informative temporaire si la diffusion des comptes rendus (ou proceedings) est limitée et est faite exclusivement sous forme de résumés (abstracts de congrès) ;

- les posters sont rarement publiés in extenso sous leur forme initiale, mais souvent uniquement sous la forme d’un résumé ;

- la qualité de l’information des communications aux congrès n’est pas comparable à celle rapportée dans les articles de recherche qui est soumise au contrôle rigoureux des referees, les courtes communications orales et les posters présentés n’étant souvent sélectionnés qu’au travers de la soumission préalable d’un seul résumé (abstract) : ceci n’est pas suffisant pour valider l’information ainsi diffusée ;

- la longueur du résumé, ou abstract de congrès, étant souvent limitée (entre 250 et 500 mots), l’information diffusée est partielle et fragmentée et ne correspond pas aux critères de diffusion et d’archivage des résultats de la recherche.

De ce fait, toute courte communication orale de résultats originaux lors de congrès, colloques ou séminaires, de même que tout résumé (abstract) ou poster, perdent tout crédit dans la communauté scientifique s’ils ne sont pas suivis par la publication d’un article de recherche dans un périodique scientifique.

Cependant, il y a une condition pour que les résultats originaux diffusés de cette manière puissent être publiés ensuite sous forme d’un article de recherche dans un périodique scientifique validé par les pairs : cette courte communication orale ou ce poster ne doivent pas être suivis d’une publication qualifiée de primaire. Les auteurs devront donc être particulièrement vigilants pour ne pas être confrontés par la suite à une duplication de la présentation de leurs propres résultats dans un autre article de recherche publié ultérieurement. Il est en général admis que, si un court article (short paper) de plus de 2 pages imprimées ou de plus de 1 400 mots est publié dans un support considéré comme primaire, tel un supplément de périodique ou un ouvrage spécialisé édité et qualifié de proceeding du congrès, alors la publication ultérieure d’un article de recherche présentant les mêmes résultats dans un autre périodique peut ne pas être acceptée, cette première publication pouvant être considérée comme un article primaire au sens de l’article de recherche, et la seconde comme une duplication de résultats déjà publiés[63]. Si la publication fait moins de 2 pages et est alors qualifiée seulement d’extended abstract, la publication ultérieure d’un article de recherche est permise.

En conséquence, il faut toujours prendre en compte les contraintes de la publication future des proceedings de ces congrès et se renseigner auprès des organisateurs sur ce point. Si on admet alors que l’on peut effectuer une première communication de résultats sous cette forme, il conviendra de se conformer ensuite aux consignes données par les organisateurs ou les éditeurs des proceedings pour la publication de l’article, de respecter la même structure de présentation des résultats que celle requise pour un article de recherche (structure IMRAD) et de ne pas envisager une publication ultérieure de ces mêmes résultats dans un autre article de recherche dans un périodique de son choix, c’est-à-dire d’accepter la publication dans le périodique choisi par les éditeurs des proceedings du congrès.

Rôle de la communication à un congrès scientifique

La présentation de résultats de recherche originaux à un congrès scientifique est avant tout une façon de prendre date avant la publication de l’article de recherche plus complet et aussi un moyen de se rendre compte de l’intérêt que ces premiers résultats présentés suscitent auprès des spécialistes du domaine.

La courte communication publiée sous forme d’abstract ou d’extended abstract ne fournit pas autant d’information qu’un article de recherche pour diffuser des résultats, puisque le détail de l’expérience et la discussion de l’ensemble des résultats et leurs implications ne sont pas développés. Elle ne peut rapporter qu’une faible partie des résultats obtenus, sans figure explicite, ni tableaux de résultats, ni références bibliographiques. D’où la nécessité de publier par la suite l’article de recherche rapportant l’ensemble des expériences et des résultats.

Le poster, qui est un mode de communication de résultats qui se répand de plus en plus dans les congrès car il permet de multiplier la présentation de résultats, a en plus pour rôle de donner l’opportunité d’un contact personnel entre le (ou les) auteur(s) et les chercheurs intéressés par le sujet : il favorise l’instauration d’un dialogue direct. Cependant, les posters présentent un inconvénient majeur : ils n’ont qu’une valeur informative très temporaire (le temps du congrès) puisqu’ils ne sont souvent signalés que par leur titre, ou au mieux par leur résumé, dans les comptes rendus du congrès.

Structure et contenu des communications aux congrès

Conférence plénière

Les conférences en séance plénière faites lors de congrès scientifiques sont la plupart du temps des rapports de synthèse et les orateurs sont pour leur part invités par les organisateurs du congrès pour faire cette conférence.

L’article qui en découlera, qualifié parfois de full paper, sera un article de synthèse ou un chapitre d’ouvrage, selon le support de publication du compte-rendu du congrès : numéro spécial de périodique ou ouvrage (ou proceeding) édité.

Il respectera la structure et le contenu de ce type d’article .

Courte communication écrite à un congrès : short paper et extended abstract

La courte communication écrite (ou short paper), qui fait suite à une communication orale de nouveaux résultats à un congrès, aura la même structure IMRAD que celle d’un article de recherche, mais en plus condensé. Dans ce cas, on se reportera à la structure et au contenu de l’article de recherche .

L’extended abstract (moins de 2 pages) aura également la même structure, mais sans la discussion : il sera construit comme un abstract avec un peu plus de détail, dont une ou deux illustrations et quelques références bibliographiques pour situer le contexte.

Abstract de congrès

La structure de l’abstract sera identique à celle d’un résumé d’un article de recherche :

- une phrase d’introduction sur le problème posé,

- une phrase ou deux sur le matériel et la méthode utilisés,

- deux ou trois phrases sur le ou les résultats essentiels,

- une phrase de conclusion.

Il n’y a pas de place à une discussion : une conclusion remplace la partie discussion. L’abstract de congrès ne contient en principe ni tableaux, ni figures, mais il peut citer exceptionnellement une ou deux références bibliographiques (souvent sous forme abrégée).

Il convient de se reporter strictement aux consignes données en matière de longueur de l’abstract qui est souvent entre 250 et 500 mots.

Cas particulier du poster

Le poster est avant tout un support visuel qui peut utiliser les techniques de la publicité pour être construit et préparé. Il convient de soigner sa présentation et sa construction si on souhaite qu’il attire l’attention et soit lu par les spécialistes qu’il cible particulièrement lors du congrès.

Son organisation doit inciter le lecteur à suivre un ordre de lecture logique. Beaucoup de choses sont en compétition : du texte, des illustrations, d’autres posters. Il faut utiliser des contrastes et de la couleur pour faire ressortir les points essentiels.

Le titre annonce le poster à une certaine distance. Il doit être lisible de loin, être clair, précis, informatif et attractif. Les lettres doivent avoir une taille minimale de 3 à 4,5 cm selon la police de caractère utilisée pour être lisible à plus de 2 mètres. L’utilisation exclusive des lettres en capitales est à proscrire, les lettres minuscules étant plus lisibles que les majuscules de même taille.

Le texte doit être réduit au minimum et les différentes parties doivent suivre une logique de lecture : de haut en bas ou de gauche à droite. La numérotation des différents « blocs » est un bon moyen de donner le sens de lecture.

Quatre blocs essentiels seront présentés :

- une courte présentation du ou des objectifs du travail, équivalent à une introduction ;

- le matériel et/ou la méthode utilisée : inutile de détailler, l’auteur du poster est en principe auprès de son poster pour donner les détails si besoin ;

- le ou les principaux résultats à transmettre : ils représentent la principale information du poster : ils seront donc essentiellement présentés de façon visuelle sous forme d’illustrations, les tableaux de chiffres étant à proscrire car fastidieux à lire et à analyser debout devant un poster ;

- la conclusion du travail.

Les phrases du texte seront courtes, simples, bien séparées pour permettre une lecture rapide et facile : ne pas oublier que les lecteurs sont debout face au poster pour le lire et que des paragraphes longs et mal structurés seront fastidieux à lire ! Illustrations et texte doivent s’intégrer ensemble pour être lus ensemble.

Le poster ne doit pas contenir d’éléments redondants, ni de détails inutiles. Il n’est pas nécessaire de faire un résumé, le poster étant lui-même le résumé d’un résultat ou d’un ensemble de résultats.

Les références bibliographiques seront réduites au minimum.

La thèse

La thèse est un rapport sur un travail de recherche en vue d’obtenir un diplôme : celui de docteur d’université (le PhD des Anglo-Saxons). C’est le résultat d’un travail de trois années de recherche et de la réflexion individuelle d’un doctorant, futur chercheur.

Une thèse pourra traiter de plusieurs sujets et être de différents types selon l’approche expérimentale que l’on aura eue et la stratégie de publication que l’on aura mise en place avec son directeur de thèse.

Pour soutenir une thèse, selon les écoles doctorales et les universités, le doctorant devra avoir publié au moment de sa soutenance un ou plusieurs articles de recherche, avoir participé à des congrès internationaux dont les communications feront l’objet d’une publication spécifique ou avoir déposé une demande de brevet. Les articles ne devront pas avoir été obligatoirement déjà publiés, mais au moins acceptés par un périodique au moment de la soutenance. Des consignes précises sont données par les écoles doctorales.

Dans le cas ou le dépôt d’une demande de brevet est envisageable, la soutenance de la thèse se fera à huis clos pour respecter le secret et les conditions de non-diffusion des résultats avant la divulgation de la demande de brevet.

Les types de thèse et leur structure

En sciences, on distingue principalement deux types de thèses : la thèse « classique » et la thèse sur articles.

La thèse « classique »

Elle se présente sous forme d’un rapport qui se rapproche du modèle suivant :

- une introduction qui situe la problématique étudiée et présente la thèse ;

- une synthèse bibliographique faisant l’état de l’art sur le sujet traité, qui permet de poser la question de recherche et les hypothèses de travail : cette partie peut être rédigée comme un article de synthèse bibliographique ;

- une partie générale « Matériel et méthodes » ;

- les différents résultats présentés en différents chapitres successifs ;

- une discussion générale de l’ensemble des résultats ;

- une conclusion présentant les perspectives futures sur le sujet traité ;

- une liste de références bibliographiques.

Le plan de la thèse « classique » peut varier et comporter, à la suite de l’introduction et de l’état de l’art, différents chapitres pour présenter les résultats obtenus qui seront alors construits chacun sous la forme d’articles de recherche : chaque chapitre aura une introduction, une partie matériel et méthodes indépendante, une partie résultats et une partie discussion. Une conclusion générale terminera la thèse.

La thèse sur articles

Dans la mesure où des articles doivent être publiés, ou du moins acceptés dans un périodique au moment de la soutenance de la thèse, on peut intégrer dans le corps de la thèse les différents articles publiés ou acceptés. La structure de la thèse sera alors la suivante :

- une introduction générale ;

- la synthèse bibliographique faisant l’état de l’art structurée comme un article de synthèse et publiable dans un périodique en tant qu’article de synthèse bibliographique ;

- les différents articles de recherche publiés ou acceptés (au moins 2 ou 3 articles) ;

- une discussion générale ;

- une conclusion générale.

Le choix du type de thèse est à déterminer en fonction des exigences de l’université, avec le directeur de thèse et le comité de suivi de la thèse. Le choix de rédiger une thèse sur articles suppose d’avoir suffisamment de résultats publiables en différents articles plusieurs mois avant la fin du contrat doctoral pour avoir le temps de soumettre les articles aux périodiques. La stratégie de publication de ces différents articles devra alors être élaborée suffisamment tôt pour que chaque article publié ou accepté (sous presse) puisse être inclus dans le corps de la thèse.

Rôle de la thèse

La thèse est un document rendant compte de trois années de recherche. Sa soutenance permettra à son auteur d’obtenir le diplôme de docteur de l’université. Les résultats diffusés dans une thèse sont cependant des résultats originaux qui ont pour vocation à être publiés sous forme d’articles de recherche, ou de communications à des congrès, ou qui peuvent également faire l’objet d’une demande de brevet s’ils sont brevetables.

Le document thèse n’est néanmoins pas un réel document d’archivage des résultats de la recherche dans le sens où elle est en général rédigée dans la langue du pays dans lequel elle est soutenue (en français dans les universités françaises), ce qui ne facilite pas une diffusion internationale des résultats, et que la diffusion des thèses est moindre par rapport à celle d’un article de recherche dans un périodique, même si la diffusion électronique des thèses est maintenant largement développée via des sites spécifiques .

Même si la thèse est désormais largement diffusée sous format électronique, la publication des résultats qu’elle contient dans un périodique à comité de lecture, ou le dépôt d’une demande de brevet, reste la règle pour « archiver » les résultats de la recherche.

Les articles et documents participant à la diffusion des connaissances scientifiques

Si les articles de recherche, les demandes de brevet, certaines communications aux congrès et les thèses sont les supports de publication des résultats de recherche originaux, les autres types de documents scientifiques qui participent principalement à la diffusion des connaissances n’ont pas pour vocation de diffuser des résultats nouveaux, jamais publiés.

L’article de synthèse, ou revue (review), et les chapitres d’ouvrages de synthèses

Les articles de synthèse jouent un rôle déterminant en matière d’information scientifique et technique car ils permettent le transfert des idées et de la connaissance. Ils sont largement utilisés par les enseignants pour préparer leurs cours. Ils sont indispensables pour que les chercheurs puissent garder le contact avec d’autres domaines que leur propre domaine scientifique, souvent très spécialisé. Ils sont enfin très cités car ils évitent la citation d’un nombre important d’articles de recherche pour présenter un problème ou une question de recherche dans d’autres types d’articles.

Les chapitres d’ouvrages collectifs, édités sous la responsabilité d’un ou de plusieurs éditeurs scientifiques, sont assimilables à des articles de synthèse quand ils sont construits comme tels et que l’ouvrage représente une synthèse globale sur une thématique. Ils ont cependant une diffusion moindre que celle des articles de synthèse publiés dans des périodiques scientifiques.

Définition

Un article de synthèse résume, analyse et/ou synthétise des résultats originaux déjà publiés dans des articles de recherche[64]. Il peut relever de l’état de l’art, être critique, évaluatif, interprétatif, spéculatif, prospectif, ou simplement représenter le cheminement historique et l’évolution d’une idée ou d’un concept. On parle souvent de « revue de la littérature ».

Un article de synthèse, ou chapitre d’ouvrage collectif, se caractérise par les points suivants :

- il ne contient pas de résultats originaux : tous les résultats présentés et discutés auront été publiés au préalable dans des articles de recherche ;

- il paraît dans des publications spécifiques : périodiques spécialisés dans la publication de ce type d’article ou séries d’ouvrages (exemples : Annual Review of .., Endocrine Reviews, Physiological Reviews, Reviews of Modern Physics, etc.), ou dans des ouvrages collectifs sous forme de chapitre ; il peut également paraître dans un périodique publiant majoritairement des articles de recherche dans une partie qualifiée de review ;

- son titre informe souvent sur le fait que c’est une synthèse ;

- il fait référence à un grand nombre d’autres articles, principalement des articles de recherche : une longue liste de références est souvent caractéristique des articles de synthèse ;

- sa longueur est souvent nettement plus importante que celle des articles de recherche (entre 10 et 50 pages imprimées).

Les articles de synthèse sont généralement écrits par des chercheurs reconnus comme étant spécialistes du sujet, à la demande des rédacteurs en chef des périodiques, et les chapitres d’ouvrages collectifs à la demande d’éditeurs scientifiques qui décident de publier un ouvrage de synthèse sur une thématique. Dans certains périodiques, les articles de synthèse sont qualifiés d’invited paper : ils dénotent ainsi de la notoriété acquise par un chercheur ou une équipe au sein de la communauté scientifique des spécialistes du sujet.

Les articles de synthèse publiés dans les périodiques acceptant la publication de ce type d’article peuvent également provenir de l’initiative d’un ou de plusieurs auteur(s). Dans ce cas, il est préférable que les auteurs discutent de leur proposition avec le rédacteur en chef du périodique dans lequel l’article sera soumis avant d’entreprendre le projet de rédaction pour être sûrs qu’il sera accepté, le processus de relecture et d’acceptation de ces articles étant différent du processus classique de relecture par les referees.

Rôle des articles de synthèse et chapitres d’ouvrages collectifs

Au-delà de leur rôle essentiel dans le transfert des idées et de la connaissance, la publication d’un article de synthèse ou celle d’un ouvrage collectif est utile et nécessaire quand le nombre d’articles de recherche sur un même sujet est tel que l’article ou l’ouvrage permettra de synthétiser l’ensemble et de développer une réponse plus claire et argumentée à une problématique préalablement posée.

Si une synthèse ne fournit pas de réponse définitive à une question de recherche, elle pourra néanmoins indiquer des directions à suivre pour de futures investigations : en cela elle peut être prospective.

Les synthèses permettent :

- de connaître l’état de la recherche sur une problématique donnée et de se tenir informé sur un ensemble de travaux déjà publiés dans un domaine en particulier, l’inflation des publications ne permettant pas de lire tous les articles parus sur un sujet,

- d’être le point de départ d’un projet de recherche dans un nouveau domaine grâce aux orientations qu’elles peuvent éventuellement susciter,

- d’effectuer des recherches bibliographiques rétrospectives par le biais des nombreuses références citées, idéal quand on démarre un nouveau sujet par exemple.

Si l’article de recherche « archive » les résultats de la recherche, car il enregistre les faits, la connaissance sous forme de théories, idées et compréhension des faits est plus souvent transmise par les articles de synthèse.

Pour un chercheur, publier un article de synthèse peut être gratifiant dans le cadre d’une stratégie de publication, ce type d’article étant en général beaucoup cité. Dans le cadre des évaluations, les articles de synthèses ont un « poids » au moins égal sinon plus important qu’un article de recherche.

Structure

Les articles de synthèse présentent différentes parties, qui seront fonction du sujet traité et de l’information à transmettre, organisées dans un ordre logique pour permettre au lecteur de connaître le contexte principal de l’article et l’amener à appréhender les principales idées développées. Les différentes parties seront précédées d’une introduction générale et suivies d’une conclusion. Un plan de l’article pourra être éventuellement proposé.

Le titre de ces articles doit être particulièrement soigné, court et explicite pour être compréhensible par des non-spécialistes du sujet puisque leur diffusion est destinée à un lectorat plus large que les seuls spécialistes.

Les revues systématiques et les méta-analyses

Dans le domaine médical principalement, ainsi que dans le domaine des sciences sociales, on rencontrera des articles appelés « revues systématiques ». Ce sont des articles qui correspondent à des analyses de la littérature scientifique élaborées selon une méthodologie bien définie et dans un objectif précis. Les revues systématiques sont publiées dans divers périodiques du domaine médical par exemple, dans des périodiques spécialisés (exemple : Systematic Reviews ) ou par des organismes, telle la Collaboration Cochrane , qui en donne la définition suivante[65] : « Une revue systématique consiste à identifier, évaluer et synthétiser toutes les études, publiées ou non, traitant d’un sujet donné. Son objectif est de répondre à une question précise dans le domaine de la santé. Les revues Cochrane évaluent en particulier les effets des interventions de santé dans les champs de la prévention, du diagnostic, de la thérapeutique et de la rééducation. Leur but est de déterminer si les interventions présentent une efficacité et/ou un risque pour la santé. »

Les revues systématiques sont le fruit d’une démarche scientifique rigoureuse et sont élaborées selon une méthode précise qui s’apparente à la publication d’un article de recherche. Les instructions aux auteurs des périodiques les publiant donnent la méthode à suivre et la Collaboration Cochrane publie un ouvrage[66] sur la méthodologie à adopter pour rédiger ce type d’article spécifique ainsi que sur sa structure. Le site PRISMA [67] donne une checklist pour réaliser des revues systématiques et leur structure standard telle qu’adoptée par plusieurs périodiques du domaine biomédical qui en publient.

Les méta-analyses se rapprochent des revues systématiques dans le sens où elles synthétisent un ensemble d’expériences distinctes mais similaires publiées dans divers articles, avec l’analyse statistique des données provenant des différentes expériences en plus, selon une méthodologie appropriée[68].

