Biodiversité microbienne de la chaîne alimentaire: Les écosystèmes fromagers.
Résumé
Le lait, riche en eau, en nutriments et à pH neutre est par nature extrêmement périssable. Faire un fromage est une manière ancestrale de concentrer dans un caillé les éléments nutritifs essentiels du lait, et d’augmenter la durée de conservation de ce concentré par une fermentation lactique. Les premières traces de transformation du lait en caillé fromage remonte à 6000 ans avant JC. Pendant plusieurs milliers d’années, comme en témoignent archéologues et historiens, ce procédé va se développer, se diversifier, se raffiner, dans diverses parties du monde, en fonction des ressources locales et de l’inventivité des hommes. Avant même que Pasteur ne démontre en 1865 le rôle des microorganismes dans les fermentations alimentaires, et notamment lactiques, la plupart des familles de fromages, telles que nous les connaissons aujourd’hui, étaient déjà nées. Ainsi, par ces cinq sens et son inventivité, et sans aucune analyse, l’homme a créé le Beaufort, le Roquefort, le Camembert, et bien d’autres…. ! ainsi il dirigeait l’activité des écosystèmes fromagers sans même connaître leur existence. 8000 ans d’essais-erreurs. Quelles sélections se sont déjà opérées tout ce temps pour les bactéries lactiques dans cette interaction empirique entre le lait et l’homme?
A partir de 1865 l’essor de la microbiologie Pasteurienne, permet d’identifier les grands groupes microbiens en présence, l’enzymologie et la biochimie se développent aussi. Appliquées à la description des fromages, les grandes voies métaboliques de l’affinage sont élucidées. Pendant un siècle et demi, on revisitera les mêmes questions, acidification, protéolyse, lipolyse, arômes… avec des techniques de plus en plus sophistiquées. Pour les aspects microbiens, la boite de Pétri reste limitante face à l’extrême diversité qu’on pressent dans les écosystèmes fromagers. Les premiers levains industriels apparaissent au début du XXé siècle, et la « domestication » des lactiques s’intensifient.
Depuis 1980, l’arrivée de la biologie moléculaire, et les progrès dans les -omics ont permis des avancées spectaculaires. Les génomes parlent et racontent à leur manière cette fascinante histoire. Les écosystèmes se livrent dans leur complexité. Cependant, si nous pouvons aujourd’hui les « profiler » nous ne sommes pas encore rendus à les comprendre. Par ailleurs, les écosystèmes fromagers sont de loin la première source de bactéries lactiques ingérées (environ 1011 / jour / p) générant de nouvelles questions relatives à la santé de l’homme.