Analyse des groupes de gènes co-exprimés (AGGC) : un outil automatique pour l’interpretation des expériences de biopuces

Ricardo Martinez 1 Nicolas Pasquier 1 Claude Pasquier 2 Martine Collard 1 Lucero Lopez-Perez 3
3 ODYSSEE - Computer and biological vision
DI-ENS - Département d'informatique de l'École normale supérieure, CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , ENS Paris - École normale supérieure - Paris, Inria Paris-Rocquencourt, ENPC - École des Ponts ParisTech
Résumé : La technologie des biopuces permet de mesurer les niveaux d’expression de milliers de gènes dans différentes conditions biologiques générant ainsi des masses de données à analyser. De nos jours, l’interprétation de ces volumineux jeux de donnés à la lumière des différentes sources d’informations est l’un des principaux défis dans la bio-informatique. Nous avons développé une nouvelle méthode appelée AGGC (Analyse des Groupes de Gènes Co-exprimés) qui permet de constituer de manière automatique des groupes de gènes à la fois fonctionnellement riches, i.e. qui partagent les mêmes annotations fonctionnelles, et co-exprimés. AGGC intègre l’information issue des biopuces, i.e. les profils d’expression des gènes, avec les annotations fonctionnelles des gènes obtenues à partir des sources d’informations génomiques comme Gene Ontology. Les expérimentations menées avec cette méthode ont permis de mettre en évidence les principaux groupes de gènes fonctionnellement riches et co-exprimés dans des expériences de biopuces
Document type :
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01151505
Contributor : Claude Pasquier <>
Submitted on : Wednesday, May 13, 2015 - 4:34:24 AM
Last modification on : Friday, May 25, 2018 - 12:02:04 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-01151505, version 1

Citation

Ricardo Martinez, Nicolas Pasquier, Claude Pasquier, Martine Collard, Lucero Lopez-Perez. Analyse des groupes de gènes co-exprimés (AGGC) : un outil automatique pour l’interpretation des expériences de biopuces. 13ème Rencontres de la Société Francophone de Classification (SFC’06), Sep 2006, Metz, France. ⟨hal-01151505⟩

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