Dans le Manuel pratique de méta-analyse des essais thérapeutiques[69] les auteurs définissent comme suit la méta-analyse : « La méta-analyse est une démarche plus qu’une simple technique, qui a pour but de combiner les résultats de plusieurs essais thérapeutiques pour en faire une synthèse reproductible et quantifiée. Appliquée à la médecine, la méta-analyse répond à un besoin grandissant du fait du nombre croissant des connaissances sur lesquelles doivent se baser les décisions médicales et les choix thérapeutiques. »

Les ouvrages scientifiques

Les ouvrages scientifiques sont des documents participant à la diffusion de la connaissance et ne sont pas à proprement parlé des documents de publication de résultats originaux : ce sont essentiellement des documents de synthèse. Cependant, dans le cadre des recherches en sciences humaines et sociales, ils peuvent parfois être considérés comme des documents « primaires » quand ils font état de la réflexion d’un chercheur sur un sujet spécifique.

Les différents types d’ouvrages

Plusieurs types d’ouvrages peuvent être publiés. Ils peuvent être destinés à des publics très différents : depuis les scientifiques, spécialistes ou non du sujet développé, jusqu’au grand public, en passant par les enseignants, les techniciens ou les professionnels dans certains secteurs spécifiques.

On distinguera :

- les ouvrages individuels, dont l’ensemble des chapitres sont écrits intégralement par un ou plusieurs auteur(s) sur un sujet spécifique ou en faisant la synthèse de résultats scientifiques publiés par ailleurs ;

- les ouvrages collectifs publiés sous la houlette d’un ou de plusieurs éditeurs scientifiques qui, en tant que personnes, prennent la responsabilité éditoriale de l’ensemble de l’ouvrage en choisissant l’organisation des différents chapitres ainsi que les auteurs de chacun des chapitres : ils coordonnent la publication de l’ouvrage et jouent le rôle de referees pour l’ensemble des chapitres de l’ouvrage, chaque chapitre étant assimilé à un article de synthèse sur le sujet. (cf. chapitres d’ouvrages ) ;

- les ouvrages collectifs qui constituent les comptes-rendus de l’ensemble des communications faites lors de congrès, colloques ou autres séminaires scientifiques : on parle alors spécifiquement de proceedings de congrès. Dans ce cas, soit ils publient les conférences de synthèse données lors du congrès qui équivalent à des articles de synthèse, soit ils publient l’ensemble des communications primaires faites lors de ces réunions de scientifiques sous forme de courtes communications écrites (cf. communications aux congrès ).

Comment publier un ouvrage ?

Selon le type d’ouvrage, les principales étapes de la publication seront les suivantes :

- définition d’un projet éditorial ;

- choix de son éditeur commercial en fonction de la spécialité de l’ouvrage et du lectorat cible de l’ouvrage ;

- soumission de son projet à l’éditeur commercial en faisant une « demande d’édition » par le biais de formulaires à remplir sur le site des éditeurs[70] ;

- quand le projet est accepté, suivre les consignes, conseils et recommandations de l’éditeur pour la réalisation de l’ouvrage.

L’acceptation définitive de l’ouvrage pourra être conditionnée à sa validation par un comité scientifique ad hoc.

Rôle de la publication d’un ouvrage dans une stratégie de publication

Un ouvrage individuel est un travail de synthèse important et il participe à la notoriété de son (ou ses) auteur(s), reconnu(s) alors comme spécialiste(s) du sujet. De même, la responsabilité éditoriale d’un ouvrage collectif est importante pour un chercheur qui devient le garant scientifique de l’ouvrage.

Outre mieux se faire connaître par un public plus large que le seul public des spécialistes d’un sujet, la publication d’un ouvrage apportera à ses auteurs une publication de rang A dans le cadre des évaluations actuelles de l’Aeres.

Les articles de transfert

Ils représentent tous les articles considérés comme techniques, de développement ou encore les articles professionnels, destinés spécifiquement au public spécialisé des techniciens et professionnels dans un domaine spécifique, ainsi que les articles de vulgarisation destinés au public encore plus large des non-spécialistes et des non-scientifiques (appelé « grand public »).

Les articles techniques ou de développement adaptent la présentation de résultats scientifiques déjà publiés dans des articles de recherche en vue d’applications pratiques directes par les techniciens ou professionnels du domaine. La langue utilisée et la rédaction sont adaptées au profil des lecteurs qui peuvent être des spécialistes du domaine mais ne sont pas forcément des scientifiques avec toutes les connaissances requises pour intégrer ce qui est publié dans les articles de recherche au sens strict du terme. Ces articles peuvent présenter une structure type « article de recherche » puisqu’on pourra aussi bien détailler les méthodes utilisées que l’ensemble des résultats.

Les articles de vulgarisation transmettent des connaissances scientifiques, publiées éventuellement antérieurement dans des articles de synthèse scientifiques, à un public de non-spécialistes et de non-scientifiques. La vulgarisation est en effet le fait d’adapter, en les simplifiant et en les expliquant, un ensemble de connaissances scientifiques, techniques ou autres de manière à les rendre accessibles à un non-spécialiste[71].

On ne développera pas dans cet ouvrage le cas des articles de transfert, mais on notera qu’ils sont importants dans le processus de diffusion de la connaissance scientifique. Ils ne doivent pas être négligés, même s’ils ne sont pas considérés au même niveau que les articles de recherche ou de synthèse dans le cadre de l’évaluation de la recherche. Les chercheurs et ingénieurs qui travaillent dans le cadre de la recherche appliquée ont le devoir de publier ce type d’article pour une meilleure diffusion et une meilleure application des données de la recherche au monde professionnel.

Conclusion

De nombreux autres types d’articles scientifiques participent à l’archivage et à la diffusion des résultats de la recherche, des nouvelles idées et nouveaux concepts. Les consignes aux auteurs des périodiques en donnent une description détaillée et précisent les modalités de publication.

Comme on l’a vu dans le chapitre 1 , la communication scientifique évolue et de nouveaux types d’articles ou de ressources voient le jour ces dernières années grâce à la diffusion électronique permise par le Web, depuis la publication de vidéos (exemple : les vidéos publiées dans le périodique JoVE ) jusqu’à celle des protocoles expérimentaux et des données brutes.

Mais pour la communication des résultats de la recherche, l’article de recherche publié dans un périodique scientifique et validé par les pairs joue encore un rôle central et fondamental, même si sa structure de base évolue et s’il est désormais accompagné de multiples compléments d’information.

60Day R.A., 1988. How to write and publish a scientific paper, 3rd Edition. Oryx Press.

61Day R.A., 1988. How to write and publish a scientific paper, 3rd Edition. Oryx Press.

62Structure décrite en détail par l’ANSI (American National Standards Institute) en 1972 et 1979. Norme ANSI Z39.16-1979.

63Day, Gastel, 2006. How to write and publish a scientific paper. Pages 178-181.

64Woodward A.M., 1974. Review litterature: characteristics, sources and output in 1972. Aslib Proceedings, 26 (9), 367-376.

65Cf. le site Web du Centre Cochrane français pour la définition et plus de détail sur les revues systématiques.

66 Higgins J.P.T., Green S., 2011. Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 [updated March 2011]. The Cochrane Collaboration, 2011.

67 Moher D., Liberati A., Tetzlaff J., Altman D.G., The PRISMA Group, 2009. Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses: The PRISMA Statement. PLoS Med, 6(6): e1000097. doi:10.1371/journal.pmed1000097 .

68Pignon J.P., Poynar T., 1991. Méta-analyse des essais thérapeutiques. Gastroentérologie clinique et biologique, 15(3), 229-238.

69Cucherat M., Boissel J.P., Leizorovicz A., 1997. Manuel pratique de méta-analyse des essais thérapeutiques , Université Claude Bernard, Lyon 1 (UCBL).

70Exemple pour Quae : Publier chez Quae .

71Belisle C., Ait et Hadj S., 1985. cité dans Fayard P., 1988. La communication scientifique publique. De la vulgarisation à la médiatisation, Editeur Chronique Sociale, Lyon.

Chapitre 7

OÙ PUBLIER UN ARTICLE DE RECHERCHE ?

LE CHOIX DU PÉRIODIQUE DE PUBLICATION

Le choix du périodique de publication est fondamental et stratégique dans le processus de publication des résultats de la recherche.

Même si de nouvelles et multiples possibilités sont actuellement offertes par le Web et font évoluer rapidement la manière de communiquer les résultats de la recherche, le périodique scientifique (le journal ou la revue) avec comité de lecture demeure le support privilégié de publication des articles de recherche car :

- la relecture et la validation par les pairs (lecteurs-arbitres, referees ou reviewers), organisée au sein du périodique lui-même et acceptée par l’ensemble de la communauté scientifique, est un gage de qualité et de sélection raisonnée de la nouvelle information scientifique diffusée : cette nouvelle information scientifique est en effet rarement publiée et publiable d’emblée et doit s’insérer dans l’ensemble des connaissances déjà acquises ;

- le niveau d’accessibilité des périodiques est très élevé dans la communauté scientifique par rapport à tous les autres supports de publication de l’information scientifique, même si le Web facilite désormais l’accès à ces autres supports (ouvrages, communications aux congrès, etc.) ;

- l’impact produit par un article sur l’ensemble de la communauté scientifique dépend en grande partie de la diffusion et du rayonnement du périodique de publication.

Le choix du périodique de publication est donc déterminant pour la diffusion des résultats de la recherche.

Un choix inadapté ou inapproprié pourra entraîner un refus de la part du périodique ciblé et, en conséquence, un retard pour la publication des résultats. De plus, ce mauvais choix pourra avoir un impact négatif sur la visibilité et la lisibilité des résultats publiés.

Enfin, il est important de rappeler que le périodique de publication est un des principaux critères pris en compte actuellement dans le cadre des évaluations des travaux scientifiques, même si le périodique ne reflète pas totalement la qualité intrinsèque des articles pris individuellement, ni leur potentialité à être utilisés et cités par les autres scientifiques. Dans ce contexte, le facteur d’impact du périodique, calculé par Thomson Reuters et publié chaque année dans le Journal Citation Reports® , sert de critère d’évaluation de la qualité du périodique et, par extension, des articles qu’il publie.

Les critères de choix d’un périodique

Ils se répartissent en quatre catégories :

- le domaine couvert (thématique, sujets traités), le type d’articles publiés et le type d’audience (ou lectorat) ;

- le prestige , la réputation ou la « notoriété », caractérisés entre autre par le facteur d’impact  ;

- la diffusion et la visibilité  : diffusion via le Web et repérage par les moteurs de recherche, diffusion en open access ou non, recensement dans les bases de données bibliographiques internationales ;

- le fonctionnement global du périodique  : délais de publication, gestion des soumissions, processus de révision par les referees, coûts de publication, contraintes juridiques, etc.

L’ensemble de ces informations est accessible directement à partir des sites Web des périodiques eux-mêmes ou des sites généraux des principaux éditeurs commerciaux qui diffusent ces périodiques. De plus, certains de ces éditeurs commerciaux mettent à la disposition des auteurs des « guides » pour leur permettre de mieux choisir un périodique de publication (cf. exemples ).

Les critères de choix du périodique doivent être examinés les uns après les autres, le domaine couvert et le lectorat étant les plus discriminants et les plus importants (figure 7.1).

Figure 7.1. Les critères de choix d’un périodique scientifique.

D’après Garandel-Batifol V., Falize C., 2011. Fiche Processus de publication d’un article. 2. Choisir la revue où publier (1). © Inra.

Le groupe Edanz (société qui apporte de l’aide aux auteurs pour la rédaction et la soumission de leurs articles) propose un outil gratuit, le Edanz Journal Selector , permettant aux auteurs de choisir par étapes successives le périodique le plus approprié pour la publication de leurs résultats. Edanz travaille en partenariat avec Springer, BioMed Central et l’American Institute of Physics. Springer reprend le procédé du Edanz Journal Selector sur son site pour permettre à ses auteurs de choisir un périodique parmi l’ensemble de ses périodiques.

Choisir un périodique de publication dans lequel des résultats similaires sont publiés et cités est le gage d’une bonne diffusion et d’une meilleure visibilité de ses travaux.

Le domaine couvert, le type d’articles et le lectorat

Ce sont les premiers critères à prendre en compte pour le choix d’un périodique. Ces informations sont données dans la présentation générale du périodique qui renseigne également sur la politique éditoriale du même périodique, définie par le comité de rédaction ou editorial board. Elles sont spécifiées dans les parties : About this journal, Overview, Aims and Scope ou Scope and Purpose, etc. (cf. exemples ).

Le domaine couvert (thématique, sujets traités)

Premier critère de choix d’un périodique, il est déterminé par :

- le titre du périodique, qui renseigne globalement sur le domaine couvert ;

- la présentation générale du périodique, qui donne ces informations.

Une première sélection pourra être faite globalement à partir de l’ensemble de la bibliographie sur la thématique de l’article à publier : la réponse à la question « Dans quels périodiques sont publiés les articles qui traitent du même sujet ou de sujets proches ? » donne des premiers éléments de réponse.

L’interrogation des bases de données bibliographiques sur la thématique de l’article à publier et l’analyse des résultats obtenus avec les outils statistiques mis à disposition par ces bases renseignera ainsi de façon très pertinente sur un panel de périodiques cibles potentiels :

- la fonction « Analyze Results » de la plateforme du Web of KnowledgeSM réalisée sur le champ « Source Titles » pour les bases accessibles via cette plateforme (exemple : Web of Science®, CAB Abstracts®, Medline®) peut être une façon de déterminer les principaux périodiques dans lesquels il est intéressant potentiellement de publier (cf. annexe ) ;

- le même type d’analyse peut être réalisé à partir de la base PubMed avec les statistiques de l’interface GoPubMed® (cf. annexe ).

En complément de cette première sélection de périodiques, l’utilisation des données du Journal Citation Reports® sur le panel des périodiques pressentis, son appartenance à telle ou telle Subject category, l’examen des Cited journal et des Citing journal sont également autant de données intéressantes pour cibler un périodique (cf. annexe).

Enfin, la lecture attentive des articles publiés récemment dans le périodique permet de vérifier le lien entre ce qui est publié dans le périodique, les thèmes abordés précisément et ses propres travaux.

Le type d’articles publiés

Le type d’article publié est vérifiable à partir des mêmes éléments que le domaine couvert, c’est-à-dire la présentation du périodique et la politique éditoriale, mais est souvent spécifié de façon plus précise dans les consignes ou instructions aux auteurs (cf. exemples ).

Différents libellés d’articles publiés sont ainsi rencontrés :

- full-length articles and review papers

- articles, reviews, perspectives, communications

- research articles and review articles

- short communications and mini-reviews

- papers based upon original research, regular papers or reports, invited minireviews, reflections and classics

- research papers, reviews, short communications and informed comment

- etc.

Sous les libellés articles, research articles, research papers, full-length articles, papers based upon original research, original articles, primary research articles, on comprendra les articles de recherche, articles de base de la publication des résultats de la recherche.

Certains périodiques, comme PLoS Biology , publient des articles très spécifiques permettant de balayer des aspects complémentaires et d’élargir le champ de la connaissance scientifique (cf. annexe ).

Le type d’audience ou de lectorat (public visé)

Le lectorat d’un périodique est un critère important du choix car il détermine en partie l’utilisation future de l’article et les citations qui en résulteront. Sachant qu’on écrit avant tout pour être lu, on ciblera tout particulièrement son lectorat potentiel, sans oublier ou négliger pour autant l’ensemble de la communauté scientifique.

Quel est mon lectorat potentiel ? C’est une des questions fondamentales pour choisir son périodique de publication.

Il faut être réaliste et répondre de la façon la plus objective possible aux questions suivantes :

- Qui est ou sera potentiellement intéressé par la nouvelle information que je transmets ?

- Est-ce la communauté scientifique dans son ensemble, les spécialistes d’un domaine spécifique, les spécialistes d’une technique utilisée, les enseignants-chercheurs dans une discipline, les techniciens, les professionnels, le grand public ?

En fonction de la réponse à ces questions, le choix se fera ensuite entre des périodiques (cf. exemples ) :

- pluridisciplinaires pour la communauté scientifique dans son ensemble. Exemples de périodiques pluridisciplinaires : Nature, Science, PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)…

- spécialisés dans une thématique scientifique. Exemples : Biochemistry, Plant Science, Journal of Biological Chemistry, Forest Ecology and Management, Carbohydrate Polymers, Environmental Earth Sciences, Journal of Animal Science, Genes Brain and Behavior…

- spécialisés dans un domaine technique. Exemples : Journal of Chromatography A, Journal of Chemometrics…

- à vocation de transfert vers les professionnels du secteur ou le grand public.

Le prestige, la réputation ou la « notoriété » d’un périodique

On l’évalue par différents critères :

- la réputation du périodique au sein de la communauté scientifique internationale, liée en partie à la réputation scientifique du rédacteur en chef du périodique, aux membres du comité de rédaction (editorial board), à la présence d’un comité de lecture international, aux chercheurs qui publient régulièrement dans le périodique, à l’opinion générale des pairs ;

- des indicateurs calculés à partir du nombre d’articles publiés par le périodique et du nombre de citations reçues par les articles du même périodique : ils sont répertoriés par le Journal Citation Reports ® de Thomson Reuters, le plus connu étant le facteur d’impact , ou par le portail SCImago mis en place par Elsevier ;

- des classements réalisés à partir de l’estimation de l’influence du périodique dans sa discipline, influence calculée par le biais des réseaux de citation des articles entre eux.

Il convient néanmoins de :

- rester modeste quant à ce critère, tout en essayant de cibler le meilleur périodique dans la discipline ou le domaine concerné ;

- faire un choix raisonné car tout n’est pas publiable dans Nature ou Science ;

- privilégier l’audience et le lectorat avant le prestige en tant que tel qui peut ralentir le processus de publication s’il induit un rejet de la part de ces périodiques prestigieux, plus exigeants et sélectifs que les autres en matière de publication de certains types de résultats : le taux de rejet dans ces périodiques peut atteindre 90 % et il est de ce fait parfois déraisonnable de perdre du temps à soumettre son article à ces périodiques si on risque d'être rejeté de façon quasi certaine.

Le prestige et la réputation au sein de la communauté scientifique

Le prestige et la réputation sont liés à la fois aux scientifiques qui dirigent le périodique et à ceux qui publient dans ce même périodique.

Le rédacteur en chef du périodique et les membres du comité de rédaction participent à la renommée et au prestige du périodique car, si ce sont des scientifiques dont les travaux scientifiques sont connus et reconnus au sein de la communauté, le périodique héritera de leur bonne réputation scientifique.

Le rédacteur en chef est un scientifique indépendant, en général leader dans son domaine. Il dirige et gère le périodique avec son comité de rédaction et son secrétariat de rédaction. Il reçoit les articles, juge de leur pertinence par rapport à la thématique et aux exigences du périodique, et choisit les reviewers ou referees qui auront pour tâche de valider ou non les articles et décider de leur publication.

Le comité de rédaction, ou editorial board, est constitué de scientifiques experts du (ou des) domaine(s) couvert(s) par le périodique. Ils ont une responsabilité importante car ils sont garants de la qualité des articles publiés et des informations diffusées par le périodique. Le comité de rédaction est sous la responsabilité d’un ou de plusieurs rédacteurs en chef ou éditeurs scientifiques. Il peut être organisé par sections, avec un rédacteur en chef par section, pour couvrir tous les thèmes du périodique. Avec le rédacteur en chef, les membres du comité de rédaction déterminent la politique éditoriale du périodique, le domaine couvert et le type d’articles publiés. Ils définissent les consignes ou instructions aux auteurs. Ils peuvent être eux-mêmes referees des articles publiés dans le périodique. Pour que le périodique acquière une renommée internationale, il est nécessaire que les membres du comité de rédaction soient issus de différents pays.

Enfin, les scientifiques qui publient dans le périodique participent eux aussi à la réputation du périodique car, si ce sont des scientifiques connus et reconnus pour leurs travaux dans le domaine, leur choix quant au périodique de publication de leurs articles est significatif pour l’ensemble de la communauté. La citation de leurs articles entraînera de fait un accroissement des citations du périodique et participera à l’augmentation des indicateurs basés sur la citation des articles.

