URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation

Joelle J. Amselem (1) , Michael Alaux (2) , Nathalie Choisne (2) , Nicolas Lapalu (1) , Baptiste Brault (1) , Aminah A. Keliet (2) , Erik Kimmel (2) , Françoise Alfama (2) , Sandie Arnoux (2) , Marc Bras (2) , Laetitia Brigitte (1) , Olivier Inizan (2) , Véronique Jamilloux (2) , Jonathan Kreplak (3) , Fabrice Legeai (4) , Isabelle Luyten (2) , Cyril Pommier (2) , Sebastien Reboux (2) , Stéphanie Sidibe-Bocs (5) , Marc-Henri Lebrun (1) , Delphine Steinbach (2) , Hadi Quesneville (2)

1 BIOGER - BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture
2 URGI - Unité de Recherche Génomique Info
3 PAVE - INH : Pathologie végétale : biodiversité, écologie, interactions bioagresseurs-plantes
4 BIO3P - Unité mixte de recherche biologie des organismes et des populations appliquée à la protection des plantes
5 UMR DAP - Développement et amélioration des plantes

The URGI platform (http://urgi.versailles.inra.fr) develops a genome annotation system dedicated to plants and their pathogens. This Integrated System relies on: (i) pipelines for Transposable Elements annotation (REPET) and gene structural and functional predictions (ii) databases and user-friendly interfaces to browse and query the data (URGI Information System GnpIS, Genome Report System GRS), (iii) A distributed annotation system for curation of gene structure.

Mots clés: genome annotation; pipelines; databases; genes; transposable elements; plants; fungi; génome pathogène; interfaces; information système; bioinformaticien; informatique

Domaines: Sciences agricoles

Joelle J. Amselem, Michael Alaux, Nathalie Choisne, Nicolas Lapalu, Baptiste Brault, et al.. URGI genome annotation system:an integrated system for structural and functional genome annotation. 12. Edition du colloque JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2 p. ⟨hal-01019754⟩