Genetic improvement of laying hens viability using survival analysis
Résumé
The survival of about eight generations of a large strain of laying hens was analysed separating the rearing period (RP) from the production period (PP), after hens were housed. For RP (respectively PP), 97.8% (resp., 94.1% ) of the 109 160 (resp., 100 665) female records were censored after 106 days (resp., 313 days) on the average. A Cox proportional hazards model stratified by flock (= season) and including a hatch-within-flock (HWF) fixed effect seemed to reasonably fit the RP data. For PP, this model could be further simplified to a non-stratified Weibull model. The extension of these models to sire-dam frailty (mixed) models permitted the estimation of the sire genetic variances at 0.261 $\pm$ 0.026 and 0.088 $\pm$ 0.010 for RP and PP, respectively. Heritabilities on the log scale were equal to 0.48 and 0.19. Non-additive genetic effects could not be detected. Selection was simulated by evaluating all sires and dams, after excluding all records from the last generation. Then, actual parents of this last generation were distributed into four groups according to their own pedigree index. Raw survivor curves of the progeny of extreme parental groups substantially differed (e.g., by 1.7% at 300 days for PP), suggesting that selection based on solutions from the frailty models could be efficient, despite the very large proportion of censored records.
Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir d'une analyse de survie. Les données de survie d'environ huit générations d'une souche de grande taille de poules pondeuses ont été analysées en séparant la période d'élevage (PE) de la période de production (PP) après la mise en cage des poules. Pour PE (respectivement PP), 97,8 % (resp., 94,1 % ) des 109 160 (resp., 100 665) performances femelles étaient censurées, après en moyenne 106 jours (resp., 313 jours). Un modèle à risques proportionnels de Cox stratifié par cheptel et incluant un effet fixé du lot de naissance intra cheptel semble décrire raisonnablement bien les données de la PE. Pour la PP, ce modèle peut être encore simplifié en un modèle de Weibull non stratifié. En étendant ces modèles à des modèles de fragilité (modèles mixtes) père-mère, les variances génétiques " pères " ont été estimées à 0,261 $\pm$ 0,026 et 0,088 $\pm$ 0,010 pour PE et PP respectivement (soit des héritabilités sur l'échelle logarithmique de 0,48 et 0,19). Il n'a pas été possible de détecter des effets génétiques non additifs. Une sélection a été simulée en évaluant tous les animaux parents, après avoir exclu les enregistrements de la dernière génération. Ensuite, les parents de cette dernière génération ont été répartis en quatre groupes suivant leur propre valeur génétique sur ascendance. Les courbes de survie brutes des descendants des groupes parentaux extrêmes diffèrent substantiellement (par exemple, de 1,7 % à 300 jours pour PP). Ceci suggère clairement qu'une sélection basée sur les solutions des modèles de fragilité pourrait être efficace, malgré la proportion très élevée de données censurées.
Origine : Accord explicite pour ce dépôt
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