Les indicateurs du Journal Citation Reports®, dont le facteur d’impact

En complément du prestige estimé par le biais des scientifiques qui ont la responsabilité éditoriale du périodique, différents indicateurs, basés sur des critères objectifs, sont à prendre en compte.

Le facteur d’impact du périodique est un de ces indicateurs. Il très utilisé par les chercheurs pour choisir un périodique de publication car il est également utilisé par les évaluateurs pour juger de la qualité des travaux publiés. C’est le plus connu d’un ensemble d’indicateurs calculés et diffusés depuis une soixantaine d’années, d’abord par l’Institute for Scientific Information (ISI, créé par Eugene Garfield), puis par Thomson Reuters, dans le Journal Citation Reports® (JCR) accessible via la plateforme du Web of KnowledgeSM, développée et produite par Thomson Reuters (figure 7.2).

Figure 7.2. Accès au Journal Citation Reports® via la plateforme du Web of KnowledgeSM.

Le Journal Citation Reports®

Le Journal Citation Reports® couvre actuellement près de 11 000 périodiques cités dans plus de 25 millions de références bibliographiques indexées par Thomson Reuters en deux éditions :

- l’édition « Science » avec plus de 8 000 périodiques classés dans 180 disciplines (ou Subject categories),

- l’édition « Sciences sociales » avec plus de 2 650 périodiques classés dans 59 disciplines.

Il fournit globalement chaque année pour l’ensemble des périodiques sélectionnés :

- le nombre d’articles publiés annuellement par chaque périodique ;

- le nombre de citations reçues par les articles de chaque périodique durant les deux années précédentes.

Tous les périodiques scientifiques ne sont pas indexés dans le Journal Citation Reports®. Une sélection est faite par Thomson Reuters basée sur les périodiques les plus importants et les plus influents. La liste des périodiques indexés est accessible sur Internet , ainsi que le processus de sélection des revues de Thomson Reuters (figure 7.3).

Figure 7.3. Processus de sélection des revues par Thomson Reuters .

L’analyse des citations est un indicateur choisi initialement par l’ISI pour « juger » de l’intérêt porté par l’ensemble de la communauté scientifique à un article, à un périodique, ou à un type de recherche en général.

Ce choix, basé sur la loi de Bradford[72], a été fait à partir d’une étude réalisée par l’ISI sur des données de 1969, étude qui montrait que 50 % des références citées dans les articles scientifiques (donc, par extension, « utilisées » par les scientifiques) provenaient de seulement 152 périodiques et 84 % provenaient de 2 000 périodiques (figure 7.4). En choisissant et analysant à l’époque seulement 2 400 périodiques à comité de lecture de niveau international, tous domaines confondus, l’ISI estimait avoir ainsi le « noyau dur » des principaux périodiques scientifiques recensés[73].

Figure 7.4. Distribution des citations dans les journaux cités. La courbe montre que 152 journaux concentrent 50 % des citations et que seulement 2 000 journaux concentrent 84 % de l’ensemble des citations.

D’après Garfield E., 1972. Citation analysis as a tool in journal evaluation . Science, 178 (4060), 471-479.

Une étude sur le JCR® de 2005 a confirmé ces informations : un noyau de 3 000 périodiques représentait environ 75 % des articles publiés et plus de 90 % des articles cités, ce qui justifie le nombre relativement restreint de périodiques scientifiques indexés dans le JCR® par rapport au nombre total de périodiques scientifiques à comité de lecture de niveau international recensés[74], estimé par Ulrich’s Serials Analysis System à environ 24 000[75].

À partir du nombre d’articles publiés par chaque périodique et du nombre des citations reçues par le même périodique, l’ISI a construit plusieurs indicateurs pour déterminer :

- les « plus grands » périodiques, symbolisés par le nombre d’articles publiés ;

- les périodiques « les plus utilisés », estimés par le nombre de citations reçues ;

- les « plus importants », déterminés par leur impact en termes de citation par rapport aux articles publiés, par le calcul du facteur d’impact ;

- les « plus d’actualité », estimés par le facteur d’immédiateté ;

- la demi-vie qui symbolise la longévité d’utilisation des articles du périodique.

L’analyse des citations des articles des périodiques permet ainsi :

- au chercheur d’identifier le périodique adéquat pour la publication de ses travaux : le périodique ayant le plus d’impact dans le domaine peut être considéré comme le plus important du domaine ;

- aux responsables de ressources documentaires d’organiser et de gérer leurs abonnements en choisissant de façon raisonnée les périodiques les plus utilisés par leurs utilisateurs, les plus importants du domaine ou en fonction de leur longévité d’utilisation ;

- aux éditeurs de périodiques de déterminer le positionnement de leur périodique par rapport aux autres périodiques dans le même domaine ;

- aux spécialistes de l’information d’étudier et d’analyser la structure de la littérature scientifique dans son ensemble.

Néanmoins, il convient d’être vigilant quant à l’utilisation raisonnée de tous ces indicateurs. Thomson Reuters donne en conséquence des consignes d’utilisation des données du JCR®.

Outre le facteur d’impact , la demi-vie (Journal cited half-life) et l’index d’immédiateté (Journal immediacy index), peuvent aussi être utilisés par le chercheur pour choisir un périodique de publication :

- la demi-vie renseigne sur le taux de vieillissement de l’information dans une discipline. En biochimie ou en biologie moléculaire par exemple, la demi-vie des périodiques est plus faible qu’en ornithologie ou en mathématiques. Elle dépend aussi du type d’article publié : un périodique publiant des articles de synthèse aura une demi-vie plus longue qu’un périodique publiant des articles de recherche, qui aura lui-même une demi-vie supérieure à un périodique publiant des « lettres ».

- l’index d’immédiateté donne le nombre de citations reçues par les articles d’un périodique l’année même de leur publication (figure 7.5). Il permet de juger de la rapidité de diffusion d’un périodique et en conséquence de la rapidité de citation des articles de ce périodique. Mais cet indicateur est à relativiser en fonction de la périodicité de parution du périodique (hebdomadaire, mensuel, annuel) et du moment de parution du périodique (début ou fin d’année).

Figure 7.5. Calcul de l’Index d’Immédiateté. Exemple pour 2009.

Le facteur d’impact : Comment est-il calculé ? Que représente-t-il ?

L’impact d’un périodique est fonction du nombre des citations que reçoivent les articles qu’il publie dans un temps déterminé[76].

Pour une année donnée, c’est le rapport entre le nombre de citations obtenues cette même année par les articles publiés par le périodique durant les 2 années précédentes et le nombre total d’articles publiés par le périodique durant ces 2 années (figure 7.6).

Figure 7.6. Calcul du facteur d’impact. Exemple pour 2010.

Par exemple, pour une année donnée et un périodique donné, un facteur d’impact de 3,434 signifie qu’un article de ce périodique sera en moyenne cité 3,434 fois dans l’année.

Dans la mesure où les articles d’un périodique à facteur d’impact élevé ont plus de chances d’être cités que les articles d’un périodique à faible facteur d’impact, publier dans un périodique avec un facteur d’impact élevé peut être une indication sur la qualité intrinsèque d’un article. On peut ainsi extrapoler en disant que, plus le facteur d’impact est élevé, plus le périodique est cité, et donc plus ses articles sont lus et reconnus. D’où l’importance accordée au facteur d’impact.

Le facteur d’impact est calculé chaque année et son évolution reflète celle du périodique dans le temps et à l’intérieur d’une discipline scientifique. Mais, selon les disciplines, il existe des différences marquées concernant les comportements ou les tendances de citation. Par exemple, en mathématiques ou en économie, il faut plus de temps que dans d’autres disciplines comme la biochimie ou la génétique pour atteindre le pic de l’activité de citation (figure 7.7). Ainsi, le 5-year impact factor (ou facteur d’impact à 5 ans) a été introduit récemment dans le JCR® pour mieux mesurer l’impact des périodiques dans les domaines dans lesquels l’influence des travaux publiés évolue sur une période supérieure aux 2 années de référence du facteur d’impact traditionnel.

Pour en savoir plus sur le facteur d’impact, consultez The Thomson Reuters Impact Factor .

Figure 7.7. Comportements de citation selon les disciplines scientifiques.

Source : Rivalle G., 2009. Journal Citation Reports® Améliorations de février 2009 , diapositive 4.

Du bon usage du facteur d’impact

Attention : le facteur d’impact n’est absolument pas un critère absolu. Il doit être utilisé avec beaucoup de précautions pour tirer des conclusions fiables quant à la qualité des périodiques et des articles eux-mêmes. Il varie considérablement en fonction du domaine couvert par le périodique et du type d’articles publiés par le périodique. Ainsi, un article de synthèse étant potentiellement plus cité qu’un article de recherche, les périodiques publiant des articles de synthèse auront un facteur d’impact plus élevé que les autres périodiques dans le même domaine. Il ne faut donc pas prendre les chiffres bruts du facteur d’impact pour évaluer un périodique, et par extrapolation les articles de ce périodique, mais toujours les comparer avec ce qui est comparable, c’est-à-dire replacer le périodique dans sa discipline scientifique. De plus, pour une bonne évaluation des articles anciens, il est recommandé de se reporter au facteur d’impact du périodique tel qu’il était l’année de publication de l’article.

Les travaux de M.-H. Magri et A. Solari (publiés en 1996[77], 1997[78] et 2000[79]) ont permis de relativiser l’utilisation du facteur d’impact en en proposant une relecture au regard d’un traitement statistique, la distribution de fréquence, étudiée par une représentation en box plot, ou boîte à moustaches[80] (figure 7.8).

Figure 7.8. Groupes de revues déterminés à partir du box plot du facteur d’impact des 4 445 revues du SCI JCR 94 et nombre de revues hébergées dans ces groupes (%).

© Magri M.-H., Solari A., 1997[81] ; figure réalisée par Didier Marie.

Pour chaque année et chaque Subject category des JCR® (Science edition et Social sciences edition), différents paramètres sont calculés :

- la valeur du 1er quartile : Q25 ;

- la valeur du 2e quartile : Q50 ;

- la valeur du 3e quartile : Q75 ;

- les deux « moustaches » inférieure et supérieure ;

- les valeurs dites « extrêmes », ou outliers.

Ces cinq valeurs déterminent ainsi cinq groupes de périodiques. Pour permettre une interprétation immédiate de la valeur d’un facteur d’impact, Magri et Solari (1997) ont codifiés par 5 couleurs différentes les 5 groupes/notoriétés calculés : rouge/exceptionnelle, verte/excellente, bleu foncé/correcte, bleu clair/acceptable, orange/médiocre (figure 7.9).

Figure 7.9. Illustration des traitements effectués sur les valeurs du facteur d’impact pour obtenir les notoriétés des périodiques.

Avant-propos de l’interprétation des facteurs d’impact du Journal Citation Report®, Référentiel des notoriétés . ERIST de Jouy-en-Josas, Crebi, par Désiré M., Magri M.H., Solari A. © Magri MH.

L’application NORIA, conçue par l’Inra à partir des travaux de M.-H. Magri et A. Solari et accessible à l’Inra en Intranet , automatise les traitements statistiques réalisés chaque année sur les périodiques à partir des données du JCR®.

Le Journal Citation Reports® a repris ce type d’analyse basé sur le calcul de la distribution de fréquence. On la trouve depuis 2008 pour chaque périodique dans « Journal Rank in Categories » (cf. annexe).

À noter : le Journal Citation Reports® ne retient pas de groupe « exceptionnel » (comme l’ont fait M.-H. Magri et A Solari dans leurs travaux) et classe les outliers éventuels dans le 1er quartile, le Q1.

En comparant ainsi des données comparables, on a une meilleure visibilité de la notoriété des périodiques au regard du facteur d’impact.

Le facteur d’impact est recalculé chaque année. Regarder son évolution sur quelques années permet de savoir si un périodique est en progression ou au contraire en régression par rapport aux périodiques « concurrents ».

Dans le cas d’une évaluation académique, il est parfois inapproprié d’utiliser l’impact d’un périodique pour estimer la fréquence attendue de la citation d’un article publié. La fréquence de citation des articles d’un même périodique, pris individuellement, est tout à fait variable.

Garfield, 1994[82]

Impact factor is not a perfect tool to measure the quality of articles but there is nothing better… Garfield, 1999[83]

Classements basés sur l’influence des périodiques les uns par rapport aux autres (Eigenfactor Score™ et Article Influence Score™) ou le poids des citations (classement SCImago)

Des indicateurs permettant de classer les périodiques selon leur influence sont apparus récemment : le Eigenfactor Score™ et l’Article Influence Score™.

De même, un nouveau classement des périodiques sur le portail SCImago Journal & Country Rank® permet, depuis 2007, une autre approche basée sur le poids des citations reçues par les articles d’un périodique.

Ces nouveaux indicateurs et classements sont moins utilisés que ceux du Journal Citation Reports® mais constituent une alternative intéressante qui permet d’autres types de comparaisons.

EigenfactorScore™ et Article Influence Score™

Ces deux nouveaux indicateurs sont fournis par The Eigenfactor Project™ (projet à but non lucratif) et sont accessibles via le Journal Citation Reports® (figure 7.10). Ils sont basés sur le fait que les références lient les périodiques entre eux dans un vaste réseau de citations.

Figure 7.10. Données sur le Eigenfactor Score™ et Article Influence Score™ via le Journal Citation Reports®.

L’algorithme du Eigenfactor Score™ se sert de la structure de l’ensemble du réseau de citations pour évaluer l’importance de chaque périodique au travers de toutes les différentes disciplines. Il correspond à un modèle dans lequel les lecteurs suivent une chaîne de citations, passant de périodique en périodique.

Les calculs de l’Eigenfactor Score™ prennent en compte 5 années d’activité de citations compilées par le Journal Citation Reports®. Les périodiques sont considérés dans ce calcul comme influents s’ils sont cités par d’autres périodiques influents.

L’Article Influence Score™ mesure l’influence moyenne d’articles individuels provenant d’un même périodique sur une période de 5 ans suivant leur publication. Il présente une moyenne d’influence par article et peut ainsi être comparé au facteur d’impact. Mais la méthodologie utilisée est différente et fournit une autre perspective, complémentaire au facteur d’impact.

Pour en savoir plus sur le calcul du Eigenfactor Score™ et Article Influence Score™, consultez le site et le détail de la méthode de calcul .

Classement SCImago

SCImago Journal & Country Rank® (SJR) est un portail incluant des indicateurs pour classer les périodiques et les pays au regard de leur production scientifique. Il a été mis en place en 2007 par Elsevier à partir des informations de sa base pluridisciplinaire Scopus®, concurrente du Web of Science® de Thomson Reuters, qui couvre l’ensemble des périodiques indexés dans le Web of Science® et plus.

En 2012, SCImago® analysait 18 854 périodiques. La plateforme est accessible gratuitement sur le Web (figure 7.11).

Figure 7.11. SCImago (2007). SJR, SCImago Journal & Country Rank au 11 avril 2012.

Le SJR mesure le prestige ou l’influence des articles des périodiques analysés. Il est calculé sur 3 ans. Il applique le pagerank algorithm (développé par les créateurs de Google) au réseau de citations des périodiques[84].

Il représente le poids des citations reçues l’année x des documents publiés dans le périodique les années x – 1, x – 2 et x – 3[85].

La diffusion du périodique

La diffusion d’un périodique est estimée par :

- son signalement dans les bases de données bibliographiques généralistes ou spécialisées (Web of Science®, Scopus®, PubMed®, CAB®, Eric®, Inspec®, etc.) : cette information est disponible sur le site du périodique, ou via les bases de données directement ;

- son accès via le Web, le support électronique étant plus facilement accessible qu’un support papier, même si les deux coexistent ;

- la pérennisation de l’accès aux articles via le DOI (digital object identifier, « identifiant d’objet numérique ») qui est une sorte de code barre des articles : si les articles ont un DOI, ils seront plus facilement repérables à terme (cf. le site du DOI system ) ;

- sa diffusion en libre accès ou non : un périodique accessible en libre accès aura un impact relatif plus important qu’un périodique soumis à un abonnement, même si ceci n’est pas forcément lié au facteur d’impact de Thomson Reuters.

Signalement dans les bases de données internationales

Les bases de données bibliographiques dans lesquelles sont signalés les périodiques sont indiquées dans la partie Présentation du périodique ou dans les instructions aux auteurs. Plus un périodique est signalé dans un nombre important de bases de données, plus on a de chances de retrouver les articles publiés dans ces périodiques. Il convient de vérifier s’il est signalé spécifiquement dans les bases de données que l’on a soi-même l’habitude de consulter, les chercheurs travaillant sur le même sujet ayant des chances de consulter ces mêmes sources d’information (cf. annexe ).

Périodiques en libre accès (open access)

Depuis l’avènement du mouvement du libre accès à l’information scientifique dans les années 1990, plusieurs modèles économiques de publication coexistent :

- le modèle traditionnel de l’édition commerciale qui repose sur un accès payant aux articles scientifiques publiés par abonnement, afin de couvrir les frais de publication : modèle « lecteur-payeur », c’est le modèle utilisé encore par la majorité des périodiques scientifiques actuels ;

- le modèle open access qui prévoit que ce sont les auteurs qui publient qui paient eux-mêmes les frais de publication de leurs articles : modèle « auteur-payeur », modèle choisi par exemple par PLoS ou BioMedCentral, et plus récemment par Chemistry Central (cf. chapitre 1 et annexe ) ;

- le modèle mixte, proposé par certains éditeurs traditionnels, laissant le choix à l’auteur du mode de diffusion de son article dans un périodique qui n’est pas forcément totalement en libre accès : modèle Open choice. De nombreux éditeurs commerciaux proposent désormais ce modèle, dont Elsevier et Springer (cf. chapitre 1 ).

Publier dans un périodique en libre accès pose le problème du coût de la publication, mais faire ce choix, c’est offrir un accès gratuit à son article et conserver ses droits d’auteurs sur son article.

La politique des principaux éditeurs sur copyright et le dépôt éventuel des articles sur des serveurs d’archives ouvertes est donnée sur le site SHERPA-RoMEO .

Une étude réalisée par Ware & Mabe en 2009[86] donne une idée du coût du libre accès chez un certain nombre d’éditeurs (tableau 7.1).

Tableau 7.1. Coût des publications pour une sélection de journaux en libre accès complet ou optionnel. Les différents discounts (pour les membres de sociétés, les institutions membres souscripteurs, les pays en voie de développement, etc.) ne sont pas montrés (source : sites des éditeurs en octobre 2012 — £ / US$ = 1,6 ; € / US$ = 1,3).

Journal / éditeur

Accès libre complet / optionnel

Coût (US$)

American Institute of Physics

complet / optionnel

1350-1800

American Physical Society

complet / optionnel

1500-2700

BioMed Central

complet

630-2635 (valeur médiane 2025)

Hindawi

complet

300-1750 (valeur médiane 600)

BMJ Group

complet / optionnel

1920-4000

Cambridge University Press (147 journaux)

optionnel (complet planifié)

2700 (STM)

1350 (SHS)

Elsevier

Cell Reports

case reports, communications

complet / optionnel

~ 3000

5000

500-600

New Journal of Physics / IOP-DPG

complet

1440

Oxford University Press

optionnel

complet

1615-3000

475-2770

PLoS

PloS ONE

complet

2250-2900

1350

Royal Society (London)

optionnel

complet

2380

1932

Springer

(voir aussi BioMed Central au-dessus)

optionnel

3000

Wiley-Blackwell

optionnel

complet

3000

1450-3900

© Novembre 2012 : traduction du tableau 4 (p. 63-64) de The STM Report: An overview of scientific and scholarly journal publishing. Ware M. & Mabe M. 3rd edition.

Publier dans un périodique en libre accès, c’est aussi le gage d’une diffusion plus large de son article, car le contenu sera accessible dans son intégralité sans condition d’abonnement. Mais le gain en citations n’est pas totalement prouvé, même si les périodiques en libre accès peuvent avoir d’excellents facteurs d’impact dans leur discipline (cf. articles et rapports sur le site OpCit, The Open Citation Project ).

