A distance measure between plant architectures - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Annals of Forest Science Année : 2000

A distance measure between plant architectures

Pascal Ferraro
Christophe Godin

Résumé

In many biological fields (e.g. horticulture, forestry, botany), a need exists to quantify different types of variability within a set of plants. In this paper, we propose a method to compare plant individuals based on a detailed comparison of their architectures. The core of the method relies on an adaptation of an algorithm for comparing rooted tree graphs, recently proposed by Zhang in theoretical computer science. Using this algorithm a distance between two plants is defined as the cost of transforming one into the other (using basic "edit operations"). We illustrate this method in three application fields and then compare it with other methods for quantifying plant similarity.
Définition d'une distance entre architectures de plantes. Dans de nombreux domaines de la biologie (arboriculture, sylviculture, botanique), il est nécessaire d'étudier différents types de variabilité au sein d'une population de plantes. Nous proposons, dans ce papier, une méthode de comparaison des plantes basée sur une comparaison détaillée de leur architecture. Cette méthode est une adaptation d'un algorithme de comparaison d'arborescences, proposé récemment par Zhang en informatique théorique. Cet algorithme nous permet de définir une distance entre deux plantes comme le coût de la transformation de l'une en l'autre (à l'aide d'opérations élémentaires d'édition). Cette méthode est illustrée dans trois domaines d'application et elle est comparée à d'autres méthodes de quantification de la ressemblance entre plantes.
Fichier principal
Vignette du fichier
hal-00883353.pdf (713.58 Ko) Télécharger le fichier
Origine : Accord explicite pour ce dépôt
Loading...

Dates et versions

hal-00883353 , version 1 (11-05-2020)

Identifiants

Citer

Pascal Ferraro, Christophe Godin. A distance measure between plant architectures. Annals of Forest Science, 2000, 57 (5), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩. ⟨hal-00883353⟩
49 Consultations
306 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More