Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine
Résumé
La vocation des ontologies est de faciliter l'organisation et l'exploitation des connaissances et des données produites en grande quantité notamment en biologie. L'ontologie ATOL (http://www.atol-ontology.com) pour "Animal Trait Ontology for Livestock" a été dédiée à la définition et l'organisation des caractères phénotypiques des animaux d'élevage (poisson, oiseaux, mammifères). Or, un phénotype résulte de l'action commune d'un génotype et de son environnement (plus des mécanismes épigénétiques). Sa définition nécessite donc aussi une description précise de l'environnement d'élevage. L'ontologie EOL pour "Environnement Ontology for Livestock" a été ainsi créée pour décrire, de manière générique, les systèmes et conditions d'élevage. La combinaison des concepts des caractères phénotypiques des animaux (ATOL) et de ceux des conditions d'élevage (EOL) permettra la standardisation et l'annotation très précise des bases de données phénotypiques. Elle facilitera les approches intégratives et systémiques grâce à la représentation univoque des concepts en un langage partagé, commun aux différents utilisateurs et à l'accès automatisé à ces concepts rendu possible par des logiciels. Ces deux ontologies constituent un outil prometteur pour des projets d'expérimentation en particulier ceux portant sur l'élevage de précision, et à un appui méthodologique aux programmes d'amélioration génétique prédictive. Elles devraient être aussi de puissants outils pour la recherche d'informations dans les documents scientifiques et techniques, par les logiciels de pointe d'ores et déjà disponibles mobilisant l'analyse sémantique. Dans cet article la structure des ontologies, leurs caractéristiques et leurs applications en productions animales sont présentées et illustrées dans le domaine de la production porcine.
Domaines
Sciences agricoles
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)