Des répertoires de périodiques en libre accès peuvent être consultés pour faire son choix :

1. le DOAJ ou Directory of Open Access Journals (figure 7.12). Les périodiques sont répartis en grands champs disciplinaires puis en sous-disciplines ;

Figure 7.12. Répertoire des périodiques en libre accès, DOAJ (Directory of Open Access Journals).

1. le portail openedition qui, avec la plateforme revues.org , répertorie des périodiques dans le domaine des sciences humaines et sociales (figure 7.13).

Figure 7.13. Liste des périodiques du domaine des SHS en libre accès à partir du portail openedition .

Le fonctionnement du périodique

Le fonctionnement d’un périodique est caractérisé par :

- le procédé de contrôle des manuscrits (avec ou sans referee c’est-à-dire avec ou sans comité de lecture). Choisir un périodique avec comité de lecture, c’est la garantie d’une validation de l’information, indispensable et largement plébiscitée dans le domaine scientifique ;

- le processus de soumission des articles, directement en ligne sur le site de l’éditeur ou de manière plus classique par envoi au périodique. Le processus de soumission des articles en ligne est plus ou moins complexe selon le périodique, mais les éditeurs commerciaux facilitent ce processus (cf. Soumettre l’article au périodique ) ;

- les délais de publication qui varient entre quelques jours et 6 à 12 mois, voire plus. Si la publication des résultats est urgente, il conviendra de choisir un périodique dont les délais de publication des articles sont courts : beaucoup de périodiques « tout électronique » ont des délais de publication relativement courts : PLoS ONE par exemple ;

- la précision des consignes aux auteurs. Plus elles sont précises et rigoureuses, plus le périodique est exigeant et plus c’est un gage de qualité du périodique ;

- la périodicité de parution : hebdomadaire, mensuelle, trimestrielle ;

- les coûts de publication qui restent le problème majeur des périodiques en libre accès.

Certains aspects du fonctionnement peuvent être importants pour le choix final. Pour une thématique et un lectorat déterminés, il y a toujours plusieurs périodiques possibles, à choisir en conciliant degré d'exigence, délai de parution, importance du travail demandé aux auteurs, diffusion et niveau des coûts de publication. À noter que certains rédacteurs en chef peuvent refuser la publication pour un périodique en particulier mais conseiller à l'auteur un autre périodique de son porte-feuille. Enfin, souvent, le critère de choix auteur-payeur en open access (« voie dorée ») plutôt que le modèle traditionnel lecteur-payeur relève plus d'un choix politique (individuel ou collectif au niveau de laboratoire ou de la communauté de chercheurs) que d'une conséquence raisonnée des différents critères.

Publier l’article dans le périodique choisi

Une fois le périodique choisi, il faut en premier lieu se procurer et lire attentivement les consignes ou instructions aux auteurs avant de commencer à rédiger son article. Elles devront être respectées avec le plus grand soin. Le non-respect de ces consignes est une cause de rejet des articles sans même qu’ils aient été lus : ils ne sont pas envoyés aux referees et sont retournés directement à leurs auteurs afin qu’ils le mettent en conformité avec ces consignes. Négliger cette étape est une perte de temps non négligeable et inutile car on peut y satisfaire très aisément.

Respecter les consignes aux auteurs

Les consignes aux auteurs sont l’ensemble des conditions à remplir pour rédiger et soumettre un manuscrit à un périodique. Elles sont parfois regroupées dans une partie intitulée « Resources for Authors » (figure 7.14).

Figure 7.14. « Resources for Authors » du Journal of Biological Chemistry.

On y trouve trois grands types d’information :

- la politique éditoriale du périodique : dans la partie aims and scope, editorial policy, etc., telle qu’elle a été définie par le comité de rédaction (editorial board), le secrétariat de rédaction et l’éditeur commercial. Elle décrit le domaine couvert, le type d’article, le mode de soumission des manuscrits, le processus de relecture par les referees, etc. ;

- la procédure de préparation du manuscrit et les conditions matérielles à remplir : contenu de la page de titre, organisation générale du manuscrit, consignes pour la présentation des tableaux, des figures et des illustrations en général, pour la présentation des références bibliographiques, conditions de mise à disposition éventuelle des données brutes, etc. ;

- un rappel des conventions internationales à respecter dans le domaine : nomenclature, abréviations, unités de mesures, symboles à utiliser, etc.

De plus en plus souvent, on y trouve intégrées des informations sur l’éthique des publications, la responsabilité des auteurs (ou authorship), et les problèmes de conflits d’intérêt et de mauvaises conduites (cf. chapitre 4 ).

S’il est possible de publier des données supplémentaires (supplementary data, supplemental material, etc.), des instructions sont données dans ce sens (cf. annexe ).

Respecter scrupuleusement l’ensemble des consignes données par le périodique est indispensable. Des consignes aux auteurs précises sont une aide précieuse à la rédaction des articles du fait des nombreux rappels concernant par exemple la construction d’un titre efficace, du résumé, du contenu des différentes parties de l’article, etc.

Soumettre l’article au périodique

Le processus de soumission des articles est décrit précisément dans les consignes aux auteurs. Même si la soumission directe par courrier postal ou électronique se fait encore de temps en temps pour certains périodiques, elle se fait le plus souvent désormais directement par le site de l’éditeur, ce qui réduit les délais du processus de soumission et d’acceptation des articles.

Des instructions précises sont données sur le site Web du périodique pour soumettre les articles par voie électronique : il convient de les respecter également rigoureusement sous peine de rejet de l’article et des fichiers l’accompagnant. L’auteur s’inscrit sur la plateforme de soumission des articles et l’article est ensuite relu et commenté par les referees sur cette même plateforme (cf. annexe ).

Vérifier l’ensemble et soumettre l’article

Avant l’envoi définitif du manuscrit au périodique, il faut bien vérifier l’ensemble et s’assurer :

- du strict respect des consignes aux auteurs,

- de la page de titre qui doit être conforme à ce qui est demandé,

- de la succession des différents éléments de l’article,

- de l’intégrité et de la qualité du texte,

- que la liste des références bibliographiques est correcte :

- toutes les références citées sont-elles dans la liste ?

- à l’inverse, toutes les références de la liste se trouvent-elles citées dans le texte au bon endroit ?

- l’intégrité des références est-elle respectée ?

- que l’ensemble des tableaux, figures et illustrations accompagnent le manuscrit.

Une lettre d’accompagnement, ou cover letter, doit impérativement être jointe à l’envoi.

La lettre d’accompagnement ou cover letter

Ce courrier d’accompagnement est indispensable pour accompagner l’envoi d’un manuscrit. Elle doit être concise, mais rédigée avec le plus grand soin. C’est la première chose que lira le rédacteur en chef du périodique à la réception de l’article.

Elle contiendra les éléments suivants :

- les références complètes du manuscrit soumis : titre, nom(s) et affiliation(s) du ou des auteur(s),

- une description précise du contenu du manuscrit soumis : type d’article, son originalité et l’importance des résultats de la recherche présentés, la motivation quant à la publication dans ce périodique particulier (une phrase ou deux pour dire pourquoi cet article est important et pourquoi vous le soumettez à ce périodique),

- la suggestion éventuelle de referees potentiels si demandé, ainsi que, à l’opposé, les referees à qui on ne souhaite pas que l’article soit envoyé,

- la déclaration de principe selon laquelle le manuscrit n’a pas été soumis pour publication à un autre périodique,

- l’accord des coauteurs, si demandé par le périodique à ce stade,

- les coordonnées précises de l’auteur correspondant (ou corresponding author) qui fera le lien entre le périodique et l’ensemble des coauteurs : son adresse postale et son adresse mail, et éventuellement un numéro de téléphone.

La description succincte mais précise du contenu du manuscrit soumis doit être réalisée avec le plus grand soin car, en même temps que le résumé de l’article lui-même, c’est ce qui conditionnera le premier stade de l’acceptation de principe du manuscrit et l’envoi aux referees.

Le corresponding author a un rôle important à ce stade. C’est l’intermédiaire entre le secrétariat de rédaction, le rédacteur en chef du périodique et les coauteurs éventuels : il reçoit les commentaires des referees et c’est l’interlocuteur privilégié du secrétariat d’édition pour la correction des futures épreuves. Il doit avoir une adresse stable et doit être disponible au moment de la réception des commentaires des referees et des épreuves successives de l’article jusqu’au stade de la publication finale. Ce n’est pas forcément le premier auteur ni le dernier auteur de l’article (cf. chapitre 5 ).

De la soumission à l’acceptation définitive

À partir de sa réception par le secrétariat de rédaction du périodique, le manuscrit va suivre différentes étapes et passer par différents stades ou statuts : pre-print, post-print et article publié (figure 7.15).

Figure 7.15. Les différents statuts du manuscrit.

Le périodique auquel l’article est envoyé doit normalement envoyer immédiatement un accusé de réception de l’envoi. En l’absence d’accusé de réception dans les 2 semaines qui suivent l’envoi, il ne faut pas hésiter à envoyer un mail à l’éditeur pour lui demander s’il a bien reçu l’article.

Vérification de la conformité de l’article par le secrétariat de rédaction du périodique et première acceptation de principe

Tout manuscrit non conforme aux consignes aux auteurs du périodique peut être retourné directement aux auteurs sans avoir été lu.

Si le manuscrit est conforme, le rédacteur en chef lit la lettre d’accompagnement et décide ou non d’emblée de la publication potentielle de l’article dans son périodique. Si la réponse est oui, il envoie l’article aux referees.

Envoi aux lecteurs-arbitres ou referees : le processus du peer-reviewing

Le choix des referees, deux parfois trois selon les périodiques, se fait parmi les membres du comité de rédaction ou parmi des experts spécialistes du domaine. Il est parfois demandé aux auteurs de proposer des noms de referees potentiels : il faut le faire, mais sans avoir la garantie que les referees seront choisis parmi les noms proposés. Les auteurs peuvent également demander au rédacteur en chef de ne pas envoyer leur manuscrit à tel ou tel autre chercheur dans le même domaine.

Pour trouver des referees disponibles pour accepter le travail et le réaliser dans les temps, le rédacteur en chef du périodique enverra parfois à ces referees potentiels seulement le titre et le résumé de l’article. C’est à la vue de ces deux premiers éléments seulement que les referees contactés diront si oui ou non ils acceptent le travail de relecture de l’article selon leurs compétences dans le domaine et leur disponibilité pour renvoi des commentaires dans les délais demandés.

Les referees sont anonymes pour l’auteur et sont chargés de vérifier la qualité scientifique de l’article, l’originalité des résultats et la lisibilité de l’article, c’est-à-dire à la fois le fond et la forme. Ils vont donner leur avis sur l’éventuelle publication du manuscrit. Ils vont élaborer des fiches de lecture avec leurs commentaires : une anonyme pour l’auteur et une à l’intention du rédacteur en chef du périodique.

Le travail des referees est guidé par des consignes précises envoyées par le périodique (voir aussi chapitre 4 ).

Acceptation ou refus du manuscrit par les referees

Au regard des remarques et commentaires des referees, le rédacteur en chef prendra une décision quant à l’acceptation, la révision (mineure ou majeure) ou le refus du manuscrit :

- manuscrit accepté pour publication d’emblée sans aucune demande de correction : c’est très rare !

- manuscrit accepté pour publication avec demande de corrections ou de compléments : les corrections peuvent être mineures ou au contraire majeures et nécessiter de nouvelles expérimentations ou analyses. L’auteur correspondant recevant ces commentaires devra avertir dans les meilleurs délais ses coauteurs et appliquer l’ensemble des corrections demandées, puis soumettre le nouveau manuscrit corrigé. Plusieurs allers-retours peuvent avoir lieu entre les auteurs et les referees. Il peut y avoir contestation de la part des auteurs d’une ou de plusieurs critiques ou remarques des referees : ils doivent dans ce cas argumenter par un courrier adressé au rédacteur en chef du périodique.

- manuscrit refusé pour publication : il faut analyser attentivement les motifs du refus avec les coauteurs et tenir compte des remarques des referees avant de choisir un autre périodique de publication. On soumettra rapidement un nouveau manuscrit au nouveau périodique choisi, en tenant compte des nouvelles consignes aux auteurs.

Certains périodiques mettent désormais en ligne les commentaires des referees : exemple avec le périodique Molecular Systems Biology (figure 7.16).

Figure 7.16. Intégralité des commentaires des referees accessibles en même temps que l’article publié à la rubrique « Peer Review Process ».

Après acceptation du manuscrit

Le secrétariat d’édition du périodique intervient pour mettre en page et préparer le manuscrit pour l’impression éventuelle et la mise en ligne du PDF.

Après la mise en forme, les auteurs reçoivent les épreuves à corriger. La correction des épreuves doit être faite très attentivement, en comparant mot à mot par rapport à l’original.

Le formulaire de transfert de copyright sera transmis à cette occasion.

Impression et diffusion du périodique

Le stade final de la publication est l’impression du périodique s’il existe encore des exemplaires papier et la mise en ligne directe de l’article sur le site Web du périodique qui peut être réalisée dès l’acceptation de l’article, plusieurs semaines avant la parution du numéro du périodique adéquat.

72 Bradford S.C., 1934. Sources of information on specific subjects. Engineering: An Illustrated Weekly Journal (London), 137, 26 janvier 1934, p.85-86.

73 Garfield E., 1972. Citation analysis as a tool in journal evaluation . Science, 178 (4060), 471-479. Reprinted in: Current Contents No. 6, pgs 5-6 (February.7, 1973); Essays of an Information Scientist , Volume 1, p. 527-544 (1977).

74Le processus de sélection des revues de Thomson Reuters , 2010.

75D’après l’Ulrich’s Serials Analysis System , données 2011.

76Garfield E., 1994. The impact factor . Current Contents, 25,3-7.

77Magri M.H., Solari A., 1996. The SCI Journal Citation Reports: a potential tool for studying journals? I Description of the JCR journal population based on the number of citations received, number of source items, impact factor, immediacy index and cited half-life . Scientometrics, 35 (1), 93-117.

78Magri M.H., Solari A., Rerat K., 1997. Les périodiques scientifiques d’audience internationale au travers du Journal Citation Reports : analyse du système d’évaluation de l’ISI. Application à l’étude de la production INRA . In : L’information scientifique et technique : nouveaux enjeux documentaires et éditoriaux. Colloque Inra, 21-23 octobre 1996, Tours. Collection « Un point sur… », INRA Edtions, Versailles.

79 Solari A., Magri M.H., 2000. A new approach to the SCI Journal Citation Reports, a system for evaluating scientific journals . Scientometrics, 47 (3), 605-625.

80 Chambers J.M., Cleveland W.S., Kleiner B., Tukey P.A., 1983. Graphical methods for data analysis. Wadsworth International Group, Belmont California. Duxbury Press, Boston, 395 pp.

81 Magri M.H., Solari A., Rerat K., 1997. Les périodiques scientifiques d’audience internationale au travers du Journal Citation Reports : analyse du système d’évaluation de l’ISI. Application à l’étude de la production INRA . In : L’information scientifique et technique : nouveaux enjeux documentaires et éditoriaux. Colloque Inra, 21-23 octobre 1996, Tours. Collection « Un point sur… », Inra, Paris.

82Garfield E., 1994. The Impact factor. Current Contents, 25.

83Garfield E., 1999. Journal Impact factor: a brief review. Canadian Medical Association Journal, 161, 979-980.

84 Page L., Brin S., Motwani R., Winograd T., 1998. The PageRank citation ranking: Bringing order to the Web. Technical report, Stanford University, Stanford, CA, 1998.

85 Gonzalez-Pereira B., Guerrero-Bote V.P., Moya-Anegon F., 2007. The SJR indicator : A new indicator of journals’ scientific prestige .

86Ware M., Mabe M., 2009. The stm report: an overview of scientific and scholarly journal publishing. Oxford International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Oxford, UK.

Chapitre 8

CONSTRUIRE ET RÉDIGER L’ARTICLE DE RECHERCHE

Scientific writing is the transmission of a clear signal to a recipient. Day et Gastel, 2006

Avec l’explosion du nombre d’articles scientifiques au milieu du XXe siècle, la nécessité de structurer les idées et de normaliser les écrits pour différents niveaux de lecture est apparue[87]. Si, avec le Web et le transfert du format papier vers le format électronique, la façon de communiquer et de présenter les résultats de la recherche a évolué, les règles de base en matière de structuration et de rédaction des articles restent globalement les mêmes et sont toujours applicables et appliquées.

En préalable à la rédaction d’un article de recherche, il ne faut jamais oublier qu’on rédige pour être lu, et ceci quel que soit le support, papier ou électronique via le Web !

En position d’auteur-rédacteur, il faut toujours se mettre à la place du lecteur !

Il existe différents niveaux de lecture de l’article de recherche.

1. Le premier niveau est celui de l’identification de l’article lui-même par son titre, ses auteurs et leur affiliation, et le résumé (figure 8.1). Ce sont les éléments qui vont être lus en premier et qui vont être déterminants pour savoir si on va aller plus loin dans la lecture de l’article lui-même. Dans certains périodiques, le résumé peut être accompagné d’un résumé visuel (graphical abstract) et d’une vidéo des auteurs présentant leur article.

Figure 8.1. Identification de l’article : les principaux éléments d’identification.

Le titre et le résumé sont des éléments-clés de l’article de recherche : ils devront être rédigés avec le plus grand soin !

1. Ensuite le corps de l’article lui-même avec ses principales parties : Introduction, Matériel et méthodes, Résultats, Discussion (figure 8.2). Le corps de l’article est organisé de façon extrêmement codifiée selon une structure logique qui suit la démarche scientifique. La lecture de l’article ne se fera pas forcément dans cet ordre mais l’identification claire de chacune des parties permet au lecteur d’aller directement à l’information qu’il recherche spécifiquement dans l’article après l’avoir sélectionné.

Figure 8.2. Corps de l’article : les différentes parties de l’article.

1. Enfin les compléments d’information constitués par les mots-clés, qui complètent le premier niveau d’information donné par le titre, la liste des références bibliographiques citées, les remerciements, qui complètent l’information sur l’ensemble des personnes qui ont contribué à l’article, les données brutes, voire désormais d’autres données supplémentaires jointes avec la version électronique (vidéos, visualisation de figures en trois dimensions, etc.) (figure 8.3).

Figure 8.3. Compléments d’information.

Rappelons que la clarté, la précision et la brièveté sont les principales caractéristiques du style de la rédaction scientifique et qu’il conviendra d’en tenir compte pour faciliter la lecture des articles.

Cet ouvrage n’a pas pour objectif de rentrer dans le détail de la rédaction des articles de recherche, de nombreux ouvrages existant déjà sur le sujet. Nous nous limiterons à quelques rappels et à des conseils de base.

Lire les consignes aux auteurs des périodiques

Les périodiques scientifiques aident les auteurs pour la rédaction de leurs articles en mettant à leur disposition des consignes ou instructions aux auteurs. Celles-ci sont plus ou moins importantes et précises, mais plus elles le sont, plus l’aide aux auteurs est efficace.

Avant de commencer la rédaction de l’article, il faut se procurer et lire les consignes aux auteurs du périodique choisi. Le non-respect des consignes aux auteurs est une cause de rejet direct des articles de la part du périodique, avant même l’envoi aux referees pour relecture et validation.

Ces consignes ou instructions aux auteurs donnent trois grands types d’information :

- la politique éditoriale du périodique,

- les règles de préparation et d’organisation du manuscrit,

- le rappel des conventions internationales à respecter dans le domaine.

Les informations concernant la politique globale du périodique auront permis entre autre de choisir le périodique de publication . Mais au stade de la construction et de la rédaction de l’article, ce sont principalement l’ensemble des procédures et conseils pour la préparation et la soumission du manuscrit qui seront à consulter en détail.

En plus des consignes spécifiques à chaque périodique, les principaux éditeurs commerciaux, tels Elsevier , Springer ou Wiley-Blackwell , mettent à la disposition des auteurs de nombreuses ressources pour les guider globalement dans la préparation, la rédaction et la soumission de leurs manuscrits. Il est bien évidemment vivement conseillé de s’y référer en plus des consignes spécifiques au périodique et de les lire ou relire avant de commencer la rédaction d’un article.

