Contribution de l'épigénétique dans l'expression phénotypique de caractères d'intérêt agromonique relevant de régulations polygéniques
Résumé
Le projet EpigRAni vise à caractériser la contribution de l'épigénétique à la variabilité phénotypique de caractères d'intérêt agronomique chez un mammifère d'élevage déjà hautement sélectionné, le bovin. L'épigénétique décrit la transmission des variations de structure de la chromatine qui régulent l'expression des gènes, sans modification de leurs séquences nucléotidiques. Ces variations participent à la variabilité des caractères d'élevage. L'identification et la mesure de variations épigénétiques offrent la possibilité de caractériser la dynamique de l'épigénome en vue de l'utiliser comme une nouvelle co-variable dans une perspective de génétique quantitative. C'est avec cet objectif qu'EpigRAni propose de tirer bénéfice de la disponibilité dans le laboratoire du partenaire 1, de plusieurs séries de bovins adultes génétiquement identiques, générés par transfert de noyaux de cellules somatiques (clones), animaux par ailleurs fertiles et parfaitement sains. Ces animaux expérimentaux produits sans recours à la recombinaison méïotique (génocopies) permettent de comparer les différences épigénétiques individuelles d'un même génome. L'ensemble de ces différences, ou certaines d'entre elles retenues comme cibles, peuvent alors être directement corrélées aux variations des phénotypes. Cette simplification expérimentale où le génome des animaux est "égal par ailleurs" constitue un avantage scientifique qu'Epigrani utilisera dans un premier temps pour mesurer la contribution de l'épigénétique à la variabilité phénotypique. Les analyses pan-génomiques de l'état de méthylation du génome sont conduites au cours de la différenciation et le développement de la glande mammaire et au cours du développement de l'unité foeto-placentaire impliqués réciproquement dans la production laitière et la fertilité, caractères d'intérêt agronomique majeur. Des régions-cibles du génome, les plus pertinentes quant à leur statut épigénétique, sont aussi utilisées chez des vaches laitières Holstein issues de reproduction naturelle et soumises à une traite différentielle. Ce projet propose de mettre en corrélation expression de gènes, statuts de méthylation et phénotypes de la glande mammaire ou phénotype de développement des tissus extraembryonnaires (défauts d'implantation associés à une réduction de leur fertilité). Projet de recherche académique, Epigrani est donc aussi une étude pilote visant à définir un nouvel outil -omique- pour accroître l'efficacité des nouveaux schémas de sélection génomique.