Les conseils donnés aux auteurs peuvent aller jusqu’aux conseils en marketing pour augmenter la visibilité de leurs articles publiés (par l’utilisation des réseaux sociaux, Researchgate par exemple) et mieux se positionner en tant qu’experts d’un domaine en créant un blog par exemple. Voir à titre d’exemple les conseils de l’éditeur Springer sur ce point.

Les différentes étapes de la construction de l’article

Par où commencer ? C’est la question récurrente que se posent de nombreux auteurs d’articles scientifiques.

Préalables à la rédaction

Différentes étapes préliminaires s’imposent :

- se poser les questions suivantes en y apportant des réponses claires : Quelle était la question de départ ou le problème posé ? Quelle était l’hypothèse (ou les hypothèses) formulées au départ ? ;

- analyser et interpréter de nouveau les résultats obtenus, mais cette fois dans leur ensemble afin de sélectionner de façon raisonnée ceux qui seront mis en avant dans l’article, en respectant les règles de l’éthique des publications ;

- prendre le temps de réfléchir globalement sur le contenu de l’article en rédigeant une première version synoptique, non détaillée, afin d’avoir un aperçu global de ce que sera le futur article ;

- faire une revue exhaustive de la littérature sur le sujet développé dans l’article et les sujets connexes, et prendre le temps de lire les différents articles sélectionnés : ils serviront de base à la rédaction de l’Introduction et de la Discussion.

La rédaction proprement dite

On va commencer à rédiger les différentes parties de l’article sans se préoccuper du style : l’objectif à ce niveau est d’arriver à déterminer le fil conducteur de l’article et de développer les principaux points et idées.

L’ordre de rédaction des différentes parties de l’article pourra être celui de sa lecture, car il est logique, mais certaines parties étant plus rapides et faciles à écrire que d’autre, l’auteur pourra être tenté de commencer par ce qui l’inspire le plus.

Ainsi, on pourra :

- rédiger l’Introduction : commencer par écrire l’introduction permet de faire le point sur le sujet en se replaçant dans le contexte de la littérature et permet d’exposer son hypothèse de travail qui guidera par la suite l’ensemble de la rédaction[88] ;

- rédiger la partie Matériel et méthodes : c’est une partie relativement facile à rédiger puisqu’on reprendra les principaux éléments dans son cahier de laboratoire, mais il faut être très vigilant lors de la rédaction de cette partie qui est souvent déterminante pour la validation de l’article par les referees ;

- réaliser l’ensemble des tableaux, figures et illustrations qui permettront de présenter les résultats de façon claire et précise. Après l’étape de sélection des résultats, on reprendra l’ensemble des tableaux et/ou figures les présentant en suivant les consignes données par le périodique ;

- rédiger la partie Résultats en utilisant les tableaux, figures et illustrations qu’on aura sélectionnés et réalisés au préalable et autour desquels s’articulera le texte ;

- rédiger la Discussion en se reportant à l’analyse de la littérature qu’on aura faite au préalable : cette partie est souvent la plus difficile à écrire et elle ne pourra être entreprise qu’une fois la partie Résultats totalement rédigée.

La liste des références bibliographiques se sera constituée facilement et rapidement au fur et à mesure de la rédaction grâce à l’utilisation des logiciels de gestion de la bibliographie, que sont Endnote® , Reference Manager® , JabRef , Zotero ou Mendeley pour citer les plus utilisés. L’utilisation des fonctions adéquates de ces logiciels pour citer et lister les références bibliographiques en respectant le style imposé par le périodique est une aide précieuse et un gain de temps certain. De nombreux périodiques, sous format uniquement électronique par exemple, imposent l’utilisation de tels logiciels pour soumettre les articles.

Une fois l’ensemble rédigé, on se concentrera sur le style de la rédaction, en anglais, en respectant les règles de clarté, de précision et de brièveté, ainsi que le bon usage des temps de conjugaison des verbes, de structure des phrases et des paragraphes, et en étant vigilant au sens des mots employés.

Le résumé sera rédigé en dernier, juste avant de rédiger le titre de l’article, les deux éléments étant intimement liés.

Une fois l’ensemble de l’article rédigé, une série de lectures et relectures critiques devront être faites à la fois par l’ensemble des coauteurs qui devront en approuver la version finale avant l’envoi et la soumission au périodique, et par d’autres collaborateurs qui auront un autre regard sur l’ensemble de l’article. Pour les auteurs non anglophones, une relecture par un anglophone ou un spécialiste de la rédaction scientifique en anglais peut être appropriée.

Les différentes parties de l’article : leur rôle et leur contenu

L’Introduction

L’Introduction doit permettre au lecteur de comprendre le problème ou la question posée, et la raison de ce travail. Elle donne l’hypothèse de travail.

Rôle

- Replacer le sujet dans son contexte scientifique en apportant au lecteur les éléments nécessaires à la compréhension du travail exposé.

- Stimuler l’intérêt du lecteur, depuis les referees jusqu’aux autres lecteurs, en montrant l’intérêt du travail réalisé.

- Justifier éventuellement d’emblée certains choix technologiques dans l’étude d’un mécanisme ou d’un processus.

Structure et contenu

L’Introduction ne doit pas être trop longue, mais cela peut dépendre du sujet qui est présenté et des consignes données par le périodique.

Différents paragraphes vont se succéder pour permettre au lecteur de passer du contexte général dans lequel se situe le travail au détail du travail lui-même :

- en premier lieu, présenter le problème dans le contexte général en citant les articles les plus pertinents sur le sujet et mettre en évidence l’importance du travail entrepris par rapport à ce qui a été fait antérieurement ;

- présenter la théorie ou l’hypothèse de travail et l’objectif de l’étude : c’est le point le plus important de l’Introduction ;

- résumer la ou les méthodes utilisées en expliquant le choix qui a pu éventuellement être fait à ce niveau ;

- indiquer de façon concise la conclusion du travail présenté en expliquant comment cela contribue à améliorer la connaissance du sujet.

Globalement, l’Introduction cheminera du contexte général au point spécifique du travail présenté.

Points spécifiques

Il est recommandé de ne pas citer trop de références bibliographiques dans l’Introduction, même si la présentation du contexte scientifique dans lequel s’est déroulé le travail est un point primordial de l’Introduction :

- on s’efforcera de citer de préférence des articles de synthèse récents qui pourront présenter globalement le contexte de l’étude ;

- on sélectionnera les références les plus pertinentes et les plus récentes, dans lesquelles les lecteurs trouveront par extension les références antérieures.

Dès l’Introduction ou dès leur première utilisation, on développera les abréviations qui seront utilisées ultérieurement dans l’article.

La partie Matériel et méthodes

Rôle

La partie Matériel et méthodes doit donner suffisamment de détails et de précisions pour que d’autres chercheurs puissent refaire les expériences et vérifier éventuellement l’hypothèse qui a été formulée dans l’article. Elle permet donc la reproductibilité des résultats qui est un élément fondamental de la recherche expérimentale. Elle doit également permettre aux referees de mieux juger de la crédibilité des résultats obtenus pour évaluer et valider l’article.

Une partie Matériel et méthodes incomplète ou mal rédigée peut être une cause de rejet de l’article par les referees si, à sa simple lecture, ils ne se sentent pas capables de refaire les expériences décrites.

Le choix de l’échantillonnage et de l’analyse statistique des résultats présentés peut être argumenté à ce niveau.

Les deux points-clés de la partie Matériel et méthodes seront :

- l’inventaire le plus détaillé possible du matériel utilisé ;

- la manière dont le matériel a été utilisé à travers le détail du protocole expérimental.

Structure et contenu

Cette partie sera construite selon un plan détaillé qui ira des éléments les plus généraux aux plus spécifiques :

- description du matériel d’étude, de la population étudiée, des animaux, des plantes ou des produits utilisés, etc. ;

- détail du protocole expérimental dans sa globalité et des expériences successives qui ont permis l’obtention des résultats présentés dans un ordre logique, qui peut être chronologique. Une présentation du protocole sous la forme d’un schéma résumant les principales étapes peut être efficace ;

- description précise des appareillages éventuels utilisés, des conditions de culture ou d’observation, etc. ;

- conditions de réalisation des études et analyses dans le respect et en conformité avec les règles de l’éthique en matière d’expérimentation avec des humains ou en matière d’expérimentation animale, et approbation du protocole par un comité d’éthique ;

- détails des tests et analyses statistiques utilisés pour le traitement des résultats.

Si une méthode ou un protocole a déjà été utilisé et décrit de façon détaillée dans un article publié, il suffira de donner la référence de l’article qui le décrit en prenant soin néanmoins de préciser les points qui auront éventuellement changé par rapport à l’article de référence.

La partie Résultats

Rôle

C’est la communication brute des faits, mesures et observations qui ont été obtenus. Aucun commentaire et aucune interprétation ne sont à faire à ce niveau de l’article.

Tous les résultats obtenus ne seront pas présentés : on sélectionnera les plus représentatifs mais en respectant strictement les règles de l’intégrité scientifique et de l’éthique en science : pas de fabrication, ni de falsification de résultats ou d’élimination de résultats gênants ne permettant pas de répondre de façon positive à l’hypothèse de départ !

Structure et contenu

Différentes parties vont se succéder. La présentation des résultats pourra suivre l’ordre logique et chronologique de présentation des différentes expériences de la partie Matériel et méthodes. Lindsay[89] préconise de hiérarchiser la présentation des résultats par ordre d’importance au regard de l’hypothèse de départ. Le raisonnement et le fil conducteur seront suivis par le lecteur grâce aux titres et sous-titres des différentes parties.

La partie Résultats comprend à la fois du texte et des tableaux, figures et/ou illustrations diverses mais les données doivent être présentées une seule fois : soit par du texte, soit dans un tableau, soit par une figure. Il ne doit pas y avoir de redondance. Le texte faisant référence à un tableau ou une figure rapporte uniquement l’information principale contenue dans ce tableau ou cette figure mais ne le (la) décrit pas en détail.

La rédaction des Résultats doit être précise, objective et neutre. Ce n’est pas l’endroit pour exprimer une opinion ou discuter de l’importance ou non de tel ou tel résultat obtenu : garder ces éléments pour la partie Discussion !

Utilisation des tableaux, figures et illustrations pour présenter les résultats

La représentation des résultats sous forme de tableaux et/ou figures ou illustrations est le moyen le plus efficace de les présenter car ce sont des éléments visuels qui permettent au message d’être compris et appréhendé plus rapidement et plus facilement qu’avec des mots. Ce sont des auxiliaires de rédaction utilisés pour rapporter des données essentielles et utiles à la compréhension de l’ensemble.

Tableaux et figures sont des unités de communication indépendantes du texte. Ce sont des éléments fondamentaux de l’article de recherche.

La lecture des tableaux et des figures doit pouvoir se faire sans référence au texte :

- le titre du tableau et les notes de bas de tableau doivent permettre au lecteur de le comprendre et de l’appréhender sans avoir à lire le texte l’accompagnant. C’est ainsi par exemple que toutes les abréviations utilisées dans le tableau doivent être développées dans les notes de bas de tableau même si elles ont déjà été développées dans le texte des Résultats ;

- la légende de la figure doit orienter le lecteur vers la signification et l’interprétation de la figure. Elle commence par le titre et est suivie des différents éléments qui permettront de l’appréhender dans son ensemble.

Le choix de présenter des résultats sous forme de tableau ou de figure ne doit pas être arbitraire :

- si les valeurs exactes des données sont importantes, on choisira la représentation sous forme de tableau ;

- si au contraire il est plus important de mettre en évidence des quantités, des relations, des fréquences ou des tendances, la représentation des résultats sous forme de figure sera plus appropriée.

Dans de nombreux autres cas, les figures serviront à la présentation de schémas, d’enregistrements, de photographies, de cartes, etc. C’est dans ce cas précis que l’on parle plus d’« illustrations ».

Dans tous les cas, tableaux, figures et illustrations devront être réalisés en respectant scrupuleusement les consignes données par le périodique. Bien évidemment, conformément aux règles de l’éthique des publications, aucune donnée ne doit être manipulée, en particulier lorsqu’il s’agit de photographies : on doit toujours se référer aux clichés originaux.

La partie Discussion

C’est souvent la partie la plus difficile à rédiger. Elle constitue une base de jugement des lecteurs, dont les referees. C’est un argumentaire qui doit permettre de répondre à la question : Que signifient les résultats obtenus et présentés précédemment ? La fin de la Discussion est la conclusion de l’article.

Beaucoup d’articles sont rejetés à cause d’une Discussion mal rédigée : il est impératif de discuter des résultats présentés au préalable au regard de ce qui est déjà connu et de ne pas discuter des résultats obtenus par les autres sur le même sujet.

Rôle

Le rôle de la Discussion est :

- l’interprétation des résultats présentés dans la partie Résultats, dont la confirmation ou non de l’hypothèse formulée au départ ;

- la comparaison avec les résultats obtenus dans des travaux antérieurs par les mêmes auteurs ou d’autres auteurs : mise en évidence des exceptions, de l’absence de corrélation avec les autres résultats, ou au contraire confirmation d’idées ou d’autres résultats publiés ;

- la présentation et la discussion des éventuelles implications théoriques ou pratiques que ces nouveaux résultats pourront avoir ;

- l’indication de nouvelles orientations à prendre à la suite de ces travaux ;

- la conclusion sur le travail qui a été réalisé : l’objectif final de la Discussion est de convaincre les lecteurs de l’importance et de l’intérêt des nouveaux résultats obtenus.

La Discussion aura comme fil conducteur la mise en avant du message principal de l’article.

Structure et contenu

Comme le dit Lindsay[90], « la clé d’une discussion bien structurée est de choisir quels sont les arguments les plus importants » et de les positionner par ordre d’importance au travers de sous-parties et de paragraphes successifs pour développer son argumentaire. Chaque sous-partie de la Discussion pourra se terminer par une conclusion qui permettra d’élaborer la conclusion finale de l’article[91].

La Discussion sera émaillée de nombreuses références bibliographiques à des travaux antérieurs qui permettront d’étayer les différents arguments développés.

On développera trois parties principales dans la Discussion :

1. sans répéter les résultats, on essaiera de les interpréter en donnant la conclusion qu’on peut en tirer : c’est le message principal que l’on veut faire passer. Il servira de fil conducteur à la Discussion ;

2. puis on comparera l’ensemble des résultats avec ceux obtenus dans d’autres travaux et on pourra alors donner éventuellement les limites de l’étude réalisée ;

3. on terminera la Discussion par la conclusion qui donnera de nouveau le message principal de l’article et suggèrera des perspectives et orientations futures si nécessaire. Dans la conclusion, il ne faut être ni trop ambitieux, ni trop modeste…

Dans certains périodiques, les parties Résultats et Discussion peuvent être liées. Dans ce cas précis, la conclusion sera une partie clairement identifiée de l’article.

L’identification claire de chaque sous-partie de la Discussion par des sous-titres est importante pour permettre de suivre l’argumentaire au moyen de transitions adaptées.

Les consignes des périodiques mettent souvent en garde les auteurs contre une Discussion trop longue et un argumentaire trop flou. On se reportera à l’ensemble des conseils donnés dans les divers manuels de rédaction scientifique pour rédiger sa Discussion.

Les points-clés : titre et résumé, tableaux et figures

Le résumé et le titre de l’article seront rédigés après avoir écrit l’ensemble de l’article car ils méritent une attention toute particulière.

Le titre est la partie la plus importante de l’article car c’est lui qui attire l’attention des lecteurs. Le résumé, qui sera souvent lu en prolongement du titre, servira ensuite à déterminer si l’article mérite d’être lu dans son intégralité ou pas. Autant dire l’importance de ces deux éléments au stade de la rédaction !

Dans une moindre mesure, tableaux et figures sont également des éléments importants de l’article puisqu’ils pourront être appréhendés facilement et rapidement par les lecteurs pour visualiser les résultats, mais aussi par le rédacteur en chef du périodique auquel on soumettra l’article et les referees.

Le titre

Il décrit en aussi peu de mots que possible le contenu de l’article et le message qu’il véhicule : c’est le condensé de l’article, le résumé du résumé !

Le titre doit être :

- informatif : il peut être affirmatif en donnant dès le départ la conclusion du travail, analytique et descriptif en annonçant un raisonnement, ou interrogatif si la question posée est d’un grand intérêt et si la réponse est donnée en conclusion de l’article ;

- court et concis pour permettre une lecture rapide dans le cadre d’une table des matières d’un périodique ou d’une liste de références suite à une interrogation de base de données bibliographiques. Attention : un titre trop court peut ne pas être assez informatif. En revanche, un titre trop long et fastidieux à lire décourage les futurs lecteurs ;

- clair : il ne doit pas comprendre d’abréviations non normalisées, ni de terme du jargon scientifique utilisé dans le laboratoire ne permettant pas de l’appréhender rapidement à la première lecture. Le titre doit pouvoir être compris par d’autres chercheurs que les seuls spécialistes du sujet ;

- précis : chaque mot apporte une information précise ; on évitera les mots inutiles ou sans signification précise, en particulier au début du titre, tels que : « Étude de… », « Effet de… », « Influence de… », « Observations sur… », etc. Le titre doit comprendre les principaux mots-clés de l’article ;

- spécifique et représentatif du contenu de l’article : les mots du titre serviront de termes d’indexation dans les bases de données bibliographiques et seront souvent ceux qui permettront de sélectionner l’article lors de l’interrogation de la base de données ou via le Web. Il faut se mettre systématiquement à la place du lecteur et se poser les questions que le titre suscite pour évaluer sa pertinence.

Commencer le titre par un mot-clé attire l’attention du lecteur !

La syntaxe est importante : on fera relire son titre par différentes personnes en leur demandant d’exprimer ce qu’il leur inspire. Si la réponse est claire, il y a de fortes chances que le titre soit bien choisi ; si par contre le titre induit quelques questions, il conviendra de le revoir jusqu’à ce que le message qu’il véhicule soit clair.

Le résumé

Après le titre, c’est la partie de l’article qui sera la plus lue. Dans un premier temps il permettra au rédacteur en chef du périodique d’appréhender l’importance des résultats et des idées contenues dans l’article et sera décisif pour envisager l’envoi ou non à des referees. Ensuite, il permettra aux lecteurs de sélectionner les articles qu’ils liront dans leur intégralité.

Le résumé est une unité de communication indépendante du texte : il doit se suffire à lui-même. Mais, comme il est lu dans le prolongement du titre, il ne doit pas répéter ce qui vient d’être dit dans le titre : le titre peut ainsi être considéré comme la première phrase du résumé.

Le rôle du résumé est de permettre au lecteur de connaître :

- le sujet du travail présenté et ses principaux objectifs ;

- la méthodologie employée et le protocole mis en place ;

- les principaux résultats obtenus ;

- les conclusions du travail présenté.

Le rôle déterminera sa structure :

- une ou deux phrases pour replacer le problème dans son contexte et présenter l’objectif ou l’hypothèse : résumé de l’Introduction ;

- une ou deux phrases donnant le matériel et la (les) méthode(s) ou la (les) technique(s) utilisée(s) : résumé de la partie Matériel et méthodes ;

- les principaux résultats obtenus : résumé de la partie Résultats ;

- une phrase de conclusion.

Il n’y a pas de place pour la Discussion, ni pour des citations de références bibliographiques. Les consignes des périodiques pour la rédaction du résumé sont souvent très précises en ce qui concerne sa structure et le nombre de mots.

Le résumé doit être précis, objectif, bref et intelligible sans devoir se référer au texte de l’article : pas de détails inutiles ni de définitions données dans le corps de l’article. On évitera d’y mettre des abréviations non normalisées : si l’emploi d’abréviations est jugé nécessaire, on les développera dans le résumé, comme dans le corps de l’article dès leur première utilisation.

Les tableaux et figures

Les tableaux et les figures, ainsi que les différentes illustrations, sont un moyen efficace de présenter les résultats de par leur aspect visuel. Mais, qui dit visuel, dit visibilité et lisibilité : ce sont les maîtres mots qui devront guider l’élaboration de ces auxiliaires de rédaction.

Les principes généraux de la représentation des résultats sous forme de tableaux et figures ont été énoncés dans un guide qui, bien que publié en 1988, reste d’actualité[92] :

- exactitude et précision : la valeur de la représentation des données dépend de l’intégrité et du soin avec lesquels les données ont été collectées et analysées ;

- sélectivité : le nombre de données à représenter doit être limité aux plus pertinentes, sans pour autant éliminer volontairement des données qui ne permettraient pas d’arriver à la conclusion que l’on souhaite. Il existe une limite dans la quantité d’information qui peut être représentée en restant intelligible sous forme de tableau ou figure. Seules les informations nécessaires pour faire passer le message devront être rapportées. Par exemple, si les données d’une expérience sont rapportées, les données d’une expérience semblable ayant donné des résultats similaires peuvent seulement être résumées dans le texte ;

- absence de redondance : les données doivent être présentées une seule fois : soit dans le texte, soit dans un tableau, soit sous forme de figure ;

- uniformité : des données similaires doivent être représentées de façon similaire. Ne pas alterner tableaux et figures par souci de « variété » !

- mise au point : un tableau ou une figure doivent permettre de faire une mise au point. Le ou les points à mettre en évidence doivent être apparents et, si possible, rappelés dans le titre ou la légende ;

- clarté et simplicité : le message à faire passer doit apparaître clairement ;

- efficacité visuelle : tableaux et figures sont des médias visuels : les mots doivent être réduits au minimum ;

- persuasion : une figure doit être visuellement convaincante. Par exemple, si le point principal du graphique est de montrer l’accroissement d’une variable, il faut que cela se voie ;

- indépendance : un tableau, avec son titre et ses notes de bas de tableau, ainsi qu’une figure avec sa légende, doivent être compris sans avoir à se reporter au texte.

Tableaux et figures rapportent des valeurs numériques : l’écriture des nombres, des unités de mesure, des expressions mathématiques et des paramètres statistiques est fonction des conventions internationales dans le domaine.

La numérotation des tableaux et des figures se fera de façon indépendante l’une de l’autre, en chiffres arabes (sauf consignes particulières), dans l’ordre de citation dans le texte.

Tableaux

Les différents éléments d’un tableau sont : le titre, des lignes, des colonnes, des traits séparant le titre du corps du tableau et le corps du tableau des notes de bas de tableau, des titres de lignes, des têtes de colonnes, des notes de bas de tableau.

Le titre du tableau et les notes de bas de tableau

Le titre doit être suffisamment explicite pour que l’on n’ait pas besoin d’avoir à se référer au texte pour comprendre le tableau. Il est souvent complété par des notes de bas de tableau. Il a pour but d’orienter le lecteur. Sa position est normalisée : au-dessus du tableau.

Il requiert les mêmes qualités que le titre de l’article lui-même : concis, informatif, aussi bref et clair que possible (éviter les redondances et mots inutiles), ni trop long, ni trop court. Il annonce le but du tableau, décrit le sujet ou les tendances montrées dans le tableau : les premiers termes du titre sont importants. Un titre de tableau peut suggérer une direction de lecture et les termes utilisés dans le titre doivent être corrélés avec les têtes de colonnes, mais le titre ne doit pas consister uniquement en une liste des têtes de colonnes quand un terme descriptif général peut être utilisé.

Le titre peut être complété par des notes de bas de tableau. Elles permettent de construire un tableau succinct et peu encombré. Elles donnent les détails techniques nécessaires à la compréhension du tableau. C’est le complément du titre, mais il faut faire attention à ce que la taille des notes de bas de tableau ne soit pas disproportionnée par rapport au tableau lui-même. On y trouve entre autre :

- l’explication des abréviations utilisées dans le corps du tableau, les titres de lignes ou les titres de colonnes ;

- la clé des symboles utilisés ;

- les traitements statistiques.

Lignes et colonnes

Il y a un principe de départ pour la présentation des données dans le champ du tableau : il est plus facile de comparer des données entre des colonnes qu’entre des lignes. Il faudra donc construire le tableau en conséquence et organiser les colonnes dans un ordre logique ou chronologique. Chaque colonne ou ligne doit avoir son propre en-tête : titres de lignes et têtes de colonnes. La suite des colonnes se lira de gauche à droite suivant une présentation logique des paramètres. On indiquera entre parenthèses l’unité de mesure du paramètre sous sa forme abrégée en dessous du nom du paramètre analysé.

Le corps du tableau

Le corps du tableau contient les données de l’expérience. Elles doivent être pertinentes et significatives, exactes et logiques avec le texte et les autres tableaux de l’article. Elles doivent être choisies avec soin, car tous les résultats expérimentaux n’ont pas besoin d’être présentés. Il ne faut présenter que les données justifiant les conclusions de l’article. Si les données peuvent être décrites par une ou deux phrases de texte, ne pas faire de tableau. Dans les colonnes on alignera les points décimaux et les signes + et –. On centrera les nombres par rapport aux têtes de colonnes.

Si des données manquent parce qu’elles n’ont pu être obtenues, on laissera des blancs. Si les données manquent parce qu’elles n’ont pas été obtenues, on inscrira « ND » à la place et on définira l’abréviation en note de bas de tableau (ND = non déterminé, non détecté).

Unités de mesures et analyse statistique des données

Les unités de mesure sont habituellement données dans les têtes de colonnes ou les titres de lignes. Elles peuvent aussi être données dans les notes de bas de tableau si les mots sont trop grands et l’espace limité. Il faut choisir des unités qui éliminent l’excès de zéros : préférer 159 kg à 159 000 g ou 12 µm à 0,000012 m ! Sauf à de rares exceptions près, éviter les multiplicateurs (× 10) dans les têtes de colonnes, ils peuvent être source de confusion.

En matière d’analyse statistique et de signification des résultats, il faut utiliser les tests appropriés et les expliquer dans les notes de bas de tableau, ainsi que le niveau de signification des tests. L’auteur doit présenter suffisamment de données pour que le lecteur intéressé puisse refaire les calculs et arriver aux mêmes conclusions que l’auteur.

Dimensions d’un tableau

Il faut se souvenir que plus le nombre de colonnes est élevé, plus le tableau est difficile à lire. Un tableau comportant un nombre de colonnes inférieur à 5 et un nombre de lignes supérieur à 30 reste lisible… si la présentation des titres de lignes est faite selon une liste tabulée. Mais il ne faut jamais dépasser la hauteur d’une page imprimée !

Pour condenser un tableau trop grand, on se posera les questions suivantes :

- est-ce que toutes les lignes et toutes les colonnes sont nécessaires ? Attention aux colonnes de chiffres inutiles !

- l’information ne peut-elle pas être mise en note de bas de tableau ?

Figures et illustrations

Les figures et illustrations sont un outil puissant et efficace pour présenter des résultats et informations complexes[93].

Une figure accompagne un discours en mettant en valeur ou en soulignant un fait. Son impact étant visuel, elle doit être simple, visible et lisible.

La clarté est un élément primordial de la présentation des résultats sous forme de figures et d’illustrations !

Le rôle des illustrations est de rendre les résultats plus compréhensibles et de suggérer rapidement des interprétations. Les graphiques en particulier sont des outils d’analyse qui visualisent des tendances et des relations et évitent l’analyse complexe d’un tableau de données.

Les illustrations se classent en deux catégories selon qu’elles rapportent :

- des informations quantitatives, présentant des données numériques transformées en graphiques : ce sont les courbes et les différents types d’histogrammes ;

- des informations qualitatives : photographies, schémas, enregistrements, diagrammes, spectres, cartes, etc.

Le choix d’une structure visuelle se fait en fonction de ce que l’on veut mettre en évidence : une relation entre plusieurs variables (courbe), une corrélation entre variables (nuage de points), une comparaison de fréquence ou de quantité (histogramme), la présentation d’un mécanisme ou d’un processus (schéma), la présentation de résultats bruts (photographie, enregistrements).

Légende des figures

La légende oriente le lecteur vers la signification et l’interprétation de la figure : elle commence par un titre, qui est une phrase concise et précise, et est suivie d’une explication des symboles utilisés et, dans certains cas, de détails expérimentaux spécifiques (exemple dans les articles de Nature).

Le cas particulier des courbes

Ce sont des axes (axe des abscisses correspondant au paramètre contrôlé, et axe des ordonnées correspondant au paramètre mesuré), des points, des traits, un degré de précision, du lettrage.

Il conviendra de respecter les principes de base suivant pour leur réalisation :

- la clarté : une figure sera claire et simple si le nombre de traits et le nombre de lettres/chiffres sont réduits au minimum. On limitera donc le nombre de courbes ou d’histogrammes sur une même figure afin qu’elle reste lisible ;

- l’homogénéité : les résultats identiques devront être représentés de façon homogène et identique pour favoriser les comparaisons entre eux ;

- respect de la proportion des axes et de leur longueur qui doit être limitée aux valeurs extrêmes ;

- réduire le nombre de traits d’échelle pour ne pas surcharger les axes et rendre la figure plus confuse ;

- le choix des symboles pour différencier les points expérimentaux doit être fait de façon à les rendre bien distincts les uns des autres : ils seront explicités dans la légende de la figure.

Format des figures

Des consignes très précises sont données dans les consignes aux auteurs des périodiques : il convient donc de s’y référer dans le détail pour être conforme à ce qui est demandé par le périodique.

Les conventions à respecter : quelques rappels

Un certain nombre de conventions seront à respecter en matière d’utilisation de style, de présentation des données quantitatives sous forme de nombres, unités de mesure et de temps, d’utilisation des abréviations et de la nomenclature dans certains domaines spécifiques, et de citation des références bibliographiques.

Les consignes aux auteurs des périodiques peuvent rappeler certaines de ces conventions (en matière d’abréviations ou de nomenclature), mais, si ce n’est pas le cas, on se reportera à des guides spécifiques tel que le CSE Manual for Authors, Editors and Publishers[94].

Nous rappellerons ci-dessous certaines de ces conventions.

Données quantitatives[95]

Rapporter des données quantitatives sous forme de nombres, d’unités de mesure ou de dates, de moments ou de durées ne se fait pas n’importe comment.

Toute donnée quantitative se traduit par un nombre cardinal associé à une unité de mesure (exemple : 540 mètres ou 540 m). Dans un texte scientifique, tout nombre cardinal ou ordinal s’écrit avec des chiffres arabes (exemple : 52, 1er, 30e). Une seule exception : un nombre en début de phrase est écrit en toutes lettres. Le signe décimal est la virgule pour les textes en français et le point pour les textes en anglais. Les nombres de plus de 3 chiffres s’écrivent avec une espace entre les chiffres par groupe de 3 de droite à gauche pour les nombres entiers (exemple : 1 276 et 55 956). On exprimera les très grands nombres ou les très petits nombres (> 100 000 ou < 0,000 001) soit en combinant les chiffres et les lettres (121 millions), soit en utilisant la forme exponentielle et le signe multiplié par (1,6 × 10– 6), soit en utilisant les fractions ou les pourcentages (2/3, 52 %).

Le système international (SI) des unités de mesure reconnaît 7 unités de bases et 2 unités complémentaires à partir desquelles 17 autres unités de mesure sont obtenues par une simple multiplication mathématique sans intervention de valeur numérique autre que l’unité. Les symboles (ou forme abrégée) des unités de mesure s’écrivent toujours en caractères romains, avec une majuscule initiale pour les unités dérivant de noms propres (exemple : « Da » pour le dalton ou « A » pour l’ampère). Ils sont invariables et ne sont jamais suivis d’un point. Écrits en toutes lettres, ce sont des noms communs, même s’ils dérivent de noms propres (exemple : « ampère »). On n’utilise les symboles qu’associés à un chiffre (par exemple, on écrira « le litre de lait », mais « la vache a produit 10 l de lait »). Les préfixes des unités de mesure s’écrivent immédiatement devant le symbole des unités auxquelles ils s’appliquent (exemples : mm). Un préfixe est toujours associé à un symbole d’unité de mesure mais un symbole d’unité de mesure ne peut être associé qu’à un seul préfixe.

Rapporter des dates ou un moment doit se faire méthodiquement, dans un ordre logique : pour une date on la donnera soit dans l’ordre jour/mois/année, soit année/mois/jour ; pour un moment ou une heure, on respectera le système de 24 heures.

Les abréviations

Les abréviations sont à différencier des symboles : ce sont des manières plus ou moins normalisées de « faire court » alors que les symboles sont des abréviations normalisées internationales d’unités de mesure par exemple.

Attention : toute abréviation non immédiatement reconnue par le lecteur entraîne un ralentissement de la lecture. Le transfert de l’information est moins efficace.

Dans un article de recherche, seules les abréviations normalisées seront utilisées. Parfois, le périodique tolère certaines abréviations d’usage : dans ce cas, leur liste figure dans les consignes aux auteurs.

Toutes les abréviations non normalisées seront explicitées :

- dans le texte, lors de la première utilisation ;

- dans les tableaux, par une note en bas de tableau, ou dans les figures, dans la légende ;

- dans le résumé si elles sont aussi utilisées à ce niveau.

Elles peuvent être réunies dans une liste par ordre alphabétique apparaissant généralement en bas de la page de titre de l’article.

Les références bibliographiques

Les références bibliographiques dans un article de recherche constituent un complément d’information important et nécessaire. Des normes et règles précises existent en matière de citation de documents et les consignes aux auteurs des périodiques sont toujours très précises sur ce point.

La citation des références et la constitution de leur liste seront grandement facilitées par l’utilisation d’un logiciel de gestion de la bibliographie qui permettra de s’affranchir de tout problème de stylage à partir du moment où le style utilisé par le périodique de publication est bien défini. Parmi les principaux logiciels de gestion de la bibliographie utilisés actuellement, on citera par exemple les logiciels commerciaux Endnote® ou Reference Manager® , ou les logiciels gratuits Zotero ou Mendeley .

Pourquoi des références ?

Tout énoncé dans un article de recherche doit être justifié soit par le travail présenté dans l’article lui-même, soit par une référence à un travail ayant déjà fait l’objet de publication :

- dans la partie Introduction, les références fournissent les éléments pour définir le problème étudié dans l’article et le replacer dans le contexte général : on pourra trouver à ce niveau de nombreuses références à des articles de synthèse ;

- dans la partie Matériel et méthodes, la citation d’une référence peut éviter la répétition de la description d’un protocole, d’une méthodologie ou d’une technique déjà publiés ;

- dans la partie Discussion, elles apportent des éléments de comparaison entre les résultats rapportés dans l’article et les résultats déjà publiés antérieurement.

À partir des références citées, un lecteur spécialiste, et tout particulièrement les referees, pourront immédiatement juger de la crédibilité des résultats publiés par rapport à la connaissance de l’auteur sur le sujet.

L’importance des références est trop souvent négligée, mais des affirmations sans preuves et des références inexactes ou introuvables entraîneront un mauvais jugement du lecteur !

Quelles références citer ?

Dans un article scientifique, seules les références accessibles à tous seront mentionnées.

Attention ! De nombreux périodiques n’acceptent pas qu’un travail non publié ou qu’une communication personnelle figurent dans la liste des références citées car d’une part, l’information qu’ils apportent n’a pas été validée par les pairs, d’autre part, ce sont des informations inaccessibles pour le lecteur.

D’une manière générale, on préférera la citation d’un article de périodique à celle d’un résumé de congrès, plus difficilement accessible, et on évitera de citer des thèses non accessibles en texte intégral sur le Web ainsi que tous travaux non publiés. La citation d’un article « sous presse » sera acceptée si le périodique l’a effectivement accepté pour publication.

Comment citer une référence dans le texte ?

La façon de citer des références dans le texte varie en fonction du périodique dans lequel l’article est publié : des indications précises sont données dans les consignes aux auteurs.

Il existe principalement deux systèmes de citation des références :

- le système nom-date, encore appelé « système de Harvard » : le(s) nom(s) du (des) auteur(s) et l’année de publication de l’article sont cités dans le texte entre parenthèses (le placement des parenthèses dépendant de la structure de la phrase). Dans la liste, les références sont classées par ordre alphabétique du premier auteur, puis par ordre chronologique (figure 8.4). Ce système est préconisé par le Council of Science Editors .

Figure 8.4. Système de citation nom-date ou système de Harvard.

- le système numérique, ou « système de Vancouver » : les références sont numérotées dans l’ordre de première citation dans le texte. Les références figurent ensuite dans la liste selon l’ordre de citation dans le texte (figure 8.5). Ce système est utilisé par exemple par Nature et Science.

Figure 8.5. Système numérique ou système de Vancouver.

Comment écrire une référence et en établir la liste ?

Les éléments d’une référence bibliographique varient en fonction de l’origine du document à citer : article de périodique, ouvrage, chapitre d’ouvrage, brevet, etc. Des normes internationales très précises existent dans ce domaine : NF AFNOR Z 44-005 et Z 44-005-2 ou ISO 690 et ISO 690-2.

Mais pour écrire la succession des différents éléments de la référence, il n’y a pas de règle universelle, bien que certaines tendances se dessinent à l’initiative de groupements d’éditeurs de périodiques. Par exemple, les normes de l’International Committee of Medical Journal Editors qui sont à l’initiative du « Vancouver style » largement repris par un grand nombre de périodiques du domaine biomédical. Le Chicago Manual of Style Online présente de son côté les systèmes de citation et les normes d’écritures des références selon le système utilisé.

Selon le type de document, les principaux éléments constituant une référence seront :

- pour un article de périodique : nom(s) et initiale(s) prénom(s) d’auteur(s), année de publication, titre de l’article, titre du périodique, numéro du volume, première et dernière pages de l’article ;

- pour un ouvrage : nom(s) et initiale(s) de(s) auteur(s) ou éditeurs scientifiques (ed ou eds), date de publication, titre de l’ouvrage, éditeur commercial, ville d’édition ;

- pour un chapitre d’ouvrage : nom(s) et initiale(s) prénom(s) d’auteur(s), année de publication, titre du chapitre, In : éditeur(s) scientifique(s) suivi de la mention (ed), titre de l’ouvrage, éditeur commercial, ville d’édition, première et dernière pages du chapitre ;

- pour une communication à un congrès : la référence variera selon le support de publication du congrès : supplément à un périodique scientifique ou ouvrage (proceeding) édité. On se reportera à ces deux types de documents en ajoutant les éléments concernant le congrès lui-même : titre du congrès, lieu (ville, pays), date exacte de tenue du congrès ;

- pour une thèse : nom et initiale(s) de l’auteur, année de la soutenance, titre de la thèse, diplôme obtenu (type de thèse), lieu de la soutenance (université, ville) ;

- pour un brevet : nom(s) de(s) inventeur(s) (inventor), nom du déposant (assignee), titre du brevet, pays de délivrance du brevet, numéro de publication du brevet, date de dépôt, code de la classification internationale.

Important !

Lire attentivement les consignes aux auteurs du périodique choisi pour adopter le style de citation des références ad hoc !

Ne jamais citer un travail que l’on n’a pas lu ! Toute citation de référence sous-entend que le document correspondant à cette référence a été effectivement lu : cela évite les erreurs de citation !

Toujours relever une référence à partir du document original afin d’être sûr de son exactitude ou être certain que la saisie automatique dans le logiciel de gestion de la bibliographie est correcte.

Le style scientifique

La rédaction scientifique diffère de la rédaction littéraire ! De nombreux ouvrages et guides de rédaction existent sur ce sujet : on pourra s’y référer directement[96].

On rappellera les principales règles qui régissent le style scientifique :

- être simple et concis ;

- être certain de la signification de chaque terme ;

- préférer l’emploi des verbes aux mots dérivés (adjectif, adverbe) ;

- dissocier les groupes de mots.

De nombreux emprunts à des textes déjà écrits sont souvent faits afin de faciliter le travail de rédaction, en anglais en particulier. Mais attention, cela peut être assimilé à du plagiat ! De plus ce n’est pas parce qu’une expression aura été trouvée dans un article déjà publié qu’elle sera acceptable dans le contexte du nouvel article ! On sera particulièrement attentif à la lisibilité des mots et des phrases.

Les grands principes de la rédaction scientifique peuvent se résumer comme suit :

- utiliser des mots simples, usuels et précis ;

- employer le mode actif plutôt que le mode passif : les phrases seront plus courtes et plus claires ;

- construire des phrases courtes, structurées et bien ponctuées : on abusera de la structure simple et classique sujet, verbe, complément, et on fera attention à la ponctuation qui est un outil de lisibilité ;

- faire des paragraphes construits, un sujet par paragraphe : la première phrase constitue le titre du paragraphe, c’est le résumé du paragraphe, la dernière phrase sera la conclusion ;

- faire des transitions adaptées en utilisant des mots de transition : après, ensuite, enfin, etc., et faire des phrases de liaison entre paragraphes ;

- employer des intertitres efficaces pour exprimer des informations ou idées-forces contenues dans la subdivision pour visualiser la démarche expérimentale ou le raisonnement ;

- faire attention à l’emploi des temps de conjugaison : le passé pour les parties Matériel et méthodes et Résultats, le présent pour les faits reconnus dans l’Introduction et la Discussion.

Conclusion

Dans une stratégie de publication, il faudra être efficace pour construire et rédiger l’article. Les principes élémentaires et les règles rapportés ci-dessus sont très succincts. En conséquence, on ne répètera jamais assez que la lecture attentive de l’ensemble des consignes aux auteurs du périodique de publication sera la première chose à faire avant d’aborder l’étape de rédaction.

87Dès 1960, l’American Institute of Biological Sciences publie le premier Style Manual for Biological Journals qui donnera les grandes règles de préparation des manuscrits dans tous les domaines de la biologie, depuis l’écriture et la structure des articles jusqu’aux conventions à respecter en matière de style en général ou d’abréviations, en passant par le style scientifique à proprement parler, la façon de citer et lister les références et la correction des épreuves d’imprimerie.

88Lindsay D., 2011. Guide de rédaction scientifique. L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique . éditions Quae, Versailles, 128 p.

89Lindsay D., 2011. Guide de rédaction scientifique. L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique . éditions Quae, Versailles, 128 p.

90Lindsay D., 2011. Guide de rédaction scientifique. L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique . éditions Quae, Versailles, 128 p.

91Lindsay D., 2011. Guide de rédaction scientifique. L’hypothèse, clé de voûte de l’article scientifique . éditions Quae, Versailles, 128 p.

92 Council of Biology Editors, 1988. Scientific Illustration Committee. Illustrating Science : Standards for publications. The Council, 296 p.

93Rolandi M., Cheng K., Pérez-Kriz S., 2011. A brief guide to designing effective figures for the scientific paper . Advanced Materials, 23, 4343-4346.

94Council of Science Editors SMC, 2006. Scientific Style and format: The CSE manual for authors, editors, and publishers, 7th edition, Reston, VA, The Council.

95

L’intégralité de ce paragraphe a été repris de Le Louedec C., 1993. Le guide du thésard au Laboratoire de Biologie cellulaire. Inra, Centre de recherches de Versailles, Inra Editions, p. 16.

96Voir la bibliographie et tout particulièrement les guides de l’European Association of Science Editors : http://www.ease.org.uk/publications/author-guidelines.

BIBLIOGRAPHIE

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Voir aussi l’ensemble des consignes aux auteurs des périodiques.

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World Conference on Research Integrity 2010, http://www.wcri2010.org/index.asp

Yves Gingras, La fièvre de l’évaluation de la recherche. Du mauvais usage de faux indicateurs, http://www.cirst.uqam.ca/Portals/0/docs/note_rech/2008_05.pdf

Zotero, http://www.zotero.org/

Pour en savoir plus sur l’évolution de la communication scientifique et des pratiques des chercheurs dans ce domaine

Butler D., 2005. Science in the web age: Joint efforts . Nature, 438, 548-549.

Schöpfel J., 2008. La publication scientifique : analyses et perspectives, Lavoisier, Paris, France, 367 p. Présentation du livre .

Beaudry G., 2011. La communication scientifique et le numérique, Hermès science publications, Paris, France, 327 p. Présentation du livre .

Pinhas N., Mouchet S., 2009. Historique de la communication scientifique , support de cours, Inserm.

Suivre l’actualité du blog My Science Work , en particulier les dossiers Open Access et Science 2.0 .

Ainsi que les articles suivants :

Ongena S., 26 septembre 2011. Historique de la communication scientifique avant le XIX[e] siècle . My Science Work (blog).

Ongena S., 7 septembre 2011. Historique de la communication scientifique du XIX[e] siècle à l’ère de l’Open Access. My Science Work (blog).

Bianchini L., 2 avril 2012. Les réseaux sociaux pour scientifiques . My Science Work (blog).

Pour une information complète et détaillée sur l’historique et l’actualité du mouvement du libre accès à l’information scientifique et technique, le site web de l’Inist .

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Exemples de périodiques scientifiques à comité de lecture en libre accès

Les périodiques de BioMedCentral pour le domaine biomédical (248 périodiques avec comité de lecture en libre accès au 01/02/2013) (figure 1) et les périodiques de ChemistryCentral , plus récemment créés pour le domaine de la chimie ; ils sont désormais distribués par l’éditeur commercial Springer, qui lui-même est aussi distributeur d’autres périodiques en libre accès sur sa plateforme SpringerOpen .

Figure 1. Page d’accueil de BioMedCentral .

Les périodiques de PLoS (Public Library of Science) (figure 2) : à l’origine de PLoS, une coalition de chercheurs soucieux de rendre librement accessibles les résultats de la recherche scientifique académique au niveau international. Le premier périodique publié par PLoS en 2003 est PLoS Biology . La majorité des périodiques de PLoS (au nombre de 7 en février 2013) concerne le domaine biomédical et la bioinformatique (PLoS Biology, PLoS Medicine, PLoS Genetics, PLoS Computational Biology, PLoS Pathogens, PLoS Neglected Tropical Diseases). PLoS ONE a vocation à être pluridisciplinaire, même si la majorité des articles concernent le domaine biomédical. En 2009, PLoS a initié la publication de communications rapides (rapid communication) sur des sites Web toujours en libre accès, avec pour objectif de réduire les délais de publications sur des résultats de recherche ou de nouvelles idées sur des sujets sensibles et d’actualité : PLoS Currents . Le premier concernait les nouvelles recherches sur la grippe : PLoS Currents Influenza. La publication par les auteurs se fait directement sur le site et la relecture par un panel de referees est rapide, en quelques jours seulement, pour accélérer les délais de mise en ligne. Les referees doivent déterminer avant tout si la contribution est intelligible et pertinente, si elle respecte les principes d’éthique et est scientifiquement crédible. Ils ne feront pas de restrictions sur la nature, la forme et le contenu de ces contributions qui peuvent être discutées, voire complétées par la suite.

Figure 2. Site de PLoS , Public Library of Science.

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Avec l’interface du Web of Knowledge

Exemple avec une recherche sur la thématique : « Amélioration génétique du blé » de 2002 à 2012.

Équation de recherche : Ti=(wheat or triticum) AND Ti=(resistan* or gene or genes or genet* or genot* or qtl* or mapping or maker* or genome or diversit* or population* or trait* or locus or loci or polymorphism or selection or breeding or evolution or transgen* or GMO or heterosis or polyploid* or hybridiz* or hybridation or cytoplasmic male sterility or DNA or RNA or cytogenet* or chromosom* or inheritan* or toleran*)

À partir des résultats obtenus, on lance la fonction « Analyze Results » sur le champ « Source Titles » :

- dans la base du Web of Science® (figure 1) ;

- dans la base CAB Abstracts® (figure 2).

Figure 1. Résultats de la fonction « Analyze Results » sur le champ « Source Titles » sur un corpus de 7 192 articles dans la base du Web of Science® (recherche faite le 07/02/2013).

Figure 2. Résultats de la fonction « Analyze Results » sur le champ « Source Titles » sur un corpus de 11578 articles dans la base CAB Abstracts® (recherche faite le 07/02/2013).

Grâce à cette analyse, on repère rapidement les périodiques dans lesquels sont publiés la majeure partie des travaux sur le sujet.

Dans les deux bases de données, Theoretical and Applied Genetics, Euphytica, Crop Science et Cereal Research Communications arrivent en tête des périodiques dans lesquels sont publiés le plus d’articles sur le sujet : il convient de les examiner en détail et de les comparer au regard d’autres critères, tels le facteur d’impact ou la diffusion du périodique.

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Avec la base PubMed et GoPubMed

Exemple avec une recherche sur la thématique « Apoptose des cellules germinales » lors des 10 dernières années, avec transposition de la recherche dans l’interface GoPubMed ®.

Équation de recherche : ((apoptosis OR "cell death")) AND ("germ cell*" OR oocyte* OR ovocyte* OR oogon* OR ovogon* OR spermat* OR sperm OR gonad* OR gamet*) AND ("last 10 years"[PDat])

Réalisée au préalable dans PubMed (figure 1), puis transposée par copier/coller dans GoPubMed® (figure 2) et consultation des statistiques sur les top journals (figure 3).

Comme précédemment, cette analyse permet de visualiser un panel de périodiques potentiellement intéressants pour la publication des résultats.

Figure 1. Dans l’encadré, détail de la recherche dans PubMed (le 07/02/2013).

Figure 2. Copié/collé de l’équation de recherche dans la case Find de GoPubMed® (le 07/02/2013).

Figure 3. Visualisation des Statistics sur les top journals (le 07/02/2013).

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Référence de l’article de Nature

El Albani A., Bengtson S., Canfield D.E., Bekker A., Macchiarelli R., Mazurier A., Hammarlund E., Boulvais P., Dupuy J.-J., Fontaine C., Fürsich F.T., Gauthier-Lafaye F., Janvier P., Javaux E., Ossa Ossa F., Pierson-Wickmann A.-C., Riboulleau A., Sardini P., Vachard D., Whitehouse M., Meunier A., 2010. Large colonial organisms with coordinated growth in oxygenated environments 2.1 Gyr ago. Nature, 466, 100-104. http://dx.doi.org/10.1038/nature09166

Compte tenu de l’importance de la découverte, celle-ci a fait la une de la couverture de Nature du 1er juillet 2010.

Cette découverte a été jugée capitale dans la mesure où, jusqu’à présent, la découverte des premières formes de vie complexe (dotée de plusieurs cellules) remontaient à seulement 600 millions d’années environ. La découverte de ces fossiles révise toutes les connaissances actuelles sur l’apparition de la vie sur terre.

Pour en savoir plus : Communiqué de presse du CNRS du 30 juin 2010 .

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Pour en savoir plus sur l’éthique en science

Parmi les nombreux ouvrages généraux sur l’éthique en science, dont les problèmes de fraudes et mauvaises conduites, on citera à titre d’exemples :

D’Angelo J., 2012. Ethics in Science. Ethical Misconduct in Scientific Research, CRC Press, Taylor & Francis Group.

Committee on Science, Engineering, and Public Policy, National Academy of Science, National Academy of Engineering, and Institute of Medicine of the National Academies, 2009. On being a Scientist. A guide to Responsible Conduct in Research, Third Edition, The National Academy Press, Washington, D.C.

PDF accessible et téléchargeable gratuitement .

Israel M., Hay I., 2006. Research Ethics for Social Scientists, SAGE Publication Ltd, London.

Broad W., Wade N., 1982. Betrayers of the Truth. Oxford University Press.

Traduction française : Broad W., Wade N., 1987. La souris truquée. Enquête sur la fraude scientifique, éditions du Seuil, collection « Points Sciences ».

Le périodique Science and Engineering Ethics (chez l’éditeur Springer) qui, depuis 1995, publie de nombreux articles sur les questions d’éthique dans tous les domaines scientifiques.

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Les résultats « négatifs »

La problématique des résultats considérés comme négatifs, et en conséquence non publiables, n’est pas tranchée. L’article de Fanelli[97] rappelle dans son introduction toute la problématique des résultats négatifs, dans les différents domaines scientifiques.

Depuis 2002, le Journal of Negative Results in Biomedicine , en libre accès sur la plateforme éditoriale de BioMedCentral, essaie de promouvoir la publication de résultats « négatifs » dans la mesure où ils peuvent apporter des éléments intéressants qui remettent en question des modèles, principes ou dogmes établis dans l’objectif d’améliorer certains protocoles expérimentaux et certaines décisions prises par des cliniciens.

Pour en savoir plus : Aims & scope du Journal of Negative Results in Biomedicine

Journal of Negative Results in Biomedicine is an open access, peer-reviewed, online journal that promotes a discussion of unexpected, controversial, provocative and/or negative results in the context of current tenets.

Journal of Negative Results in Biomedicine aims to encourage scientists and physicians of all fields to publish results that challenge current models, tenets or dogmas. The journal invites scientists and physicians to submit work that illustrates how commonly used methods and techniques are unsuitable for studying a particular phenomenon. Journal of Negative Results in Biomedicine strongly promotes and invites the publication of clinical trials that fall short of demonstrating an improvement over current treatments. The aim of the journal is to provide scientists and physicians with responsible and balanced information in order to improve experimental designs and clinical decisions.

Articles published in traditional journals frequently provide insufficient evidence regarding negative data. They hardly allow a rigorous evaluation of the quality of these results. In addition, controversial results that refute a current model or simply negative results within a current dogma, frequently meet considerable resistance before they are acknowledged. This is particularly the case if current techniques and technologies are too crude to shed further light on the findings. As more sophisticated techniques become available such findings may turn out to have been groundbreaking only decades later.

Not every unexpected observation, controversial conclusion or proposed model will turn out to be of such groundbreaking significance. Nor will they even be confirmed by subsequent scientific progress. However, we strongly believe that such "negative" observations and conclusions, based on rigorous experimentation and thorough documentation, ought to be published in order to be discussed, confirmed or refuted by others. In addition, publishing well documented failures may reveal fundamental flaws and obstacles in commonly used methods, drugs or reagents such as antibodies or cell lines, ultimately leading to improvements in experimental designs and clinical decisions.

© Journal of Negative Results in Biomedicine

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97Fanelli D., 2010. Do Pressures to Publish Increase Scientists’ Bias? An Empirical Support from US States Data. PLoS ONE, 5(4), e10271. http://dx.doi.org/doi:10.1371/journal.pone.0010271

Exemple de conclusion trop hâtive

À titre d’exemple, un article publié dans le périodique Nature le 24 mars 2005 qui a suscité un certain nombre de critiques immédiates sur la rapidité avec laquelle certaines conclusions avaient été tirées : Lolle S.J., Victor J.L., Young J.M., Pruitt R.E., 2005. Genome-wide non-mendelian inheritance of extra-genomic information in Arabidopsis. Nature, 434 (7032), 505-509. http://dx.doi.org/10.1038/nature03380.

Le journal Le Monde du 25 mars 2005 titrait à propos de cet article : « Une plante mutante défie les lois mendéliennes de l’hérédité », titre accrocheur censé mettre en avant l’importance des résultats communiqués dans l’article. Or, un scientifique interrogé par le même journal jugeait prudent de « ne pas accepter tout de suite l’idée proposée ». Il continuait en disant : « si l’ARN caché est bien responsable de cette hérédité particulière, il doit être possible de le trouver. Mais cela implique au minimum une année de travail supplémentaire. » Le fait s’est trouvé avéré puisque plusieurs brief communications ont ensuite complété l’information publiée (figure 1).

Brief Communication Arising de septembre 2005 et septembre 2006 complétant l’article publié en mars 2005. http://dx.doi.org/10.1038/nature03380.

©Nature

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Extrait du « Guidelines for Authors » du 10e International Symposium on Equine Research en 2010

Contributions to the International Symposium on Equine Reproduction 2010 (ISER X) Supplement should take the form of extended abstracts. These extended abstracts should be 1400 words in length (3 or an absolute maximum of 4 journal pages long, including figures, tables and references). For general guidance, see example abstract. Abstracts must be longer than 500 words to be considered for review, although shorter versions may be published (see 2 below). The research must not have appeared in press prior to the Symposium.

Note: Elsevier-published journals will consider the publication of full papers concerning the research of the extended abstract if the full paper is significantly different from the extended abstract, for example being longer and/or including additional data. If authors wish to publish a full paper in a non-Elsevier published journal, then the responsibility would fall to the authors to ensure that this is acceptable to the journal in question.

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Ensemble des consignes et règles sur l’intégrité en recherche, spécifiquement en matière de publication scientifique, à retrouver sur les sites des éditeurs scientifiques ou d’associations d’éditeurs scientifiques

Le Council of Science Editors édite un livre blanc sur l’intégrité des publications scientifiques. La 3e édition révisée a été publiée en mars 2012.

Scott-Lichter D. and the Editorial Policy Committee, Council of Science Editors, 2012. CSE’s White Paper on Promoting Integrity in Scientific Journal Publications , 3rd Revised Edition. Wheat Ridge, CO.

Bailar J.C., Angell M., Boots S., Myers E.S., Palmer N., Shipley M., Woolf P., Council of Biology Editors, 1990. Ethics and Policy in Scientific Publication. Council of Biology Editors, INC. Bethesda.

L’International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) diffuse depuis 1988 les Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals dans lesquelles sont incorporées un certain nombre de considérations en matière d’éthique en général et d’éthique des publications en particulier.

Le Committee On Publication Ethics (COPE), créé par des éditeurs biomédicaux, est particulièrement actif sur le sujet en publiant de nombreuses chartes et guides sur toutes les questions éthiques à respecter du côté des éditeurs, des auteurs et des referees.

Pour la chimie, l’American Chemical Society (ACS) a un comité d’éthique et publie un Ethical Guidelines .

Pour la physique, l’American Physical Society (APS) publie les APS Guidelines for Professional Conduct .

L’American Physiological Society (APS) donne de nombreuses recommandations dans le domaine biomédical et publie notamment des posters pédagogiques sur les questions d’éthique dans de nombreuses langues, dont le français .

La World Association of Medical Editors (WAME) diffuse de très nombreuses ressources sur tous les aspects de l’éthique des publications dans le domaine biomédical.

Les sites des éditeurs commerciaux :

- Nature  ;

- Elsevier  ;

- Wiley-Blackwell  ;

- Springer .

L’Office of Research Integrity (ORI) diffuse Avoiding plagiarism, self-plagiarism, and other questionable writing practices : A guide to ethical writing .

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Guides, codes et recommandations en matière d’éthique en recherche

Outre les codes et guides pour promouvoir « l’éducation d’une conduite responsable de la recherche » diffusés par l’Office of Research Integrity aux États-Unis, Avoiding plagiarism, self-plagiarism, and other questionable writing practices : A guide to ethical writing , on peut citer de manière non exhaustive :

- la déclaration d’Helsinki de l’Association médicale mondiale (AMM) , 1964, considérée comme un des premiers codes d’éthique dans le domaine de la recherche biomédicale ;

- l’ensemble des comités de l’Unesco dont la Commission mondiale d’éthique des connaissances scientifiques et des technologies (COMEST) et l’Observatoire mondial d’éthique  ;

- The Danish Council of Ethics  ;

- le rapport Honnêteté, responsabilité et confiance : Promouvoir l’intégrité en recherche au Canada , 2010, sur le site du Conseil des académies canadiennes ;

- le Code d’éthique de la recherche scientifique en Belgique .

Un recensement de comités d’éthique en France et à l’étranger, de chartes et codes de déontologie, ainsi qu’une bibliographie sur l’éthique et la fraude scientifique, sont disponibles sur le site du groupe de recherche « Droit et sciences » de l’université de Grenoble dont les travaux portent sur les relations entre recherche, éthique et déontologie[98].

Le site héberge notamment les documents relatifs au colloque « Recherche, éthique et déontologie – La communauté scientifique face à ses propres règles » qui s’est tenu à Grenoble en avril 2008.

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98 http://www.facdroit-grenoble.org/projet-red/

Pour en savoir plus

Les principaux actes de mauvaise conduite sont résumés de façon pédagogique par des jeux de questions/réponses en fonction des différentes situations sous forme de posters par Elsevier sur son site Ethics in Research & Publication . Les réponses à des questions concernant un certain nombre de pratiques non éthiques sont ainsi données.

Poster 1 : Research Fraud . Le poster répond principalement aux problèmes de la manipulation des données elles-mêmes, ainsi qu’à la manipulation des images issues des données brutes.

© Elsevier

Poster 2 : Plagiarism . Le plagiat est vu sous tous ses aspects : depuis la copie pure et simple à la reproduction de parties de textes sans donner les références, en passant par le paraphrasage.

© Elsevier

Poster 3 : Simultaneous Submission / Multiple, Duplicate Publication . Sont évoquées dans le poster les pratiques non éthiques de soumission simultanée d’un même article à plusieurs périodiques, de duplication de ses propres articles ou de parties de ses articles pour les publier dans d’autres documents, et les questions de traduction de ses propres articles.

© Elsevier

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Pour en savoir plus sur le problème de la fraude scientifique

Article et conférence de Anne Fagot-Largeault : « Petites et grandes fraudes scientifiques  », dans La mondialisation de la recherche, Paris, Collège de France (« Conférences »), 2011. Mis en ligne le 05 août 2011, consulté le 4 février 2013.

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Les données brutes

Le stockage et la diffusion des données brutes de la recherche, qui est actuellement un des grands enjeux du monde de la recherche, peuvent se faire sur des sites spécifiques d’archivage de données.

Outre les banques de données type GenBank ou EMBL , on citera le site DRYAD , destiné à archiver les données brutes correspondant aux articles publiés dans les périodiques de ses membres (sociétés savantes, éditeurs scientifiques, journaux scientifiques indépendants, organismes de recherche, etc.). Parmi les membres actuels de DRYAD : Wiley-Blackwell, BioMed Central, PLOS, Oxford University Press, Science, de nombreux périodiques du domaine de l’écologie, etc. (cf. liste des membres ).

Site DRYAD d’archivage et de stockage des données brutes de la recherche (au 24/06/2013).

Un autre exemple d’archivage de données brutes : PubChem qui fournit un ensemble d’informations sur les activités biologiques de petites molécules chimiques. PubChem est constitué de trois bases de données : PCSubstance, PCCompound, PCBioAssay.

PubChem .

Exemples de présentation de quelques périodiques

Exemple 1 – Agronomy for Sustainable Development

© Springer

Exemple 2 – Journal of Molecular Structure

© Elsevier

Exemple 3 – Veterinary Research

© BioMed Central

Exemple 4 – Social Science Information

© SAGE

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Exemples de soumission électronique des manuscrits sur les plateformes de différents éditeurs

Exemple 1a – Elsevier, Elsevier Editorial System (EES)

Exemple 1b – Exemple d’un périodique d’Elsevier

Exemple 2 – Springer, Electronic submission

Exemple 3 – The Journal of Biological Chemistry

Exemple 4 – Author Digital Tool Box de IEEE

© IEEE. L’IEEE n’est pas responsable d’une éventuelle traduction en français de cette copie d’écran.

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Exemples de consignes aux auteurs à consulter pour le détail

Exemple 1 – Consignes aux auteurs du périodique Infection and Immunity . Voir les Instructions to Authors en detail, View e-booklet : http://journalitas.asm.org/t/49542 .

© American Society for Microbiology

Exemple 2 – Consignes aux auteurs du périodique Journal of Biological Chemistry

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Différents modèles économiques du libre accès

Modèle « auteur-payeur » : tous les articles du périodique sont en libre accès.

Exemple 1 – BioMed Central

Exemple 2 – PLoS

Modèle Open choice : certains articles d’un périodique seront en libre accès en fonction du choix des auteurs.

Exemple 1 – Elsevier

Exemple 2 – Springer

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Exemples de guide mis à disposition par les éditeurs pour choisir un périodique de publication

Exemple 1 – Elsevier

Exemple 2 – Springer

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Exemples de types d’articles publiés dans différents périodiques

Agronomy for Sustainable Development

The journal publishes original research articles that demonstrate a clear scientific breakthrough versus current knowledge. The material should not have been previously published elsewhere. Review articles on a particularly hot subject may be suggested to the Editor-in-Chief. Contributions may be on either methodological approaches, or approaches addressing major issues in the scope of the journal.

Soil Use and Management

The Journal publishes research papers, critical reviews & short communications conforming to the same layout as longer papers. Papers of advanced educational value will also be considered and comments on papers written in the Journal are welcome.

Forest Ecology and Management

1. Regular papers. Original research papers should report the results of original research. The material should not have been previously published elsewhere, except in a preliminary form.

2. Review articles. Review articles are welcome but should be topical and not just an overview of the literature. Before submission please contact one of the Chief Editors.

3. Papers for Special Issues. Forest Ecology and Management publishes Special Issues from time to time. If your paper has been invited by a Guest Editor as a contribution to a Special Issue, please mark it as such on the title page.

Molecular and Cellular Endocrinology

The journal is fulfilling this aim by publishing full-length original research papers, rapid papers, invited reviews, At the Cutting Edge essays, and book reviews.

Molecular Immunology publishes

Research Articles.

Review articles — usually invited by the Editor but anyone interested in submitting a contribution should contact the Editor.

Brief Structural Data Reports — for new protein or gene sequences of other definitive structural data of obvious immunological interest. An accession number, to be obtained from one of the classical data banks, should be provided with the manuscript.

Nucleotide Sequence papers may also be submitted, but see below regarding prior submission of sequence data to the EMBL Nucleotide Sequence Database.

Viewpoints — brief communications devoted to the formulation of challenging new ideas.

Summaries of Meetings and Conferences.

Letters to the Editor.

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Différents types d’articles publiés par PloS Biology, outre les articles de recherche

PLoS Biology publishes outstanding primary research articles in all aspects of biology, from molecules to ecosystems.

We also publish various magazine articles :

- Synopses are digests of research articles that are accessible to researchers in all disciplines as well as a lay readership.

- Community Pages provide a platform for organizations and societies to highlight their efforts to enhance the dissemination and value of scientific knowledge.

- Unsolved Mysteries discuss a topic of biological importance that is poorly understood and in need of research attention.

- Primers provide a concise introduction into an important aspect of biology highlighted by a current PLoS Biology research article.

- Essays articulate an opinion on a specific topic of broad interest to scientists

- News Features, written by science journalists, report on topical or controversial issues of interest to scientists and the general public.

- Perspectives provide experts with a forum to comment on topical or controversial issues of broad interest.

- Historical and Philosophical Perspectives provide professional historians and philosophers of science with a forum to reflect on topical issues in contemporary biology.

Book reviews and more.

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Exemples d’audience

Forest Ecology and Management : Research Workers, Managers and Policy Makers in forestry, natural resources, ecological conservation and related fields.

Plant Science : Plant biochemists, physiologists, molecular biologists and plant virologists.

Briefings in Bioinformatics is an international forum for researchers and educators in the life sciences. The journal publishes reviews for the users of databases and analytical tools of contemporary genetics and molecular biology and is unique in providing practical help and guidance to the non-specialist…

Productions Animales s’adresse à un public large : recherche et développement agricole, professionnels de l’élevage, de l’alimentation et de la santé animale, enseignants et étudiants, etc.

The Journal of Physical Chemistry A/B/C is devoted to reporting new and original experimental and theoretical basic research of interest to physical chemists, biophysical chemists, and chemical physicists.

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Signalement de périodiques dans les bases de données internationales à la rubrique Indexed/Abstracted

Exemple de Infection and Immunity

© American Society for Microbiology

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Pour en savoir plus sur les analyses bibliométriques

Voir une synthèse sur la bibliométrie et ses usages .

Gingras Y., 2008. La fièvre de l’évaluation de la recherche. Du mauvais usage de faux indicateurs . CIRST, université du Québec, Montréal, et l’ensemble de ses publications sur le sujet de la bibliométrie et de la scientométrie.

Conférence de Yves Gingras à l’Inra le 14 juin 2011, Regard critique sur les principaux indicateurs bibliométriques et sur leur utilisation . Écouter la conférence .

Rapport de l’Académie des sciences, 17 janvier 2011. Du bon usage de la bibliométrie pour l’évaluation individuelle des chercheurs . Académie des sciences, Paris.

Van Norden R., 2010. Metrics: A profusion of measures . Nature, 465, 864-866. 16 juin 2010, et l’ensemble du dossier « Science Metrics » de Nature.

Dossier « Science Metrics » du périodique Nature (2010).

© Nature

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Pour en savoir plus sur les conventions

Pontille D., 2004. La signature scientifique : une sociologie pragmatique de l’attribution, CNRS éditions.

Pontille D., 2005. Articles scientifiques : le dessous des signatures. Pour la science, 327, 58-60.

Rapport de l’Académie des sciences, Du bon usage de la bibliométrie pour l’évaluation individuelle de chercheurs . Remis le 17 janvier 2011 à madame la ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, 70 p., consulté le 30 mai 2012.

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Pour en savoir plus sur le transfert de copyright

Sur les sites des éditeurs commerciaux :

- Elsevier, Authors’ Rights & Responsabilities

- Springer, Copyright

- Wiley-Blackwell, Copyright FAQs

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Pour en savoir plus sur les affiliations

Haeffner Cavaillon N., Graillot Gak C., Bréchot C., 2005. Automated grading of research performance clearly fails to measure up [Correspondance]. Nature, 438, 559.

Bador P., Lafouge T., 2005. Rédaction des adresses sur les publications : un manque de rigueur défavorable aux universités françaises dans les classements internationaux. La Presse médicale, 34, 633-636.

Bador P., Lafouge T., 2006. La difficulté d’accéder aux adresses des chercheurs français dans les bases de données bibliographiques. L’exemple d’une université lyonnaise. Documentaliste — Sciences de l’information, 43 (1), 28-35.

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Recommandations de différents organismes suite au projet Normadresses

À titre d’exemples de recommandations (liste non exhaustive) :

- Pour l’Inra, une note de service (ns2012-12 du 25 janvier 2012) régit désormais l’écriture des adresses sur les publications associant un chercheur de l’Inra.

- Pour le CNRS, Rédaction des affiliations dans les publications scientifiques des chercheurs des unités du CNRS ou associées .

- Charte des publications de l’Inserm.

- Charte des publications (adresses-affiliations), novembre 2011, de l’Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN), accessible sur le site d’AVIESAN .

- Des guides très détaillés ont également être réalisés comme le Guide de la signature des publications scientifiques . Contrat 2011-2015 (26 p.) de l’université de Bordeaux, donnant pour chaque entité de l’université l’adresse-type.

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Exemples pour l’Inra : La note de service 2012-12 du 25 janvier 2012 donne les règles à respecter (voir Intranet Inra de la DV-IST )

Les trois principales règles à respecter sont les suivantes :

- Règle n° 1 : les adresses doivent comporter impérativement le nom de l’institut en utilisant uniquement le sigle « INRA ».

- Règle n° 2 : les adresses sont construites selon un modèle hiérarchique descendant, depuis l’organisme (l’Inra) qui doit figurer en tête de ligne jusqu’à la mention de l’unité et de son adresse, chaque élément constitutif étant séparé par une virgule.

- Règle n° 3 : toutes les tutelles d’une unité mixte de recherche, ou d’une unité sous contrat lorsqu’un auteur est agent Inra, doivent être mentionnées sur des lignes différentes, ce qui revient à adopter la représentation en mode multiligne, chaque ligne correspondant à un établissement de tutelle.

Exemple pour une unité de recherche propre Inra :

INRA, UR83 Recherches avicoles, F-37380 Nouzilly, France

Dans le cas des structures multipartenaires telles que les UMR, suivre le modèle d’écriture multiligne, c’est-à-dire avec autant de renvois par auteur que de tutelles de la structure.

Exemple pour l’UMR Physiologie de la reproduction et des comportements, UMR à quatre partenaires, appartenant à un IFR :

1. INRA, UMR85 Physiologie de la reproduction et des comportements, F-37380 Nouzilly, France

2. CNRS, UMR7247, F-37380 Nouzilly, France

3. Université François-Rabelais de Tours, F-37041 Tours, France

4. IFCE, F-37380 Nouzilly, France

5. IFR 135, Imagerie fonctionnelle, F-37044 Tours, France

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Site de dépôt de thèses

Les universités françaises encouragent le dépôt de la thèse sous format électronique et certaines l’ont même rendu obligatoire pour une meilleure diffusion. Des informations sur le dépôt des thèses en France sont données sur le site de l’ABES (Agence bibliographique de l’enseignement supérieur) qui coordonne désormais la mission thèses et gère le moteur de recherche des thèses de doctorat françaises, tout domaine confondu, theses.fr (figure 1).

Figure 1. Site theses.fr conçu et développé par l’ABES.

Les thèses soutenues peuvent également être déposées directement par leur auteur sur la plateforme française TEL du CCSD (figure 2).

Figure 2. Serveur TEL (pour « thèses en ligne ») pour le dépôt des thèses de doctorat et des HDR (habilitations à diriger des recherches).

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Mise en garde sur l’utilisation des données du Journal Citation Reports®

Dans la partie Using Journal Citation Reports Wisely des Informations for New Users, Thomson Reuters met en garde sur l’utilisation des données du JCR® : « Nous vous déconseillons de ne baser votre évaluation d’une revue que sur les données de citations trouvées ici. Il est très important de prêter attention aux différents facteurs et conditions susceptibles d’influencer le nombre de citations, en particulier la langue de la revue, son histoire, son format, son calendrier de publications et sa spécialité. Le nombre d’articles des revues indexées dans le JCR comprend des articles de recherche originale ainsi que des articles de synthèse. Les éditoriaux, les lettres ou les comptes-rendus de réunions ne sont généralement pas inclus dans le décompte des articles parce qu’ils sont plus rarement cités. Les revues publiées en langues différentes de l’anglais ou qui n’emploient pas l’alphabet romain sont en général moins accessibles aux chercheurs de par le monde. Ces facteurs peuvent considérablement influencer la manière dont ces revues sont citées et doivent êtres sérieusement pris en compte lors de l’analyse comparative de revues dans le JCR®. »

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Les logiciels anti-plagiat

Un grand nombre d’éditeurs scientifiques essaient de combattre le plagiat par l’utilisation de logiciels anti-plagiat dont :

- le logiciel crosscheck de iThenticate (figure 1) ;

Figure 1. Le logiciel CrosscheckTM utilisé par beaucoup d’éditeurs scientifiques.

- le site eTBLAST peut être utilisé pour détecter des plagiats via les résumés des articles dans un certain nombre de bases de données (dont Medline via PubMed) et le texte intégral des articles dans PubMed Central , ArXiv , Wikipedia, etc. ;

- en France, le logiciel de Compilatio est utilisé dans le milieu universitaire ;

- Turnitin est largement utilisé dans le milieu universitaire outre-Atlantique depuis plus de 10 ans.

Un article de Nature (Science publishing: How to stop plagiarism, Nature, 481, 21-23, doi: 10.1038/481021a) fait le point sur les logiciels antiplagiat, en mettant l’accent sur le fait qu’ils ne sont pas suffisants pour détecter totalement les problèmes de plagiat.

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Pour en savoir plus

Un guide publié par Elsevier donne les principales informations pour assurer le travail de referee dans les meilleures conditions : Reviewer’s Information Pack . Version 2.0 de 2012.

En dehors des consignes données par les périodiques et les éditeurs scientifiques, on pourra se référer à quelques guides utiles pour le referee :

- un guide publié en 2010 sur le site du Research Information Network, Peer Review: a guide for researchers ,

- le site Sense about Science a publié des guides intéressants sur la problématique du peer review qui méritent d’être signalés en tant qu’aide pour les chercheurs amenés à faire un travail de reviewer :

- I don’t know what to believe. Making sense of science stories (2006)

- Peer review and the acceptance of new scientific ideas (2006)

- Peer review: The nuts and bolts (2012).

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Les données de la recherche

La question de la disponibilité des données de la recherche est de plus en plus d’actualité. En 2004, l’OCDE encourageait déjà l’accès aux données numériques de la recherche financée sur fonds publics et désormais de plus en plus de périodiques permettent la mise en ligne de supplementary materials. Des sites dédiés, tel celui de DRYAD qui travaille en lien avec un certain nombre d’éditeurs de périodiques scientifiques, dont Science, BioMed Central, Oxford University Press, PLoS ou Wiley-Blackwell, permettent le dépôt des données liées aux articles publiés dans leurs périodiques.

En mai 2012, le CNRS, en partenariat avec l’Inra, l’Inserm et l’IRD, a organisé une journée sur ce thème intitulée « Données de la recherche : enjeux, perspectives, politique(s)  » afin de sensibiliser les acteurs de la recherche publique à l’importance de la prise en compte de ces données. À l’échelle européenne, le projet OpenAIREplus , dont Couperin est partenaire pour la France, au-delà du simple dépôt des articles dans des archives ouvertes, crée une connexion entre publications et données de la recherche.

Un site d’information intitulé « Données de la recherche  » a été créé fin 2012 à l’initiative du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et recense l’ensemble des actualités sur ce sujet qu’il va être important de suivre.

À noter : le site MANTRA , créé par l’université d’Edimbourg, dont l’objectif est de donner aux étudiants les bonnes pratiques pour gérer leurs données de la recherche.

Dans une certaine mesure la disponibilité des données pourrait contribuer à réduire la fraude scientifique.

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Traduction

La condition essentielle pour l’authorship est qu’un auteur devrait pouvoir prendre la responsabilité du contenu de l’article. Un auteur devrait pouvoir indiquer pourquoi et comment les observations ont été faites et comment les conclusions suivent les observations. Un auteur devrait pouvoir défendre les critiques de l’article, comme, par exemple, dans une lettre au rédacteur en réponse à des critiques publiées. Ces capacités devraient venir de la participation à la conception de l’étude, à l’observation et l’interprétation des résultats et par l’écriture de l’article.

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Traduction

Nos rédacteurs font face à un nombre croissant de cas de plagiat et de pratique de publication contraire à l’éthique. Comme l’éthique est un aspect majeur du processus d’évaluation par les pairs, nous avons le plaisir d’annoncer le partenariat avec le COPE qui peut agir comme comité de référence pour tous les rédacteurs recherchant un avis externe faisant autorité pour des cas difficiles.

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Table of Contents

Table des matières

Stratégies de publication scientifique

L’auteur

Remerciements

Introduction

Chapitre 1 - Pourquoi publier ?

Pourquoi communiquer et publier les résultats de la recherche ?

Quel contexte pour la communication des résultats de la recherche ?

Chapitre 2 - Que publier ?

Élaborer une hypothèse pour obtenir des résultats publiables

Qu’est-ce qui est publiable ?

Comment obtenir des résultats publiables ?

Combien d’articles publier ?

Chapitre 3 - Quand publier ?

Le bon moment pour publier

Veiller et être vigilant pour évaluer le bon moment pour publier

Chapitre 4 - Comment publier dans le respect des règles de l’éthique des publications ?

La notion d’éthique en recherche

Les règles de l’éthique des publications

Pour en savoir plus

Chapitre 5 - Avec qui publier ? Qui est auteur d’un article scientifique ?

Qui peut revendiquer être auteur d’un article scientifique ?

Les remerciements

Qui choisit les auteurs ? Quand ?

Ordre des noms des auteurs

Droits et devoirs des auteurs

Les noms des auteurs

La question de l’affiliation : l’adresse des auteurs

Pour en savoir plus

Chapitre 6 - Sous quelle forme publier ? - Les différents types d’articles et documents scientifiques

Le transfert de l’information scientifique et technique

L’article de recherche (scientific paper, regular paper, original article, full paper, primary article, etc.)

Le brevet d’invention

Les communications à un congrès, colloque ou séminaire scientifique

La thèse

Les articles et documents participant à la diffusion des connaissances scientifiques

Conclusion

Chapitre 7 - Où publier un article de recherche ? - Le choix du périodique de publication

Les critères de choix d’un périodique

Publier l’article dans le périodique choisi

Chapitre 8 - Construire et rédiger l’article de recherche

Lire les consignes aux auteurs des périodiques

Les différentes étapes de la construction de l’article

Les différentes parties de l’article : leur rôle et leur contenu

Les points-clés : titre et résumé, tableaux et figures

Les conventions à respecter : quelques rappels

Le style scientifique

Conclusion

Bibliographie

Liste d’ouvrages conseillés sur la rédaction scientifique

Guides en ligne

Guides diffusés par les éditeurs scientifiques généralistes commerciaux

Wébographie